genome.fa.s8981.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008981.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112343_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1473337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776295--776347	21	2.5	21	73	11	54	33	20	18	26	1.96
776340--776389	20	2.5	20	87	6	66	46	24	16	14	1.83
776378--776592	20	10.6	20	76	3	205	38	22	18	20	1.93
776378--776592	41	5.3	41	90	1	326	38	22	18	20	1.93
776840--776933	33	2.8	33	91	3	145	12	24	15	46	1.81
776875--776933	19	3.4	19	66	22	56	13	22	15	49	1.79
776903--776941	19	2.1	19	85	0	51	15	20	15	48	1.81
778744--778965	94	2.4	93	90	3	338	47	16	12	23	1.80
779049--779270	94	2.4	94	94	1	383	22	13	17	45	1.83
780952--781037	34	2.6	34	98	1	165	26	4	15	53	1.61
781147--781235	19	5.2	18	68	22	68	11	24	17	46	1.81
781153--781244	33	2.8	33	93	0	148	13	22	17	46	1.82
783734--783780	24	2.0	24	91	0	76	34	17	19	29	1.94
783738--783789	24	2.2	24	82	0	59	36	19	17	26	1.94
784638--784683	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
784731--784773	19	2.3	19	100	0	86	20	20	27	30	1.98
784731--784781	19	2.7	19	93	0	75	21	19	27	31	1.97
785725--785804	2	40.0	2	100	0	160	50	0	0	50	1.00
790186--790214	14	2.1	14	100	0	58	34	31	6	27	1.83
793858--793937	42	1.9	42	94	2	144	27	3	20	48	1.66
794117--794172	16	3.5	17	75	15	57	50	1	0	48	1.11
794188--794248	26	2.2	29	80	8	74	49	0	1	49	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794304--794349	19	2.4	19	85	7	58	45	0	2	52	1.13
794310--794371	30	2.2	27	83	13	72	46	1	3	48	1.28
800419--800472	21	2.7	20	77	11	56	59	7	3	29	1.42
800868--800954	45	1.9	45	83	6	113	41	12	9	36	1.75
806279--806311	16	2.1	16	88	5	50	57	3	0	39	1.14
807457--807501	13	3.5	13	85	11	56	84	0	4	11	0.76
807458--807499	17	2.6	16	85	11	50	85	0	4	9	0.72
816085--816114	15	2.1	15	93	6	53	53	0	6	40	1.27
818185--818324	43	3.2	41	79	11	129	26	17	27	29	1.97
818246--818413	86	2.0	86	82	0	210	20	19	25	34	1.96
818244--818430	43	4.3	43	80	4	182	23	20	24	31	1.98
818295--818455	86	1.9	86	80	7	193	20	19	26	33	1.97
820225--820271	22	2.1	22	100	0	94	51	12	19	17	1.77
822187--822467	41	6.8	41	82	6	293	30	18	20	29	1.97
822187--822433	83	3.0	83	89	1	345	31	19	20	28	1.97
822191--822467	124	2.2	122	82	8	321	31	18	20	29	1.97
822195--822474	83	3.4	82	87	4	273	31	18	20	29	1.97
829910--830068	78	2.0	79	91	1	257	35	12	16	34	1.87
830450--830519	31	2.3	29	77	15	72	37	17	11	34	1.85
833853--833931	27	3.0	26	85	5	113	24	7	32	35	1.83
834222--834296	27	2.8	26	78	6	78	28	8	30	33	1.86
837503--837529	11	2.5	11	100	0	54	85	0	7	7	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839485--839554	35	2.0	35	88	2	106	51	25	5	17	1.67
840197--840281	31	2.7	31	84	10	102	22	22	17	37	1.94
840277--840326	16	3.1	16	76	0	55	22	20	16	42	1.89
845256--845304	16	2.9	17	80	17	66	46	0	0	53	1.00
845781--845865	30	2.8	30	92	1	143	27	18	8	45	1.78
846491--846589	49	2.0	49	96	1	182	43	8	11	37	1.70
849038--849098	20	3.0	20	100	0	122	34	14	21	29	1.93
857366--857422	23	2.6	23	78	8	66	17	15	14	52	1.75
858930--858971	21	2.0	21	81	9	50	23	14	30	30	1.94
866618--866706	31	2.9	31	88	1	135	31	8	5	53	1.55
867216--867268	26	2.0	27	88	3	81	41	1	0	56	1.10
867242--867354	31	3.6	32	79	10	126	39	3	0	55	1.23
867216--867350	63	2.2	63	83	8	174	40	3	0	55	1.23
867331--867399	29	2.5	27	78	15	70	42	5	0	52	1.25
867424--867497	29	2.6	29	80	10	71	63	2	1	32	1.17
867937--868016	21	3.8	21	69	12	65	35	21	21	22	1.96
868065--868235	20	8.4	20	76	7	166	38	23	17	20	1.93
868065--868250	40	4.6	41	88	1	268	39	23	16	20	1.92
868816--868908	20	4.6	21	81	10	106	50	18	18	12	1.78
868816--868910	40	2.4	40	82	7	122	50	17	18	12	1.77
868933--869045	20	6.1	19	75	13	92	14	23	19	43	1.87
869112--869166	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870717--871096	94	4.1	94	92	1	593	22	12	18	47	1.81
871182--871333	19	8.3	19	86	7	215	49	21	19	10	1.77
871851--871917	21	3.2	21	64	6	55	25	35	19	19	1.95
871829--871917	42	2.1	42	83	8	110	24	35	19	20	1.95
873275--873310	14	2.6	13	91	8	54	36	0	22	41	1.54
873417--873482	19	3.7	19	76	19	88	45	18	22	13	1.84
873492--873639	33	4.3	33	77	11	152	15	20	18	44	1.86
873488--873597	20	5.9	19	73	13	95	13	20	20	45	1.85
873491--873625	73	1.9	72	88	1	207	14	20	20	44	1.86
873633--873705	20	3.6	20	67	17	51	26	17	23	32	1.97
875737--875805	3	23.0	3	84	0	93	1	26	0	72	0.93
875736--875805	15	4.7	15	96	0	131	1	25	0	72	0.92
875980--876033	24	2.2	24	96	0	99	42	20	16	20	1.89
875980--876047	24	2.8	24	88	0	73	39	20	16	23	1.91
876893--876972	21	3.9	21	84	11	112	18	16	27	37	1.92
876893--877046	20	7.6	21	75	13	108	17	16	25	39	1.91
876891--876983	41	2.3	41	88	0	141	17	17	26	38	1.91
877537--877608	22	3.3	21	67	17	65	37	4	11	47	1.59
877551--877622	23	3.2	23	66	18	69	33	8	9	48	1.66
877541--877630	45	2.0	45	100	0	180	35	6	11	46	1.66
877556--877625	21	3.2	21	64	25	54	35	8	8	47	1.65
885832--886054	124	1.8	123	86	4	324	36	17	21	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894405--894474	35	2.0	35	83	5	88	25	22	5	45	1.74
895373--895480	54	2.0	54	90	3	173	38	8	20	32	1.82
899419--899567	67	2.2	67	85	2	192	26	18	15	38	1.91
899580--899662	43	1.9	44	92	2	141	25	15	7	51	1.69
915117--915244	59	2.3	56	78	16	124	38	10	14	35	1.82
919745--919780	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
928036--928116	38	2.2	37	91	4	128	12	11	40	35	1.78
927761--928522	216	3.6	209	81	11	763	24	11	25	37	1.90
928487--928569	38	2.2	38	91	6	134	13	10	36	39	1.79
935320--935567	130	1.9	130	91	1	408	35	14	12	36	1.85
937135--937172	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
937101--937527	212	2.0	211	93	1	730	35	5	27	31	1.81
937523--937561	18	2.2	19	86	9	55	41	5	17	35	1.72
937549--937608	20	3.0	20	75	2	59	40	11	18	30	1.86
937540--937631	40	2.3	40	77	7	98	38	10	17	33	1.85
937652--937752	20	4.9	20	72	13	64	27	13	26	31	1.94
937657--937792	61	2.2	61	81	13	165	25	13	27	33	1.94
942316--942358	22	2.0	22	100	0	86	34	13	4	46	1.65
942581--942617	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
946170--946207	16	2.4	16	86	8	51	31	5	5	57	1.43
948963--949107	43	3.4	43	89	1	220	31	16	26	25	1.97
948963--949127	86	1.9	86	86	7	237	29	16	26	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948963--949183	43	5.1	43	81	4	119	28	17	25	29	1.97
948963--949162	86	2.3	86	82	5	235	28	16	26	29	1.97
949117--949272	43	3.6	43	75	4	118	23	18	24	33	1.96
949640--949696	21	2.7	21	94	0	105	0	35	22	42	1.54
949640--949722	42	2.0	42	83	4	105	1	36	20	42	1.60
949704--949759	21	2.7	21	88	0	94	0	42	19	37	1.52
952692--952816	60	2.1	59	88	2	187	24	20	13	41	1.88
954416--954605	57	3.3	57	96	2	353	51	13	5	30	1.64
956578--956602	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
959562--959610	21	2.3	21	100	0	98	42	6	22	28	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7