genome.fa.s9043.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009043.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112453_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  500226

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155845--155930	41	2.1	41	84	0	109	33	25	16	24	1.95
156758--156875	59	2.0	59	96	0	218	41	19	12	26	1.87
157434--157463	14	2.1	14	100	0	60	26	16	6	50	1.70
158520--158549	16	1.9	16	93	6	53	3	20	30	46	1.66
159828--159904	31	2.4	32	84	2	102	28	31	25	14	1.95
162884--162923	13	3.1	13	100	0	80	32	30	22	15	1.94
165487--165522	18	2.1	17	94	5	63	58	2	11	27	1.46
166412--166464	23	2.4	21	82	14	63	62	13	5	18	1.50
174552--174583	15	2.1	15	94	0	55	25	6	9	59	1.52
177883--177951	21	3.3	21	81	0	75	24	17	18	39	1.92
185444--185468	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
190067--190091	12	2.1	12	100	0	50	20	8	24	48	1.76
191222--191254	6	5.3	6	92	7	57	0	84	0	15	0.61
193659--193705	24	1.9	25	91	4	78	23	21	17	38	1.93
195583--195651	29	2.4	29	82	0	84	18	17	15	47	1.82
195664--195733	28	2.4	29	81	9	90	21	22	12	42	1.87
196629--196692	3	21.7	3	93	3	112	32	0	1	65	1.02
198528--198590	20	3.1	19	73	20	63	26	3	1	68	1.14
198547--198587	12	3.5	12	83	3	57	26	2	2	68	1.15
198528--198587	11	5.5	11	75	18	54	26	3	1	68	1.15
204194--204228	15	2.3	15	90	0	52	80	2	14	2	0.95
207523--207694	74	2.3	74	81	3	202	30	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209238--209573	112	3.0	112	82	6	412	38	13	18	29	1.90
209800--209858	3	20.0	3	92	3	102	32	0	1	66	1.02
211700--211762	20	3.1	19	73	20	63	26	3	0	69	1.03
211719--211759	12	3.5	12	84	15	59	26	2	0	70	0.99
211700--211759	11	5.5	11	74	21	56	26	3	0	70	1.03
215617--215864	29	8.7	29	75	9	163	20	17	17	43	1.88
215617--215813	58	3.4	58	80	4	211	22	18	16	42	1.89
219727--220212	226	2.1	228	95	2	874	44	7	8	39	1.63
220344--220673	161	2.0	161	87	1	464	41	13	15	28	1.86
222891--222955	21	3.1	21	93	0	103	43	10	30	15	1.81
222989--223054	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
224843--224891	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
225010--225781	199	3.9	198	96	0	1418	36	15	17	30	1.91
225010--225781	397	1.9	398	96	0	1422	36	15	17	30	1.91
227237--227328	6	15.3	6	80	4	78	39	6	32	21	1.79
227252--227332	3	27.0	3	76	0	81	38	4	32	24	1.77
227241--227310	36	1.9	36	97	0	131	38	8	31	21	1.83
227240--227328	12	7.4	12	87	0	97	38	6	32	22	1.80
227237--227328	18	5.1	18	80	5	87	39	6	32	21	1.79
228525--228558	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
228919--228991	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
229257--229319	32	1.9	31	84	9	81	55	4	4	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229212--229385	88	2.0	88	98	0	339	52	6	9	30	1.60
229438--229509	23	3.2	22	90	4	99	34	4	22	38	1.73
228782--229812	518	2.0	515	96	1	1895	42	7	12	38	1.71
229865--229937	23	3.2	23	84	0	92	34	4	20	41	1.72
229865--229962	46	2.1	45	81	7	108	33	6	17	42	1.74
229300--230280	428	2.3	429	97	1	1858	40	7	12	39	1.71
230317--230977	183	3.7	182	94	3	1119	34	14	17	33	1.90
233450--233514	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
233861--233933	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
234646--234682	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
234638--234684	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
234953--235039	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
235456--235528	23	3.2	23	88	0	101	35	4	20	39	1.72
235888--235960	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
236318--236390	23	3.2	23	92	0	110	34	4	23	38	1.74
235254--236740	430	3.5	430	97	0	2805	41	7	12	38	1.71
241950--242126	21	8.6	21	73	3	162	20	17	25	35	1.95
241975--242167	41	4.7	41	93	1	316	19	19	24	36	1.95
242074--242271	103	1.9	103	86	7	285	18	21	24	36	1.95
241949--242230	62	4.6	60	77	7	237	19	19	25	35	1.95
242135--242271	21	6.6	21	71	10	93	18	21	25	35	1.96
242156--242283	41	3.1	42	87	6	172	17	21	24	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242221--242286	19	3.3	19	72	12	69	18	19	21	40	1.91
242172--242293	41	3.0	41	91	4	185	18	19	22	39	1.92
242371--242425	6	9.2	6	100	0	110	34	49	16	0	1.46
242422--242487	5	13.6	5	93	6	118	39	21	39	0	1.53
242973--243004	6	5.3	6	100	0	64	0	15	50	34	1.45
243111--243162	20	2.6	20	100	0	104	42	23	25	9	1.84
243131--243317	41	4.4	41	75	11	196	34	22	21	20	1.97
243215--243321	21	5.2	21	65	8	67	39	25	17	17	1.92
244667--244711	23	2.0	23	90	0	72	35	6	17	40	1.76
244668--244718	23	2.2	23	85	0	66	41	5	17	35	1.74
244766--244844	23	3.4	23	89	0	113	40	7	13	37	1.74
245236--245285	23	2.2	23	81	0	55	38	14	10	38	1.79
245218--245476	87	3.0	86	83	3	306	37	10	7	44	1.68
246870--246934	27	2.4	27	89	0	94	18	10	16	53	1.71
252164--252216	18	2.9	18	91	0	88	18	49	18	13	1.80
252298--252377	29	2.8	29	82	1	99	27	1	16	55	1.49
253100--253228	24	5.4	24	88	0	159	24	15	17	41	1.89
259393--259445	18	3.0	18	83	2	72	20	49	16	13	1.79
259458--259595	29	5.1	29	68	21	77	32	1	15	50	1.53
260273--260467	24	8.2	24	91	2	304	25	13	19	42	1.87
261807--261867	16	3.9	15	80	16	70	63	3	0	32	1.10
261784--261827	23	1.9	23	81	9	54	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261785--261877	48	2.0	45	81	10	107	62	3	0	34	1.11
262175--262222	25	1.9	25	83	8	62	47	12	0	39	1.41
266037--266163	66	1.9	66	82	3	157	22	20	21	35	1.96
266185--266254	31	2.3	31	82	5	79	17	22	30	30	1.97
271140--271209	12	6.0	12	74	12	65	20	7	38	34	1.80
271141--271207	23	2.9	23	81	0	80	19	5	38	35	1.76
271221--271265	23	2.0	23	90	0	72	31	31	20	17	1.96
271794--271849	29	1.9	29	96	0	103	35	16	12	35	1.86
279803--280271	233	2.0	234	97	1	897	31	13	14	41	1.83
284411--284478	29	2.3	29	87	0	91	44	25	5	25	1.76
284457--284536	29	2.8	29	94	3	135	45	21	10	23	1.82
291744--291817	29	2.6	29	93	4	123	44	22	8	24	1.80
291835--291859	13	1.9	13	100	0	50	12	24	48	16	1.79
291834--291877	18	2.4	18	88	0	70	11	22	45	20	1.83
292146--292225	38	2.1	38	97	2	153	28	18	40	12	1.87
295546--295603	24	2.4	24	82	0	71	55	18	10	15	1.68
295933--295996	31	2.1	31	82	5	76	46	0	12	40	1.42
298145--298233	42	2.1	42	85	4	117	22	22	23	31	1.98
298159--298248	42	2.1	42	79	4	101	26	25	18	28	1.98
302388--302601	53	4.0	53	84	2	277	34	8	19	37	1.83
308324--308425	49	2.0	51	80	12	113	50	0	1	46	1.19
313371--313433	24	2.6	24	94	0	108	25	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319833--319879	20	2.3	20	92	0	76	31	23	17	27	1.96
319890--319940	20	2.5	20	93	0	84	25	27	21	25	1.99
320494--320538	19	2.4	19	88	0	63	48	24	15	11	1.77
320534--320679	19	8.1	19	71	17	105	13	24	19	42	1.87
320567--320654	33	2.6	33	96	1	158	11	27	22	38	1.88
322818--322968	21	7.2	21	62	10	58	22	37	19	21	1.95
322766--322968	42	4.8	42	80	2	203	22	36	17	22	1.94
322763--322938	84	2.1	84	98	0	343	21	38	17	23	1.93
322763--322968	84	2.5	84	91	1	297	22	36	17	22	1.95
324315--324350	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54

Tables:   1   2   3   4