genome.fa.s9064.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009064.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112487_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  748991

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14554--14602	20	2.5	20	100	0	98	40	26	14	18	1.89
21393--21462	2	35.0	2	85	0	86	41	2	5	50	1.41
21400--21474	14	5.4	14	95	0	96	37	4	8	50	1.50
21394--21482	6	14.2	6	82	9	61	37	3	8	50	1.51
23213--23251	19	2.1	19	100	0	78	43	20	5	30	1.73
30577--30686	23	4.8	23	78	6	98	36	23	22	17	1.95
30577--30686	46	2.4	46	77	8	116	36	23	22	17	1.95
30790--30828	15	2.6	15	100	0	78	33	25	7	33	1.84
33016--33053	20	1.9	20	94	0	67	26	31	31	10	1.90
33690--33771	40	2.0	40	100	0	164	24	17	19	39	1.92
42556--42771	39	5.3	38	75	13	171	43	14	7	34	1.74
42704--42835	65	2.0	64	88	1	192	43	15	6	35	1.71
42801--43027	97	2.3	97	85	3	287	41	12	7	39	1.70
42843--43101	97	2.7	96	81	4	272	41	13	7	38	1.72
43020--43176	58	2.7	59	88	4	241	43	12	8	35	1.73
43325--43442	44	2.6	45	81	5	141	37	17	9	35	1.82
49326--49917	54	10.9	54	89	2	848	27	18	19	35	1.95
55456--55844	54	7.2	54	91	0	625	26	18	21	33	1.96
55657--55738	26	3.1	26	62	25	62	25	20	24	29	1.99
56288--56336	21	2.5	19	83	9	55	34	22	14	28	1.93
58486--58536	24	2.1	24	96	0	93	50	25	0	23	1.49
58490--58554	24	2.8	24	83	6	80	52	21	1	24	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64551--64589	4	9.5	4	84	15	53	25	0	0	74	0.82
64556--64598	22	2.0	22	86	9	61	32	0	0	67	0.91
64623--64753	2	66.5	2	77	11	101	41	3	3	51	1.35
65027--65061	17	2.2	15	90	10	52	20	5	0	74	1.02
65045--65102	23	2.5	22	74	17	64	18	10	1	68	1.26
75528--75567	7	5.4	7	91	8	62	82	2	15	0	0.77
75528--75565	15	2.5	15	91	8	60	81	2	15	0	0.80
76495--77356	106	8.5	104	77	11	849	33	25	17	22	1.96
76511--77308	200	4.0	200	89	0	1168	34	24	18	22	1.96
76495--77308	306	2.7	300	79	10	815	34	25	18	22	1.96
79492--79550	26	2.4	23	75	20	57	16	8	1	72	1.17
81973--82007	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
82168--82204	2	19.5	2	89	10	60	48	0	0	51	1.00
82417--82452	15	2.4	15	95	0	63	11	66	13	8	1.44
82958--82993	16	2.3	15	90	4	54	41	0	5	52	1.24
83124--83176	15	3.4	15	72	10	52	22	28	30	18	1.98
83124--83192	32	2.2	32	91	0	111	21	28	28	20	1.98
90910--90972	19	3.5	18	79	14	76	41	12	12	33	1.81
90925--90969	18	2.5	18	82	10	56	42	8	13	35	1.75
93798--93893	3	32.0	3	89	4	149	37	0	0	62	0.95
96077--96134	28	2.1	27	84	6	73	32	5	1	60	1.29
107217--107264	16	2.9	17	76	14	55	37	10	6	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107557--107895	115	3.0	114	93	3	565	34	14	20	30	1.93
108582--109467	113	8.0	113	91	2	1300	36	14	18	29	1.91
109387--109679	124	2.4	124	85	5	375	41	15	18	23	1.89
109836--109910	3	25.0	3	86	5	107	38	0	0	61	0.96
110373--110411	16	2.4	16	83	8	53	51	35	12	0	1.40
112659--113934	635	2.0	635	96	0	2347	29	24	22	23	1.99
114696--114723	12	2.3	12	100	0	56	7	7	0	85	0.73
122163--122314	67	2.3	66	88	5	218	31	2	43	22	1.67
124098--124160	27	2.3	27	88	0	99	20	20	15	42	1.89
130195--130247	22	2.5	21	82	8	63	30	22	20	26	1.98
136021--137070	200	5.3	199	90	1	1593	41	12	14	31	1.83
136021--137070	399	2.6	398	90	1	1658	41	12	14	31	1.83
139884--139946	24	2.7	23	85	7	81	36	4	9	49	1.57
139884--139947	30	2.1	30	82	0	74	35	4	9	50	1.56
144533--144578	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
144823--144880	2	29.5	2	89	3	91	48	48	0	3	1.18
145043--145529	225	2.2	224	85	4	651	31	16	13	38	1.87
145365--145623	118	2.2	117	88	0	374	29	17	14	38	1.89
146132--146178	22	2.1	22	92	0	76	48	12	0	38	1.41
146130--146227	26	3.7	26	80	1	106	42	10	6	40	1.63
146169--146215	22	2.1	22	92	0	76	40	2	10	46	1.50
146277--146457	4	45.2	4	85	0	200	42	2	6	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146281--146462	14	13.1	14	79	9	160	41	2	7	48	1.45
146277--146455	18	9.9	18	86	4	209	42	2	6	48	1.44
154336--154785	37	11.9	37	86	4	555	47	2	6	43	1.42
154336--154785	76	5.9	77	89	5	602	47	2	6	43	1.42
156310--156337	10	2.8	10	100	0	56	25	10	0	64	1.26
160985--161017	13	2.5	13	95	0	57	36	6	6	51	1.51
161231--161384	65	2.4	64	82	6	177	29	18	18	33	1.95
164070--164137	34	2.0	35	91	2	111	20	13	5	60	1.54
167640--167726	43	2.0	44	93	6	151	42	20	21	14	1.88
168912--168968	18	3.2	18	97	0	105	33	22	8	35	1.85
169294--169699	37	10.9	38	81	11	434	46	2	7	43	1.46
169388--169447	11	5.1	11	70	21	50	43	1	10	45	1.47
169478--169699	65	3.2	66	75	13	223	47	1	6	44	1.36
169588--169651	28	2.4	26	85	10	92	50	1	4	43	1.32
169701--169751	23	2.2	23	82	6	68	27	3	1	66	1.20
169715--169754	8	5.1	8	81	6	55	27	2	0	70	1.01
171149--171182	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
172322--172359	20	1.9	20	94	0	67	18	26	21	34	1.96
177576--177616	22	1.9	21	95	5	73	56	9	0	34	1.32
179557--179596	3	12.7	3	86	5	53	60	2	2	35	1.24
179588--179626	14	2.8	14	80	0	51	41	0	0	58	0.98
179760--179807	18	2.7	18	78	9	53	62	0	2	35	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179805--179864	22	2.8	21	87	9	86	0	41	1	56	1.09
179815--179903	12	7.9	11	71	18	60	2	44	1	51	1.21
182791--182871	38	2.1	38	97	0	153	22	14	37	25	1.93
188392--188432	13	3.2	13	80	19	50	68	0	2	29	1.03
188973--189319	190	1.8	190	88	3	538	45	8	5	40	1.57
190210--190263	21	2.6	21	96	0	99	40	9	14	35	1.78
191272--191304	15	2.1	16	88	5	50	36	3	27	33	1.72
192985--193051	33	2.0	33	94	5	118	22	8	2	65	1.34
193068--193118	14	3.8	13	80	10	50	25	3	3	66	1.26
193091--193147	22	2.6	22	77	5	62	26	7	0	66	1.17
193127--193182	22	2.5	22	77	8	60	23	7	1	67	1.24
193208--193248	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
193467--193492	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
196560--196626	33	2.0	33	94	5	118	22	8	2	65	1.34
196643--196694	14	3.8	13	82	7	59	25	3	1	69	1.16
196785--196809	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
197651--197691	20	2.0	20	90	0	64	53	2	24	19	1.57
199654--199703	23	2.1	24	81	3	57	62	16	10	12	1.55
206162--206242	40	2.0	40	100	0	162	29	25	14	29	1.95
207932--207961	15	2.0	15	93	0	51	43	6	0	50	1.28
210021--210647	22	28.5	22	84	6	749	41	0	10	47	1.40
210021--210647	66	9.5	67	86	4	866	41	0	10	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210748--210790	16	2.7	16	100	0	86	23	6	6	62	1.45
214819--215446	54	11.7	54	81	3	627	36	18	16	28	1.93
214819--215434	108	5.7	108	86	2	821	36	19	16	27	1.93
214827--215426	320	1.9	320	88	2	918	36	18	16	28	1.92
221722--222340	53	11.7	53	77	11	503	36	19	15	28	1.92
221730--222322	107	5.6	107	81	7	601	36	19	16	28	1.93
221723--222322	212	2.8	214	83	7	703	36	19	16	28	1.93
225191--225231	17	2.3	18	95	4	75	41	0	19	39	1.52
227992--229221	200	6.1	200	83	2	1448	38	13	14	33	1.85
228587--228632	21	2.2	20	81	7	56	26	10	19	43	1.84

Tables:   1   2   3   4