genome.fa.s9066.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009066.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112490_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  821833

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1017--1056	16	2.6	16	88	4	55	60	25	0	15	1.35
2966--3045	20	3.9	21	77	9	76	15	23	36	25	1.93
6843--6882	21	1.9	21	89	0	62	32	10	2	55	1.47
14359--14401	19	2.3	19	91	0	68	30	41	20	6	1.79
15404--15479	35	2.2	35	90	0	116	38	25	1	35	1.64
15862--16113	128	2.0	120	88	6	369	36	14	12	36	1.83
16440--16502	28	2.3	27	81	8	72	44	1	3	50	1.27
16578--16614	15	2.4	16	86	13	51	59	5	2	32	1.34
18893--18926	16	2.1	16	94	0	59	26	17	17	38	1.92
21531--21819	111	2.6	109	91	3	461	31	12	11	44	1.78
22944--23321	112	3.4	112	89	2	564	33	12	10	43	1.78
21561--23170	692	2.3	692	93	1	2735	37	9	11	41	1.73
23594--23620	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
24347--24397	23	2.2	23	85	0	66	39	15	5	39	1.72
24245--24505	87	3.0	85	83	3	308	35	13	9	42	1.76
25107--25184	11	7.3	10	72	16	59	44	1	3	50	1.28
25107--25177	2	36.5	2	72	16	51	45	1	4	49	1.30
25104--25199	42	2.3	42	79	12	101	43	5	4	46	1.45
25107--25184	20	3.7	20	79	12	77	44	1	3	50	1.28
25170--25248	37	2.2	35	79	4	86	43	6	5	45	1.51
25406--25435	7	4.3	7	91	0	51	50	16	0	33	1.46
25409--25438	14	2.1	14	100	0	60	50	13	0	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25503--25579	2	38.0	2	77	12	77	46	5	2	45	1.39
25801--25859	2	29.0	2	82	3	73	45	3	3	47	1.36
25793--25827	15	2.3	15	85	0	52	40	2	8	48	1.49
26258--26330	13	5.3	13	75	9	65	42	6	4	46	1.49
26327--26362	18	1.9	19	88	5	56	44	2	5	47	1.41
26353--26387	17	2.1	16	89	5	52	42	2	0	54	1.15
28888--29457	304	1.9	306	93	2	995	21	16	24	37	1.93
29333--29586	129	2.0	129	95	0	454	25	16	19	38	1.93
39504--39541	17	2.2	18	90	4	60	26	5	2	65	1.27
40110--40188	19	4.5	18	76	17	69	16	8	1	73	1.15
40969--40997	12	2.5	12	94	5	51	0	13	27	58	1.36
43069--43104	8	4.6	8	89	6	56	13	16	13	55	1.69
43069--43104	15	2.3	16	90	4	56	13	16	13	55	1.69
44300--44357	22	2.5	23	81	18	75	79	6	13	0	0.93
44294--44358	16	3.8	16	73	23	60	78	7	13	0	0.95
44302--44364	22	2.9	22	78	4	65	77	7	12	1	1.05
46866--47291	106	4.0	106	92	1	660	34	23	19	22	1.96
48581--48623	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
48891--48933	17	2.5	17	81	7	52	16	2	2	79	0.95
48893--48935	18	2.5	17	85	11	52	16	2	2	79	0.95
48893--48934	21	2.2	19	83	12	50	14	2	2	80	0.90
49092--49170	40	2.0	40	85	9	110	30	5	7	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49234--49283	19	2.6	19	81	6	57	16	12	0	72	1.13
60795--61343	124	4.4	124	89	1	782	28	26	18	26	1.98
62058--62154	32	3.1	32	79	2	108	30	40	6	22	1.79
66079--66109	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
66145--66184	21	1.9	21	89	0	62	55	5	0	40	1.22
66136--66290	28	6.3	25	72	19	98	50	4	3	41	1.39
66188--66281	27	3.6	27	71	17	83	47	4	4	43	1.42
66302--66400	3	34.0	3	86	9	134	27	0	2	70	0.98
66315--66425	6	19.2	6	89	7	72	23	1	0	74	0.91
79540--79577	13	2.9	13	96	0	67	31	2	21	44	1.66
81916--81954	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
84626--84691	23	2.9	22	82	6	69	22	22	30	24	1.99
84610--84692	23	3.8	21	74	13	60	20	22	30	26	1.98
94996--95759	225	3.4	225	80	4	824	30	22	19	27	1.98
96315--96464	22	6.0	24	72	17	121	44	4	8	42	1.56
96346--96420	26	2.8	26	83	4	96	44	8	9	38	1.66
96324--96446	26	5.2	22	71	21	74	44	5	8	40	1.59
96482--96555	3	24.3	3	77	10	53	24	4	2	68	1.19
98351--98399	22	2.2	23	78	10	57	38	16	14	30	1.88
98386--98458	23	3.1	22	77	12	74	31	8	16	43	1.77
102827--102969	48	3.0	48	95	3	252	37	7	14	39	1.75
102827--102951	24	5.2	24	66	8	83	37	8	13	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102843--102968	24	5.2	24	67	10	87	38	6	15	39	1.73
105061--105192	28	4.7	27	74	7	104	43	6	7	41	1.59
106598--106668	32	2.1	34	82	12	94	33	1	5	59	1.30
107632--107689	24	2.4	24	100	0	116	56	0	3	39	1.16
107645--107697	24	2.4	21	72	27	56	50	0	1	47	1.12
107861--107917	23	2.5	23	94	0	96	50	1	1	45	1.22
107875--107964	23	4.3	20	73	17	60	56	0	1	42	1.06
107931--107977	22	2.2	21	84	3	58	48	2	2	46	1.25
107935--108000	33	2.0	34	84	3	89	50	1	1	46	1.20
110435--110467	15	2.2	15	94	0	57	33	6	15	45	1.70
110580--110654	23	3.3	23	79	5	89	18	16	24	41	1.90
110580--110671	23	4.0	23	77	5	87	21	16	23	38	1.93
115120--117212	688	3.0	696	92	2	3567	33	14	22	29	1.94
118760--118789	15	2.0	15	100	0	60	26	6	20	46	1.75
118892--118950	23	2.6	23	77	0	64	18	22	23	35	1.96
118901--118994	23	4.1	23	74	10	75	23	18	23	35	1.96
119808--119855	21	2.2	21	85	7	60	64	6	4	25	1.35
122208--122250	9	4.6	9	85	8	50	74	9	2	13	1.16
122208--122250	19	2.3	19	87	0	59	74	9	2	13	1.16
122111--122326	115	1.9	115	85	3	301	47	7	5	39	1.55
125845--125891	2	23.5	2	87	8	69	48	0	2	48	1.13
127183--127260	31	2.6	30	77	4	84	16	16	5	61	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127267--127295	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
131394--131602	99	2.1	98	88	3	312	35	14	16	33	1.89
133218--133604	85	4.5	85	89	2	558	34	21	19	24	1.96
133218--133597	173	2.2	173	91	1	602	35	20	20	23	1.96
133533--133669	72	1.9	72	87	3	204	35	20	18	24	1.95
134375--134421	19	2.4	18	83	13	58	46	0	4	48	1.21
134835--134885	22	2.3	21	77	9	57	60	3	21	13	1.49
137499--137531	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
138610--138644	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
138697--138744	24	1.9	25	91	8	80	25	2	22	50	1.60
138985--139055	21	3.5	21	74	11	67	19	5	1	73	1.11
139110--139150	20	2.0	20	85	0	55	34	0	4	60	1.18
141683--141880	95	2.1	95	87	1	281	34	17	19	28	1.94
142759--144057	171	7.7	171	83	3	1486	35	21	17	24	1.95
142759--144057	86	15.4	85	83	3	1390	35	21	17	24	1.95
145768--145811	7	6.6	7	84	10	65	11	0	0	88	0.51
145770--145845	5	15.6	5	78	13	54	13	1	3	81	0.89
145770--145813	19	2.3	19	96	0	79	13	0	0	86	0.57
145762--145843	30	2.7	31	81	7	89	13	1	4	80	0.93
145778--145830	19	2.8	18	82	5	61	11	0	5	83	0.81
145925--145999	26	3.0	25	92	3	116	25	0	22	52	1.48
149662--149698	16	2.3	16	95	0	65	75	0	8	16	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151641--151685	23	2.0	23	86	8	65	42	2	0	55	1.12
151745--151832	43	2.0	43	82	6	106	61	2	0	36	1.09
153337--153417	3	26.0	3	87	7	117	61	0	0	38	0.96
153618--153740	45	2.7	45	88	0	183	34	17	22	24	1.96
153748--154151	45	9.0	45	93	1	695	33	19	23	23	1.97
153748--154151	89	4.5	90	94	1	695	33	19	23	23	1.97
153758--154151	134	2.9	135	95	1	702	34	19	22	23	1.96
154821--154921	22	4.6	22	88	0	157	35	12	16	34	1.87
155289--155454	54	3.1	53	81	12	205	24	22	15	37	1.93
156309--156554	75	3.3	75	90	1	377	28	21	15	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5