genome.fa.s9067.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009067.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112491_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2329927

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810220--810314	23	4.1	23	83	0	100	32	24	21	22	1.98
812612--812689	15	5.2	15	95	0	138	32	33	19	15	1.93
812774--812847	29	2.6	29	95	2	132	18	20	16	44	1.87
812863--812909	24	2.0	24	83	8	60	38	23	6	31	1.80
812876--812909	12	2.8	12	90	0	50	41	23	2	32	1.69
813218--813394	64	2.8	63	86	3	221	25	19	22	33	1.97
813218--813442	64	3.5	64	83	4	215	26	20	21	32	1.97
815384--815487	34	3.1	34	91	2	167	22	29	16	31	1.95
815771--815812	21	2.0	21	90	0	66	26	26	21	26	1.99
815919--815995	15	5.1	15	91	0	127	31	31	22	15	1.95
815919--815995	30	2.6	30	97	0	145	31	31	22	15	1.95
816080--816153	29	2.6	29	95	2	132	18	22	16	41	1.89
816169--816215	24	2.0	24	83	8	60	38	23	6	31	1.80
816182--816215	12	2.8	12	90	0	50	41	23	2	32	1.69
816524--816700	64	2.8	64	86	1	239	25	19	22	32	1.97
816524--816748	64	3.5	64	84	3	222	26	20	21	32	1.98
820063--820206	73	2.0	73	86	4	200	43	6	6	43	1.54
821902--821956	24	2.2	25	78	12	60	38	1	0	60	1.08
821987--822058	34	2.1	34	86	0	99	52	2	4	40	1.35
822434--822461	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
830960--831001	21	2.0	21	95	0	75	21	14	33	30	1.93
842506--842543	16	2.4	17	86	8	53	34	5	18	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844838--844875	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
845324--845360	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
853898--853943	15	3.1	14	82	14	56	63	0	2	34	1.07
853902--853948	15	3.1	15	79	11	51	63	0	2	34	1.06
854374--854472	31	3.3	30	67	14	87	29	32	5	33	1.79
854332--854564	59	3.9	59	89	2	342	31	25	5	37	1.78
854350--854443	29	3.2	29	67	14	75	29	29	4	36	1.77
854264--854564	119	2.5	119	81	6	360	31	22	5	39	1.78
854264--854564	60	5.1	59	84	7	340	31	22	5	39	1.78
854679--854857	60	3.0	57	78	12	164	36	5	24	32	1.79
858267--858313	18	2.7	17	83	6	67	31	29	6	31	1.83
862726--862766	21	2.0	21	90	0	64	46	19	0	34	1.50
862794--862865	22	3.2	22	82	5	83	69	9	6	13	1.36
864007--864149	73	2.0	72	98	1	277	29	15	13	41	1.85
864481--864527	21	2.3	20	81	3	58	57	0	2	40	1.11
864493--864542	21	2.3	23	86	13	70	52	2	2	44	1.24
864488--864543	23	2.4	24	82	11	71	50	1	1	46	1.22
866940--866996	15	3.9	15	88	2	89	36	7	21	35	1.80
866935--867005	30	2.4	30	97	2	135	42	5	19	32	1.75
866989--867058	20	3.5	20	90	0	113	40	7	14	38	1.73
867255--867292	19	2.0	20	89	5	60	57	0	0	42	0.98
867226--867281	28	1.9	29	89	7	87	51	1	1	44	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867224--867325	28	3.6	27	75	21	77	52	1	0	44	1.18
867337--867377	17	2.6	16	85	11	57	56	0	0	43	0.99
867336--867393	9	6.2	9	76	13	55	51	0	0	48	1.00
867581--867697	42	2.8	42	98	0	225	43	19	20	16	1.88
868066--868144	29	2.7	30	82	4	106	24	13	10	51	1.72
872093--872803	355	2.0	355	99	0	1404	35	15	8	40	1.78
875191--875243	20	2.7	20	90	0	88	35	26	9	28	1.87
876823--876881	29	2.0	29	90	0	91	28	10	18	42	1.83
876946--877012	27	2.5	27	87	0	98	40	14	16	28	1.88
882377--882428	21	2.5	21	96	0	95	30	7	23	38	1.83
882489--882592	33	3.2	33	93	1	165	44	14	7	33	1.74
882587--882628	21	2.0	21	90	0	66	50	7	11	30	1.66
886891--887048	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
887015--887284	20	13.5	20	81	6	269	37	25	17	20	1.94
890452--890621	19	9.7	19	76	19	181	45	18	21	15	1.85
890452--890621	52	3.2	52	94	2	279	45	18	21	15	1.85
890438--890615	33	5.2	33	80	15	161	46	18	21	14	1.84
890630--890708	19	4.4	19	80	16	105	13	22	17	45	1.84
890815--890851	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
892827--892883	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
892808--892900	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
892771--892905	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892901--893029	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
892901--892992	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
893077--893638	93	6.1	93	98	0	1090	45	19	12	22	1.83
895344--895433	14	5.7	14	69	23	63	44	22	23	10	1.82
895336--895450	33	3.5	33	97	0	221	46	20	22	10	1.80
895358--895455	19	5.7	19	69	22	90	44	21	22	11	1.83
895451--895531	33	2.5	33	93	0	135	9	20	22	46	1.80
895467--895523	14	3.7	14	70	20	51	10	22	22	43	1.84
895507--895584	41	1.9	41	94	0	138	12	25	17	43	1.85
895508--895583	21	3.7	21	80	3	100	11	25	18	44	1.83
895663--895733	33	2.2	33	89	0	106	49	18	21	11	1.78
895915--895969	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
896116--896269	20	7.7	20	79	7	159	18	18	25	37	1.94
896115--896269	40	3.8	40	81	4	177	18	18	25	37	1.93
896256--896338	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
896236--896334	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
896861--896889	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
907136--907189	11	4.8	11	77	11	56	62	0	33	3	1.12
907225--907254	12	2.5	12	94	0	51	23	0	30	46	1.52
907384--907453	23	2.7	26	72	21	65	34	4	8	52	1.51
909227--909284	21	2.8	21	97	0	107	20	39	18	20	1.92
909269--909325	20	2.7	23	81	10	68	28	33	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909345--909417	20	3.7	20	92	0	110	17	24	24	32	1.97
909783--909852	34	2.1	32	81	5	77	32	12	28	25	1.93
912756--912854	21	4.7	21	79	9	112	23	36	19	21	1.95
912756--912854	42	2.4	42	86	6	130	23	36	19	21	1.95
912878--912946	20	3.5	20	76	7	68	24	23	17	34	1.96
913315--913379	34	2.0	32	87	6	94	35	16	23	24	1.95
914506--914584	14	5.9	14	77	16	62	41	8	3	45	1.53
914490--914694	49	4.2	49	73	14	156	43	7	2	45	1.47
914510--914785	121	2.3	120	80	10	305	46	9	1	42	1.47
914526--914668	35	4.0	35	75	16	107	43	9	2	45	1.47
914622--914705	26	3.4	24	80	15	75	42	8	2	46	1.46
914697--914784	16	4.9	18	72	25	80	52	11	0	36	1.38
914504--914785	11	24.3	11	67	26	115	45	9	1	42	1.47
914697--914784	35	2.5	35	96	0	158	52	11	0	36	1.38
914951--915010	14	4.3	14	81	8	68	41	10	1	46	1.47
914957--915097	49	2.9	49	91	3	212	45	11	0	43	1.40
915051--915133	21	4.1	21	66	20	59	51	9	0	38	1.35
914957--915255	109	2.9	101	86	10	430	45	11	0	43	1.40
915032--915157	60	2.1	60	94	1	218	46	13	0	40	1.43
915091--915314	49	4.6	49	86	5	285	45	10	0	42	1.42
914957--915263	158	1.9	159	91	2	501	45	11	0	42	1.40
918078--918123	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918863--918916	28	1.9	28	100	0	108	57	14	0	27	1.38
918859--918923	28	2.3	28	87	10	105	55	12	0	32	1.37
918893--918941	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
919066--919094	5	5.8	5	100	0	58	0	37	0	62	0.96
919564--919639	29	2.6	29	97	0	143	21	28	38	11	1.89
927551--927591	14	2.9	14	86	10	57	31	7	26	34	1.84
933732--933765	18	1.9	18	94	5	61	26	32	23	17	1.97
942066--942099	18	1.9	17	88	5	50	32	2	8	55	1.45
943595--943634	20	2.0	20	85	0	53	50	10	2	37	1.50
943954--944039	39	2.2	39	95	0	154	38	18	6	36	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10