genome.fa.s9081.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009081.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112523_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1718667

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6152--6211	30	2.0	30	96	0	111	38	11	16	33	1.85
7919--7950	16	2.0	17	88	11	50	34	6	3	56	1.40
16293--16388	4	23.8	4	77	14	99	25	3	25	46	1.67
24677--24873	41	4.8	41	89	1	252	27	20	19	31	1.97
24718--24899	42	4.4	42	88	0	152	26	20	19	33	1.96
28489--28769	85	3.3	85	84	6	345	22	22	22	33	1.98
28489--28767	128	2.2	128	83	5	350	22	22	21	33	1.97
28489--28769	43	6.6	43	84	5	329	22	22	22	33	1.98
31639--31776	49	2.8	50	91	3	226	42	2	6	47	1.44
37145--37238	31	3.0	31	93	3	154	38	24	18	19	1.93
38565--38601	12	3.1	12	88	0	56	54	0	32	13	1.40
38565--38601	15	2.5	15	90	0	56	54	0	32	13	1.40
40709--40754	23	2.0	23	83	12	58	43	15	2	39	1.59
41037--41099	31	2.0	31	90	6	101	38	25	19	17	1.93
42465--42490	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
44467--44501	13	2.7	13	100	0	70	25	0	8	65	1.21
44721--44788	20	3.4	20	73	20	70	55	5	5	32	1.48
44710--44787	39	2.0	39	90	5	122	50	6	6	37	1.54
44710--44764	18	2.8	19	72	20	51	47	5	5	41	1.49
44721--44791	21	3.6	19	71	17	56	56	5	5	32	1.46
46428--46482	25	2.3	26	82	14	66	47	1	3	47	1.30
47795--48905	222	5.1	222	85	4	1464	36	8	31	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47799--48905	432	2.5	433	84	5	1427	36	7	31	23	1.84
48716--49040	180	1.8	180	83	5	433	37	8	31	23	1.83
64409--64438	13	2.3	13	94	0	51	16	0	3	80	0.85
65908--65932	11	2.3	11	100	0	50	56	12	8	24	1.62
73324--73486	76	2.2	75	98	1	317	38	14	9	37	1.80
73521--73581	23	2.7	23	97	0	113	52	0	6	40	1.27
74340--74365	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
74310--74375	30	2.3	30	79	10	75	66	7	3	22	1.31
75554--75625	20	3.6	20	80	0	72	33	19	6	40	1.78
77205--77240	5	7.4	5	90	6	56	22	2	0	75	0.94
77632--77688	28	2.2	25	80	17	64	49	7	10	33	1.64
77647--77738	35	3.0	29	71	21	80	43	10	9	35	1.73
82233--82258	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82795--82819	3	8.3	3	100	0	50	0	0	36	64	0.94
84147--84191	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
85222--85249	14	2.0	14	100	0	56	21	42	28	7	1.79
85237--85293	23	2.7	21	82	12	71	22	31	33	12	1.91
85216--85328	10	10.3	10	67	17	55	23	30	36	10	1.88
85216--85327	33	3.4	33	86	1	143	23	30	35	10	1.89
85429--85485	29	2.0	29	92	0	96	21	29	33	15	1.94
92359--92430	28	2.6	28	82	4	83	23	0	29	47	1.52
92386--92442	14	3.9	15	75	9	55	24	0	29	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92621--92645	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
93061--93091	15	2.1	15	93	0	53	64	16	12	6	1.47
94498--94553	26	2.2	26	96	0	103	30	3	25	41	1.72
94954--95027	34	2.1	35	83	11	91	51	8	2	37	1.46
95471--95495	12	2.1	12	100	0	50	16	0	32	52	1.44
95515--95579	32	2.0	32	96	0	121	33	16	3	46	1.63
97099--97143	21	2.1	21	83	0	54	33	11	4	51	1.58
99088--99192	48	2.2	48	98	0	201	36	17	12	34	1.87
105107--105136	16	1.9	16	93	6	53	30	6	3	60	1.39
105647--105685	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
110323--110368	17	2.6	18	77	16	51	39	6	23	30	1.80
111013--111056	21	2.1	21	100	0	88	47	15	13	22	1.81
125391--125434	20	2.2	20	87	0	61	36	11	22	29	1.89
126239--126321	44	2.0	39	90	7	112	25	16	21	36	1.94
126613--127232	262	2.4	255	84	11	782	41	19	12	27	1.87
128682--128970	146	2.0	146	95	0	524	24	30	22	23	1.99
132231--132272	21	2.0	21	81	9	50	45	7	2	45	1.44
133721--133769	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
142735--142900	44	3.8	43	72	14	110	45	9	17	27	1.78
142912--143033	43	2.8	42	78	9	138	56	4	12	27	1.54
142970--143119	42	3.5	41	73	12	106	59	5	11	24	1.52
142968--143116	44	3.4	45	75	6	114	60	5	11	22	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147190--147244	27	2.0	27	96	0	101	25	9	25	40	1.85
159698--160655	237	4.1	233	83	2	1128	27	33	14	24	1.94
159680--160653	470	2.1	471	85	0	1288	27	33	14	24	1.94
161347--161386	21	1.9	21	89	0	62	52	5	5	37	1.45
163570--163664	47	2.0	47	95	0	172	22	10	26	41	1.86
166650--166853	103	2.0	101	98	1	390	38	9	22	29	1.86
174254--174337	42	2.0	44	88	6	129	46	3	25	25	1.69
175182--175212	16	1.9	16	93	0	53	41	16	25	16	1.88
175718--176108	195	2.0	196	98	1	759	29	21	17	30	1.97
180926--181014	29	3.0	29	88	3	142	16	17	14	50	1.78
180926--181015	30	3.0	30	90	1	146	17	17	14	50	1.79
181241--181277	16	2.3	16	95	0	65	16	29	27	27	1.97
187390--187596	103	2.0	104	98	1	400	28	11	18	41	1.85
188123--188238	58	2.1	55	85	4	151	42	1	24	31	1.65
190831--190881	25	2.0	25	100	0	102	33	15	15	35	1.90
195954--196001	14	3.5	14	74	2	53	37	4	0	58	1.18
196852--197123	56	5.0	54	88	6	381	35	8	4	52	1.50
196852--197130	113	2.6	106	89	5	398	35	7	3	52	1.49
197054--197078	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
199002--199027	12	2.2	12	100	0	52	42	23	0	34	1.54
200343--200418	29	2.6	29	85	2	89	28	18	13	39	1.88
204795--204832	18	2.1	18	95	0	67	21	18	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206340--206554	105	2.0	108	90	6	348	44	11	8	35	1.71
206677--206717	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
208261--208350	20	4.5	20	85	0	126	43	18	15	22	1.88
208301--208399	20	4.9	19	80	11	85	41	22	15	21	1.90
208431--208589	57	2.8	57	90	0	237	35	18	15	30	1.92
209414--209462	20	2.4	21	76	10	57	32	12	20	34	1.90
209319--209428	57	1.9	57	86	0	157	29	16	20	34	1.94
209514--209563	20	2.5	20	87	6	66	20	14	20	46	1.84
215897--216360	231	2.0	232	99	0	921	36	10	17	36	1.84
218323--218372	19	2.6	20	93	6	86	38	28	14	20	1.91
218422--218615	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
218422--218615	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
218755--218799	22	2.1	22	84	12	58	22	40	15	22	1.91
218990--219055	32	2.1	32	91	0	105	10	22	19	46	1.80
219179--219233	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
219179--219249	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
219245--219342	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
219267--219356	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
219250--219364	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
221050--221243	104	1.9	104	97	2	372	21	12	20	45	1.84
221286--221414	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
221322--221414	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221286--221414	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
221431--221487	14	3.7	14	77	20	60	8	21	24	45	1.80
221415--221506	33	2.8	33	96	1	168	9	20	22	46	1.80
221410--221542	19	7.6	19	77	15	126	10	19	24	45	1.82
223334--223406	38	1.9	38	97	0	137	28	1	16	53	1.51
223330--223393	19	3.4	19	64	10	51	25	1	15	57	1.47
223388--223423	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
223529--223630	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
223657--223969	19	17.4	19	78	15	346	14	21	17	46	1.83
223795--223922	14	9.8	13	69	16	68	13	23	17	46	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7