genome.fa.s9081.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009081.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112523_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1718667

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678692--678776	29	2.9	29	92	0	143	22	30	35	11	1.90
679773--679797	9	2.8	9	100	0	50	20	56	12	12	1.67
703350--703405	29	1.9	29	82	13	71	44	5	8	41	1.58
703551--703621	31	2.4	28	86	6	97	35	9	11	43	1.74
704298--704664	182	2.0	188	95	4	676	38	12	11	37	1.79
710126--710206	18	4.6	17	86	6	108	32	12	13	41	1.82
710126--710206	35	2.3	35	87	4	110	32	12	13	41	1.82
710297--710326	14	2.1	14	93	0	51	26	6	10	56	1.57
719714--719768	28	2.0	28	96	0	101	40	5	9	45	1.59
735540--735587	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
736012--736048	19	1.9	19	94	0	65	29	16	40	13	1.86
737045--737088	21	2.1	21	86	0	61	18	27	15	38	1.91
737099--737240	20	7.1	20	81	5	153	36	19	21	22	1.95
737090--737235	40	3.6	40	84	6	170	37	20	20	21	1.94
737090--737254	60	2.7	59	86	6	206	36	20	20	22	1.95
737266--737315	20	2.5	20	100	0	100	32	26	10	32	1.89
738115--738168	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
740555--740628	20	3.7	21	76	7	82	35	25	21	17	1.95
740620--740695	33	2.3	34	88	2	109	46	18	21	14	1.84
740867--740904	14	2.7	15	84	12	53	50	18	0	31	1.47
742279--742371	42	2.2	42	80	3	107	22	17	39	20	1.92
742851--742919	20	3.5	20	93	0	120	39	23	20	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743010--743131	34	3.4	34	79	12	136	18	21	18	40	1.91
743029--743154	20	6.6	20	83	10	156	20	19	19	39	1.92
742993--743154	74	2.2	73	87	1	225	19	20	19	40	1.91
745028--745094	20	3.4	20	87	2	100	49	22	16	11	1.78
745109--745155	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
745723--745856	20	6.7	20	85	3	171	23	20	20	35	1.96
745723--745856	61	2.2	61	86	4	182	23	20	20	35	1.96
745853--745919	21	3.2	21	93	0	107	35	17	28	17	1.93
750780--750825	19	2.3	21	81	7	60	65	6	6	21	1.39
756006--756035	15	2.0	15	100	0	60	46	0	13	40	1.43
763546--763591	2	23.5	2	86	4	67	45	0	0	54	0.99
766450--766554	51	2.1	51	87	3	149	41	21	10	25	1.85
767168--767193	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
769402--769471	31	2.3	31	84	0	95	61	12	1	24	1.40
771548--771631	43	2.0	43	83	9	109	67	5	0	26	1.13
773758--773808	23	2.2	23	82	0	57	45	1	0	52	1.12
773796--773876	19	4.3	19	72	20	64	48	1	1	49	1.17
777970--778007	16	2.4	16	100	0	76	36	15	18	28	1.92
790306--790398	31	3.0	31	87	1	125	36	19	17	26	1.94
795388--795428	16	2.7	15	81	7	55	60	0	0	39	0.96
800076--800157	33	2.5	33	94	2	148	10	10	39	39	1.76
800679--800742	17	3.7	17	91	4	101	28	25	9	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801828--801865	3	13.3	3	83	10	53	36	2	0	60	1.11
801828--801865	14	2.7	14	92	8	60	36	2	0	60	1.11
801828--801865	17	2.2	17	95	0	67	36	2	0	60	1.11
806544--806581	20	1.9	20	94	0	67	31	21	13	34	1.91
807179--807214	15	2.4	15	95	0	63	75	5	16	2	1.12
807184--807226	21	2.0	21	82	8	52	74	6	16	2	1.14
807206--807254	11	4.6	11	76	19	50	73	4	20	2	1.10
808777--808917	34	3.9	36	80	8	153	35	16	12	35	1.87
808777--808918	70	2.0	73	84	6	193	35	16	12	35	1.87
808981--809057	36	2.1	37	82	4	93	29	14	10	45	1.78
809172--809231	31	1.9	30	83	12	77	31	16	11	40	1.85
809269--809375	29	3.8	28	81	8	128	28	10	14	46	1.77
809334--809484	61	2.5	62	92	3	252	29	11	15	43	1.82
809460--809522	29	2.1	30	88	8	94	33	11	17	38	1.85
809398--809598	91	2.1	96	84	6	261	30	12	15	40	1.85
809873--810215	134	2.6	135	83	3	433	27	31	17	23	1.97
810434--810471	3	13.3	3	83	10	53	36	2	0	60	1.11
810434--810471	11	3.7	10	86	13	51	36	2	0	60	1.11
810434--810469	14	2.6	14	95	0	63	36	2	0	61	1.11
816669--816729	31	2.0	31	83	0	77	42	21	6	29	1.78
818706--818755	19	2.6	19	100	0	100	30	10	22	38	1.86
842729--842827	21	4.8	20	76	6	81	37	21	19	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842795--843015	20	11.1	20	85	1	228	35	26	18	19	1.95
843716--843762	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
846310--846512	53	3.9	51	96	1	343	45	16	23	14	1.84
846257--846490	72	3.3	72	79	10	261	46	16	21	14	1.83
846243--846513	105	2.6	109	90	7	418	46	16	22	14	1.84
846224--846517	72	4.2	69	76	14	237	45	17	22	14	1.85
846489--846604	53	2.2	52	86	3	160	18	23	18	38	1.93
846508--846624	53	2.2	53	98	1	227	13	23	17	44	1.85
846527--846624	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
846730--846767	14	2.7	14	87	0	58	44	26	0	28	1.54
848692--848845	19	8.6	19	72	14	121	45	21	20	12	1.84
848710--848842	33	3.9	33	85	5	158	45	20	21	12	1.83
848709--848845	52	2.6	51	75	7	141	45	20	21	11	1.83
848841--848899	19	3.4	19	73	22	74	8	15	28	47	1.74
848857--848947	14	5.9	14	70	20	56	8	19	25	46	1.79
848841--848963	33	3.7	33	87	3	167	9	17	26	45	1.80
848852--848946	32	2.9	32	90	1	136	8	20	25	46	1.78
849061--849376	93	3.4	93	99	0	623	45	18	13	22	1.85
851060--851156	20	5.2	20	70	18	91	46	18	24	10	1.80
851058--851122	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
851058--851180	33	3.5	33	88	8	156	46	19	24	9	1.80
851107--851163	14	3.7	14	70	20	51	43	24	24	7	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851197--851253	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
851183--851261	33	2.4	33	95	0	140	8	22	21	46	1.79
851238--851313	21	3.7	21	83	3	109	13	25	15	46	1.82
851237--851314	41	1.9	41	97	0	147	14	25	15	44	1.84
851393--851463	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
851843--852035	20	9.6	20	84	5	228	19	18	26	35	1.95
852549--852640	46	2.0	46	95	0	166	42	11	14	31	1.82
859063--859095	12	2.8	12	100	0	66	57	9	9	24	1.58
877918--877951	15	2.1	16	89	10	52	55	0	0	44	0.99
877998--878044	20	2.3	21	78	10	62	63	8	2	25	1.34
879361--879466	3	34.7	3	88	3	158	63	0	0	36	0.95
879763--880330	113	5.0	113	90	3	859	28	19	14	37	1.91
879763--880330	231	2.5	226	90	2	859	28	19	14	37	1.91
880946--881574	52	12.1	52	96	0	1129	36	23	14	24	1.93
882119--882160	19	2.2	20	91	4	68	52	11	4	30	1.59
893065--893106	18	2.4	17	88	11	59	69	2	0	28	1.01
893764--893797	15	2.1	16	89	10	52	55	0	0	44	0.99
893844--893890	20	2.3	21	78	10	62	63	8	2	25	1.34
895200--895304	3	34.7	3	86	5	149	62	0	0	37	0.95
901799--901885	36	2.4	34	80	16	88	37	4	1	56	1.28
901799--901885	35	2.4	35	80	16	90	37	4	1	56	1.28
903587--903934	172	2.0	175	98	1	675	28	19	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909747--909794	22	2.2	22	100	0	96	10	35	14	39	1.80
912876--912933	26	2.3	26	96	3	109	70	6	6	15	1.30
914662--914729	30	2.3	30	100	0	136	36	11	2	48	1.55
914747--914814	34	2.0	34	88	0	100	35	4	1	58	1.27
914793--914834	20	2.1	20	90	0	66	28	4	0	66	1.12
915052--915090	19	2.1	18	90	4	60	48	7	10	33	1.66
923887--924029	72	2.0	72	100	0	286	29	23	18	27	1.98
925769--925802	18	1.9	17	94	5	59	2	17	14	64	1.40
927393--927465	28	2.6	29	76	12	80	43	12	4	39	1.61
932994--933052	9	6.3	9	75	7	55	16	30	27	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7