genome.fa.s913.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000913.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001818_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1610646

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739351--739391	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
739419--739575	85	1.9	84	91	1	260	31	15	21	32	1.94
739554--739601	13	3.7	13	94	0	87	33	18	20	27	1.96
739547--739601	26	2.1	26	89	0	83	36	16	20	27	1.93
748200--748266	16	4.2	16	71	17	50	71	0	20	7	1.10
748211--748276	21	3.3	20	72	21	59	71	0	21	7	1.11
748231--748357	9	15.0	9	69	16	76	74	0	21	4	1.00
748241--748362	26	4.7	27	76	19	100	74	0	21	4	0.98
748219--748299	21	3.8	21	72	15	76	69	0	22	8	1.16
748200--748321	15	8.1	15	71	17	76	72	0	21	6	1.07
748207--748350	19	7.7	19	70	12	84	74	0	20	4	1.00
748294--748334	22	1.9	21	85	5	55	82	0	17	0	0.66
748207--748350	18	8.1	16	70	21	65	74	0	20	4	1.00
748291--748362	10	7.2	10	76	12	60	77	0	20	1	0.84
748231--748349	16	7.2	17	71	16	81	74	0	21	4	0.98
748321--748362	16	2.6	16	84	0	57	78	0	19	2	0.86
750553--750658	42	2.5	42	80	1	115	26	21	21	30	1.99
750448--750915	257	1.8	257	87	3	710	31	16	17	33	1.93
750809--750956	41	3.6	41	79	9	149	28	19	21	30	1.98
751379--751426	3	16.3	3	91	4	80	33	0	2	64	1.05
755041--755117	38	2.0	38	94	0	136	50	10	6	32	1.62
756238--757418	300	4.0	296	79	12	1205	28	12	19	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756492--757349	282	3.0	278	79	12	902	28	13	19	38	1.89
756767--757420	304	2.2	298	86	6	870	29	12	19	38	1.88
758020--758052	13	2.4	14	90	5	50	18	12	3	66	1.36
758635--758801	83	2.0	83	88	2	246	40	13	9	36	1.77
767024--767082	31	1.9	31	89	0	91	42	3	8	45	1.51
767106--767513	22	18.6	22	81	6	470	46	10	0	43	1.38
767106--767516	44	9.4	44	86	4	544	45	10	0	43	1.38
779432--779485	27	2.0	27	100	0	108	37	7	18	37	1.79
788297--788337	16	2.5	17	80	7	50	29	2	0	68	1.03
788367--788422	26	2.2	26	84	9	71	37	0	0	62	0.95
788367--788421	27	2.1	25	80	12	58	36	0	0	63	0.95
788949--789095	77	1.9	78	91	1	242	31	12	18	37	1.88
792344--792404	31	1.9	33	83	12	83	49	3	0	47	1.18
792378--792430	23	2.3	23	83	6	72	49	3	1	45	1.31
792489--792552	27	2.3	28	78	10	69	50	1	1	46	1.20
792670--792708	16	2.4	17	86	4	53	58	5	5	30	1.41
793399--793435	17	2.2	17	90	0	56	62	0	0	37	0.96
793399--793442	21	2.2	19	92	8	70	63	0	0	36	0.95
799729--800302	287	2.0	286	97	2	1098	41	15	16	26	1.88
800052--800524	181	2.6	182	93	0	795	41	14	16	26	1.87
802630--802661	15	2.1	15	94	0	55	18	9	62	9	1.52
802744--802808	21	3.1	21	90	0	94	41	9	30	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802842--802907	33	2.0	33	90	0	105	30	0	48	21	1.50
804699--804747	19	2.6	19	93	0	80	32	4	10	53	1.54
804977--805738	200	3.9	197	89	8	1222	36	14	18	30	1.91
805223--805738	179	2.8	179	90	5	764	35	14	18	31	1.90
808207--808914	184	3.9	184	94	0	1249	37	13	15	33	1.87
811769--811830	22	2.9	22	90	2	90	43	4	12	38	1.64
811946--812018	23	3.2	23	94	0	128	35	8	20	35	1.83
812769--812798	15	2.0	15	93	0	51	56	6	10	26	1.57
812877--813039	87	1.9	87	94	0	290	33	14	10	41	1.79
812961--813005	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
817249--817391	30	4.9	30	73	7	123	17	18	9	55	1.67
817246--817379	60	2.3	57	81	8	146	16	17	8	56	1.65
819367--819428	32	1.9	32	83	6	81	17	9	11	61	1.56
823083--823175	2	46.5	2	95	0	168	51	47	0	1	1.07
823840--823933	28	3.3	28	75	13	86	31	12	8	46	1.72
824505--824633	36	3.5	36	90	4	188	40	12	12	34	1.81
824674--824745	29	2.4	28	77	11	72	25	16	15	43	1.87
824769--825110	132	2.6	134	79	6	338	25	31	16	26	1.96
825296--825347	3	17.0	3	88	11	79	30	0	1	67	1.02
826732--826815	30	2.8	30	76	7	89	20	17	8	53	1.69
826774--826853	30	2.7	29	85	14	119	18	16	6	58	1.58
826774--826902	59	2.2	59	81	10	149	18	17	6	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826909--826961	24	2.2	24	83	10	63	13	11	9	66	1.46
829516--829619	32	3.3	32	95	2	185	24	18	23	34	1.96
830225--830275	21	2.4	22	90	3	77	21	23	29	25	1.99
830310--830379	20	3.5	20	68	1	61	34	18	10	37	1.84
835451--835478	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
836130--836202	28	2.5	30	70	14	73	31	13	6	47	1.69
836815--836879	32	2.0	32	87	0	94	41	9	12	36	1.75
837057--837367	134	2.3	135	82	4	362	25	30	18	26	1.98
837558--837609	25	2.1	24	86	10	70	25	0	3	71	1.03
838986--839232	30	8.6	28	70	11	117	16	16	10	56	1.67
841714--841766	23	2.3	23	76	0	61	47	1	3	47	1.31
842907--842961	24	2.4	22	77	16	58	65	5	0	29	1.15
844135--844234	21	4.7	21	79	11	114	23	37	19	21	1.95
844389--844428	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
845043--845103	32	1.9	32	86	0	86	40	22	11	24	1.87
845303--845332	15	2.0	15	93	0	51	36	36	20	6	1.79
845747--845806	22	2.7	22	84	7	68	43	3	8	45	1.50
845746--845847	23	4.8	22	70	19	67	40	3	8	47	1.53
851891--853223	27	49.4	27	99	0	2616	44	3	7	44	1.49
856771--856835	34	1.9	34	100	0	130	46	7	6	40	1.58
857335--857362	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
860578--860679	44	2.3	43	84	3	123	24	23	12	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872682--872760	21	3.8	21	91	0	122	34	27	21	16	1.95
873723--873858	63	2.2	63	85	2	175	34	20	8	36	1.84
876654--876679	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
876955--877012	21	2.8	21	82	10	82	32	25	20	20	1.97
880324--880368	20	2.1	22	84	8	58	37	11	13	37	1.80
885025--885080	21	2.7	20	76	15	60	23	8	5	62	1.45
885132--885169	17	2.1	19	85	9	53	13	5	10	71	1.30
887658--887697	21	1.9	21	85	10	55	35	15	12	37	1.85
888687--888736	23	2.2	22	96	3	91	32	16	4	48	1.64
888972--889032	24	2.5	26	78	10	74	72	3	13	11	1.24
889036--889096	1	61.0	1	73	0	50	86	1	11	0	0.63
889036--889100	7	9.3	7	81	9	71	86	1	12	0	0.65
889020--889096	33	2.4	32	81	10	86	84	1	11	2	0.79
889015--889112	39	2.5	38	82	14	110	82	1	11	5	0.87
888992--889103	26	4.3	26	75	10	97	81	0	13	4	0.89
889036--889103	16	4.1	17	75	19	63	85	1	13	0	0.67
891932--892556	136	4.6	136	89	2	817	35	17	23	24	1.95
893730--893779	25	2.0	26	92	4	84	12	2	10	76	1.11
893724--893785	25	2.7	23	77	20	74	11	1	8	79	1.01
893792--893834	16	2.7	16	96	0	77	23	0	11	65	1.25
893767--893822	27	2.1	25	81	15	60	21	0	10	67	1.20
895523--895572	23	2.2	23	88	0	73	40	8	20	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895486--895648	87	1.9	87	94	0	290	41	12	13	31	1.82
895601--895648	23	2.1	23	88	0	69	37	12	14	35	1.84
895666--896368	199	3.5	196	86	4	910	31	14	14	38	1.87
900768--901524	200	3.8	200	88	3	1032	32	14	14	38	1.87
903487--903561	18	4.2	18	94	0	132	5	36	0	58	1.21
903921--903950	15	1.9	16	93	6	53	16	60	10	13	1.59
904227--904274	24	2.1	24	84	7	64	43	8	0	47	1.33
910932--911264	157	2.1	159	85	7	437	25	15	15	43	1.86
911093--911562	182	2.6	181	87	3	646	25	16	15	42	1.87
911485--911531	20	2.3	20	78	7	60	14	21	19	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7