genome.fa.s914.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000914.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001825_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1342319

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683792--683872	30	2.7	31	83	9	105	38	4	7	49	1.53
684695--684722	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
687450--687509	24	2.5	24	97	0	111	35	23	10	31	1.88
689722--689995	111	2.5	110	83	5	326	38	10	11	39	1.76
690239--691329	100	10.7	98	73	11	578	34	12	11	41	1.79
692192--692270	31	2.5	31	93	2	131	27	18	18	34	1.95
708338--708365	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
728069--728102	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
733065--733093	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
734367--734442	40	1.9	40	94	0	134	27	25	6	40	1.80
738114--738156	15	2.9	15	83	12	54	23	2	4	69	1.18
738095--738160	4	16.2	4	73	20	57	21	3	3	72	1.11
738095--738162	19	3.8	18	78	21	63	20	2	4	72	1.16
742202--743152	106	9.0	106	94	0	1598	34	24	17	22	1.96
743687--743730	17	2.5	17	79	17	54	34	2	0	63	1.07
744760--744797	15	2.5	15	87	8	51	23	2	5	68	1.23
744736--744803	19	3.6	18	75	22	68	20	2	2	73	1.09
744736--744808	4	19.0	4	71	20	50	21	2	2	72	1.10
758995--759025	16	1.9	16	93	0	53	54	25	6	12	1.62
759102--759347	122	2.0	122	97	0	465	20	13	17	49	1.79
762434--762480	20	2.3	20	88	0	67	44	2	4	48	1.34
771434--771500	23	2.9	23	79	0	80	41	7	14	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781006--781034	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
781039--781095	28	2.0	28	100	0	114	36	24	14	24	1.92
781399--781446	24	2.0	24	100	0	96	41	4	41	12	1.62
782032--782075	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
794216--794279	31	2.2	28	79	15	69	31	25	21	21	1.98
797721--797770	10	4.7	10	79	20	57	38	2	0	60	1.09
812829--812896	33	2.2	32	81	7	77	42	0	1	55	1.08
813024--813074	25	2.1	23	82	7	57	35	0	1	62	1.06
814695--814734	21	1.9	21	100	0	80	20	30	20	30	1.97
814695--814747	21	2.5	21	87	6	72	20	26	18	33	1.96
815201--815242	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
815271--815310	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
816587--816620	9	3.8	9	84	0	50	73	2	23	0	0.97
816587--816623	15	2.5	15	91	8	58	72	2	24	0	0.97
818115--818638	252	2.1	252	97	0	985	37	7	18	37	1.79
818845--818917	20	3.9	20	66	23	68	20	32	28	17	1.96
819102--819141	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
819352--819424	35	2.2	33	85	5	92	32	15	28	23	1.95
820188--820260	34	2.1	34	92	0	119	49	6	6	36	1.56
820453--820577	63	2.0	63	89	9	193	36	20	0	41	1.58
820469--820574	23	4.9	22	68	26	75	36	17	0	44	1.56
820709--821603	138	6.5	137	91	0	1430	32	22	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824771--824812	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
825007--825050	22	2.0	22	86	0	61	63	2	6	27	1.31
827093--827191	21	4.7	21	75	9	94	24	34	18	23	1.96
827093--827191	42	2.4	42	84	6	121	24	34	18	23	1.96
827212--827285	20	3.7	19	80	10	85	18	25	24	31	1.98
828566--828613	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
829883--829941	29	2.0	30	93	6	102	38	3	15	42	1.63
830021--830119	21	4.8	20	75	10	92	22	33	21	23	1.97
830060--830119	20	2.9	19	75	17	66	23	31	21	23	1.98
831266--831305	16	2.3	18	83	12	57	32	20	22	25	1.98
831216--831356	61	2.3	62	76	6	142	33	19	21	26	1.97
832885--832924	19	2.1	19	95	0	71	40	17	2	40	1.63
832919--832949	12	2.7	12	95	5	55	58	29	0	12	1.35
842833--842884	20	2.6	20	96	0	95	28	9	11	50	1.70
843864--843994	56	2.3	55	77	5	145	30	18	25	25	1.98
844094--844452	47	7.8	47	92	2	561	38	6	19	34	1.78
847859--848016	64	2.5	64	77	8	160	31	18	24	25	1.98
848737--848782	23	2.0	23	87	4	67	19	23	26	30	1.98
848749--848797	23	2.1	23	85	7	64	20	30	20	28	1.98
849872--849946	30	2.5	30	91	0	105	17	21	44	17	1.87
850099--850199	49	2.0	50	98	1	195	24	1	15	57	1.49
850114--850194	22	3.1	27	64	18	73	24	2	16	56	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850767--850877	31	3.6	31	95	0	195	18	41	20	19	1.91
856078--856127	23	2.2	23	88	0	73	42	10	8	40	1.68
857881--857990	36	3.1	35	68	23	102	27	14	23	34	1.94
861691--861730	20	2.0	20	100	0	80	25	25	20	30	1.99
869774--869801	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
880581--880637	9	6.7	9	74	11	57	64	1	1	31	1.13
880583--880635	16	3.2	17	84	10	65	66	1	1	30	1.13
880581--880637	25	2.2	26	84	3	71	64	1	1	31	1.13
880589--880638	17	3.0	17	91	2	75	60	4	2	34	1.27
889254--889693	142	3.1	143	81	6	484	34	15	20	29	1.93
890166--891510	678	2.0	672	97	2	2520	36	15	17	30	1.91
891662--891806	78	1.9	77	88	4	220	34	21	10	33	1.87
893252--893309	29	2.0	29	96	0	107	29	22	31	17	1.96
893940--893989	15	3.5	15	78	13	61	36	0	4	60	1.16
899546--899580	9	3.9	9	92	7	54	80	5	0	14	0.89
899786--899888	36	2.9	35	85	4	125	33	18	10	37	1.85
899834--900172	103	3.3	102	77	11	349	33	17	9	39	1.82
900130--900230	35	2.9	35	81	10	134	34	17	11	35	1.87
900268--900326	31	1.9	31	93	3	102	32	13	11	42	1.81
900391--900575	64	2.9	65	76	13	195	29	9	16	44	1.79
900630--900721	28	3.4	25	76	16	78	23	9	15	51	1.73
900673--900725	26	2.1	26	82	10	65	26	7	13	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900761--900817	30	1.9	30	92	3	98	31	12	10	45	1.76
900706--900883	91	1.9	94	84	7	238	27	14	14	44	1.83
901102--901456	132	2.7	133	90	2	563	25	31	17	25	1.97
903036--903126	11	8.5	10	80	17	60	34	1	4	60	1.24
903070--903120	3	15.3	3	95	4	57	39	0	0	60	0.97
903037--903126	21	4.2	21	77	19	71	34	1	3	61	1.20
903769--903993	111	2.0	113	93	6	395	29	18	14	37	1.90
909691--909716	13	2.0	13	100	0	52	15	30	15	38	1.88
913502--913604	36	2.9	36	88	1	145	29	15	13	41	1.85
915788--915818	13	2.4	13	100	0	62	16	12	38	32	1.86
916303--916350	23	2.1	23	92	0	78	37	8	14	39	1.76
916973--917412	173	2.5	179	90	4	669	27	16	12	43	1.84
920208--921453	199	6.3	199	88	3	1759	27	13	14	43	1.84
920208--921458	397	3.2	396	87	5	1816	27	13	14	43	1.84
924333--925217	197	4.5	198	92	2	1420	27	15	15	41	1.87
925554--925602	19	2.6	19	90	3	73	57	10	2	30	1.43
926862--926893	13	2.5	13	100	0	64	25	28	21	25	1.99
927075--927111	17	2.2	17	90	0	56	8	35	0	56	1.29
927759--927815	24	2.5	21	76	17	60	49	7	1	42	1.40
928667--928707	20	2.0	20	100	0	82	51	19	4	24	1.66
928796--928834	18	2.2	18	86	9	53	41	7	5	46	1.55
929079--929127	19	2.6	20	87	12	77	38	18	0	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929542--930968	182	7.9	182	88	2	2093	27	14	13	44	1.83
932545--932595	23	2.3	22	83	9	68	50	0	1	47	1.12
933543--933582	18	2.2	18	86	4	53	32	0	2	65	1.06
933573--933609	16	2.5	14	87	12	56	56	2	0	40	1.13
936519--936627	56	1.9	56	92	0	182	34	11	23	30	1.90
936597--936650	26	2.0	26	82	7	63	38	11	25	24	1.88
936736--936844	56	1.9	56	92	0	182	34	11	23	30	1.90
936466--936897	217	2.0	215	99	0	846	34	12	25	28	1.92
936814--936867	26	2.0	26	82	7	63	38	11	25	24	1.88
937508--937534	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6