genome.fa.s9149.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009149.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112673_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1143513

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3775--3815	21	1.9	22	85	5	57	26	0	41	31	1.56
11271--11449	75	2.4	75	87	0	241	41	13	12	31	1.82
11424--11474	23	2.2	23	92	0	84	37	17	13	31	1.89
11424--11495	23	3.1	23	85	0	72	33	16	15	34	1.90
15412--15536	62	2.0	62	100	0	250	28	14	19	38	1.90
17423--17499	38	2.1	37	85	2	100	31	5	15	48	1.67
22472--22503	10	3.1	11	91	8	50	46	0	0	53	1.00
24043--24120	23	3.4	23	73	5	77	34	24	21	19	1.96
30961--31004	23	1.9	23	85	0	61	45	25	13	15	1.83
37868--37933	23	2.9	23	72	4	71	37	24	18	19	1.93
39779--39916	61	2.3	60	81	8	156	31	20	17	31	1.95
43158--43292	58	2.3	58	98	0	261	39	14	11	34	1.82
43672--43723	16	3.2	17	72	22	58	42	0	21	36	1.53
44928--45102	30	5.8	30	76	7	140	62	10	13	13	1.55
44965--45057	32	2.9	32	85	7	111	65	9	12	11	1.47
45053--45110	30	1.9	30	89	0	89	63	10	13	12	1.51
45807--45848	10	4.0	10	87	6	57	19	40	40	0	1.51
46554--46598	20	2.2	20	96	0	81	2	17	35	44	1.62
52241--52306	26	2.5	26	92	0	105	34	22	18	24	1.96
53998--54058	30	2.0	32	84	9	83	32	4	9	52	1.56
55233--55440	65	3.2	65	81	11	230	31	24	17	26	1.97
61080--61141	21	2.9	21	80	4	70	29	24	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63846--63952	45	2.4	45	87	7	146	30	18	18	31	1.95
68181--68238	15	3.7	15	78	19	57	62	0	3	34	1.12
68200--68238	17	2.4	16	87	8	53	64	0	0	35	0.94
69863--70301	44	10.3	44	76	10	405	48	5	20	25	1.72
88493--88528	16	2.2	16	90	0	54	41	19	13	25	1.88
96933--96964	16	2.0	16	100	0	64	43	6	0	50	1.27
101181--101229	21	2.2	21	78	7	53	42	12	8	36	1.72
109586--109636	27	1.9	26	88	4	75	29	25	17	27	1.98
113107--113155	26	1.9	25	87	4	71	48	8	12	30	1.69
124501--124540	2	19.5	2	89	5	62	45	0	2	52	1.14
126463--127220	378	2.0	374	87	5	1091	35	14	12	36	1.84
128461--128587	60	2.1	60	81	7	143	32	15	18	33	1.92
132598--132646	3	16.3	3	83	8	55	34	4	0	61	1.15
133199--133235	12	2.9	13	80	19	51	78	0	16	5	0.93
133200--133245	10	4.3	11	78	10	51	78	0	17	4	0.91
133199--133245	25	1.9	24	91	4	76	78	0	17	4	0.90
133186--133245	31	1.9	31	83	12	79	76	0	18	5	0.96
133210--133259	21	2.5	21	80	9	59	78	4	16	2	1.00
133409--134357	477	2.0	479	97	1	1812	26	10	20	42	1.85
134466--134567	8	12.2	8	73	14	55	41	2	2	52	1.31
134526--134564	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
136503--136545	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143921--143950	15	2.0	15	93	0	51	83	0	10	6	0.81
143922--143958	16	2.2	17	90	4	58	86	0	10	2	0.67
144571--144613	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
149848--149881	3	10.7	3	87	12	50	64	2	0	32	1.08
150022--150556	111	4.8	111	87	2	718	28	14	23	32	1.95
151781--151822	17	2.5	17	84	11	59	4	14	0	80	0.86
151782--151847	11	5.6	11	79	12	69	3	15	0	81	0.80
151807--151847	13	3.2	13	80	19	50	0	17	0	82	0.66
151795--151847	25	2.1	25	86	6	72	0	16	0	83	0.66
151790--151854	6	10.7	6	75	20	55	3	15	0	81	0.81
163394--163531	71	2.0	71	89	2	217	53	15	6	23	1.65
164877--164911	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
167653--167710	30	1.9	30	86	6	82	39	8	18	32	1.82
168896--168928	11	3.0	11	95	0	57	51	27	3	18	1.60
171186--171223	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
179007--179254	45	5.5	45	95	0	442	39	5	22	31	1.77
179029--179102	25	3.2	25	62	31	63	41	8	20	29	1.81
179708--179767	17	3.4	17	70	20	59	41	5	10	43	1.60
179694--179768	37	2.0	37	100	0	150	40	5	10	44	1.62
179694--179750	20	3.0	20	71	19	59	40	5	10	43	1.62
180386--180511	51	2.5	51	84	1	164	19	16	11	52	1.74
180500--180542	23	1.9	23	85	4	61	16	9	11	62	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184077--184137	3	21.0	3	93	6	108	32	0	0	67	0.91
184077--184135	26	2.3	26	96	0	109	32	0	0	67	0.91
186335--186420	43	2.0	43	95	0	154	27	2	13	55	1.51
186353--186434	15	5.4	15	70	16	53	29	1	12	57	1.43
189875--189900	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
193237--193273	17	2.2	17	90	4	58	32	21	29	16	1.95
197520--197632	36	3.1	36	83	2	145	28	20	14	37	1.91
197566--197623	21	3.0	20	67	27	54	29	20	13	36	1.91
197826--197916	36	2.5	35	82	5	112	23	18	15	42	1.88
197745--197875	66	2.0	67	92	1	219	25	19	14	40	1.89
197833--197893	21	3.2	20	67	26	51	21	18	16	44	1.87
197940--198278	134	2.5	133	85	4	441	29	31	14	24	1.95
198591--198635	22	2.0	22	91	0	72	40	35	17	6	1.76
200679--200712	17	1.9	18	94	5	61	38	11	2	47	1.55
200805--200896	25	3.8	24	87	9	107	41	3	1	54	1.24
206817--206842	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
206936--206984	18	2.6	19	80	6	55	44	16	6	32	1.72
207467--207707	131	1.8	133	88	2	369	47	14	15	21	1.82
208627--209183	139	4.0	139	82	4	658	25	17	27	29	1.98
208628--209186	278	2.0	277	86	3	766	25	17	27	29	1.97
209254--209374	33	3.4	37	80	10	162	37	14	22	25	1.93
209190--209478	37	8.4	36	67	17	173	38	14	19	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209190--209441	66	3.7	67	78	8	287	38	13	18	28	1.89
209190--209478	136	2.1	138	91	2	474	38	14	19	28	1.90
209425--209681	104	2.5	101	78	6	282	36	12	17	34	1.86
209510--209834	100	3.2	99	78	12	304	39	10	14	35	1.80
211741--211784	22	2.0	22	86	4	61	63	2	6	27	1.31
212947--213298	66	5.3	66	87	2	474	31	16	15	36	1.90
215123--215187	17	3.9	17	72	18	57	0	20	4	75	0.98
215137--215180	12	3.7	12	84	6	54	0	15	6	77	0.97
215129--215194	24	2.7	23	76	17	62	0	18	6	75	1.00
215185--215231	8	6.2	8	76	14	55	2	10	10	76	1.10
215178--215251	15	5.0	15	81	1	78	2	16	9	71	1.23
215178--215251	30	2.5	29	86	2	103	2	16	9	71	1.23
215185--215251	7	9.1	7	75	15	64	2	14	10	71	1.25
219571--219721	41	3.5	41	79	7	151	30	19	23	25	1.98
219571--219734	44	3.8	44	74	6	142	29	19	23	26	1.98
226111--226153	16	2.7	16	88	0	68	27	6	37	27	1.83
226139--226351	108	2.0	109	83	2	268	43	15	16	24	1.87
226336--226364	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
226495--226570	29	2.6	29	87	4	100	48	2	17	31	1.60
235929--235979	14	3.6	14	76	10	50	27	21	23	27	1.99
238510--238543	15	2.3	15	89	0	50	26	11	14	47	1.79
248572--248628	30	1.9	30	100	0	114	29	24	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249397--249427	14	2.2	14	100	0	62	45	12	9	32	1.75
251056--251088	17	1.9	17	93	0	57	18	9	15	57	1.63
251961--251995	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
262836--262873	17	2.3	17	86	4	51	78	5	15	0	0.91
263478--263504	14	1.9	14	100	0	54	37	22	18	22	1.95
263989--264185	106	1.9	106	81	2	243	34	26	17	21	1.95
265303--265390	20	4.3	20	71	17	65	22	6	2	68	1.25
265383--265429	18	2.5	19	82	6	60	19	6	2	72	1.17
265591--265659	5	14.0	5	73	14	63	13	4	1	81	0.91
265593--265660	9	7.6	9	77	11	68	11	4	1	82	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6