genome.fa.s9149.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009149.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112673_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1143513

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767680--767712	5	6.4	5	96	3	57	3	21	0	75	0.93
772021--772092	2	36.5	2	83	2	74	41	1	4	52	1.29
773171--773238	2	36.5	2	73	14	56	42	2	0	54	1.15
779180--779216	14	2.6	14	100	0	74	13	37	27	21	1.91
781966--782056	22	3.6	26	72	18	84	68	0	19	12	1.21
795976--796032	23	2.5	23	80	2	71	24	26	26	22	2.00
796722--796771	19	2.6	19	87	0	82	20	28	20	32	1.97
798203--798259	6	9.8	6	81	11	66	85	1	12	0	0.66
798199--798264	15	4.7	15	74	24	72	83	1	13	1	0.79
799255--799358	43	2.4	43	95	0	190	38	25	19	17	1.93
800283--800322	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
800322--800356	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
801481--801508	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
801521--801559	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
801729--801753	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
801840--801886	15	3.0	15	77	19	51	17	2	2	78	0.94
801848--801906	18	3.2	17	79	13	55	15	5	3	76	1.10
801842--801907	27	2.6	26	84	13	84	15	4	3	77	1.06
802775--802847	37	2.0	37	94	2	130	26	10	19	43	1.83
803013--803057	22	2.0	22	83	8	56	40	4	4	51	1.42
803491--803561	31	2.3	31	87	4	99	28	25	14	32	1.94
803503--803568	31	2.1	31	91	0	105	25	30	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805545--805609	31	2.1	30	91	2	103	35	13	29	21	1.92
813832--813913	40	2.0	40	83	4	103	25	28	21	24	1.99
814801--814860	31	2.0	31	83	3	77	35	21	6	36	1.80
821032--821082	25	2.0	25	85	7	68	29	33	29	7	1.85
823330--823373	19	2.3	19	100	0	88	36	22	4	36	1.75
830650--830688	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
832609--832724	57	2.0	57	96	0	214	35	21	23	19	1.96
840064--840136	33	2.2	34	95	2	130	38	0	0	61	0.96
841264--841306	21	2.0	21	90	0	68	25	37	9	27	1.87
842420--842451	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
842436--842554	59	2.0	59	100	0	238	32	5	13	48	1.64
842708--842738	11	2.8	11	95	0	53	54	12	9	22	1.67
844022--844067	3	15.0	3	82	13	58	34	0	0	65	0.93
844022--844067	19	2.5	18	89	6	74	34	0	0	65	0.93
851325--851421	36	2.7	36	90	1	140	27	21	12	38	1.89
851689--851803	36	3.4	36	72	20	129	22	22	14	40	1.91
851717--851835	30	3.8	30	71	18	98	25	22	14	37	1.92
851663--851833	65	2.6	65	93	2	281	23	23	13	39	1.90
851889--852093	43	4.7	44	69	17	124	27	33	16	22	1.96
851867--852332	131	3.5	130	82	3	529	25	31	17	24	1.97
851881--852359	265	1.8	262	82	3	611	25	31	17	25	1.97
852509--852547	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857661--857694	17	2.0	17	94	0	59	41	8	0	50	1.34
858101--858240	26	5.3	26	71	12	81	35	12	13	38	1.82
858116--858246	26	4.9	26	71	16	106	37	12	13	36	1.83
858037--858261	81	2.8	81	92	0	371	40	8	14	35	1.77
858182--858356	95	1.8	95	91	1	287	38	9	14	37	1.78
861163--861210	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
868104--868166	19	3.2	20	84	4	74	15	20	12	50	1.77
868122--868175	21	2.6	21	85	2	65	16	20	14	48	1.81
882928--883104	54	3.3	53	84	3	228	28	9	21	40	1.85
884535--885311	203	3.9	201	86	4	1014	33	19	19	26	1.96
884958--885021	17	3.3	19	71	20	60	40	12	23	23	1.88
884535--885345	403	2.0	402	85	4	1080	33	19	19	27	1.96
885238--885461	42	5.5	40	82	4	207	27	24	20	27	1.99
885692--885728	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
888018--888306	139	2.1	140	80	10	335	30	14	12	42	1.82
890760--890788	14	2.1	14	100	0	58	34	6	6	51	1.55
897967--898025	28	2.1	28	100	0	118	25	20	13	40	1.89
899597--899634	20	1.9	20	89	10	60	18	7	2	71	1.23
899579--899641	28	2.2	29	81	13	69	17	4	6	71	1.25
900070--900109	21	1.9	21	85	10	55	37	0	5	57	1.21
901139--901346	65	3.2	65	79	9	203	28	16	22	32	1.96
904005--904087	23	3.7	23	75	16	75	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904010--904106	23	4.4	21	75	15	74	25	20	25	27	1.99
909923--910116	65	3.0	62	76	13	187	28	16	23	31	1.96
909923--910075	65	2.4	65	84	7	188	30	15	22	31	1.95
911747--911796	2	25.5	2	95	4	93	48	0	0	52	1.00
911780--911871	40	2.3	41	81	11	109	40	3	11	44	1.58
911778--912235	38	12.6	36	74	18	149	42	3	7	46	1.49
911782--912174	37	10.7	36	78	12	322	43	3	7	45	1.50
911810--912175	74	5.0	74	83	8	417	43	3	7	45	1.49
912153--912236	32	2.5	33	84	9	109	41	1	8	48	1.41
913506--913545	3	13.7	3	94	5	73	30	0	0	70	0.88
913694--913744	26	2.0	26	84	7	68	19	3	1	74	1.07
913732--913756	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
913766--913799	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
916729--916762	18	2.0	16	88	11	50	52	2	0	44	1.16
922410--922481	23	3.1	23	72	18	76	22	26	22	29	1.99
922410--922484	24	3.2	24	71	16	75	22	25	21	30	1.99
929347--929398	24	2.2	24	86	13	72	23	23	23	30	1.99
930008--930065	21	2.8	20	82	7	62	27	18	22	31	1.97
930950--930991	16	2.6	17	77	11	52	57	0	0	42	0.99
935718--935791	23	3.2	23	74	0	67	32	20	24	22	1.98
936400--936454	15	3.7	15	97	0	101	32	29	14	23	1.94
939379--939422	18	2.4	18	88	0	61	15	6	36	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945824--945867	18	2.4	18	88	0	61	15	6	36	40	1.74
947815--947867	25	2.2	25	83	6	65	50	7	13	28	1.68
954187--954229	20	2.0	20	82	8	50	30	4	4	60	1.37
959337--959368	15	2.1	15	100	0	64	31	25	12	31	1.92
965248--965373	46	2.7	46	97	0	234	30	17	20	30	1.96
968063--968141	23	3.5	22	77	6	79	30	20	20	29	1.97
974618--974742	46	2.8	45	89	3	189	29	21	8	40	1.82
977585--977671	18	4.8	18	98	0	165	22	20	32	24	1.98
977476--977617	65	2.2	65	90	6	218	28	17	23	30	1.97
986590--986637	16	2.9	16	90	3	69	35	0	2	62	1.07
988376--988438	33	1.9	33	90	0	99	22	42	12	22	1.87
988856--988924	25	2.8	25	82	6	70	20	2	11	65	1.38
988877--988925	12	4.0	12	81	5	62	18	4	14	63	1.46
991907--991996	45	1.9	45	82	6	108	25	24	24	25	2.00
1003778--1004285	75	6.8	75	91	1	777	40	12	17	29	1.86
1003769--1004285	224	2.3	226	91	1	817	40	12	17	29	1.87
1010488--1010648	64	2.5	64	81	10	177	34	18	21	26	1.95
1010524--1010648	64	1.9	65	87	6	182	36	16	20	26	1.93
1012046--1012348	149	2.0	149	98	0	579	28	15	20	35	1.93
1015710--1015870	64	2.5	65	86	7	204	33	18	21	26	1.96
1017268--1017571	149	2.0	149	97	0	572	29	15	20	34	1.93
1019118--1019144	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1020020--1020066	18	2.6	18	82	0	67	4	4	40	51	1.41
1021032--1021166	60	2.2	60	80	7	159	34	19	14	31	1.92
1022090--1022132	16	2.7	15	75	10	50	39	6	0	53	1.28
1028987--1029016	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
1035697--1035762	3	22.7	3	78	6	73	34	1	3	60	1.21
1035702--1035762	26	2.3	26	100	0	122	34	0	3	62	1.12
1037304--1037328	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
1038996--1039059	23	2.8	23	87	0	92	25	26	29	18	1.98
1039075--1039292	103	2.1	103	93	0	373	37	22	13	27	1.91
1040044--1040263	64	3.5	62	82	9	239	27	19	19	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6