genome.fa.s9234.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009234.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112856_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  912649

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4845--4875	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
4864--4926	21	3.0	21	95	4	119	9	25	46	19	1.80
4864--4923	20	3.0	20	97	2	111	10	25	46	18	1.79
4923--5020	9	10.3	9	79	8	88	28	27	27	16	1.97
4929--5021	19	4.8	19	78	15	86	29	27	25	17	1.97
4947--5021	29	2.5	31	89	8	120	29	26	26	17	1.97
6576--6605	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18056--18103	17	2.7	18	74	6	53	29	20	16	33	1.95
18069--18110	17	2.6	17	88	7	61	30	19	14	35	1.91
28231--28270	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
33439--33518	35	2.3	35	93	0	133	43	25	0	31	1.55
33452--33534	35	2.4	35	87	0	121	43	31	1	24	1.62
34126--34166	19	2.1	20	86	13	59	31	2	12	53	1.51
34933--34964	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
35096--35833	255	2.9	255	92	1	1166	33	13	17	36	1.88
35838--35888	23	2.2	23	85	0	66	29	13	21	35	1.92
37157--37535	182	2.1	183	86	0	535	32	16	12	37	1.87
39537--39603	2	33.5	2	100	0	134	0	50	0	49	1.00
39707--39732	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
41432--41723	142	2.1	142	99	0	575	31	8	17	42	1.79
41829--41881	13	4.2	13	77	20	51	5	9	24	60	1.49
41837--41877	10	3.8	10	82	17	55	7	9	21	60	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41829--41894	23	2.8	23	86	6	89	6	10	24	59	1.53
46260--46306	17	2.7	18	74	9	53	55	4	0	40	1.19
46560--46589	9	3.3	9	100	0	60	10	0	0	90	0.47
47867--47919	20	2.7	20	85	5	63	32	37	15	15	1.88
55376--55483	35	3.1	33	85	9	144	41	23	0	34	1.61
55518--55583	30	2.2	30	81	8	71	43	4	4	46	1.44
56279--56390	35	3.2	34	87	5	145	36	0	20	41	1.59
57550--57581	3	10.3	3	93	6	55	0	34	0	65	0.93
63434--63472	18	2.1	19	85	4	53	66	5	7	20	1.36
64667--64699	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
69757--69817	24	2.5	25	89	5	90	36	19	19	24	1.95
76319--76356	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
79915--79958	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
81699--81784	45	1.9	45	85	0	118	43	6	10	39	1.66
87400--87519	41	2.9	41	87	0	159	30	16	16	35	1.92
89805--89853	25	1.9	26	83	4	64	59	6	0	34	1.22
93074--93114	21	2.0	21	95	0	73	41	0	17	41	1.49
97932--98031	49	2.0	49	100	0	200	30	13	14	43	1.82
100361--100566	99	2.1	99	81	1	234	31	27	16	24	1.97
105020--105472	55	8.2	54	76	11	368	29	22	17	31	1.97
105051--105470	110	3.8	109	78	8	433	28	22	17	31	1.96
105464--105966	54	9.3	54	96	0	909	18	27	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105966--106045	37	2.2	37	86	4	108	21	20	15	43	1.87
106341--106464	37	3.4	37	84	2	142	25	17	23	33	1.96
107617--107849	125	1.9	125	86	3	335	24	27	15	33	1.95
109634--109659	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
116620--116658	20	2.0	20	89	0	60	20	12	35	30	1.90
118565--118628	20	3.2	20	71	8	67	31	3	9	56	1.47
118539--118631	40	2.3	40	83	10	127	32	2	9	55	1.44
136517--136542	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
144161--144216	24	2.4	22	75	13	58	53	21	16	8	1.69
148534--148610	32	2.4	32	84	0	91	29	27	27	15	1.96
148549--148612	32	2.0	32	90	0	101	26	26	31	15	1.96
151013--151060	16	2.8	17	84	6	62	35	6	27	31	1.82
152376--153051	323	2.1	318	84	5	858	31	14	18	35	1.91
152779--153493	330	2.1	335	80	7	761	30	13	16	39	1.88
161305--161361	20	2.8	21	82	12	66	17	26	28	28	1.98
161317--161367	10	5.3	9	81	11	57	15	29	29	25	1.96
161377--161414	17	2.2	17	100	0	76	18	47	23	10	1.79
168591--168650	10	6.3	9	77	9	57	15	28	28	28	1.96
168647--168718	5	13.8	5	78	16	67	19	52	22	5	1.66
168658--168725	22	3.0	22	97	2	127	17	51	22	8	1.72
170636--170710	34	2.2	35	95	2	134	37	0	0	62	0.95
178461--178505	20	2.2	21	84	11	58	6	15	2	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192552--192602	7	7.4	7	75	4	50	21	0	31	47	1.51
192552--192602	14	3.7	14	87	7	70	21	0	31	47	1.51
192820--192851	16	2.0	16	100	0	64	50	12	6	31	1.65
193104--193129	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
195414--195509	22	4.5	22	69	17	60	57	2	3	37	1.26
199759--199798	21	1.9	21	84	0	53	12	20	2	65	1.38
201752--201787	18	2.0	18	100	0	72	27	22	5	44	1.75
204902--204950	20	2.4	21	89	6	82	38	8	22	30	1.83
209023--209051	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
212536--212592	10	5.4	10	73	19	53	40	0	0	59	0.97
212530--212614	34	2.5	34	94	3	145	41	0	1	57	1.06
212526--212593	8	7.6	9	72	22	54	41	0	0	58	0.98
212530--212612	16	4.8	18	73	14	77	42	0	1	56	1.07
212613--212637	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
218310--218359	3	16.3	3	95	4	91	66	0	0	34	0.92
220882--220945	2	32.5	2	96	3	121	50	0	0	50	1.00
229285--229333	25	1.9	26	84	12	66	46	16	6	30	1.71
230099--230145	21	2.2	21	96	0	85	34	8	29	27	1.87
231688--231729	19	2.2	19	86	4	57	57	0	7	35	1.26
232952--232981	15	2.0	15	93	0	51	23	16	26	33	1.96
239743--239806	18	3.3	18	68	19	56	48	4	0	46	1.23
239752--239811	14	4.4	14	72	19	63	50	5	0	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239740--239823	41	2.0	41	90	4	114	50	3	1	45	1.27
240220--240262	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
240482--240509	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
255431--255516	3	28.7	3	100	0	172	32	33	0	33	1.58
259293--259345	23	2.3	23	84	12	74	28	9	11	50	1.69
270501--270552	18	2.8	19	85	5	63	46	1	0	51	1.12
276030--276074	11	4.1	11	94	5	74	64	0	0	35	0.94
277330--277392	3	20.3	3	78	12	65	65	1	1	31	1.12
277323--277392	13	5.5	13	76	11	74	65	1	2	30	1.15
277403--277541	38	3.6	38	74	7	120	47	3	1	47	1.28
277541--277565	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
277524--277726	38	5.1	37	75	19	155	43	7	4	43	1.53
277605--277707	47	2.2	46	88	8	147	41	6	3	47	1.48
277567--277796	86	2.6	85	77	15	209	44	8	3	43	1.51
278454--279207	84	9.2	81	78	8	758	24	20	25	30	1.99
278391--279207	165	5.0	164	85	4	1054	24	20	24	30	1.99
282607--282651	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
283270--283302	17	1.9	17	93	0	57	72	9	12	6	1.26
284251--284284	6	5.5	6	96	3	59	55	0	0	44	0.99
284439--284483	11	4.1	11	88	5	65	66	0	0	33	0.92
284418--284484	4	17.0	4	70	14	50	70	1	1	26	1.05
284441--284484	22	2.0	22	91	8	72	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285739--285804	3	21.3	3	79	11	71	66	1	1	30	1.10
285732--285802	13	5.6	13	81	6	92	67	1	2	28	1.13
285732--285828	37	2.6	36	82	7	99	63	1	3	31	1.16
285740--285853	7	16.7	7	69	17	53	61	1	1	35	1.17
285872--285965	39	2.4	38	83	3	116	50	2	1	46	1.20
285921--285950	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
285965--285989	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
285959--286073	36	3.2	35	82	15	121	43	8	4	43	1.55
286061--286113	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
286102--286173	37	2.0	35	86	8	99	41	6	5	45	1.54

Tables:   1   2   3   4   5