genome.fa.s9234.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009234.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112856_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  912649

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662916--663005	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
662899--663013	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
664613--664986	92	4.1	93	94	4	665	21	12	17	47	1.81
665065--665156	33	2.9	31	85	9	114	46	28	17	7	1.75
665030--665129	19	5.5	19	77	13	102	45	29	17	9	1.78
665152--665268	19	6.7	19	75	18	119	10	20	23	46	1.81
665174--665230	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
665157--665249	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
665221--665286	19	3.4	19	83	6	71	10	16	28	43	1.81
665253--665292	20	2.0	20	85	0	53	20	12	30	37	1.89
667098--667133	13	2.6	14	91	4	56	33	0	22	44	1.53
667241--667322	19	4.6	18	78	18	100	42	18	24	14	1.87
667329--667624	33	8.5	35	82	15	223	14	21	17	46	1.84
667351--667624	19	15.4	19	81	15	338	13	21	17	46	1.83
667329--667596	52	5.0	52	92	6	439	14	22	16	46	1.83
667422--667624	86	2.3	85	86	8	248	13	21	18	46	1.83
669897--669921	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
670096--670140	23	2.0	23	86	8	65	35	22	15	26	1.94
670818--671207	20	19.5	20	84	5	457	20	18	25	35	1.95
672577--672647	3	24.0	3	97	2	135	0	66	0	33	0.92
674096--674228	59	2.2	59	83	9	155	35	15	15	33	1.89
675661--675726	32	2.2	29	89	8	96	37	7	15	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
684032--684115	32	2.7	31	82	15	111	22	15	7	54	1.65
684032--684116	31	2.7	32	86	13	115	22	16	7	54	1.66
685776--685893	58	2.0	58	81	3	139	22	13	17	45	1.84
685494--686172	334	2.0	334	89	2	1038	25	16	15	42	1.87
687855--687904	19	2.6	19	83	0	73	22	4	8	66	1.35
688690--688751	31	2.0	31	96	0	115	22	14	38	24	1.91
689230--689323	37	2.4	37	75	7	89	51	4	8	36	1.52
699373--699440	31	2.2	31	84	5	84	27	23	8	39	1.84
700033--700057	9	2.8	9	100	0	50	68	20	0	12	1.21
703114--703143	6	5.0	6	100	0	60	16	16	0	66	1.25
706287--706312	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
709116--709176	31	1.9	31	83	9	79	40	11	8	39	1.71
710735--710764	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
711253--711282	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
711513--711538	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
711784--711894	35	3.2	34	81	12	118	46	18	0	34	1.55
712953--713063	35	3.2	35	83	5	143	35	0	18	45	1.56
713591--713646	27	1.9	30	86	13	82	32	7	5	55	1.50
713860--713921	16	4.2	16	76	17	71	46	1	0	51	1.10
715705--715764	23	2.5	23	81	5	66	51	13	16	18	1.76
724673--725176	174	2.9	173	87	2	713	23	16	19	39	1.91
725352--725401	18	2.8	18	76	14	59	46	6	0	48	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725372--725458	28	3.1	28	67	20	72	49	4	2	43	1.35
726435--726682	130	1.9	130	92	0	415	35	14	12	37	1.85
726449--726713	130	2.0	129	81	4	300	38	12	13	35	1.83
727010--727072	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
727148--727181	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
727304--727346	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
727315--727400	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
729191--729254	29	2.2	30	81	13	80	28	6	15	50	1.68
729206--729264	29	2.0	29	87	6	84	30	5	13	50	1.63
730081--730883	102	7.9	102	86	3	1017	17	28	26	27	1.97
730081--730887	306	2.6	306	90	1	1233	17	28	26	27	1.98
735035--735118	29	2.9	29	71	3	71	48	0	2	48	1.14
735035--735077	14	3.0	14	80	6	50	58	0	0	41	0.98
744233--744352	22	5.6	22	83	6	131	30	25	11	32	1.91
744173--744352	64	2.9	62	83	3	202	31	25	12	30	1.93
744810--744887	22	3.7	22	89	5	117	28	29	12	29	1.93
748910--748956	20	2.3	20	92	0	76	31	23	12	31	1.92
748940--749132	70	2.6	70	82	6	215	32	20	13	33	1.92
749117--749146	14	2.1	14	93	0	51	33	26	10	30	1.89
749232--749405	71	2.5	71	86	7	236	26	13	24	35	1.92
752223--752281	31	1.9	31	93	6	102	37	22	11	28	1.89
761895--761920	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763304--763359	22	2.5	22	97	0	103	35	17	17	28	1.93
767328--767576	43	5.9	42	78	10	206	50	6	18	24	1.70
767502--767569	21	3.2	21	68	12	59	55	1	16	26	1.49
767327--767603	84	3.3	81	76	10	236	50	7	18	23	1.72
767768--767927	60	2.7	61	84	2	198	38	12	15	33	1.85
768531--768615	32	2.7	32	79	1	82	25	27	29	17	1.98
769458--769529	20	3.6	20	68	7	56	23	25	23	27	2.00
773633--773754	31	3.9	31	78	8	111	26	30	26	17	1.97
773633--773753	32	3.8	31	78	8	100	26	30	25	17	1.97
775695--775719	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
790266--790303	20	1.9	20	88	0	58	57	18	13	10	1.63
795078--795208	31	4.1	31	78	8	129	27	26	28	17	1.98
796137--796163	10	2.7	10	100	0	54	7	29	51	11	1.64
797185--797236	2	26.0	2	79	14	54	42	1	3	51	1.31
801069--801113	17	2.7	16	86	6	63	55	0	2	42	1.12
801067--801124	20	2.9	21	84	5	66	55	0	1	43	1.10
801749--802039	105	2.7	106	83	6	336	24	19	16	39	1.91
801973--802028	16	3.3	16	68	22	51	19	23	8	48	1.77
801965--802402	225	2.0	223	90	4	704	25	21	16	35	1.95
803273--803335	20	3.2	19	71	8	54	6	17	0	76	0.99
803293--803354	14	5.1	11	75	24	54	4	12	1	80	0.94
803297--803322	10	2.6	10	100	0	52	0	11	0	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803271--803351	15	5.8	14	72	20	62	6	16	1	76	1.05
803271--803354	40	2.1	40	84	4	107	5	15	1	77	1.02
817095--817142	3	15.7	3	81	12	53	58	0	2	39	1.10
817097--817142	17	2.7	17	86	6	58	58	0	2	39	1.10
817095--817154	20	3.1	19	87	4	75	55	0	1	43	1.10
817098--817142	14	3.4	14	74	20	51	57	0	2	40	1.11
817095--817151	23	2.5	23	82	5	62	56	0	1	42	1.10
817407--817898	182	2.7	182	95	0	860	26	16	14	42	1.87
835459--836057	301	2.0	301	93	1	1013	32	16	16	34	1.92
843875--843922	21	2.3	21	96	0	87	39	20	10	29	1.86
856427--856465	19	2.1	19	85	0	51	53	10	10	25	1.66
858487--858536	20	2.5	20	87	3	66	36	18	18	28	1.94
860339--860488	44	3.4	44	90	3	248	16	12	26	44	1.83
862466--863306	327	2.6	328	98	0	1605	29	10	18	41	1.83
867381--867493	10	11.8	9	70	12	64	16	25	28	29	1.97
867382--867486	29	3.6	28	83	6	111	16	25	27	30	1.96
867381--867497	19	6.1	19	80	10	112	17	25	28	29	1.97
867382--867499	9	12.3	9	75	12	92	16	27	27	28	1.97
867496--867551	5	10.4	5	78	14	58	19	50	23	7	1.72
867496--867560	22	3.0	22	97	0	121	20	47	23	9	1.78
868479--868566	32	2.8	31	75	5	79	19	28	28	23	1.98
874782--874879	19	5.2	18	81	12	99	14	26	30	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874765--874866	29	3.5	29	82	9	118	14	24	29	31	1.95
874781--874877	38	2.5	39	83	8	110	15	24	30	28	1.96
874876--874928	22	2.4	22	87	6	81	18	45	22	13	1.84
874874--874945	27	2.7	27	77	16	85	18	44	22	15	1.86
874893--874938	10	4.4	10	78	10	56	19	47	21	10	1.80
874934--874958	7	3.6	7	100	0	50	16	28	28	28	1.97
875826--875949	63	2.0	63	82	6	153	16	28	29	25	1.97
879390--879414	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
884916--884957	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
884916--884957	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90

Tables:   1   2   3   4   5