genome.fa.s9238.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009238.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112864_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1094141

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3458--3495	7	5.4	7	96	0	67	26	26	28	18	1.98
3492--3576	5	15.8	5	79	13	89	7	22	51	18	1.70
3497--3576	22	3.6	22	100	0	160	7	22	51	18	1.71
3485--3559	22	3.0	27	81	18	115	8	22	50	18	1.73
3573--3671	9	10.3	9	77	10	81	29	27	26	17	1.97
3598--3672	29	2.5	31	89	8	120	29	26	26	17	1.97
3579--3671	19	4.8	19	76	17	75	30	27	25	16	1.96
6116--6145	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
10136--10341	104	2.0	104	100	0	412	41	14	9	34	1.78
12329--12553	111	2.0	112	93	4	384	40	12	16	32	1.84
12562--12698	31	4.4	31	97	0	256	19	12	30	37	1.89
12538--12698	62	2.5	62	91	6	250	19	12	32	36	1.89
12843--12878	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
18973--19022	20	2.5	20	96	0	91	36	12	20	32	1.89
25220--25267	22	2.2	21	78	10	51	22	6	0	70	1.09
25339--25408	31	2.3	31	94	0	122	37	21	11	30	1.89
26764--26878	58	2.0	58	83	11	146	31	16	3	48	1.63
26777--26930	58	2.6	58	78	8	150	31	18	5	44	1.72
35364--35448	42	2.0	42	88	0	125	24	27	11	36	1.90
35798--35915	58	2.0	58	90	0	182	43	17	9	29	1.81
37907--37975	32	2.1	32	84	7	86	46	0	2	50	1.16
38801--38836	7	5.1	7	89	0	54	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38801--38848	21	2.3	21	85	3	71	54	0	0	45	0.99
45410--45470	30	2.0	30	96	0	113	32	8	9	49	1.66
52682--52729	17	2.7	18	90	9	73	45	0	0	54	0.99
54019--54050	14	2.3	14	94	0	55	15	43	21	18	1.87
54314--54360	16	3.1	15	79	8	51	25	2	4	68	1.19
57911--57967	16	3.5	16	76	9	53	57	5	0	36	1.21
58002--58047	20	2.3	20	80	0	56	32	0	43	23	1.54
58018--58046	10	2.9	10	100	0	58	31	0	48	20	1.50
63594--63636	19	2.2	20	87	8	61	46	0	6	46	1.30
64616--64654	20	2.0	19	85	5	51	53	5	5	35	1.45
66272--66315	15	2.8	16	83	13	56	47	2	0	50	1.13
66272--66316	16	2.9	15	83	9	56	46	2	0	51	1.13
66325--66349	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
77974--78048	21	3.6	21	98	0	141	42	9	16	32	1.79
78508--78605	20	4.7	20	94	5	160	30	20	23	25	1.98
96517--96558	16	2.4	17	84	15	59	45	16	0	38	1.48
96525--96558	16	2.1	17	94	5	61	41	17	0	41	1.50
101871--101908	14	2.7	14	84	11	51	21	10	28	39	1.86
105343--105408	21	3.5	20	66	28	54	31	4	19	43	1.71
105342--105446	35	3.0	35	92	2	176	30	5	18	45	1.72
110587--110652	21	3.5	20	66	28	54	31	4	19	43	1.71
110586--110690	35	3.0	35	92	2	176	30	5	18	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115972--116037	27	2.4	27	100	0	132	27	18	18	36	1.94
116844--116879	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
162402--162440	16	2.4	16	87	8	53	33	7	23	35	1.83
162477--162533	23	2.5	23	85	0	78	42	7	17	33	1.76
162445--162611	87	1.9	86	86	1	235	42	9	14	32	1.79
166216--167200	201	4.9	201	80	5	1143	31	14	16	37	1.88
166239--167223	405	2.4	404	90	2	1495	31	14	16	37	1.88
169836--169871	15	2.4	15	100	0	72	33	0	50	16	1.46
170356--171102	198	3.7	198	93	1	1248	31	15	17	35	1.91
172611--172646	17	2.1	17	100	0	72	30	11	8	50	1.67
172947--172985	18	2.2	18	100	0	78	5	38	0	56	1.22
173649--173703	24	2.4	24	77	17	64	50	9	0	40	1.34
174768--174805	18	2.1	18	95	0	67	7	34	15	42	1.76
174776--174814	18	2.2	18	90	0	60	12	25	17	43	1.85
175186--175504	157	2.0	160	98	1	617	42	23	10	24	1.85
175749--175795	20	2.3	20	75	7	51	17	21	10	51	1.75
175905--176224	142	2.3	136	89	4	464	25	20	14	40	1.90
177717--177790	19	3.7	19	75	16	62	54	0	4	41	1.19
194255--194412	56	2.8	56	91	0	235	31	13	13	41	1.84
201207--201241	17	2.1	17	94	0	61	37	8	5	48	1.58
204772--204815	20	2.3	19	84	11	54	38	0	0	61	0.96
206154--206194	21	2.0	21	90	0	64	29	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208170--208547	190	2.0	185	96	3	686	27	12	18	41	1.87
208500--208601	51	2.0	50	98	1	195	36	11	12	39	1.80
220548--220801	30	8.5	30	79	8	241	56	11	14	16	1.67
220545--220755	89	2.4	89	80	7	232	56	11	14	17	1.66
231463--231509	19	2.5	19	92	0	76	34	6	31	27	1.82
234167--234238	4	18.0	4	94	0	81	40	0	9	50	1.36
235998--236049	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
237520--237552	16	2.0	17	94	5	59	36	15	18	30	1.91
238530--238934	201	2.0	203	98	1	787	38	15	10	36	1.81
244158--244188	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
252235--252259	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
252255--252336	3	27.7	3	92	2	139	63	0	2	34	1.08
252652--253081	112	3.9	113	92	3	689	30	19	13	36	1.91
252652--253081	225	1.9	220	90	5	677	30	19	13	36	1.91
253821--254380	84	6.7	84	96	0	1003	35	21	13	29	1.92
255510--255581	8	8.8	8	78	14	58	5	11	0	83	0.80
255514--255582	10	6.9	10	83	9	61	5	11	0	82	0.83
255509--255578	22	3.3	21	75	16	65	5	11	0	82	0.82
262863--262987	62	2.0	63	98	1	243	16	25	12	46	1.81
267517--267548	11	2.8	11	95	4	55	43	0	0	56	0.99
267544--267623	3	26.7	3	92	0	133	62	0	3	33	1.13
268465--268623	64	2.5	63	85	5	221	27	17	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270859--271081	64	3.5	63	83	4	229	31	21	21	26	1.98
271382--271417	12	3.0	12	87	0	54	36	5	22	36	1.78
271561--271607	15	3.1	15	96	0	85	14	17	31	36	1.90
277809--277985	64	2.8	64	84	3	205	32	22	20	25	1.98
278287--278330	22	2.0	22	86	0	61	38	4	22	34	1.75
278461--278507	15	3.1	15	100	0	94	14	19	31	34	1.92
285926--285977	19	2.7	19	93	0	86	23	15	28	32	1.95
286290--286401	34	3.3	34	100	0	224	51	9	21	16	1.73
289091--289140	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
289608--289666	21	2.7	21	79	7	64	52	1	0	45	1.10
289626--289666	21	1.9	22	90	5	66	53	2	0	43	1.13
290296--290368	20	3.7	20	88	0	110	27	26	19	27	1.99
290484--290536	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
290565--290660	20	4.8	20	78	7	95	33	25	17	23	1.96
290847--290890	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
291154--291212	20	3.0	20	87	0	73	15	18	22	44	1.87
292532--292579	18	2.7	18	83	0	69	29	41	12	16	1.85
293114--293180	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
293169--293227	14	3.9	14	78	20	64	49	22	16	11	1.78
293153--293244	33	2.8	33	94	0	157	47	19	18	14	1.82
293153--293249	19	5.6	19	72	22	97	46	19	19	14	1.84
293261--293318	14	3.8	14	75	20	62	10	17	24	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293245--293335	33	2.8	33	91	0	146	10	17	25	46	1.81
293277--293335	19	3.4	19	71	22	65	13	18	22	45	1.84
293320--293374	20	2.8	20	91	2	85	16	27	23	32	1.96
293742--293802	21	3.0	20	73	7	68	22	42	13	21	1.87
293739--293831	43	2.2	42	84	1	123	22	43	13	20	1.87
293742--293861	42	2.8	42	80	7	109	23	40	15	20	1.90
295241--295279	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
295419--295483	19	3.4	19	100	0	130	47	16	20	15	1.82
295502--295557	20	2.8	20	94	0	94	16	23	21	39	1.92
296108--296191	20	4.2	20	92	0	132	27	20	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5