genome.fa.s9238.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009238.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112864_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1094141

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716530--716585	21	2.7	21	85	0	76	25	25	17	32	1.97
717344--717432	20	4.4	20	87	2	117	35	22	22	19	1.95
717404--717498	33	2.8	33	91	3	145	43	20	22	14	1.88
717514--717609	33	2.8	33	87	3	120	13	21	20	43	1.86
717751--717846	33	2.8	33	84	3	111	16	23	17	41	1.89
717480--717954	237	2.0	237	97	0	887	32	20	13	33	1.91
717948--717984	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
719919--720017	20	4.9	20	90	2	146	40	17	18	24	1.91
719920--720017	40	2.5	40	94	0	169	40	17	17	24	1.90
720041--720148	40	2.8	37	89	8	123	20	19	18	41	1.90
720062--720205	20	7.5	20	84	9	201	20	19	20	40	1.92
722082--722135	20	2.7	20	88	0	81	38	25	18	16	1.92
722159--722207	20	2.5	20	82	0	62	20	18	24	36	1.94
722537--722598	18	3.0	22	69	26	62	19	16	37	27	1.93
723388--723425	15	2.4	16	86	4	51	7	15	68	7	1.37
723665--723703	20	2.0	20	94	0	69	23	20	17	38	1.93
723693--723819	62	2.0	62	95	0	227	30	18	25	24	1.98
724373--724410	19	2.0	19	100	0	76	47	0	31	21	1.51
724586--724645	32	1.9	31	86	3	84	28	13	21	36	1.91
725087--725129	18	2.4	17	81	14	50	20	6	2	69	1.23
725244--725304	20	3.3	19	82	11	74	40	0	0	59	0.98
725245--725311	17	3.8	17	77	13	64	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725404--725451	22	2.1	23	84	3	62	12	12	22	52	1.73
727373--727438	33	2.0	33	100	0	132	30	12	18	39	1.87
728075--728109	17	2.1	17	88	0	52	0	5	28	65	1.15
730899--730965	28	2.4	27	82	4	98	46	32	7	13	1.71
733148--733277	59	2.2	58	81	6	138	35	18	14	31	1.91
736611--736645	15	2.4	15	90	4	54	31	17	8	42	1.79
736626--736668	22	1.9	23	85	4	61	30	20	11	37	1.89
736624--736727	37	2.8	37	92	0	172	32	19	9	38	1.84
739747--739862	58	2.0	59	81	5	137	32	21	18	26	1.97
740843--740899	28	2.0	28	100	0	114	38	17	14	29	1.89
742701--742745	23	2.0	23	90	0	72	15	26	24	33	1.95
770992--771030	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
771030--771068	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
772487--772513	6	4.5	6	100	0	54	14	14	70	0	1.17
772536--772579	13	3.5	13	84	12	65	20	50	15	13	1.78
772707--772741	12	2.9	12	91	0	52	28	51	8	11	1.67
773704--773849	31	4.7	31	77	11	129	42	8	8	40	1.66
777620--777648	10	2.9	10	100	0	58	20	27	31	20	1.98
777892--778013	45	2.7	43	79	9	147	42	1	9	46	1.45
780278--780320	21	2.0	22	81	4	52	25	4	25	44	1.73
780451--780773	83	4.0	82	85	6	406	39	14	11	34	1.81
780472--780773	78	3.8	78	84	7	383	40	13	10	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793298--793335	21	2.0	20	85	15	53	42	2	2	52	1.29
793949--793992	21	2.1	21	83	8	54	45	9	2	43	1.48
793974--794165	97	2.0	99	84	8	259	42	4	8	45	1.53
805835--805900	33	2.0	33	87	0	96	19	25	22	31	1.98
810000--810039	19	2.2	19	86	4	55	20	12	47	20	1.81
810301--810411	53	2.1	53	91	0	177	31	16	16	36	1.91
810618--810789	84	2.0	87	96	3	323	51	3	10	34	1.53
812217--812253	3	12.7	3	94	5	67	67	0	0	32	0.91
812221--812253	17	1.9	17	100	0	66	69	0	0	30	0.88
813040--813081	20	2.1	20	90	0	66	52	14	14	19	1.75
813951--814086	68	2.0	67	98	1	263	27	22	29	21	1.99
818580--818634	28	2.0	28	85	0	74	32	23	14	29	1.94
818821--818878	29	2.0	30	82	3	73	20	20	12	46	1.82
822331--822729	199	2.0	199	88	2	601	41	12	8	37	1.74
824991--825072	41	2.0	41	85	0	110	18	12	13	56	1.68
825084--825108	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
825424--825483	28	2.1	30	84	6	79	55	15	13	16	1.70
827009--827056	18	2.7	18	96	0	87	20	12	31	35	1.90
837344--837371	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
838344--838376	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
838442--838516	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
838446--838510	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839254--839309	14	4.3	14	76	17	66	53	23	12	10	1.69
839234--839308	24	3.1	24	86	3	98	56	20	10	13	1.66
841727--841760	17	2.0	17	94	0	59	52	0	2	44	1.16
842091--842126	17	2.1	17	94	0	63	13	8	19	58	1.61
844515--844549	17	2.1	17	94	0	61	51	0	2	45	1.16
844708--844757	17	2.9	17	90	0	82	8	12	18	62	1.53
847040--847069	13	2.4	13	94	5	53	23	0	23	53	1.46
849195--849229	17	2.1	17	100	0	70	22	11	14	51	1.74
851907--851964	28	2.1	28	86	0	80	36	20	5	37	1.75
852332--852378	21	2.1	21	88	7	67	48	2	12	36	1.53
862241--862265	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
863699--863757	30	2.0	30	93	6	102	33	5	16	44	1.70
863853--863882	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
863847--863904	21	3.0	21	79	20	74	24	37	27	10	1.88
863938--863980	21	2.0	21	100	0	86	13	44	27	13	1.83
864016--864058	21	2.0	21	90	0	68	25	20	25	27	1.99
864086--864125	20	1.9	22	90	10	66	37	37	10	15	1.80
864340--864443	34	3.1	34	93	2	167	30	16	29	23	1.96
865543--865614	34	2.2	33	85	7	92	22	29	15	33	1.94
865827--865866	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
865894--865936	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
865972--866009	20	1.9	20	94	0	67	18	26	42	13	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866047--866125	20	4.1	20	75	21	87	12	27	36	22	1.91
866068--866097	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
866083--866125	22	2.0	22	90	0	68	13	27	37	20	1.91
866215--866274	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
867853--867890	3	13.0	3	86	5	51	0	28	2	68	1.03
868879--868950	34	2.2	33	85	7	92	22	29	15	33	1.94
869163--869202	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
869230--869272	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
869308--869345	20	1.9	20	100	0	76	15	26	44	13	1.83
869383--869461	21	4.0	21	78	18	98	12	27	36	22	1.91
869384--869455	36	2.0	36	94	0	126	13	27	34	23	1.93
869405--869434	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
869551--869610	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
869645--869692	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
870956--871015	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
871105--871168	21	3.0	21	95	0	110	21	37	28	12	1.90
871202--871244	21	2.0	21	100	0	86	13	44	27	13	1.83
871280--871322	21	2.0	21	90	0	68	25	20	25	27	1.99
871350--871389	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
871604--871707	34	3.1	34	93	2	167	30	16	29	23	1.96
874782--874814	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
876145--876171	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886630--886785	31	5.0	31	91	1	242	36	22	20	20	1.95
887000--887046	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
887678--887722	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
890682--890837	31	5.0	31	89	1	233	37	22	19	20	1.95
891053--891099	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
891731--891775	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
892723--892786	28	2.5	25	78	14	76	46	12	9	31	1.73
893077--893157	10	7.7	10	77	20	69	24	35	28	11	1.90
893094--893157	20	3.2	19	87	12	85	25	34	29	10	1.90
893075--893228	33	4.8	32	85	7	152	24	30	33	11	1.90

Tables:   1   2   3   4   5