genome.fa.s9247.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009247.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112888_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1479039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  1  of  8  ( 948 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1770--1808	20	2.0	21	90	10	64	7	17	2	71	1.21
7640--7676	20	1.9	20	94	5	67	21	16	13	48	1.80
9157--9230	2	38.0	2	94	5	134	50	0	0	50	1.00
11848--11876	13	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
35561--35595	15	2.3	15	90	0	52	5	34	0	60	1.21
38000--38042	19	2.1	21	87	8	63	25	11	16	46	1.80
43848--43897	8	6.4	8	80	15	52	40	0	0	60	0.97
43854--43899	24	1.9	24	86	8	67	41	0	0	58	0.98
62331--62720	85	4.6	85	86	2	471	33	20	21	24	1.97
62331--62720	43	9.1	42	82	3	458	33	20	21	24	1.97
67235--67467	82	2.9	81	81	4	236	31	16	16	36	1.91
70259--70334	21	3.6	21	92	3	118	42	28	10	18	1.83
70583--70660	24	3.3	24	67	22	65	28	8	28	34	1.87
85695--85902	37	5.6	38	73	12	144	45	4	8	41	1.55
85689--85891	112	1.8	112	80	4	248	45	4	7	42	1.53
85933--85976	14	3.3	13	81	12	54	31	0	2	65	1.05
90580--90610	13	2.4	13	94	0	53	48	0	19	32	1.49
96098--96175	23	3.8	20	82	15	88	24	19	35	20	1.95
96399--96457	19	3.0	19	90	9	100	50	6	11	30	1.65
96496--96532	18	2.1	18	100	0	74	40	5	5	48	1.49
100404--100452	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
100874--100902	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101913--102130	103	2.1	103	95	0	391	26	13	23	37	1.91
102147--102216	23	3.0	23	83	4	79	22	18	27	31	1.97
105475--105523	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
106967--107184	103	2.1	103	96	0	400	25	13	23	37	1.91
107195--107268	23	3.2	23	78	3	78	24	18	22	33	1.97
108001--108079	21	3.8	21	94	0	140	20	16	43	20	1.89
110592--110842	39	6.8	37	71	17	164	43	4	8	42	1.56
110841--110901	27	2.2	28	85	11	81	34	0	0	65	0.93
110842--110901	22	2.7	21	87	10	84	35	0	0	65	0.93
110845--110902	14	3.6	17	76	21	54	34	0	0	65	0.93
110841--110916	4	17.8	4	79	15	57	30	1	0	68	0.98
110843--110914	17	4.1	17	82	13	67	31	1	0	66	1.00
110867--110919	13	4.0	13	85	11	56	26	3	0	69	1.05
112058--112117	24	2.5	24	97	0	111	40	1	8	50	1.43
112241--112277	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
112355--112382	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
113726--113763	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
120175--120257	17	4.9	17	67	11	53	28	12	14	44	1.81
120269--120317	17	2.9	17	84	0	62	38	16	2	42	1.60
120761--120838	35	2.2	35	93	0	138	34	20	25	19	1.96
121977--122012	18	2.0	18	88	0	54	25	25	2	47	1.65
124258--124337	17	4.7	17	67	11	56	27	13	15	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124329--124398	17	4.1	17	75	1	59	38	15	7	38	1.75
129989--130027	20	1.9	21	89	5	62	38	2	5	53	1.37
130540--130638	2	49.5	2	100	0	198	49	0	0	50	1.00
135634--135671	3	12.7	3	94	0	67	63	0	2	34	1.09
137165--137244	3	28.0	3	77	9	78	62	0	0	37	0.95
137165--137244	14	6.2	14	78	16	77	62	0	0	37	0.95
137610--137950	123	2.8	124	86	4	519	24	19	16	39	1.91
138530--138567	20	1.9	20	100	0	76	31	26	10	31	1.90
138823--138860	18	2.1	18	95	0	67	57	2	5	34	1.35
139217--139245	11	2.6	11	100	0	58	6	6	0	86	0.72
149897--149957	28	2.2	28	82	11	72	60	1	1	36	1.16
150797--150846	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
150899--150976	29	2.6	30	75	13	81	65	3	3	26	1.27
152320--152369	3	17.7	3	84	12	70	64	0	0	36	0.94
152322--152366	11	4.1	11	80	11	56	64	0	0	35	0.94
152320--152369	14	3.6	14	91	8	84	64	0	0	36	0.94
152320--152370	22	2.3	22	89	3	75	62	0	0	37	0.95
156992--157021	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
157468--157704	89	2.8	81	85	11	330	29	27	24	18	1.98
157528--157735	89	2.3	89	95	0	373	27	26	25	20	1.99
157680--157738	31	1.9	31	82	6	75	20	23	28	27	1.99
160829--160911	31	2.7	29	78	12	94	31	32	24	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160837--160911	32	2.4	30	80	10	89	34	32	21	12	1.90
161051--161126	31	2.5	31	73	0	80	47	15	14	22	1.82
163073--163110	8	4.6	8	84	15	51	50	0	0	50	1.00
163099--163132	12	2.9	12	95	4	61	44	0	0	55	0.99
163112--163163	22	2.3	22	86	3	77	48	0	0	51	1.00
163241--163339	51	2.0	50	90	6	155	44	2	5	48	1.36
166352--166394	22	2.0	22	95	0	77	27	9	16	46	1.77
166354--166401	22	2.2	22	88	0	69	29	12	14	43	1.82
167456--167549	27	3.3	28	76	18	88	45	1	3	50	1.24
168219--168381	81	2.0	81	87	2	238	44	9	14	31	1.77
171577--171668	47	2.0	47	82	8	116	30	14	21	33	1.93
174065--174113	6	8.2	6	84	8	55	18	14	12	55	1.69
174069--174123	25	2.2	25	78	12	60	20	12	10	56	1.66
178558--178650	42	2.2	42	86	0	123	27	20	18	33	1.96
178573--178785	42	4.9	42	69	16	119	30	18	20	30	1.96
178693--178717	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
178703--178765	20	3.0	20	70	17	65	22	22	23	31	1.98
178570--178959	135	3.0	135	85	7	486	30	17	22	29	1.97
178830--178911	42	2.0	42	85	4	112	24	17	25	32	1.96
178706--179057	122	2.9	122	86	2	476	28	17	23	30	1.97
179418--179665	53	4.7	53	84	3	311	31	19	25	23	1.98
181181--181244	26	2.4	26	82	7	67	34	7	14	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184452--184477	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
185488--185689	106	1.9	109	79	8	234	20	13	14	51	1.76
186470--186811	131	2.6	132	82	2	413	33	10	16	39	1.82
194381--195467	231	4.8	230	79	9	944	33	15	16	34	1.90
194954--195367	210	2.0	210	84	1	544	35	14	14	35	1.88
195824--196240	133	3.1	134	84	3	529	33	22	14	29	1.93
197410--197607	108	1.8	106	82	12	253	18	10	16	55	1.69
198414--198783	131	2.8	131	78	1	391	33	10	15	41	1.80
199951--200297	83	4.2	83	77	4	317	30	14	18	35	1.91
206043--206084	22	1.9	22	95	0	75	19	4	16	59	1.54
209202--209299	47	2.1	47	98	0	187	28	14	15	41	1.86
219052--219097	23	2.0	23	95	0	83	54	4	0	41	1.20
219407--219460	28	1.9	28	84	0	72	29	7	18	44	1.77
220161--220236	17	4.9	15	69	21	50	30	0	5	64	1.15
221330--221534	102	2.0	103	92	0	340	45	5	14	34	1.68
222176--222222	21	2.2	21	84	0	58	25	0	12	61	1.31
223182--223256	23	3.3	23	63	26	59	20	22	14	42	1.88
223131--223426	46	6.4	46	91	0	457	22	21	14	41	1.89
224837--225301	231	2.0	231	100	0	930	31	17	16	34	1.93
229184--229378	46	4.2	45	77	10	164	24	20	12	42	1.86
229177--229378	92	2.2	92	83	1	244	25	20	11	42	1.86
230264--230318	19	2.7	19	77	8	56	30	12	23	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230679--230826	55	2.7	55	91	2	226	37	12	17	32	1.87
231039--231291	68	3.7	68	81	1	283	32	13	22	31	1.92
231241--232684	81	18.0	81	80	7	1005	33	13	22	30	1.92
231241--232684	162	9.0	162	86	2	1860	33	13	22	30	1.92
231241--232684	243	6.0	243	86	3	1882	33	13	22	30	1.92
231730--231863	68	2.0	68	86	2	189	28	13	29	29	1.94
232727--232912	45	4.2	45	87	0	266	49	6	19	24	1.72
236381--236433	20	2.6	21	88	8	74	33	16	32	16	1.92
236468--236509	19	2.2	19	100	0	84	38	16	19	26	1.92
236871--237129	55	4.7	55	90	0	374	35	12	18	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8