genome.fa.s9247.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009247.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112888_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1479039

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746864--747014	21	7.0	21	71	13	71	44	5	3	46	1.44
746942--747769	2	404.5	2	65	19	252	44	4	4	46	1.44
747138--747397	11	24.5	11	70	16	131	40	3	7	49	1.48
747457--747633	95	1.8	95	83	7	232	45	6	4	43	1.49
747573--747734	11	14.5	11	67	21	70	45	3	3	48	1.33
747590--747961	90	4.1	90	73	15	266	43	4	4	48	1.42
747788--747851	33	1.9	33	87	0	92	45	6	4	43	1.50
747842--747906	27	2.4	27	100	0	130	33	6	7	52	1.55
748489--748554	20	3.2	21	87	6	100	13	13	30	42	1.83
749917--749942	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
757373--757422	22	2.3	21	86	13	66	16	10	4	70	1.30
771531--771579	23	2.1	23	88	0	71	30	24	8	36	1.85
788574--788619	23	2.0	23	100	0	92	30	4	34	30	1.77
791859--791902	23	1.9	23	100	0	88	31	36	0	31	1.58
798539--798571	14	2.4	14	94	0	57	42	6	27	24	1.78
799355--799393	20	2.0	20	89	0	60	30	0	25	43	1.55
800562--800594	17	1.9	17	100	0	66	30	6	18	45	1.73
804717--804761	21	2.1	22	91	4	74	35	31	20	13	1.91
804717--804807	23	4.1	22	74	7	76	35	28	21	14	1.93
808455--808542	22	4.0	23	75	11	78	31	23	25	19	1.98
808466--808542	23	3.5	22	75	7	84	32	23	24	19	1.97
808470--808559	44	2.0	44	83	10	112	32	22	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808467--808559	22	4.2	22	73	5	71	32	21	26	19	1.97
809241--809291	19	2.6	20	87	6	77	35	17	19	27	1.94
810292--810326	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
812711--812771	30	2.0	30	81	12	72	36	8	14	40	1.76
813178--813281	45	2.3	45	83	8	122	32	21	14	31	1.93
813521--813556	11	3.4	11	96	3	65	58	8	25	8	1.55
821794--821973	65	2.8	64	80	12	208	30	23	18	28	1.98
822661--822726	33	2.0	33	82	5	80	33	7	9	50	1.62
826255--826284	15	1.9	16	93	6	53	40	6	6	46	1.56
827892--827942	25	2.0	25	96	0	93	23	7	27	41	1.82
828372--828405	17	1.9	18	88	5	52	38	5	14	41	1.70
828742--828985	43	5.7	43	85	1	267	27	20	23	28	1.99
828717--828942	86	2.6	86	84	2	283	28	20	23	28	1.99
828930--829026	43	2.3	43	83	7	117	37	22	18	21	1.95
829138--829196	21	2.8	21	84	0	73	55	20	5	18	1.61
830057--830145	36	2.5	36	90	1	135	38	16	14	30	1.89
834277--834311	4	8.8	4	93	0	61	20	51	2	25	1.61
834704--835088	41	9.4	41	84	3	488	34	20	19	25	1.96
834687--835088	166	2.4	165	85	3	533	34	20	19	25	1.96
836463--836507	22	2.0	22	100	0	90	37	13	8	40	1.76
837800--837836	18	2.1	18	100	0	74	35	0	32	32	1.58
843721--843765	22	2.0	24	86	8	67	46	15	24	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847740--847775	16	2.2	16	90	9	56	58	11	0	30	1.33
849207--850326	279	4.0	279	98	0	2201	42	15	10	32	1.80
849207--850321	555	2.0	555	99	0	2212	42	15	10	32	1.81
857489--857538	21	2.4	21	86	0	64	44	8	16	32	1.76
859587--859624	19	2.0	19	94	0	67	39	10	13	36	1.79
860957--861019	21	3.0	21	97	0	117	14	42	26	15	1.86
863789--863851	21	3.0	21	97	0	117	15	41	28	14	1.87
869816--869878	29	2.2	29	85	5	83	53	4	1	39	1.31
869833--869878	14	3.1	16	72	18	53	56	2	2	39	1.24
871408--871443	18	2.0	18	94	0	63	16	8	11	63	1.49
872686--872716	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
873668--873722	21	2.6	21	91	0	83	18	25	18	38	1.93
873753--873822	30	2.4	30	87	2	97	41	32	4	21	1.73
873864--873888	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
877410--877443	14	2.4	14	90	0	50	67	8	8	14	1.41
878738--878771	17	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
880658--880771	6	19.7	6	92	5	119	59	0	0	40	0.97
880892--881313	122	3.4	125	84	3	523	26	18	16	38	1.92
881622--882351	176	4.1	176	87	3	1038	31	21	16	30	1.96
883915--884098	52	3.6	51	85	4	244	22	22	16	38	1.93
885489--885557	23	3.0	22	81	10	84	7	11	0	81	0.88
885506--885548	7	5.6	8	89	10	56	9	11	0	79	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885497--885557	15	3.9	16	77	12	72	6	11	0	81	0.85
885499--885540	14	2.9	15	89	10	61	9	11	0	78	0.96
885490--885548	7	8.4	7	77	18	52	6	11	0	81	0.87
887595--887633	20	1.9	21	85	15	55	30	23	5	41	1.76
888010--888036	14	1.9	14	100	0	54	51	11	22	14	1.73
888124--888163	6	5.9	7	83	16	57	55	12	17	15	1.70
892550--892616	3	23.3	3	82	8	86	62	0	0	37	0.95
892551--892621	14	5.1	14	81	8	83	64	0	0	35	0.94
894709--894807	21	4.8	21	78	7	96	50	22	1	26	1.55
894698--894814	21	5.7	21	76	7	87	49	23	1	24	1.59
894734--894876	35	4.1	35	77	7	139	49	25	0	24	1.55
894734--894862	14	9.2	14	71	9	84	49	25	0	24	1.55
894643--894856	7	30.7	7	73	4	76	47	27	3	22	1.67
895611--895685	3	25.0	3	97	0	141	34	0	0	65	0.93
896983--897115	11	11.6	11	76	7	113	30	21	21	27	1.98
896982--897139	23	6.8	23	89	3	219	29	22	21	27	1.99
896983--897139	11	13.6	11	71	20	99	29	22	21	26	1.99
897546--897571	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
897692--897753	29	2.1	31	93	6	110	64	4	0	30	1.14
897684--897763	29	2.9	25	76	18	79	67	3	1	27	1.15
898016--898120	51	2.1	51	87	3	149	17	33	34	15	1.91
898373--898498	60	2.1	60	82	5	148	36	15	5	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898426--898539	60	1.9	60	81	3	140	33	22	4	39	1.74
898660--898814	60	2.6	60	78	5	145	40	3	20	36	1.68
899722--899756	17	2.1	17	89	10	54	25	0	2	71	1.00
900025--900075	18	2.8	18	71	11	50	33	0	1	64	1.05
900233--900257	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
908269--908598	41	8.0	41	82	5	297	31	17	19	30	1.95
908321--908598	41	6.8	41	83	5	303	31	17	19	31	1.95
909603--909661	27	2.2	27	81	6	66	30	0	18	50	1.47
911237--911283	18	2.6	18	74	12	51	40	0	40	19	1.51
913539--913573	13	2.7	13	95	0	61	37	8	20	34	1.83
915282--915345	29	2.2	29	88	0	92	45	9	6	39	1.62
915311--915565	107	2.3	111	86	4	347	43	10	10	35	1.73
915518--915594	29	2.6	29	85	2	82	49	11	6	32	1.65
915531--915594	29	2.2	29	91	0	101	46	10	7	34	1.68
915418--915740	136	2.4	136	88	1	486	44	11	9	34	1.73
915654--915730	29	2.6	29	91	2	118	46	14	7	31	1.72
915903--915935	16	2.1	15	94	5	57	45	0	6	48	1.27
917997--918038	2	22.0	2	85	9	61	47	2	0	50	1.14
918409--918458	22	2.4	21	81	18	61	66	4	0	30	1.10
918415--918459	22	2.1	22	88	12	67	66	4	0	28	1.11
919731--919820	42	2.1	41	82	11	110	65	2	2	30	1.16
920176--920621	122	3.7	123	83	7	523	24	19	16	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920179--920621	123	3.7	122	80	10	472	24	19	16	39	1.91
920414--920641	113	2.0	114	88	1	343	26	18	16	38	1.92
920812--920874	22	2.9	22	82	0	81	38	12	12	36	1.82
921214--921259	20	2.3	20	96	0	83	26	21	17	34	1.95
921511--921563	22	2.5	21	88	8	81	58	1	13	26	1.45
921920--921944	9	2.8	9	100	0	50	8	8	0	84	0.79
929274--929311	15	2.5	15	95	0	67	47	7	18	26	1.76
929570--929594	12	2.1	12	100	0	50	12	32	0	56	1.36
932608--932672	24	2.7	24	77	15	71	64	0	4	30	1.14
932622--932716	28	3.4	27	81	9	97	61	0	4	34	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8