genome.fa.s9261.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009261.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112912_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  923215

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355--516	21	7.8	20	75	19	79	37	6	3	53	1.43
376--517	42	3.4	39	74	18	110	37	6	3	52	1.44
467--555	34	2.6	35	84	8	121	35	7	3	52	1.47
376--548	14	12.0	14	67	21	65	36	6	2	53	1.43
603--639	19	2.0	19	89	5	58	37	8	2	51	1.46
605--694	34	2.8	32	79	12	94	36	7	6	48	1.58
620--706	23	4.1	22	72	20	69	36	6	8	48	1.60
670--710	17	2.5	17	84	11	50	36	7	7	48	1.59
726--814	23	3.5	25	74	18	76	39	7	1	51	1.38
794--842	8	6.5	8	88	9	68	36	8	0	55	1.30
840--893	25	2.1	27	83	13	69	38	7	11	42	1.68
1837--1894	24	2.6	21	82	15	80	29	27	13	29	1.94
1845--1892	24	2.0	24	95	0	87	27	29	14	29	1.95
16059--16109	26	2.0	27	92	7	88	37	15	11	35	1.84
17933--17982	24	2.0	24	84	3	64	20	34	18	28	1.95
20107--20171	24	2.7	24	87	0	94	21	23	16	38	1.93
30550--30612	30	2.1	30	93	0	108	28	14	7	49	1.71
43579--43654	38	2.0	39	92	2	127	31	10	10	47	1.72
44034--44077	22	2.0	23	95	4	81	63	2	4	29	1.26
44032--44083	22	2.3	23	86	6	79	59	1	3	34	1.27
55633--55719	32	2.7	32	85	3	95	21	13	8	56	1.63
55807--55850	21	2.2	20	83	4	52	50	6	18	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57465--57504	21	2.0	20	85	5	53	20	17	15	47	1.83
61401--61451	15	3.5	15	81	7	52	72	3	21	1	1.11
62511--62572	32	1.9	32	93	0	106	29	16	22	32	1.95
62879--62968	33	2.7	34	81	6	105	34	18	13	33	1.90
63066--63189	35	3.8	33	74	8	110	32	17	11	38	1.85
63293--63633	129	2.6	128	83	5	378	23	30	19	26	1.98
63842--63893	3	17.0	3	92	4	59	34	7	0	57	1.27
72913--73114	55	3.7	56	82	3	250	43	14	8	34	1.76
72913--73138	110	2.1	109	83	2	274	41	15	9	34	1.79
78707--78764	30	1.9	31	85	3	82	60	6	13	18	1.55
92748--92783	5	7.2	5	87	0	54	77	2	2	16	1.00
92743--92789	15	3.0	15	81	6	58	72	4	8	14	1.24
93001--93231	30	7.8	30	73	9	161	57	9	12	19	1.63
94889--94960	3	24.3	3	86	8	94	63	1	2	31	1.17
95228--95732	265	1.9	266	80	4	597	25	17	30	26	1.97
95148--95770	134	4.7	134	76	8	547	25	17	30	26	1.97
95842--95928	30	2.9	30	84	8	97	40	14	18	26	1.89
95922--95987	34	1.9	35	81	9	82	46	16	6	30	1.71
98179--98390	104	2.0	104	99	0	415	25	25	18	31	1.98
99356--99395	20	2.1	19	90	4	62	25	17	10	47	1.78
105543--105631	28	3.0	28	70	19	74	7	14	4	73	1.23
105575--105644	33	2.2	31	82	10	79	11	15	1	71	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114515--114555	3	13.3	3	89	5	64	65	0	2	31	1.05
117402--117454	12	4.6	11	81	6	61	33	26	18	20	1.96
117393--117454	23	2.7	23	94	0	106	30	25	20	22	1.98
117382--117454	11	6.5	11	80	14	78	30	24	20	24	1.99
118114--118214	35	2.8	36	80	5	123	46	5	3	43	1.46
118114--118230	37	3.2	36	78	7	128	47	6	3	41	1.47
122626--122695	36	1.9	36	91	0	113	28	28	17	25	1.97
122625--122696	20	3.8	19	71	23	55	29	29	16	25	1.97
125822--125881	28	2.1	28	81	6	66	33	13	8	45	1.73
125852--125927	18	4.1	18	80	15	100	27	11	7	52	1.65
126139--126207	36	1.9	36	85	2	95	28	27	17	26	1.97
127018--127065	22	2.2	22	100	0	96	14	20	37	27	1.92
136215--136305	42	2.1	42	81	2	110	38	19	13	28	1.89
136240--136305	21	3.1	21	70	8	53	37	19	15	27	1.92
143191--143246	21	2.7	21	82	0	76	37	30	16	16	1.90
145212--145251	21	1.9	21	84	0	53	42	20	12	25	1.86
150664--150748	38	2.2	38	87	0	116	40	4	8	47	1.54
151654--151689	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
151689--151716	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
161960--162030	34	2.1	34	97	0	133	46	8	30	14	1.74
164123--164177	17	3.4	17	70	10	60	41	5	14	38	1.69
164122--164189	32	2.1	32	97	0	127	47	5	11	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164255--164311	20	2.8	19	79	10	69	49	1	1	47	1.22
165618--165651	17	2.1	16	88	5	50	55	5	0	38	1.24
165673--165770	29	3.3	29	79	9	101	41	7	0	51	1.29
165731--165849	62	1.9	61	83	10	150	47	2	2	47	1.29
166137--166170	16	2.1	16	88	0	50	38	8	8	44	1.67
166341--166383	19	2.2	20	80	12	54	34	0	6	58	1.25
168883--168945	24	2.7	24	97	2	119	3	19	39	38	1.67
169106--169191	43	2.0	44	82	11	106	59	4	4	31	1.38
169226--169343	28	4.1	28	71	12	87	51	3	3	41	1.35
169230--169498	31	9.0	29	69	17	115	50	1	5	43	1.33
170365--170452	29	3.0	29	88	0	122	48	9	7	34	1.64
170770--170889	55	2.1	58	89	4	183	46	9	10	34	1.69
170771--170881	29	3.9	29	87	7	156	45	9	10	34	1.73
170953--171010	29	2.0	29	90	6	91	50	12	5	32	1.62
170831--171055	122	1.8	124	82	2	292	44	9	10	36	1.72
171067--171142	29	2.6	30	85	4	95	44	13	9	32	1.75
175385--175436	27	2.0	27	96	3	97	44	17	15	23	1.86
179399--179438	17	2.4	17	82	0	53	55	2	0	42	1.13
179557--179596	21	1.9	21	84	0	53	47	0	5	47	1.24
179677--179707	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
180291--180355	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
181518--181563	3	15.0	3	81	4	56	60	2	0	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181517--181557	16	2.7	15	85	7	55	58	2	0	39	1.11
182463--182539	3	26.0	3	97	2	147	33	0	0	66	0.92
183145--183210	19	3.4	19	93	4	114	62	4	22	10	1.46
183145--183202	20	3.0	20	97	2	109	63	5	20	10	1.44
184041--184184	29	5.0	30	81	10	178	19	13	4	62	1.48
184138--184192	25	2.2	25	86	0	74	20	10	5	63	1.46
184042--184192	59	2.6	60	78	16	176	20	12	4	62	1.48
184373--184404	15	2.1	16	94	5	57	18	12	6	62	1.50
188146--188223	24	3.2	24	81	3	86	29	15	15	39	1.88
188305--188374	35	2.0	36	88	2	106	10	31	21	37	1.86
189240--189327	43	2.0	44	91	2	142	38	9	11	40	1.73
190146--190216	24	3.0	24	87	0	97	39	21	16	22	1.92
190843--191038	98	2.0	98	100	0	392	27	14	19	38	1.90
192028--192060	16	1.9	18	88	11	52	33	30	24	12	1.91
192907--192931	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
193394--193533	42	3.3	42	86	0	199	34	11	28	25	1.91
200901--200975	29	2.5	30	84	2	98	42	6	9	41	1.63
202230--202497	134	2.0	134	100	0	536	37	17	7	37	1.79
204683--204736	20	2.5	22	88	11	76	57	14	7	20	1.61
205106--205730	311	2.0	312	99	0	1243	39	21	11	27	1.88
206950--206975	10	2.6	10	100	0	52	0	7	0	92	0.39
206981--207053	33	2.2	34	82	7	87	23	17	12	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208002--208045	12	3.6	12	81	3	52	65	2	11	20	1.35
208598--208644	21	2.3	21	88	3	69	59	8	8	23	1.54
212186--212244	12	5.0	12	80	12	77	49	18	16	15	1.80
212181--212267	24	3.7	24	85	3	113	47	18	14	19	1.83
212174--212281	24	4.5	25	76	9	91	47	17	15	19	1.83
229941--230106	91	1.8	91	89	2	262	24	20	14	40	1.90
230032--230306	105	2.6	106	90	4	410	24	18	16	41	1.90
230247--230727	136	3.6	136	89	2	670	27	22	16	34	1.94
230764--230858	42	2.3	42	81	1	102	33	20	20	26	1.96
235679--235717	20	2.0	20	89	0	60	35	15	0	48	1.45

Tables:   1   2   3   4