genome.fa.s9289.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009289.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112988_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1661737

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1260--1306	15	3.1	14	76	23	51	48	0	12	38	1.41
2233--2276	19	2.3	19	80	4	52	50	25	0	25	1.50
5183--5216	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
6963--7001	20	2.0	21	90	10	64	46	12	0	41	1.42
10256--10291	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
10451--10501	22	2.3	22	93	0	84	19	13	31	35	1.91
21645--21695	25	2.0	25	84	0	66	31	7	31	29	1.86
22978--23059	2	42.0	2	79	13	82	46	1	4	47	1.31
23085--23125	21	2.0	21	100	0	82	43	0	9	46	1.36
23085--23131	21	2.1	22	92	7	78	42	2	8	46	1.46
23410--23449	21	1.9	21	89	0	62	25	25	25	25	2.00
23530--23911	186	2.1	181	87	5	542	44	9	3	41	1.56
26130--26170	16	2.7	15	92	7	73	58	0	0	41	0.98
33072--33117	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
39892--39945	28	1.9	28	85	7	74	48	31	3	16	1.64
48200--48296	21	4.6	21	77	0	77	31	15	12	40	1.84
50533--50568	18	1.9	19	88	5	56	30	19	13	36	1.91
51526--51589	22	3.0	22	74	2	67	29	14	17	39	1.88
51519--51616	21	4.6	21	75	2	79	31	15	14	38	1.87
56048--56113	21	3.1	21	93	0	105	39	27	19	13	1.89
59839--59866	12	2.3	12	100	0	56	85	0	14	0	0.59
60222--60256	16	2.2	16	89	0	52	37	0	2	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62166--62267	42	2.5	41	80	3	114	25	25	22	26	2.00
62057--63470	205	6.8	205	96	1	2384	31	17	21	29	1.96
62371--62472	42	2.5	41	80	3	114	25	25	22	26	2.00
62576--62677	42	2.5	41	80	3	114	25	25	22	26	2.00
62781--62882	42	2.5	41	80	3	105	26	24	22	26	2.00
62986--63087	42	2.5	41	80	6	116	26	24	21	27	1.99
63200--63301	42	2.5	41	80	6	116	26	24	21	27	1.99
68033--68189	44	3.6	44	85	0	179	32	15	22	29	1.95
68180--68397	116	1.9	116	81	1	267	27	19	16	36	1.93
72142--72223	2	41.0	2	100	0	164	50	0	0	50	1.00
81808--81869	21	3.0	21	87	0	79	30	22	20	25	1.98
81835--81879	21	2.1	21	83	0	54	24	22	31	22	1.99
90366--90481	21	5.6	21	65	14	62	34	27	17	20	1.95
90469--90800	20	16.5	20	78	5	238	40	22	17	19	1.91
90487--90698	61	3.5	62	82	5	193	40	24	16	18	1.91
90469--90803	60	5.6	60	78	7	268	40	22	17	19	1.91
91661--91714	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
94233--94367	33	3.9	33	76	12	117	45	17	20	16	1.86
94262--94334	20	3.7	19	75	12	67	43	19	19	17	1.88
94372--94429	19	3.1	19	92	5	91	12	17	22	48	1.80
94377--94461	19	4.7	19	77	16	83	12	21	20	45	1.84
94568--94604	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96267--96628	94	3.9	94	95	1	618	46	18	13	21	1.82
98333--98408	20	3.8	20	84	6	100	44	21	21	13	1.85
98324--98400	40	1.9	40	86	0	109	46	20	19	12	1.83
98449--98521	20	3.6	21	78	9	71	13	16	17	52	1.75
99090--99252	20	8.1	20	81	4	193	18	18	23	39	1.92
99079--99252	40	4.3	40	90	2	267	17	18	24	39	1.92
99302--99355	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
104555--104584	15	2.0	15	100	0	60	46	13	20	20	1.83
111577--111633	28	2.0	28	89	0	87	35	10	17	36	1.84
113475--113519	23	2.0	23	83	16	58	44	0	4	51	1.21
115579--115843	46	5.8	46	84	1	280	43	12	20	24	1.85
115579--115818	91	2.6	92	84	1	302	44	11	20	23	1.84
121505--121738	46	5.1	46	84	4	251	41	12	18	26	1.87
121512--121703	91	2.1	92	87	2	271	41	12	19	26	1.87
121612--121691	23	3.4	24	71	15	67	42	12	18	26	1.86
124346--124378	17	2.0	17	88	5	50	33	42	3	21	1.68
129392--129455	2	32.0	2	100	0	128	0	0	50	50	1.00
132276--132315	20	2.0	20	85	0	53	35	20	20	25	1.96
135595--135668	20	3.7	21	82	7	100	35	22	22	18	1.96
135673--135760	19	4.8	19	80	16	114	45	18	21	14	1.85
135620--135760	53	2.7	52	87	3	192	42	19	23	14	1.88
135972--136056	33	2.5	33	90	1	125	15	23	17	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138130--138198	20	3.5	20	91	0	102	36	23	20	20	1.95
138240--138285	20	2.3	20	84	0	56	26	19	17	36	1.94
138256--138360	20	5.8	20	73	21	106	17	20	20	40	1.91
138299--138330	15	2.1	15	100	0	64	18	21	21	37	1.94
140209--140248	20	2.0	20	100	0	80	55	20	15	10	1.68
140215--140280	20	3.3	20	80	4	62	46	25	10	16	1.79
140324--140370	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
140949--141003	20	2.8	20	100	0	110	23	20	20	36	1.95
141165--141295	20	6.8	18	91	8	165	25	20	21	32	1.98
141187--141309	60	2.1	58	90	6	194	26	20	21	31	1.98
141187--141298	40	2.9	39	96	4	208	25	20	20	33	1.97
141294--141336	21	2.0	21	86	4	59	37	16	25	20	1.93
145479--145537	25	2.4	25	85	0	82	27	18	18	35	1.94
151735--151786	22	2.5	20	85	14	77	44	0	17	38	1.49
151736--151780	22	2.0	22	100	0	90	40	0	17	42	1.50
151909--152055	53	2.8	52	96	3	276	54	10	9	25	1.64
152053--152082	4	7.5	4	92	0	51	50	23	26	0	1.50
152730--152988	101	2.6	98	83	6	276	38	16	16	27	1.91
155869--155893	13	1.9	13	100	0	50	44	16	0	40	1.47
157658--157762	39	2.7	39	72	19	101	45	1	15	37	1.57
158397--158433	17	2.1	18	90	5	58	32	2	2	62	1.23
158448--158485	20	1.9	20	88	0	58	44	0	5	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161099--161141	22	2.0	22	91	8	72	41	0	9	48	1.35
165010--165122	61	1.9	60	83	7	149	30	18	7	44	1.76
165241--165394	59	2.6	61	81	4	179	43	3	20	33	1.68
165248--165427	60	3.0	60	79	7	195	45	2	18	33	1.64
168943--168983	16	2.6	16	88	3	57	29	21	12	36	1.90
171883--171944	2	31.0	2	96	0	115	51	0	0	48	1.00
172314--172359	24	1.9	24	91	8	76	50	2	0	47	1.13
172765--172802	12	2.9	13	84	11	51	60	5	0	34	1.19
173031--173099	29	2.3	30	95	2	122	34	11	33	20	1.89
173142--173236	38	2.6	37	85	6	122	53	0	0	46	1.00
173194--173235	15	2.8	15	78	10	50	47	0	0	52	1.00
173339--173391	25	2.2	25	86	3	72	26	15	33	24	1.95
173719--173755	12	3.1	12	92	0	65	37	8	8	45	1.63
175791--175840	10	5.0	11	85	14	65	58	0	42	0	0.98
176495--176521	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
180770--180827	29	2.0	29	100	0	116	51	3	10	34	1.53
184806--184888	42	2.0	42	95	0	148	36	7	15	40	1.75
189922--189981	24	2.5	24	97	0	111	21	31	21	25	1.98
197408--197432	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
197392--197459	21	3.3	21	73	18	63	29	2	2	64	1.22
197408--197486	21	3.8	21	76	18	76	27	3	2	65	1.22
197408--197520	43	2.7	43	79	5	122	25	7	4	62	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197707--197854	46	3.4	42	78	10	138	22	17	4	55	1.59
197779--197875	43	2.2	44	81	5	117	23	17	4	54	1.60
199457--199519	30	2.1	30	85	5	83	46	11	12	30	1.77
204397--204443	25	1.9	25	83	12	62	63	8	4	23	1.40
204621--204796	87	2.0	87	98	0	343	41	15	15	27	1.87
206991--207347	180	2.0	180	99	0	705	41	17	23	17	1.90
217499--217523	13	1.9	13	100	0	50	40	12	24	24	1.88
235508--235750	51	4.8	51	82	3	287	25	12	15	46	1.80
245417--245449	13	2.5	13	100	0	66	21	33	9	36	1.85
247571--247608	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8