genome.fa.s9289.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009289.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112988_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1661737

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732101--732200	28	3.5	27	73	11	83	37	10	13	40	1.77
732116--732197	30	2.8	28	80	8	83	37	12	9	40	1.76
734939--734991	21	2.5	21	68	0	52	16	28	47	7	1.74
739888--739929	22	1.9	22	95	0	75	40	14	4	40	1.67
740876--740919	21	2.0	21	82	4	52	38	13	6	40	1.71
743192--743256	22	3.2	20	81	14	64	72	1	1	24	1.02
743279--743391	34	3.3	32	84	7	127	46	6	4	43	1.49
743279--743391	35	3.3	34	85	7	142	46	6	4	43	1.49
743279--743409	35	3.8	33	82	7	131	45	7	4	42	1.53
743442--743468	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
746374--746411	17	2.2	17	86	9	51	63	13	13	10	1.53
747753--747924	53	3.2	52	84	6	213	22	26	20	30	1.98
748454--748678	42	5.1	42	72	13	184	31	23	19	26	1.98
748467--748530	20	3.0	21	67	24	62	34	25	15	25	1.95
748385--748673	135	2.1	135	92	0	470	31	22	18	28	1.97
748613--748685	20	3.5	20	71	14	67	32	21	21	23	1.98
748599--748665	22	3.1	22	67	16	59	35	22	16	25	1.94
749197--749234	13	3.1	13	81	11	53	13	21	2	63	1.42
751334--751398	2	33.0	2	95	3	114	52	0	0	47	1.00
757485--757522	17	2.2	17	86	9	51	65	13	10	10	1.47
764715--764745	16	1.9	16	100	0	62	3	12	32	51	1.56
769574--769615	21	2.0	21	95	0	75	45	0	38	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773741--773779	20	2.0	20	100	0	78	33	20	15	30	1.94
773692--773836	77	1.9	77	95	0	263	36	21	15	26	1.93
773752--773859	57	1.9	57	96	0	198	37	20	16	25	1.93
774151--774425	95	2.9	95	97	0	514	36	14	21	28	1.92
782649--782709	22	2.8	22	97	0	113	27	6	19	45	1.75
783230--783282	23	2.3	23	93	0	88	30	26	18	24	1.98
783430--783893	4	130.5	4	77	21	463	54	0	45	0	0.99
783430--783893	7	65.9	7	84	10	542	54	0	45	0	0.99
787431--787475	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
789157--789219	13	5.5	13	65	27	52	19	26	26	26	1.99
789153--789233	22	3.6	22	96	1	144	18	27	29	24	1.98
790852--790963	35	3.2	35	87	0	152	41	21	0	36	1.60
792710--792821	35	3.2	35	85	0	152	35	0	22	41	1.60
793283--793348	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
796073--796145	32	2.3	31	81	13	78	43	1	4	50	1.29
796512--796590	40	2.1	37	83	7	95	53	11	11	24	1.69
797301--797338	19	2.1	19	85	9	53	13	18	13	55	1.69
797390--797437	12	3.7	14	68	21	50	14	18	10	56	1.66
803647--803685	2	19.0	2	94	5	69	48	0	48	2	1.15
803686--803710	7	3.6	7	100	0	50	24	16	28	32	1.96
804247--804274	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
804738--804778	21	1.9	21	90	5	64	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805234--805376	60	2.4	60	81	4	155	43	3	19	33	1.68
805283--805411	60	2.2	60	78	5	136	45	5	13	35	1.66
805714--805767	26	2.1	26	96	0	99	14	18	22	44	1.86
807065--807102	2	19.5	2	89	5	60	52	0	0	47	1.00
812528--812662	59	2.3	59	82	6	157	38	4	24	32	1.75
815448--815528	20	4.1	20	86	0	117	40	14	16	28	1.88
815451--815528	40	2.0	40	92	0	129	41	15	15	28	1.87
815592--815675	20	4.3	20	72	13	59	28	10	25	35	1.89
817093--817151	14	4.2	14	93	0	91	11	13	16	57	1.65
817135--817173	10	3.9	10	86	6	53	12	10	20	56	1.65
817090--817167	24	3.1	24	80	10	75	14	11	16	57	1.65
817336--817373	20	1.9	20	88	0	58	15	13	13	57	1.65
817340--817396	10	5.4	10	78	12	51	14	10	15	59	1.60
817426--817467	14	3.0	14	85	0	57	7	9	21	61	1.50
817407--817469	24	2.6	23	76	18	65	9	7	22	60	1.54
823609--823717	43	2.6	43	82	4	141	29	17	19	33	1.95
823752--824042	124	2.3	123	81	3	325	35	15	16	32	1.90
823656--824042	123	3.1	119	76	8	357	35	16	17	31	1.91
824204--824233	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
827719--827766	26	1.9	25	83	8	62	45	12	2	39	1.54
827776--827819	20	2.1	22	83	8	56	29	0	25	45	1.54
827773--827814	14	3.1	14	83	13	52	26	0	30	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827773--827832	27	2.2	27	82	5	68	28	1	28	41	1.66
827948--828008	31	2.0	31	96	0	113	44	13	13	29	1.81
828500--828525	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
828577--828624	26	1.9	25	83	8	62	45	12	2	39	1.54
828813--828864	15	3.4	15	68	5	50	51	11	7	28	1.65
828806--828866	31	2.0	31	100	0	122	45	11	13	29	1.78
829427--829474	26	1.9	25	83	8	62	45	12	2	39	1.54
829663--829714	15	3.4	15	68	5	50	51	11	7	28	1.65
829656--829716	31	2.0	31	100	0	122	45	11	13	29	1.78
827133--831844	858	5.6	849	94	3	7999	36	12	14	36	1.84
830268--830315	26	1.9	25	83	8	62	45	12	2	39	1.54
830323--830374	14	3.8	13	75	7	50	32	0	25	42	1.55
830321--830374	28	1.9	28	88	7	83	31	0	27	40	1.57
830504--830555	15	3.4	15	68	5	50	51	11	7	28	1.65
830497--830557	31	2.0	31	100	0	122	45	11	13	29	1.78
831045--831082	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
831191--831253	20	3.0	20	72	6	54	28	0	26	44	1.55
832812--832844	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
833827--833866	20	2.0	21	85	5	55	37	12	2	47	1.55
833942--834011	25	2.8	25	93	2	113	37	10	14	38	1.79
834521--834566	21	2.1	22	88	4	67	50	4	17	28	1.65
834581--834610	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838225--838333	32	3.4	32	73	5	94	44	11	5	38	1.63
844347--844376	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
846229--846293	14	4.7	14	77	9	53	44	26	3	26	1.69
846610--846698	35	2.6	33	76	11	90	46	31	0	22	1.52
849119--849360	100	2.5	100	87	5	325	38	15	23	22	1.92
849354--849594	95	2.6	92	84	3	295	39	14	19	25	1.90
850045--850184	42	3.3	42	100	0	280	31	24	20	24	1.98
852259--852332	35	2.1	35	90	5	114	50	9	22	17	1.75
859897--859951	28	2.0	28	82	7	67	63	14	0	21	1.30
861527--861556	14	2.1	14	93	0	51	83	0	13	3	0.77
870405--870949	106	5.1	106	92	0	901	21	18	26	33	1.97
871187--871268	37	2.2	38	80	8	107	37	14	20	26	1.92
871326--871536	37	5.9	37	73	15	185	39	13	19	27	1.90
871234--871498	102	2.6	102	94	0	451	38	12	20	28	1.89
873054--873112	23	2.5	24	78	10	68	1	18	5	74	1.09
873106--873157	16	3.2	16	79	12	54	0	13	7	78	0.94
876211--876248	15	2.6	15	79	4	51	78	0	5	15	0.91
878057--878085	11	2.5	12	88	11	51	44	0	20	34	1.52
902597--902635	16	2.4	17	83	12	55	43	5	7	43	1.55
903840--903916	31	2.5	31	87	4	111	48	16	11	23	1.79
904685--904741	21	2.7	21	88	0	87	40	22	19	17	1.91
905230--905268	21	1.9	20	84	5	51	43	5	12	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905652--905676	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
907876--907911	18	1.9	19	88	5	56	22	5	22	50	1.70
914098--914144	21	2.2	21	84	0	58	61	6	10	21	1.50
914703--914748	18	2.6	17	86	10	65	32	4	0	63	1.14
916412--916446	18	1.9	18	88	0	52	28	28	17	25	1.97
920657--920761	41	2.6	41	92	0	174	18	39	22	20	1.93
920657--920783	41	3.1	41	81	4	105	18	37	25	18	1.93
922056--922159	25	4.1	25	76	16	74	44	3	0	51	1.19
922075--922177	26	4.1	26	78	14	99	42	1	0	55	1.11
922121--922206	29	3.1	28	80	12	97	44	0	1	54	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8