genome.fa.s9330.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009330.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113096_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1820295

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
433--540	21	5.1	21	82	2	101	1	39	17	40	1.60
10217--10377	41	4.0	41	84	7	213	30	19	14	34	1.92
10218--10376	82	2.0	81	92	3	266	30	20	14	35	1.92
10406--10599	41	4.7	42	74	9	157	23	23	19	32	1.97
10406--10586	83	2.2	83	81	5	206	22	22	19	34	1.96
10834--10885	25	2.1	25	100	0	104	32	19	11	36	1.87
10938--11198	128	2.0	131	97	2	501	42	6	14	36	1.71
19671--19751	20	3.9	20	78	12	65	24	34	24	16	1.95
21725--21789	33	2.0	31	82	11	78	21	0	24	53	1.46
36430--36472	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
45408--45487	32	2.5	31	82	4	97	35	18	22	23	1.96
51554--51594	18	2.3	18	100	0	82	41	17	0	41	1.49
51686--51780	42	2.3	42	81	3	102	42	14	10	32	1.80
51810--52102	133	2.2	133	87	3	408	36	19	15	29	1.92
52520--52577	23	2.6	23	86	2	73	15	25	10	48	1.77
54001--54050	15	3.8	14	80	19	63	50	0	0	50	1.00
54551--54739	101	1.9	100	83	6	247	21	13	22	42	1.88
54528--54753	20	11.3	19	76	12	177	19	14	23	42	1.88
54747--54813	20	3.3	20	97	0	125	20	19	25	34	1.96
54566--54858	40	7.3	40	76	13	221	21	15	24	38	1.92
54800--54854	20	2.8	19	75	8	65	25	14	32	27	1.95
55409--55450	9	4.6	9	80	14	50	30	4	0	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55409--55450	19	2.3	18	84	15	59	30	4	0	64	1.14
55903--56019	59	2.0	59	82	1	144	47	13	6	32	1.70
63387--63441	17	2.9	19	73	13	60	54	0	0	45	0.99
63580--63684	30	3.5	30	78	10	90	38	6	12	42	1.69
63602--63696	30	3.2	30	79	5	102	37	7	13	41	1.73
65252--65283	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
68253--68373	38	2.9	39	67	28	90	69	1	6	22	1.21
68208--68373	84	2.0	83	92	7	282	67	1	6	24	1.22
69813--69870	26	2.3	25	82	11	66	56	3	1	37	1.26
70438--71738	164	7.9	164	91	2	1955	24	20	24	30	1.99
75138--75182	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
76919--76986	14	4.8	14	73	12	50	72	1	2	23	1.07
76905--77073	88	2.0	83	92	7	279	65	1	8	24	1.27
78509--78566	26	2.3	25	82	11	66	56	3	1	37	1.26
79644--79678	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
80163--80225	31	2.0	31	84	6	83	42	4	3	49	1.39
80805--80865	29	2.1	30	84	9	81	27	11	9	50	1.70
83063--83092	13	2.2	14	94	5	53	40	0	13	46	1.43
91668--91719	18	2.7	19	76	5	61	19	34	19	26	1.95
92991--93288	22	13.5	21	70	18	153	45	3	10	40	1.55
93016--93236	88	2.5	89	87	5	315	46	3	9	40	1.54
92988--93292	45	6.8	46	72	15	200	46	3	10	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93024--93283	45	5.8	44	74	12	201	45	3	9	40	1.55
93280--93329	2	25.0	2	95	0	91	48	0	2	50	1.12
93341--93403	28	2.2	31	77	13	71	42	0	6	50	1.27
95594--95654	29	2.1	29	81	6	70	50	3	1	44	1.28
98365--98398	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
101595--101658	31	2.1	31	96	0	119	34	18	3	43	1.66
101730--101776	13	3.6	13	85	0	58	46	14	14	23	1.82
109268--109543	135	2.0	135	92	0	462	26	26	15	31	1.96
117561--117615	22	2.5	22	100	0	110	47	14	9	29	1.75
127486--127685	44	4.6	44	86	5	246	34	23	23	19	1.97
127521--127689	44	3.9	43	89	3	250	33	23	26	17	1.96
127521--127689	87	1.9	87	89	4	261	33	23	26	17	1.96
132325--132465	43	3.2	43	83	4	176	31	22	26	19	1.98
133481--133583	30	3.4	30	94	0	170	32	23	19	25	1.98
133463--133600	60	2.3	59	78	2	161	31	24	21	21	1.98
133569--133633	31	2.1	31	85	0	85	33	23	18	24	1.96
133907--134003	48	2.0	48	100	0	194	39	16	10	34	1.83
134564--134621	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
134609--134749	64	2.2	63	85	5	185	26	23	17	32	1.97
135224--135326	3	34.7	3	98	1	199	66	0	33	0	0.92
135981--136209	88	2.6	88	88	4	340	33	26	22	17	1.96
136004--136209	44	4.7	44	90	2	317	33	26	23	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138892--138925	17	2.0	17	88	0	50	32	26	26	14	1.95
141915--142093	64	2.8	63	83	3	207	30	16	24	29	1.97
145520--145559	20	2.0	21	95	5	73	42	20	12	25	1.86
148675--148714	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
150745--150797	19	2.8	19	94	0	88	30	16	28	24	1.97
151597--151736	49	2.9	49	81	6	169	32	17	10	40	1.84
153101--153139	20	1.9	20	84	5	51	10	5	5	79	1.04
153354--153434	29	2.7	30	83	9	103	20	25	38	14	1.92
154697--154748	9	5.3	10	82	13	72	13	19	30	36	1.90
154751--154804	18	3.0	18	94	0	99	18	48	16	16	1.82
154783--154824	13	3.3	13	86	6	68	16	45	21	16	1.86
154816--154846	7	4.4	7	100	0	62	12	32	29	25	1.93
154846--154912	29	2.3	29	84	5	82	23	10	25	40	1.86
162512--162553	13	3.3	13	86	6	68	16	21	45	16	1.86
162532--162585	18	3.0	18	94	0	99	16	16	48	18	1.82
162516--162552	12	2.9	13	88	8	58	18	18	45	16	1.85
162588--162630	10	4.3	10	91	8	70	37	32	18	11	1.87
162588--162630	21	2.2	19	91	8	68	37	32	18	11	1.87
168931--168982	9	5.3	10	82	13	72	13	19	30	36	1.90
168985--169038	18	3.0	18	94	0	99	18	48	16	16	1.82
169017--169058	13	3.3	13	86	6	68	16	45	21	16	1.86
169050--169087	7	5.4	7	100	0	76	13	31	28	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169087--169153	29	2.3	29	86	0	89	22	10	26	40	1.86
170966--171007	13	3.3	13	86	6	68	16	21	45	16	1.86
170944--170974	7	4.4	7	100	0	62	25	29	32	12	1.93
170986--171037	18	2.9	18	94	0	95	17	15	48	19	1.82
170970--171006	12	2.9	13	88	8	58	18	18	45	16	1.85
171050--171101	9	5.3	10	84	11	72	36	30	19	13	1.90
171897--171941	23	2.0	23	90	0	72	55	0	33	11	1.35
177875--177924	15	3.4	15	86	2	66	0	36	0	64	0.94
178815--178896	30	2.7	30	88	0	119	19	37	20	21	1.94
184055--184101	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
184395--184563	80	2.1	80	88	2	250	27	16	19	36	1.93
186207--186668	54	8.5	54	82	5	445	41	18	9	31	1.82
186237--186661	107	3.9	106	81	6	444	41	18	9	30	1.82
186241--186668	161	2.7	160	85	3	565	41	18	9	30	1.82
187960--188019	28	2.1	28	90	6	95	21	3	36	38	1.70
188703--188727	10	2.5	10	100	0	50	20	0	20	60	1.37
190829--190874	18	2.6	18	80	10	51	10	19	36	32	1.87
197678--197730	18	2.9	18	82	0	70	18	18	30	32	1.96
211064--211096	15	2.1	16	88	5	50	15	24	24	36	1.93
214961--215038	21	3.7	21	75	0	75	25	14	19	41	1.89
215044--215103	21	2.8	21	82	14	68	18	25	25	31	1.97
217371--217423	18	2.9	18	80	0	61	30	30	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219707--219776	31	2.3	31	97	0	131	10	24	2	62	1.40
221512--221600	18	4.9	18	77	0	88	31	31	16	20	1.95
225664--225724	18	3.4	17	81	4	68	27	31	21	19	1.97
226133--226161	12	2.3	13	94	5	51	37	17	0	44	1.49
232627--232667	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
239142--239186	17	2.7	18	80	13	51	51	0	0	48	1.00
240680--240723	21	2.1	21	83	8	54	34	0	2	63	1.07
240722--240787	3	22.0	3	96	0	123	65	0	1	33	1.02
241040--241657	113	5.5	113	95	1	1075	32	18	14	33	1.92
242382--243182	167	4.8	166	93	1	1325	35	22	14	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8