genome.fa.s9330.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009330.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113096_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1820295

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
656821--656929	51	2.2	50	85	5	139	15	34	30	19	1.93
657016--657065	20	2.5	20	96	0	91	24	50	2	24	1.60
657083--657123	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
657247--657454	110	1.9	111	94	1	373	34	9	9	47	1.67
657928--657958	15	2.1	15	100	0	62	32	6	48	12	1.67
660244--660371	51	2.5	51	91	1	195	17	32	34	15	1.91
662060--662168	51	2.2	50	85	5	139	14	33	31	20	1.93
662255--662304	20	2.5	20	96	0	91	24	50	2	24	1.60
662322--662362	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
662486--662693	110	1.9	111	94	1	373	34	9	9	47	1.67
663167--663197	15	2.1	15	100	0	62	32	6	48	12	1.67
665483--665610	51	2.5	51	91	1	195	17	32	34	15	1.91
680114--680153	20	2.0	20	90	9	64	45	0	0	55	0.99
680129--680208	33	2.6	30	84	13	94	46	0	3	50	1.19
680250--680300	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
680500--680554	21	2.4	23	82	11	69	47	0	0	52	1.00
687880--687928	19	2.5	20	87	12	66	69	2	2	26	1.10
696462--696563	45	2.3	44	79	5	107	34	18	21	25	1.96
703819--703883	32	2.0	33	96	3	123	50	15	6	27	1.67
711099--711148	23	2.1	25	85	7	68	28	18	20	34	1.95
724974--725023	25	2.0	25	92	0	82	34	10	18	38	1.84
725130--725168	16	2.4	16	91	0	60	53	17	5	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728205--728271	34	1.9	35	85	8	93	50	17	10	20	1.75
730612--730757	73	2.0	73	100	0	292	27	19	23	30	1.98
736627--736711	24	3.5	24	90	0	125	22	20	22	35	1.96
744716--744757	3	14.0	3	90	9	68	33	0	0	66	0.92
748393--748454	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
750477--750518	14	3.0	14	79	10	50	71	4	21	2	1.16
751689--751770	4	21.0	4	92	5	141	50	24	0	25	1.50
752162--752456	156	1.9	157	87	3	434	31	16	11	40	1.84
752313--752560	105	2.4	104	85	3	338	30	17	11	40	1.84
752154--753854	261	6.5	261	98	0	3261	31	17	11	39	1.85
752423--752717	156	1.9	156	86	3	387	31	17	11	40	1.85
752574--752821	105	2.4	104	85	3	338	30	17	11	40	1.84
752684--752978	156	1.9	156	86	3	387	31	17	11	40	1.85
752835--753082	105	2.4	104	85	3	338	30	17	11	40	1.84
752945--753238	156	1.9	156	87	2	430	31	17	11	40	1.85
753355--753602	105	2.4	104	84	3	329	31	17	10	40	1.84
752154--753854	781	2.2	783	98	0	3261	31	17	11	39	1.85
753465--753758	156	1.9	156	86	4	423	30	18	11	39	1.86
753621--753859	105	2.3	102	83	9	290	30	19	12	37	1.89
753805--753923	36	3.4	34	79	6	114	30	20	12	36	1.90
753823--753924	36	2.9	36	82	4	129	33	19	11	35	1.88
754170--754266	27	3.5	27	82	10	115	25	12	14	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754184--754270	30	3.1	29	88	8	126	29	12	12	44	1.79
754262--754363	50	2.0	51	88	7	152	34	11	16	37	1.85
754342--754419	30	2.7	29	81	15	90	32	8	15	43	1.78
754398--754523	37	3.6	36	69	22	106	31	12	11	44	1.78
754368--754534	67	2.5	67	96	1	302	30	13	11	44	1.78
755392--755445	28	1.9	28	84	0	72	22	18	16	42	1.89
755464--755575	39	2.7	41	81	10	131	25	32	19	23	1.98
755464--755666	43	4.6	43	71	15	148	25	32	19	22	1.97
755500--755722	94	2.4	94	90	1	349	26	30	19	22	1.98
755685--755804	40	2.9	42	81	12	149	25	29	19	26	1.98
755974--756021	3	16.0	3	91	8	80	33	0	0	66	0.92
759108--759154	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
760008--760051	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
762649--762673	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
762952--762988	19	1.9	19	94	0	65	45	8	13	32	1.73
766072--766139	8	8.0	8	71	12	55	69	2	0	27	1.03
766857--766944	37	2.4	37	100	0	176	34	20	9	36	1.84
769055--769118	32	2.0	32	84	3	85	35	7	3	53	1.46
780340--780389	13	3.8	13	78	2	55	28	26	22	24	1.99
780428--780470	22	2.0	22	85	0	59	16	18	23	41	1.89
780472--780505	17	1.9	17	88	5	50	47	17	8	26	1.77
781447--781521	35	2.1	35	87	0	105	36	29	25	9	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781602--781688	24	3.7	23	76	4	84	40	19	14	25	1.90
786765--787114	154	2.3	154	80	3	396	25	29	12	33	1.92
787652--787844	96	2.0	96	83	2	244	25	26	10	37	1.88
787877--787906	14	2.1	14	93	0	51	16	0	23	60	1.36
804504--804534	15	2.1	15	93	0	53	54	32	0	12	1.38
815874--815924	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
824187--824265	35	2.2	35	90	2	122	48	7	1	43	1.39
827448--827716	133	2.0	135	98	1	524	26	27	19	26	1.99
827700--827789	45	2.0	45	100	0	180	33	20	17	28	1.95
830586--830643	3	19.7	3	82	10	75	36	0	0	63	0.94
830913--831022	55	2.0	55	100	0	220	30	30	21	16	1.95
831331--831406	25	3.0	25	88	0	107	17	26	46	10	1.80
831335--831416	25	3.3	24	83	6	92	18	24	46	10	1.81
832105--832150	20	2.1	23	88	11	71	45	0	2	52	1.13
832279--832322	23	1.9	24	86	9	65	40	9	0	50	1.34
832951--833004	26	2.2	24	86	6	72	33	0	1	64	1.04
832970--833026	24	2.5	23	78	18	66	31	0	1	66	1.02
843672--843778	16	6.6	15	77	12	88	81	0	14	4	0.85
843679--843760	14	5.5	15	77	14	80	82	0	14	2	0.76
843688--843763	7	10.2	8	81	14	58	82	0	15	1	0.73
843684--843768	23	3.7	23	76	10	86	83	0	15	1	0.71
843673--843779	28	3.8	27	77	22	105	80	0	14	4	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843694--843768	5	14.2	5	74	20	55	82	0	16	1	0.73
843680--843778	23	4.5	22	75	12	80	81	0	14	4	0.82
844116--844156	18	2.2	20	91	8	68	29	7	2	60	1.36
845433--846340	124	7.4	124	93	2	1532	39	14	19	26	1.90
845330--846340	248	4.2	248	91	4	1557	39	14	19	26	1.90
845330--846340	372	2.8	371	91	3	1571	39	14	19	26	1.90
846598--846630	3	11.0	3	93	0	57	63	0	0	36	0.95
846597--846634	12	3.2	12	88	3	60	57	0	0	42	0.98
847855--847911	26	2.2	26	90	6	89	36	5	0	57	1.21
848008--848144	70	2.0	70	100	0	274	35	8	11	44	1.72
850833--850873	14	2.9	14	88	0	64	9	12	21	56	1.65
851946--851990	16	2.8	16	87	12	74	6	13	24	55	1.62
855920--855954	18	1.9	18	94	0	61	62	0	8	28	1.24
856485--856544	3	19.7	3	75	16	52	33	1	3	61	1.22
862756--862806	22	2.3	22	96	0	93	35	45	7	11	1.70
866408--866451	23	1.9	23	85	0	61	56	4	2	36	1.32
867291--867388	31	3.1	31	79	5	108	19	30	26	23	1.98
869826--869869	22	2.0	22	86	0	61	20	22	27	29	1.99
870409--870462	25	2.2	25	100	0	108	40	16	20	22	1.91
871617--871700	32	2.7	31	78	9	89	14	28	32	25	1.94
873729--873833	31	3.4	31	77	9	106	26	30	29	13	1.94
876238--876271	14	2.4	14	90	0	50	26	23	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879767--879808	21	2.0	22	85	4	59	26	16	16	40	1.90
879853--879901	20	2.5	20	100	0	98	26	14	20	38	1.91
883683--883760	24	3.3	23	87	7	102	37	20	17	24	1.94
888368--888455	24	3.7	24	86	6	115	39	20	17	22	1.92
894225--894257	17	2.0	17	88	5	50	39	12	6	42	1.67
894995--895056	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
895293--895319	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
899638--899683	19	2.4	19	85	0	56	30	2	6	60	1.34
901917--901994	34	2.2	36	84	10	101	24	3	3	67	1.24
902072--902136	30	2.1	32	88	5	98	44	4	0	50	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8