genome.fa.s9343.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009343.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113123_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2141224

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113462--114070	257	2.4	249	86	7	845	26	12	20	40	1.88
114390--114436	18	2.7	17	83	3	58	27	29	6	36	1.82
121889--121927	15	2.5	16	87	8	62	17	23	25	33	1.96
121977--122031	15	3.5	15	71	9	56	16	25	32	25	1.96
122011--122062	22	2.4	22	100	0	104	21	32	26	19	1.97
123644--123699	21	2.7	21	91	5	87	51	14	16	17	1.76
126349--126382	16	2.1	17	88	5	52	32	2	0	64	1.08
130932--131173	121	2.0	123	82	3	301	33	17	17	32	1.93
139227--139344	43	2.7	43	81	3	130	38	16	16	28	1.90
143034--143093	22	2.5	25	84	10	81	50	0	1	48	1.11
144348--144643	87	3.4	87	91	0	457	32	17	18	31	1.94
146424--146479	14	4.2	14	71	13	55	64	17	7	10	1.47
147625--147728	51	2.0	51	84	5	136	31	18	5	44	1.73
151439--151522	31	2.7	31	84	0	123	32	10	9	47	1.70
151514--151581	32	2.1	32	86	0	91	30	13	17	38	1.88
153910--154055	58	2.5	56	81	5	150	45	8	6	39	1.60
153910--154206	159	1.9	160	80	4	359	45	10	6	37	1.65
154071--154498	115	3.7	115	81	4	468	42	13	6	37	1.70
154068--154512	58	7.7	58	81	5	479	42	13	6	37	1.71
154071--154516	117	3.8	116	80	4	479	42	13	6	37	1.70
154685--154792	45	2.4	45	84	0	144	40	21	9	28	1.84
154988--155026	12	3.1	12	88	7	51	51	7	7	33	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156384--156457	37	2.0	37	100	0	148	37	10	13	37	1.80
156473--156499	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
163601--163742	39	3.6	41	69	17	111	22	13	11	52	1.71
164141--164193	23	2.2	24	86	3	72	33	16	18	30	1.94
166534--166572	19	2.1	19	100	0	78	25	25	17	30	1.97
167615--167796	29	6.4	29	79	8	176	41	20	2	34	1.67
167615--167796	57	3.2	57	88	3	260	41	20	2	34	1.67
167656--167796	29	5.0	28	90	3	221	39	23	3	33	1.72
175034--175154	29	4.2	29	87	5	129	44	16	1	37	1.58
175047--175188	56	2.5	58	87	2	189	41	19	2	36	1.66
175047--175188	29	5.0	28	87	5	169	41	19	2	36	1.66
180440--180604	84	2.0	84	97	0	312	41	9	17	32	1.81
186532--186724	74	2.6	74	89	1	271	31	8	17	41	1.80
186943--187029	44	2.0	44	95	0	156	34	24	14	26	1.94
186985--187185	78	2.6	79	84	1	271	28	21	16	33	1.95
191875--191925	21	2.4	21	80	6	59	17	23	23	35	1.95
191875--191966	42	2.2	43	82	2	105	19	19	21	39	1.93
194265--194332	29	2.3	29	97	0	127	32	16	22	29	1.95
195837--195884	23	2.0	24	84	11	64	2	27	2	68	1.11
197332--197388	21	2.8	20	78	5	69	24	19	26	29	1.98
199554--199591	18	2.1	19	85	5	51	55	0	7	36	1.29
200048--200087	21	1.9	21	85	10	55	20	7	2	70	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200148--200201	17	3.1	16	77	15	54	40	0	0	59	0.98
203704--203762	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
208400--208458	29	2.1	28	96	3	109	23	13	11	50	1.74
213292--213335	20	2.2	20	87	4	61	40	22	11	25	1.87
216724--216859	20	6.8	20	78	9	91	37	23	17	21	1.94
216724--216860	40	3.4	38	75	11	114	37	23	17	21	1.94
216788--216875	21	4.3	21	80	11	92	35	27	18	19	1.95
216726--216875	61	2.5	61	86	3	196	37	24	16	21	1.94
219723--219815	47	2.0	47	85	8	127	43	5	11	39	1.64
219876--219900	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
221618--221684	21	3.2	21	64	19	59	35	14	13	35	1.86
221618--221700	41	2.0	41	100	0	166	37	14	14	33	1.87
228511--228588	32	2.4	32	86	0	102	38	19	16	25	1.92
240493--240540	21	2.2	23	85	7	64	52	0	14	33	1.42
245143--245176	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
245956--246075	51	2.4	50	84	1	150	19	34	28	18	1.95
246186--246224	20	2.0	19	90	5	60	33	23	0	43	1.54
247953--247992	18	2.2	18	100	0	80	25	32	22	20	1.98
248335--248364	3	10.0	3	92	0	51	33	30	36	0	1.58
248502--248575	25	3.0	24	68	20	62	25	6	4	63	1.37
253205--253325	51	2.4	51	86	4	165	27	19	25	27	1.99
253337--253465	51	2.5	51	82	2	134	18	30	32	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257267--257311	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
257292--257593	149	2.0	149	96	0	550	35	19	16	28	1.94
258401--258436	18	2.0	18	89	10	56	27	16	5	50	1.68
259015--259059	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
262802--262963	76	2.1	76	85	3	220	30	14	11	43	1.82
262966--263200	39	6.0	39	88	1	310	27	17	18	36	1.93
263388--263517	21	7.1	20	65	30	76	23	22	14	40	1.91
263470--263531	20	3.2	20	65	17	51	22	16	17	43	1.87
263383--263543	36	4.4	36	88	4	218	24	22	14	38	1.92
263874--264042	44	3.9	43	72	9	130	28	20	22	28	1.98
263873--264779	132	6.9	131	85	3	1160	29	20	20	30	1.97
264327--265012	44	15.6	44	66	9	200	29	19	20	30	1.97
263889--264779	263	3.4	263	88	2	1265	29	20	20	29	1.98
264723--265012	45	6.5	45	69	7	162	30	18	20	30	1.97
264682--264868	89	2.1	89	89	0	293	31	21	19	28	1.97
264770--265039	133	2.0	132	87	2	398	30	20	20	29	1.97
264555--265039	221	2.2	219	88	1	700	29	20	20	29	1.98
269360--269397	16	2.4	16	90	0	58	36	7	18	36	1.80
282462--282499	19	2.0	19	100	0	76	15	31	36	15	1.90
285141--285305	59	2.8	59	83	4	190	32	23	3	40	1.72
286811--286840	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
296964--297009	19	2.3	20	92	3	76	52	26	2	19	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299446--299473	12	2.3	12	100	0	56	28	7	35	28	1.84
299587--299703	62	1.9	62	94	3	209	35	11	11	41	1.78
299846--299922	33	2.3	33	88	0	109	38	20	2	37	1.67
301225--301414	93	2.1	91	91	2	308	38	10	21	29	1.86
301379--301445	31	2.2	31	89	2	100	34	17	20	26	1.96
301290--301537	122	2.0	123	91	0	399	37	12	21	28	1.90
301225--301632	214	1.9	215	88	2	624	37	11	22	28	1.89
301412--301628	92	2.4	92	89	0	337	36	12	22	28	1.91
303234--303316	25	3.1	25	66	15	67	56	4	13	25	1.56
304125--304204	39	2.1	39	82	0	97	35	7	12	45	1.70
323189--323255	31	2.2	31	94	0	116	22	29	13	34	1.92
324408--324468	31	2.0	31	93	6	106	22	24	16	36	1.94
328250--328280	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
328439--328555	39	3.0	40	76	16	129	48	0	11	38	1.46
334225--334269	22	2.0	22	86	4	63	28	31	26	13	1.94
335553--335750	100	2.0	100	95	0	360	26	13	22	37	1.91
335778--335845	23	3.0	23	85	8	84	20	26	25	27	1.99
336837--336867	16	1.9	16	93	0	53	48	25	12	12	1.77
337005--337055	25	2.0	26	84	3	68	45	1	3	49	1.32
340645--340674	15	2.0	15	93	0	51	50	20	6	23	1.71
356065--356095	15	2.1	15	100	0	62	45	22	6	25	1.76
357475--357549	35	2.1	35	87	0	105	33	0	18	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357483--357550	35	1.9	35	93	0	118	32	0	17	50	1.47
366282--366356	38	2.0	37	84	5	98	48	4	1	46	1.29
369331--369365	18	1.9	18	88	11	54	5	17	20	57	1.60
369474--369514	10	4.1	10	80	0	55	19	12	9	58	1.61
369602--369682	34	2.5	31	84	11	117	44	23	14	17	1.86
369616--369682	34	2.0	34	100	0	134	44	25	11	17	1.83
376246--376302	27	2.1	27	90	0	87	33	15	28	22	1.95
388247--388401	65	2.4	64	86	3	222	29	20	17	32	1.96
388247--388426	65	2.8	63	80	11	190	28	22	17	31	1.97
394113--394232	23	5.6	22	72	16	85	28	26	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11