genome.fa.s9387.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009387.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113279_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  929501

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167948--168014	12	5.6	12	75	7	55	14	13	17	53	1.72
167906--168014	48	2.3	49	80	6	116	18	15	17	48	1.81
167947--168014	24	2.8	24	88	0	100	16	13	17	52	1.74
169790--169830	17	2.4	17	92	8	66	14	29	29	26	1.95
169796--169866	10	7.8	9	73	23	51	16	28	26	28	1.97
169807--169866	27	2.2	27	96	0	111	18	26	26	28	1.98
190398--190437	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
193741--193841	43	2.3	43	81	5	123	27	17	26	27	1.98
193722--193841	21	5.7	20	76	15	91	26	18	28	26	1.98
199162--199205	13	3.4	13	93	0	61	18	38	22	20	1.93
199141--199184	18	2.4	18	80	0	52	22	45	18	13	1.84
200885--200967	22	4.0	22	89	6	111	25	18	28	27	1.98
201007--201059	20	2.7	20	93	0	88	18	20	35	24	1.95
202557--202593	15	2.5	15	80	20	51	70	0	5	24	1.08
202557--202593	14	2.5	15	83	16	51	70	0	5	24	1.08
202557--202661	13	8.2	12	69	19	52	65	1	3	28	1.20
203835--203928	3	30.0	3	87	12	104	61	0	0	38	0.96
203846--203892	2	25.5	2	83	16	66	55	0	0	44	0.99
203836--203947	9	12.4	8	75	19	55	64	0	0	35	0.94
204139--204471	113	2.8	121	81	12	315	25	20	15	38	1.92
204282--204955	113	5.9	113	91	1	1024	28	18	14	37	1.91
204282--204962	227	3.0	227	91	0	1058	28	18	14	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205717--205852	54	2.6	54	81	4	154	27	25	14	33	1.95
205822--205901	40	2.0	40	97	0	151	31	21	15	32	1.94
208035--208491	115	4.0	115	95	0	781	30	20	15	33	1.94
211095--211551	115	4.0	115	95	0	781	33	15	20	30	1.94
213691--213770	40	2.0	40	95	0	142	35	15	20	30	1.93
213637--213817	90	2.0	92	84	4	240	35	14	21	27	1.93
213738--213875	54	2.6	54	81	4	167	34	14	24	26	1.94
214631--215311	227	3.0	226	90	1	1040	38	14	18	28	1.90
214631--215311	113	6.0	113	91	1	1013	38	14	18	28	1.90
215226--215454	120	1.9	119	84	9	311	39	16	20	24	1.92
215661--215726	3	22.0	3	85	11	82	39	0	0	60	0.97
215661--215726	15	4.4	16	83	12	95	39	0	0	60	0.97
216945--216987	3	14.3	3	80	9	52	25	4	0	69	1.07
216950--216987	16	2.5	15	91	4	58	23	5	0	71	1.07
216945--216987	13	3.1	15	77	16	56	25	4	0	69	1.07
217068--217294	116	2.0	116	79	7	248	37	10	8	44	1.69
219811--219848	18	2.1	18	85	9	51	34	0	15	50	1.45
221341--221446	45	2.2	48	83	6	128	30	10	20	38	1.86
231074--231278	7	27.1	7	67	23	64	74	0	17	7	1.10
231129--231214	9	10.2	9	70	20	53	76	1	18	3	0.99
231081--231202	15	7.7	16	71	20	87	74	0	15	9	1.10
231146--231269	19	6.4	19	65	24	55	74	1	18	5	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231189--231283	19	5.1	17	66	25	50	76	1	16	5	1.02
232563--232634	37	2.0	36	88	2	108	38	19	20	20	1.93
232649--233008	55	6.5	55	87	1	452	29	15	22	31	1.95
234917--234954	18	2.1	18	85	9	51	34	0	15	50	1.45
238560--238651	12	7.3	12	75	18	64	50	2	0	47	1.13
238542--238599	23	2.4	23	82	5	71	50	1	0	48	1.11
242719--243117	184	2.1	186	91	4	644	44	8	3	42	1.52
246574--246616	13	3.1	14	83	10	61	69	0	4	25	1.07
246574--246616	3	14.3	3	80	9	52	69	0	4	25	1.07
247801--247847	3	15.0	3	87	12	60	61	0	0	38	0.96
247803--247851	15	3.5	15	89	10	77	63	0	0	36	0.95
247801--247855	17	3.2	17	89	2	83	63	0	0	36	0.95
247801--247859	20	3.2	18	79	13	66	64	0	0	35	0.94
247970--248180	103	2.0	103	99	0	413	41	17	18	22	1.90
248934--248971	20	1.9	20	94	0	67	15	34	28	21	1.94
254752--254824	23	3.2	23	94	1	130	21	34	24	19	1.96
254807--254868	19	3.3	19	90	4	90	22	32	30	14	1.94
255187--255248	29	2.2	29	91	2	99	46	11	4	37	1.61
259811--259887	35	2.2	35	97	2	145	42	16	19	20	1.89
260422--260455	16	2.1	16	100	0	68	11	26	5	55	1.58
261748--261800	18	3.1	17	79	12	54	32	1	0	66	1.03
262038--262075	19	2.0	20	94	5	69	0	15	5	78	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263045--263097	27	2.0	25	82	13	63	33	5	0	60	1.20
263693--263781	29	3.1	29	85	0	124	17	40	28	13	1.88
263979--264035	27	2.0	28	90	6	89	8	35	33	22	1.85
263984--264065	29	2.9	29	81	7	87	13	29	39	18	1.89
266753--266788	17	2.1	17	89	0	54	16	33	27	22	1.95
269004--269096	12	7.8	12	72	4	71	18	12	17	51	1.76
268990--269098	24	4.5	24	83	2	121	18	12	16	52	1.75
268990--269098	48	2.3	49	85	6	136	18	12	16	52	1.75
271245--271303	22	2.6	22	84	10	75	16	25	25	32	1.97
273878--273923	20	2.2	21	88	11	69	17	4	19	58	1.55
273942--274116	91	1.9	90	85	1	242	38	6	23	32	1.80
273941--274116	45	3.9	45	84	1	235	38	6	23	32	1.80
276937--277006	21	3.3	21	78	11	81	80	4	11	4	1.00
276983--277059	6	12.8	6	76	10	59	76	0	16	6	0.98
277009--277066	22	2.7	22	86	7	75	75	0	15	8	1.02
281023--281063	20	2.0	20	90	9	66	17	4	19	58	1.56
281086--281305	45	4.9	45	90	1	343	38	6	23	31	1.81
284153--284254	6	17.3	6	72	12	79	79	1	13	4	0.98
284155--284249	20	4.9	19	77	14	88	78	2	13	5	1.00
288212--288428	45	4.8	45	89	1	317	37	6	23	32	1.80
292063--292099	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
292444--292500	24	2.4	24	85	2	71	22	17	1	57	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292827--292860	16	2.1	16	89	10	52	58	2	0	38	1.13
297677--297708	13	2.5	13	94	0	55	21	34	31	12	1.91
299212--299260	24	2.0	24	84	0	62	20	12	16	51	1.76
299246--299277	12	2.7	12	95	0	55	15	18	9	56	1.66
301238--301300	31	2.2	28	84	15	85	20	23	26	28	1.99
302360--302410	3	17.0	3	76	8	50	39	1	0	58	1.09
302360--302414	12	5.1	12	73	22	59	40	1	0	58	1.09
305092--305150	30	2.0	30	96	3	111	38	13	23	23	1.91
306242--306406	85	1.9	86	87	3	244	30	18	18	32	1.95
306573--306744	86	2.0	83	93	5	292	35	30	18	15	1.92
311324--311358	16	2.2	16	94	0	61	62	5	8	22	1.45
320291--320390	36	2.8	34	79	8	101	30	16	13	41	1.85
320503--320774	103	2.6	103	82	5	318	35	15	11	37	1.84
320726--320811	37	2.4	37	92	7	142	25	17	15	41	1.88
320503--320759	104	2.5	103	81	6	315	35	15	11	37	1.84
320876--321167	140	2.1	138	85	3	381	31	28	14	26	1.94
324548--324642	5	20.4	5	70	18	53	16	2	5	75	1.08
324561--324639	18	4.7	18	70	19	71	17	2	3	75	1.06
324565--324641	27	2.8	27	82	9	77	18	2	3	75	1.07
324550--324639	32	2.8	33	88	9	132	15	2	5	76	1.07
335222--335263	14	2.9	15	86	10	61	80	4	14	0	0.86
335212--335251	7	5.3	7	85	14	53	80	2	17	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335862--335888	14	1.9	14	100	0	54	40	22	14	22	1.90
337788--337842	3	17.7	3	85	7	74	60	0	0	40	0.97
344346--344391	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
359386--359434	25	2.0	25	87	0	71	22	34	24	18	1.96
365318--365378	25	2.4	25	100	0	122	36	31	21	11	1.89
368864--368909	18	2.6	18	85	0	65	36	17	0	45	1.49
369145--369189	23	2.0	23	90	0	72	26	22	24	26	2.00
375042--375087	18	2.6	18	85	0	65	36	17	0	45	1.49
375333--375377	23	2.0	23	86	0	63	31	22	26	20	1.98
377928--377984	27	2.1	27	83	6	71	54	17	5	22	1.63

Tables:   1   2   3   4   5