genome.fa.s9387.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009387.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113279_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  929501

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814493--814585	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
814512--814646	41	3.3	41	85	4	157	37	22	20	20	1.95
814574--814647	20	3.7	20	78	10	78	33	25	16	24	1.95
814573--814659	20	4.3	20	75	15	72	34	25	14	25	1.94
815168--815234	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
815230--815361	19	7.1	19	78	11	130	12	21	21	45	1.84
815235--815311	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
817364--817486	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
817420--817486	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
818841--818876	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
819056--819153	19	5.7	19	69	22	90	12	24	19	43	1.85
819060--819153	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
821418--821442	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
821617--821669	23	2.3	23	84	9	72	37	20	16	24	1.93
822702--822759	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
822783--822840	14	3.8	14	79	20	71	10	20	18	50	1.76
822765--822835	33	2.2	33	81	0	79	21	19	19	39	1.93
822797--822931	19	7.4	19	88	8	208	14	21	17	46	1.83
822781--822931	38	4.3	35	92	4	193	14	21	17	46	1.84
824912--825039	18	6.9	18	87	7	184	42	22	22	12	1.87
825068--825125	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
825051--825141	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825126--825171	20	2.4	19	82	7	56	17	23	21	36	1.94
825135--825179	20	2.3	19	92	3	72	15	20	26	37	1.92
825115--825179	19	3.4	19	80	4	76	15	20	24	40	1.91
825652--825696	18	2.5	18	77	0	54	11	15	44	28	1.81
827518--827569	20	2.6	20	93	0	86	25	19	28	26	1.98
827498--827611	20	5.7	20	76	10	81	26	16	23	33	1.96
827537--827614	41	1.9	41	86	0	111	24	15	21	38	1.92
827537--827632	41	2.3	41	80	3	104	22	18	21	36	1.95
827619--827712	20	4.7	20	82	2	125	17	21	19	42	1.89
827585--827704	61	2.0	61	90	3	188	19	20	18	41	1.90
834620--834667	20	2.6	18	83	9	53	41	2	6	50	1.39
834803--834882	12	6.4	12	71	8	52	38	12	3	45	1.60
836438--836652	105	2.0	106	85	7	287	47	20	13	19	1.81
837662--837742	3	27.7	3	79	18	91	66	1	0	32	0.99
837662--837742	16	5.5	15	80	18	91	66	1	0	32	0.99
839898--839946	19	2.5	19	83	3	62	30	30	16	22	1.96
839960--840006	20	2.3	20	88	0	76	36	23	17	23	1.95
840870--840903	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
843146--843181	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
843408--843483	20	3.8	20	75	0	80	23	19	19	36	1.95
843542--843690	64	2.3	64	90	2	228	50	17	3	28	1.62
845045--845106	21	3.0	21	75	0	61	20	19	37	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845052--845161	42	2.6	42	86	0	148	24	16	36	22	1.94
845052--845156	21	5.1	20	77	8	102	23	16	36	23	1.94
847166--847236	20	3.5	20	94	0	115	53	18	16	11	1.72
847576--847622	22	2.1	22	96	0	85	19	14	44	21	1.86
847584--847629	22	2.1	22	95	0	83	19	15	45	19	1.85
847777--847827	20	2.5	20	90	0	75	19	13	23	43	1.87
847821--847861	21	2.0	21	100	0	82	39	9	24	26	1.86
848585--848645	25	2.4	25	97	2	113	44	14	13	27	1.83
849173--849289	21	5.7	21	81	4	121	21	24	17	36	1.94
851098--851125	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
851099--851132	14	2.4	14	90	0	50	44	20	23	11	1.84
851087--851195	53	2.1	52	87	1	155	44	19	22	13	1.85
851137--851230	33	2.8	33	96	0	170	42	19	24	13	1.87
851087--851234	19	8.5	19	68	22	101	43	19	23	13	1.87
851230--851292	19	3.3	19	93	0	99	15	15	23	44	1.86
851240--851324	19	4.7	19	75	16	74	14	18	21	45	1.84
851431--851466	14	2.6	14	95	0	63	41	25	0	33	1.55
852854--852933	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
853358--853459	19	5.6	19	72	11	97	46	19	20	13	1.84
853486--853580	19	5.2	19	77	16	76	11	22	17	48	1.79
853496--853580	39	2.4	34	82	11	100	10	22	18	48	1.79
853517--853578	20	3.2	20	86	4	99	9	22	17	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853671--854046	94	4.1	94	93	3	604	47	18	12	22	1.81
855741--855789	20	2.5	20	86	3	64	51	22	18	8	1.72
855801--855870	33	2.1	33	89	0	104	11	21	17	50	1.77
855847--855910	21	3.1	21	80	6	78	10	20	15	53	1.72
855854--855925	20	3.6	19	77	5	63	13	15	18	52	1.74
855894--855932	20	2.0	20	89	0	60	20	7	17	53	1.68
856477--856570	20	4.7	20	81	7	118	19	20	17	43	1.88
856477--856570	41	2.3	40	87	1	134	19	20	17	43	1.88
856567--856612	21	2.2	21	84	7	58	36	17	26	19	1.94
859620--859733	42	2.7	40	78	9	120	31	21	19	27	1.97
859786--859927	57	2.5	57	83	4	169	42	17	13	26	1.86
859976--860125	55	2.7	55	86	3	205	42	17	6	34	1.75
859953--860149	55	3.6	54	76	12	188	40	17	9	32	1.82
866209--866274	6	10.3	6	75	12	60	48	12	18	21	1.80
866209--866259	14	3.8	14	79	10	70	49	9	19	21	1.77
866211--866271	26	2.3	26	100	0	122	45	11	19	22	1.82
868607--868721	60	1.9	60	81	0	140	36	18	13	31	1.90
869775--869941	60	2.8	61	80	8	200	34	19	4	41	1.72
871718--872164	228	2.0	226	94	1	788	44	8	7	39	1.62
872229--872274	20	2.3	20	78	10	58	56	8	15	19	1.65
872396--872442	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
872405--872447	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874500--874548	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
874667--876026	198	6.9	198	96	1	2486	36	15	16	31	1.90
876483--876546	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
876483--876555	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
876912--876974	23	2.8	23	85	2	83	34	6	20	38	1.78
876912--876983	23	3.2	23	84	5	76	33	5	20	40	1.76
877250--877300	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
877548--877584	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
877840--877926	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
878327--878390	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
878327--878399	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
885844--885883	20	2.0	20	85	4	55	50	5	20	25	1.68
886021--886117	49	2.0	49	100	0	194	55	5	4	35	1.41
886089--886119	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
890739--890767	15	1.9	15	100	0	58	48	27	6	17	1.72
890904--891265	179	2.0	181	91	4	590	41	3	8	46	1.51
891955--892067	59	1.9	60	83	8	151	40	15	3	40	1.64
891949--892079	59	2.2	60	76	11	144	39	19	3	38	1.67
897711--897823	60	1.9	60	88	3	174	31	19	14	34	1.91
904509--904534	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
908392--908449	30	1.9	30	89	0	89	24	24	37	13	1.91
911217--911255	18	2.1	19	90	4	62	64	5	10	20	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922971--923008	20	1.9	20	88	0	58	26	34	26	13	1.93
925598--925641	23	2.0	23	81	4	54	50	11	2	36	1.51
926461--926503	18	2.4	19	84	7	54	69	4	6	18	1.29

Tables:   1   2   3   4   5

The End!