genome.fa.s9405.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009405.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113337_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1310060

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
469--665	35	5.5	34	82	12	209	41	9	4	45	1.56
467--694	38	6.2	37	85	6	207	41	10	3	44	1.55
1534--1582	11	4.5	11	82	5	64	18	2	18	61	1.45
1534--1582	21	2.3	22	85	3	64	18	2	18	61	1.45
3501--3549	11	4.5	11	84	5	73	16	2	20	61	1.44
3501--3549	21	2.3	22	89	3	73	16	2	20	61	1.44
15318--15381	27	2.4	27	86	0	83	56	0	3	40	1.15
16164--16224	31	2.0	31	86	0	86	50	4	8	36	1.54
19052--19100	22	2.2	22	82	7	64	38	2	2	57	1.22
23951--24028	23	3.5	21	70	19	52	39	0	6	53	1.26
24435--24486	27	1.9	27	92	7	88	32	0	7	59	1.26
24441--24498	27	2.1	27	81	6	64	37	0	5	56	1.21
36553--36633	38	2.1	39	84	6	103	46	1	3	48	1.27
36584--36634	19	2.7	20	75	9	52	45	0	5	49	1.26
36618--36679	22	2.7	22	75	9	54	41	1	1	54	1.19
46769--46885	61	1.9	60	82	5	146	22	22	29	25	1.99
48751--48851	21	4.8	21	74	7	87	35	22	17	23	1.95
48857--49011	20	7.7	20	83	4	204	32	25	19	21	1.97
48838--49011	60	2.9	60	81	4	224	34	25	18	20	1.96
49158--49212	22	2.5	22	81	0	74	23	40	16	20	1.91
49394--49464	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
49543--49620	41	1.9	41	97	0	147	44	16	25	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49544--49619	21	3.7	21	83	3	109	46	17	25	11	1.82
49604--49659	14	3.6	14	74	21	58	42	23	23	10	1.85
49602--49676	33	2.3	33	90	0	114	46	24	20	9	1.79
49672--49769	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
49694--49783	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
49677--49791	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
51490--52144	93	7.1	93	98	0	1267	21	12	19	46	1.83
52192--52320	19	7.3	19	75	17	125	46	28	16	8	1.76
52228--52320	33	2.8	32	91	4	150	47	27	17	7	1.74
52192--52320	52	2.5	52	72	14	131	46	28	16	8	1.76
52316--52434	19	6.8	19	78	18	132	10	20	21	47	1.80
52338--52394	14	3.7	14	79	20	69	10	21	21	47	1.80
52321--52413	33	2.8	33	98	0	177	11	20	19	48	1.80
52385--52450	19	3.4	19	83	6	80	12	16	25	45	1.82
54370--54405	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
54512--54608	19	5.4	19	85	12	150	46	17	21	14	1.84
54512--54626	52	2.2	52	98	0	221	45	17	23	13	1.84
54633--54853	33	6.5	33	79	13	227	13	23	18	45	1.84
54633--54786	53	2.9	52	97	1	290	13	24	17	44	1.85
54633--54853	86	2.6	86	82	7	315	13	23	18	45	1.84
57123--57147	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
57322--57368	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58050--58279	20	11.5	20	84	1	219	20	18	24	37	1.94
58266--58348	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
58246--58344	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
65521--65566	20	2.3	20	96	0	83	26	23	19	30	1.98
72728--72774	23	2.0	23	95	0	85	36	14	14	34	1.88
73739--73766	10	2.8	10	100	0	56	50	10	17	21	1.77
78124--78221	41	2.4	41	98	0	187	17	20	25	36	1.94
78149--78282	20	6.6	20	78	3	151	15	20	23	39	1.91
78149--78282	61	2.2	61	98	0	259	15	20	23	39	1.91
78125--78323	102	2.0	102	94	0	353	19	20	23	37	1.94
78210--78366	41	3.9	41	85	5	196	20	20	22	36	1.95
78354--78407	22	2.5	22	81	0	72	18	14	27	38	1.90
79017--79062	5	8.6	5	95	2	56	0	17	47	34	1.48
79096--79243	20	7.6	20	64	21	73	37	25	20	16	1.93
79145--79265	41	2.9	41	87	6	129	38	25	19	17	1.93
79168--79265	41	2.4	40	91	5	160	36	26	18	18	1.94
79191--79264	21	3.6	20	74	3	76	33	27	18	20	1.96
88694--88735	20	2.0	21	82	13	52	28	16	11	42	1.84
88765--88821	26	2.2	26	96	0	105	31	22	21	24	1.98
94956--95040	31	2.7	31	83	5	109	50	9	2	37	1.48
95290--95318	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
96792--97098	155	2.0	155	99	0	607	30	22	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97924--97972	24	2.1	23	85	7	64	40	4	18	36	1.70
98158--98191	17	2.0	17	94	0	59	41	20	0	38	1.53
112176--112212	19	1.9	19	100	0	74	24	10	10	54	1.67
114084--114109	9	2.9	9	100	0	52	46	23	7	23	1.78
114224--114262	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
116157--116222	22	3.1	22	72	14	50	54	0	4	40	1.21
118080--118122	20	2.1	21	86	4	61	44	0	2	53	1.13
119103--119137	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
119137--119162	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
120064--120114	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
120481--120519	20	2.0	20	89	0	60	5	35	41	17	1.72
121655--122208	106	5.3	106	88	3	784	21	18	25	33	1.97
121678--122208	204	2.6	206	88	3	753	21	18	26	33	1.96
123028--123052	8	3.1	8	100	0	50	0	0	12	88	0.53
136778--136843	21	3.3	20	73	12	64	34	3	0	62	1.11
137871--137919	24	2.0	24	92	0	80	26	16	12	44	1.82
139996--140054	28	2.1	28	81	9	66	42	1	6	49	1.39
142122--142183	16	3.9	16	95	0	106	56	12	1	29	1.46
142283--142319	10	3.6	10	89	7	56	56	10	0	32	1.34
148988--149035	21	2.3	21	96	0	87	31	33	18	16	1.94
149055--149272	21	10.3	21	69	17	105	21	18	23	36	1.95
149043--149190	65	2.3	63	90	6	226	22	18	21	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149117--149287	42	4.0	42	93	1	270	20	20	23	35	1.96
149077--149287	65	3.3	64	78	11	193	20	19	23	36	1.95
149371--149418	6	8.5	6	93	2	66	31	54	14	0	1.41
149387--149421	5	6.6	5	96	3	52	25	54	20	0	1.45
149373--149427	15	3.4	16	82	7	58	30	50	18	0	1.47
150159--150228	19	3.5	19	78	14	68	37	25	15	21	1.93
150156--150291	61	2.2	62	86	2	184	37	23	17	21	1.94
150230--150336	21	5.0	21	81	3	81	35	20	21	22	1.96
150181--150317	42	3.3	42	72	9	138	35	24	19	20	1.96
152799--152825	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
154283--154365	29	2.8	29	88	1	130	42	9	14	33	1.78
157716--157745	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
158978--159060	29	2.8	29	87	1	121	40	10	15	32	1.82
162228--162264	19	1.9	19	88	0	56	35	29	13	21	1.92
162376--162457	21	3.9	21	95	0	146	20	29	21	28	1.98
162553--162604	16	3.1	17	78	13	63	36	0	3	59	1.16
162957--163008	16	3.1	17	78	13	63	36	0	3	59	1.16
163165--163248	21	4.0	21	90	6	125	29	21	27	21	1.98
163238--163287	21	2.4	21	93	0	82	28	26	22	24	1.99
164594--164897	149	2.0	149	95	1	547	34	21	17	26	1.95
165446--165497	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
166157--166297	64	2.2	64	85	2	185	28	19	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169426--169470	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
169438--169754	149	2.1	151	92	3	534	34	21	17	26	1.95
170301--170336	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
170980--171140	64	2.5	63	85	8	200	26	21	18	33	1.96
174199--174318	60	2.0	61	85	8	165	31	25	5	37	1.78
182716--182786	31	2.3	31	100	0	142	46	0	2	50	1.16
182701--182786	31	2.9	30	91	6	124	47	0	2	50	1.14
182737--182790	17	3.4	17	66	23	53	44	0	1	53	1.11
189142--189238	49	2.0	49	83	0	122	38	22	9	29	1.85
195044--195160	62	1.9	61	79	10	132	46	16	5	32	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6