genome.fa.s9405.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009405.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113337_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1310060

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660191--660240	23	2.2	23	92	0	82	32	16	22	30	1.95
662827--662960	15	8.5	15	75	9	106	0	28	14	55	1.45
662868--662971	18	6.1	18	67	15	69	0	30	14	54	1.40
662830--662962	33	4.1	33	83	2	164	0	28	15	55	1.45
664909--665222	152	2.1	153	91	1	513	38	11	14	35	1.82
665415--665443	14	2.1	14	100	0	58	13	31	6	48	1.69
671012--671058	18	2.6	18	96	0	85	17	8	4	70	1.29
671959--672146	85	2.2	85	95	0	331	43	17	8	30	1.79
672901--672966	28	2.4	28	100	0	132	59	6	3	31	1.37
678033--678058	3	8.7	3	100	0	52	0	34	30	34	1.58
679292--679325	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
680432--680507	35	2.2	35	90	0	116	36	1	22	39	1.63
684646--685005	184	2.0	184	100	0	720	15	36	11	37	1.83
694561--694652	47	2.0	47	91	0	148	40	6	14	39	1.71
695467--695507	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
696726--696782	21	2.7	21	75	0	51	47	19	7	26	1.74
697487--697546	23	2.6	23	86	0	93	56	15	11	16	1.67
698064--698106	2	21.5	2	86	9	61	44	0	4	51	1.22
698232--698270	16	2.5	16	87	4	53	25	0	5	69	1.09
698232--698277	15	3.0	15	84	6	56	23	0	4	71	1.03
699883--699959	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
699836--699959	63	2.0	63	82	6	153	25	29	28	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700835--700875	5	7.8	5	84	10	55	4	21	53	19	1.63
700845--700878	17	2.0	17	100	0	68	11	23	47	17	1.81
700872--700960	9	9.3	9	76	11	79	30	28	25	15	1.96
700879--700960	19	4.3	18	83	9	83	30	28	25	15	1.96
700923--700961	21	1.9	21	89	5	62	33	23	25	17	1.96
707178--707254	31	2.5	31	78	2	82	28	31	25	14	1.95
707131--707254	63	2.0	63	80	6	144	26	29	27	16	1.97
708127--708169	22	2.0	22	95	0	77	9	23	46	20	1.79
708198--708256	20	2.9	20	87	9	84	30	25	27	16	1.97
710270--710310	18	2.2	18	86	8	55	34	7	9	48	1.64
720424--720457	15	2.3	15	89	0	50	41	35	5	17	1.74
731235--731282	25	1.9	25	91	0	78	29	18	14	37	1.91
741813--741846	15	2.3	15	89	0	50	41	35	5	17	1.74
752603--752650	25	1.9	25	91	0	78	29	18	14	37	1.91
761443--761496	18	3.0	18	91	0	90	24	20	33	22	1.97
761449--761507	18	3.3	17	81	11	73	22	20	30	27	1.98
761479--761535	28	2.0	28	90	6	89	17	21	33	28	1.96
763996--764065	34	2.1	34	100	0	140	45	20	14	20	1.85
785596--785662	33	2.0	33	100	0	134	31	20	11	35	1.89
788363--788548	102	1.8	102	91	0	309	22	18	28	30	1.98
791151--791301	74	2.0	76	97	2	288	29	23	17	30	1.97
794837--794888	2	26.5	2	96	3	97	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800318--800379	21	3.0	20	81	9	79	20	25	17	35	1.95
800369--800420	21	2.5	21	81	3	61	40	17	21	21	1.91
800409--800503	20	4.7	20	75	7	84	34	24	18	22	1.96
801237--801286	24	2.1	24	92	0	82	26	16	20	38	1.92
803776--803851	20	3.8	20	84	3	82	38	19	25	17	1.93
803816--803866	20	2.6	20	93	3	86	43	17	21	17	1.88
805489--805580	42	2.2	42	84	1	123	21	15	42	20	1.89
805943--806030	20	4.4	20	85	1	106	36	22	25	15	1.94
806003--806061	19	3.4	19	73	22	74	47	20	18	13	1.82
806019--806077	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
806003--806081	33	2.4	33	97	0	149	46	22	18	11	1.81
806108--806156	19	2.5	20	73	3	55	14	22	20	42	1.88
808072--808127	20	2.8	20	91	0	85	50	23	16	10	1.76
808075--808143	20	3.5	20	89	0	84	42	24	17	15	1.88
808420--808477	22	2.6	22	88	0	89	18	15	44	20	1.86
810815--810971	28	5.6	28	97	0	289	38	21	22	17	1.93
810958--811016	31	2.0	29	90	6	91	32	18	22	27	1.97
810958--811023	31	2.3	28	85	12	82	33	19	22	24	1.97
815812--815949	29	4.6	29	76	10	134	25	8	12	53	1.66
815812--815949	59	2.3	60	83	5	181	25	8	12	53	1.66
815812--815949	32	4.6	32	72	14	96	25	8	12	53	1.66
816765--816790	7	3.7	7	100	0	52	61	0	26	11	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817496--817542	18	2.7	18	90	3	69	36	8	27	27	1.86
827745--827779	4	8.8	4	100	0	70	25	0	0	74	0.82
828279--828307	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
828453--828555	39	2.6	39	75	13	113	46	0	14	37	1.51
829112--829157	23	2.0	23	95	0	83	34	15	8	41	1.78
829300--829695	197	2.0	198	92	1	661	36	10	14	38	1.81
830502--830680	61	3.0	60	80	4	200	31	13	11	43	1.80
830517--830686	59	2.8	61	77	7	193	30	14	11	43	1.81
830746--830828	41	2.0	41	100	0	166	38	7	14	39	1.74
831900--832024	39	3.2	39	84	4	171	45	14	7	32	1.72
833235--833262	12	2.3	12	100	0	56	50	0	0	50	1.00
833773--834821	565	1.9	553	83	7	1364	38	11	15	34	1.84
858620--858666	24	2.0	24	84	8	62	12	27	8	51	1.69
860534--860635	22	5.0	22	76	18	121	29	27	21	21	1.99
860534--860630	18	4.9	18	79	14	95	28	28	21	20	1.98
860534--860635	40	2.5	40	95	0	177	29	27	21	21	1.99
865128--865172	21	2.1	21	84	8	56	37	17	0	44	1.49
866956--866980	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
874751--874807	24	2.4	24	88	5	80	17	12	28	42	1.85
876097--876176	42	1.9	42	89	0	124	31	16	7	45	1.75
890285--890317	12	2.8	12	95	0	57	42	36	9	12	1.74
891972--892053	23	3.8	22	84	6	96	18	25	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898444--898649	100	2.1	100	97	0	385	29	18	19	32	1.96
902300--902544	120	2.0	120	100	0	490	31	14	13	40	1.85
905054--905081	3	9.3	3	100	0	56	0	64	0	35	0.94
905080--905119	3	13.3	3	100	0	80	0	35	0	65	0.93
905160--905190	15	2.0	16	93	6	55	58	25	9	6	1.54
913084--913160	3	25.7	3	91	0	127	0	29	0	70	0.88
914029--914108	26	2.8	29	81	12	78	66	1	26	6	1.23
914647--914677	14	2.1	15	94	5	55	41	6	0	51	1.27
914915--914965	21	2.5	20	79	17	61	58	0	3	37	1.16
928830--928878	21	2.3	21	100	0	98	48	24	14	12	1.77
933914--933953	21	1.9	21	94	0	71	57	0	2	40	1.12
935849--935939	40	2.2	41	86	5	123	31	14	4	49	1.63
935862--935947	41	2.1	40	84	2	109	32	17	4	45	1.69
939091--939137	23	2.1	23	88	4	69	61	2	2	34	1.20
952108--952141	15	2.3	15	89	0	50	26	20	0	52	1.46
951360--952790	715	2.0	713	93	2	2469	34	14	14	36	1.87
953279--953465	60	3.1	58	76	8	153	39	5	22	32	1.78
955216--955271	28	2.0	28	100	0	112	67	7	14	10	1.40
955493--955551	23	2.6	23	88	0	91	22	35	13	28	1.92
955515--955598	35	2.4	35	93	0	141	23	38	11	26	1.90
955515--955596	12	7.0	12	65	5	51	23	39	12	25	1.89
959070--959166	48	2.0	48	97	0	185	44	17	10	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
962481--962536	28	2.0	28	100	0	112	50	3	14	32	1.60
962487--962536	17	3.3	17	69	30	58	52	4	12	32	1.57
969692--969744	25	2.1	25	100	0	106	28	20	20	30	1.98
972403--972444	17	2.3	18	80	12	50	40	9	4	45	1.58
987556--987602	24	2.0	24	91	0	76	6	23	34	36	1.80
996741--997086	174	2.0	171	87	1	494	30	30	11	27	1.92
1001077--1001123	21	2.2	21	96	0	85	19	23	6	51	1.70
1001227--1001340	45	2.5	45	85	5	149	37	9	8	43	1.69
1001937--1002026	34	2.7	33	71	22	89	38	3	10	47	1.53
1005618--1006015	68	5.9	68	88	3	612	28	12	12	46	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6