genome.fa.s9405.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009405.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113337_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1310060

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195174--195215	16	2.7	15	85	7	50	57	2	2	38	1.25
196291--196322	12	2.7	12	95	0	55	25	46	18	9	1.79
198020--198077	29	2.0	29	96	0	107	17	5	15	62	1.50
200929--200974	20	2.3	20	84	0	65	32	0	0	67	0.91
201065--201157	48	1.9	48	82	6	116	19	33	29	18	1.95
202350--202455	41	2.6	41	90	0	176	18	18	25	36	1.94
202375--202447	20	3.6	20	75	3	83	10	21	27	39	1.87
202484--202552	19	3.5	19	69	11	66	39	23	20	17	1.92
202484--202571	41	2.2	40	93	4	151	38	23	20	17	1.93
202560--202657	20	4.8	21	80	2	83	36	25	18	19	1.94
202584--202631	20	2.4	20	100	0	96	43	22	22	10	1.84
202521--202658	61	2.3	62	85	7	185	37	23	18	19	1.94
205966--206028	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
205553--206765	490	2.5	490	98	0	2365	39	10	7	41	1.69
206456--206518	23	2.7	23	90	0	90	38	19	4	38	1.73
207845--207919	3	25.0	3	77	0	78	24	33	6	36	1.81
207855--207936	36	2.3	36	91	0	128	20	32	8	37	1.83
207849--207936	12	7.3	12	85	0	95	21	32	7	37	1.83
207873--207936	18	3.6	18	75	8	67	18	32	9	39	1.83
209400--209977	201	2.9	200	94	2	1000	30	17	14	37	1.90
210084--210144	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
210096--210144	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211935--212000	33	2.0	33	84	0	87	27	43	0	28	1.55
212034--212098	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
214122--214174	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
214501--214561	20	3.1	19	84	13	79	18	16	9	55	1.67
214286--214759	182	2.6	181	86	2	612	27	16	12	43	1.84
230400--230473	33	2.2	33	90	0	121	27	18	12	41	1.86
230413--230489	33	2.6	29	81	10	84	24	19	10	45	1.81
231054--231082	13	2.1	14	93	6	51	17	17	13	51	1.76
231780--231839	28	2.1	28	96	0	111	21	13	15	50	1.78
236348--236385	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
248457--248538	35	2.4	34	84	8	105	37	0	1	60	1.04
248424--248531	35	3.1	33	80	11	94	34	0	3	62	1.13
248679--248732	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
250314--250407	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
250930--251026	33	2.9	34	85	3	133	58	4	1	36	1.24
250958--251010	28	1.9	27	81	11	63	64	1	0	33	1.05
250928--251033	34	3.2	33	82	8	133	57	4	0	36	1.26
251427--252086	128	5.2	127	96	1	1151	31	20	24	23	1.98
253651--253788	74	1.9	74	81	0	168	39	13	21	26	1.90
255571--255624	26	2.2	26	90	6	85	51	0	11	37	1.37
257081--257140	24	2.5	24	97	2	113	53	0	6	40	1.27
257167--257210	23	2.0	22	82	13	54	36	2	4	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265051--265102	16	3.2	16	73	26	56	46	0	17	36	1.48
273071--273160	39	2.3	39	92	0	144	16	26	24	32	1.96
273868--273993	42	3.0	42	88	0	189	30	18	32	19	1.95
275169--275218	17	2.6	21	78	18	63	36	0	0	64	0.94
275840--275893	8	6.8	8	82	6	56	33	0	0	66	0.92
276799--276842	14	2.7	18	73	26	60	40	20	13	25	1.89
279352--279431	31	2.6	30	80	5	106	55	0	12	32	1.38
279377--279424	15	3.2	14	76	23	53	45	0	16	37	1.48
279367--279418	16	3.2	17	77	22	67	44	0	19	36	1.51
286409--286693	141	2.0	141	99	0	561	38	14	17	28	1.89
292242--292288	25	1.9	24	91	4	76	70	12	4	12	1.31
292623--292653	16	1.9	16	93	0	53	51	22	19	6	1.69
293227--293276	20	2.5	20	90	3	73	50	14	6	30	1.66
297363--297401	20	2.0	20	84	0	51	41	7	15	35	1.76
297618--297679	28	2.2	28	100	0	124	30	12	11	45	1.78
304097--304133	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
313273--313355	4	20.8	4	97	0	157	51	24	0	24	1.48
314545--314662	57	2.1	57	93	0	200	36	11	18	33	1.88
315036--315067	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
318275--318303	15	1.9	15	100	0	58	44	0	0	55	0.99
318740--318866	64	2.0	64	92	0	209	48	5	10	36	1.61
320999--321069	31	2.3	31	82	7	81	30	4	5	59	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324290--324330	21	1.9	22	90	5	66	12	4	21	60	1.50
326239--326311	22	3.4	20	73	19	58	57	8	0	34	1.28
336060--336222	65	2.5	64	85	3	220	27	15	26	30	1.96
336170--336220	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
336064--336271	65	3.2	64	81	11	203	27	17	25	29	1.97
337473--337630	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
337598--337790	20	9.6	20	84	5	246	34	27	19	18	1.95
338170--338240	33	2.2	33	92	0	115	12	22	16	47	1.80
338320--338396	21	3.7	21	81	6	102	48	16	22	12	1.80
338381--338437	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
338374--338453	33	2.4	33	95	0	142	47	22	21	8	1.78
338449--338576	19	7.1	19	71	19	87	10	25	18	45	1.82
338471--338527	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
338454--338576	33	3.5	33	88	10	165	10	24	18	46	1.81
338512--338576	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
340261--340483	93	2.4	93	99	0	437	22	13	18	44	1.85
340613--340704	19	5.4	18	72	24	65	46	28	16	8	1.76
340581--340704	33	3.7	33	90	1	176	45	27	16	9	1.79
340630--340688	14	3.9	14	76	20	64	47	28	15	8	1.74
340700--340872	19	9.6	19	76	12	159	10	20	23	45	1.81
340722--340778	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
340700--340872	33	4.8	38	80	8	168	10	20	23	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342795--342859	14	4.6	14	96	0	121	33	0	21	44	1.53
342966--343063	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
342966--343082	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
343096--343389	34	8.5	34	75	17	177	14	23	16	45	1.84
343078--343366	53	5.5	52	85	9	301	14	22	16	46	1.84
343096--343338	87	2.8	86	94	3	405	13	23	16	45	1.84
345651--345675	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
345850--345896	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
346589--346817	20	11.4	20	87	1	253	19	17	25	36	1.94
347583--347636	27	2.0	27	92	0	90	27	11	18	42	1.84
351874--351917	17	2.6	17	86	13	56	70	0	6	22	1.11
352243--352276	16	2.1	16	88	0	50	32	17	20	29	1.96
352510--352546	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
353840--353922	29	2.8	30	92	3	141	30	12	6	51	1.62
362917--362953	19	1.9	19	89	10	58	48	21	5	24	1.71
373803--373888	44	2.0	44	90	0	136	17	17	23	41	1.89
385210--385259	10	5.0	10	81	18	52	36	0	0	64	0.94
385211--385252	9	4.7	9	85	14	52	33	0	0	66	0.92
385323--385388	33	2.0	33	91	5	107	40	19	12	27	1.87
385687--385749	26	2.5	26	80	12	69	25	7	0	66	1.18
385922--385950	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
387597--387629	17	1.9	17	88	11	50	42	30	0	27	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
388072--388149	15	5.2	15	93	0	138	30	33	21	14	1.93
388072--388149	30	2.6	30	100	0	156	30	33	21	14	1.93
388234--388307	29	2.6	29	95	2	132	18	22	16	41	1.89
388730--388816	19	4.7	19	70	18	76	24	27	17	31	1.97
392360--392471	37	3.1	37	90	2	181	26	23	11	38	1.89
392563--392623	31	2.0	31	87	6	88	45	16	6	31	1.73
392631--392888	83	3.1	82	81	4	288	33	26	17	22	1.96
393231--393290	21	2.9	22	69	18	56	31	0	0	68	0.90
393347--393422	33	2.3	33	84	4	91	38	14	14	32	1.87
393761--393820	20	3.1	19	78	21	54	28	0	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6