genome.fa.s9461.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009461.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113724_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2346588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110--143	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
872--902	16	2.0	16	93	6	55	48	19	25	6	1.72
8590--8650	24	2.5	24	86	5	79	31	18	14	36	1.91
9210--9238	14	2.0	15	93	6	51	13	31	0	55	1.39
14867--14910	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
14887--14949	28	2.2	30	94	5	112	30	0	12	57	1.36
16080--16110	16	1.9	16	100	0	62	45	38	0	16	1.47
30866--30904	15	2.6	15	95	0	69	30	0	7	61	1.24
30936--30980	21	2.1	22	84	12	58	37	2	8	51	1.46
31050--31090	22	1.9	22	95	5	75	34	7	9	48	1.64
31233--31280	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
31272--31434	21	7.1	22	69	18	73	39	0	10	49	1.42
31225--31536	59	5.2	58	87	5	410	41	0	11	46	1.45
31352--31398	13	3.7	13	77	13	53	38	0	17	44	1.48
31363--31443	11	7.0	11	71	20	58	39	0	13	46	1.43
31352--31399	24	2.0	25	87	4	71	39	0	16	43	1.48
31470--31539	14	5.1	14	72	10	63	45	0	11	42	1.40
32022--32208	11	15.6	12	65	22	58	44	1	8	45	1.41
32194--32231	18	2.1	18	95	0	67	47	2	5	44	1.39
39648--39711	23	2.9	22	76	4	65	26	29	20	23	1.99
42566--42600	10	3.5	10	88	0	52	62	22	2	11	1.41
44357--44473	40	2.8	41	81	10	132	49	11	0	39	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44765--44824	22	2.8	21	77	7	66	41	16	23	18	1.90
44779--44828	24	2.2	22	89	7	73	40	18	24	18	1.91
44871--44907	19	1.9	19	94	0	65	29	16	45	8	1.76
52211--52261	20	2.5	20	96	0	93	31	27	19	21	1.97
53694--53832	36	3.9	36	93	3	244	41	15	17	25	1.88
57286--57328	20	2.3	19	84	8	61	46	4	20	27	1.71
57479--57552	37	2.0	36	82	7	87	45	4	0	50	1.20
58092--58125	17	1.9	18	94	5	61	32	2	5	58	1.37
59072--59157	23	3.7	23	92	0	136	34	15	19	30	1.93
59237--59277	16	2.6	16	88	3	57	29	21	12	36	1.90
60230--60271	15	2.8	15	85	0	57	9	59	16	14	1.60
67966--68013	22	2.2	22	92	0	78	22	25	22	29	1.99
69319--69367	23	2.2	22	96	3	89	28	34	8	28	1.86
78383--78416	18	1.9	18	94	5	61	35	0	2	61	1.11
78468--78507	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
78520--78620	38	2.5	41	82	9	129	38	0	11	49	1.40
78631--78721	44	2.0	48	82	8	118	40	0	9	49	1.36
81102--81141	17	2.5	15	88	8	53	52	0	0	47	1.00
81171--81214	22	2.0	22	95	0	79	45	9	6	38	1.63
81261--81417	11	13.0	11	71	20	84	44	9	1	43	1.47
81261--81465	24	8.3	23	70	20	105	46	8	1	43	1.43
81266--81374	52	2.2	49	88	5	155	44	10	1	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81402--81433	16	2.0	16	93	0	55	46	15	0	37	1.46
81266--81464	11	15.9	12	66	20	72	47	9	1	42	1.44
82910--82966	16	3.3	16	80	17	69	50	7	0	42	1.29
83067--83103	16	2.3	16	90	9	58	0	27	0	72	0.84
83433--83495	28	2.2	30	88	5	94	55	12	3	28	1.52
83562--83611	19	2.6	20	81	12	61	2	36	0	62	1.07
86474--86599	68	1.9	64	82	12	157	42	6	7	44	1.57
88146--88340	65	2.9	67	76	14	177	42	5	5	47	1.47
89989--90019	16	2.0	16	93	6	55	41	6	25	25	1.79
103438--103496	22	2.9	21	74	18	61	64	5	8	22	1.41
104761--104836	31	2.5	31	93	4	129	51	6	6	35	1.54
105902--106745	180	4.7	180	86	5	1120	40	14	17	27	1.88
109049--109092	21	2.1	21	95	0	79	38	11	36	13	1.81
109124--109216	32	2.9	32	95	3	161	29	0	45	25	1.54
112991--113033	22	1.9	22	85	4	59	48	6	32	11	1.66
113729--113811	3	28.3	3	79	9	91	34	2	0	62	1.08
115567--115605	12	3.2	12	89	7	53	53	2	0	43	1.14
115996--116041	17	2.7	17	80	9	58	26	0	2	71	0.97
116035--116067	12	2.5	14	90	9	52	24	6	9	60	1.49
126400--126465	30	2.2	30	84	10	82	83	0	13	3	0.76
126403--126465	8	8.2	8	80	16	71	84	0	12	3	0.75
127593--127795	50	4.1	50	94	0	343	24	13	23	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128509--129079	119	4.9	119	95	2	980	37	13	20	27	1.91
128509--129079	237	2.4	237	94	2	976	37	13	20	27	1.91
129329--129417	3	30.0	3	81	4	101	32	3	0	64	1.10
129314--129387	12	6.7	11	74	22	50	32	6	0	60	1.23
129379--129413	13	2.7	13	86	13	54	25	0	0	74	0.82
133689--133845	36	4.3	37	69	8	99	31	15	12	40	1.85
133686--133825	72	1.9	72	86	0	199	31	15	12	40	1.84
133927--133998	36	2.0	36	91	0	117	25	20	13	40	1.90
133828--134268	101	4.4	101	90	4	660	30	18	13	37	1.89
134117--134184	34	1.9	34	85	5	91	26	20	13	39	1.89
133828--134266	203	2.2	200	92	2	709	30	18	13	38	1.89
134558--134597	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
135876--135900	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
136669--136720	23	2.2	24	90	6	81	42	5	9	42	1.61
137286--137970	199	3.4	199	82	7	745	41	14	14	30	1.85
137988--138040	23	2.3	23	96	0	97	39	18	7	33	1.79
137988--138049	23	2.7	23	87	5	90	38	19	8	33	1.81
138008--138173	87	1.9	87	93	0	287	33	13	10	42	1.79
138089--138145	23	2.5	23	88	0	78	33	14	7	45	1.71
142863--142929	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
143847--143881	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
144468--144507	20	2.0	20	85	0	53	17	27	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147616--147681	22	3.0	22	95	2	116	27	24	27	21	1.99
148595--148629	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
149212--149254	21	2.0	21	86	0	59	16	27	27	27	1.97
150677--150752	35	2.2	35	95	0	134	30	17	14	38	1.89
151847--151873	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
157513--157543	16	2.0	16	93	6	55	48	19	6	25	1.72
158302--158383	36	2.3	35	81	10	96	35	9	12	42	1.75
159887--159994	42	2.6	41	79	4	119	30	29	11	28	1.91
171090--171129	19	2.2	18	90	4	62	40	2	35	22	1.68
173406--173434	10	3.0	10	95	5	51	62	6	0	31	1.22
173407--173436	9	3.2	9	95	4	51	66	3	0	30	1.07
173425--173464	21	1.9	21	94	0	71	52	2	2	42	1.28
183450--183518	36	1.9	36	87	0	102	31	28	15	23	1.95
189109--189161	22	2.6	21	80	13	67	47	1	0	50	1.12
190348--190375	8	3.5	8	100	0	56	35	0	0	64	0.94
196567--196692	65	1.9	65	98	0	243	37	8	21	32	1.84
196567--196756	65	2.9	65	86	4	224	37	7	22	32	1.82
198215--198265	16	3.0	16	79	20	59	49	1	0	49	1.12
198216--198265	19	2.8	18	82	11	68	50	2	0	48	1.12
199366--199400	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
200942--200966	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
203251--203297	22	2.1	22	84	7	60	38	8	34	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208931--209069	42	3.3	42	78	3	102	42	14	17	25	1.87
208988--209084	42	2.3	42	83	0	113	43	19	18	18	1.89
213988--214049	31	2.1	30	90	6	99	30	9	12	46	1.74
214052--214098	24	2.0	24	86	0	67	61	12	12	12	1.57
214052--214104	24	2.2	24	82	0	61	60	13	13	13	1.60
219854--219962	36	3.0	36	90	0	155	38	1	24	34	1.66
225265--225293	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
227795--227836	16	2.6	16	75	14	50	35	0	14	50	1.43
229115--229237	36	3.4	37	86	5	151	56	19	5	17	1.60
232306--232365	3	19.3	3	83	6	75	6	30	0	63	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12