genome.fa.s9573.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009573.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116938_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1247605

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  1  of  6  ( 707 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2843--2878	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
3057--3174	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
3061--3154	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
5435--5459	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
7096--7146	20	2.5	20	93	0	84	33	23	23	19	1.97
7180--7248	14	4.3	15	74	22	52	13	21	18	46	1.83
7191--7238	18	2.6	19	93	6	89	14	20	16	47	1.82
7355--7391	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
8796--8878	43	2.0	43	85	2	114	21	13	43	21	1.87
9302--9359	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
9286--9376	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
9228--9381	19	8.6	19	73	17	114	42	24	20	12	1.87
9393--9450	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
9388--9466	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
9388--9466	14	4.8	17	71	22	62	10	18	24	46	1.80
9451--9505	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
11346--11383	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
11647--11690	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
11879--11973	20	4.7	20	80	2	91	23	17	24	34	1.96
11901--12035	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
11962--12054	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
11962--12057	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15652--15698	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
18484--18628	73	2.0	73	94	0	254	33	17	12	36	1.87
19611--19689	20	3.8	21	67	11	54	30	15	5	49	1.66
19661--19707	19	2.4	20	85	3	60	29	14	6	48	1.69
20963--21027	24	2.8	24	88	2	87	24	36	16	21	1.94
23138--23169	15	2.1	15	94	0	55	25	6	37	31	1.81
24429--24469	16	2.6	16	88	3	57	36	12	21	29	1.90
25599--25631	17	1.9	17	93	0	57	39	12	12	36	1.80
38871--38896	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
40464--40504	22	1.9	22	90	5	66	43	0	7	48	1.30
40495--40521	14	1.9	14	100	0	54	37	7	11	44	1.68
40482--40587	40	2.7	40	77	15	128	40	5	9	44	1.60
40564--40605	22	2.0	21	95	4	75	47	2	7	42	1.43
40571--40737	36	4.5	37	83	7	173	41	3	7	46	1.50
40575--40715	36	3.9	36	85	4	189	41	3	5	48	1.44
40770--40820	5	10.2	5	80	16	61	17	5	0	76	0.98
40770--40820	23	2.3	23	89	3	77	17	5	0	76	0.98
59264--59300	13	2.8	13	87	0	56	27	2	0	70	1.01
65039--65117	2	39.5	2	100	0	158	50	0	0	49	1.00
65211--65255	13	3.5	13	87	0	63	35	13	17	33	1.89
66141--66177	3	12.0	3	94	5	65	64	0	0	35	0.94
67130--67169	20	2.0	21	95	5	73	30	0	27	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72166--72211	21	2.3	19	82	17	65	52	0	2	45	1.13
72531--72715	60	3.1	61	80	7	220	31	21	5	41	1.75
72838--73003	59	2.8	57	78	5	163	39	4	22	33	1.74
72838--73022	60	3.1	57	76	4	172	38	4	22	33	1.76
73888--74129	122	2.0	122	98	0	466	38	9	14	38	1.78
77969--78210	122	2.0	122	95	0	430	37	9	14	38	1.80
84150--84513	122	3.0	122	96	0	674	37	9	14	38	1.79
87432--87470	11	3.5	11	86	10	53	10	17	53	17	1.71
91654--91705	26	2.0	26	100	0	104	15	30	26	26	1.96
93736--93799	24	2.7	24	77	0	65	50	15	9	25	1.74
98271--98301	16	1.9	16	100	0	62	51	19	9	19	1.74
98723--98763	22	1.9	21	90	5	64	24	0	4	70	1.06
100585--100609	12	2.1	12	100	0	50	24	40	0	36	1.55
124758--124857	13	7.9	13	79	14	70	70	0	24	6	1.10
124717--124848	21	6.2	21	74	19	89	70	0	22	6	1.11
124765--124845	24	3.2	24	75	19	76	71	0	23	4	1.05
124782--124857	11	6.9	11	75	23	54	71	0	23	5	1.07
126351--126892	45	12.0	45	84	1	577	24	17	19	38	1.93
126439--126898	179	2.6	179	82	2	528	24	17	19	38	1.93
126664--126947	45	6.0	51	75	17	138	25	19	19	36	1.94
128161--128424	129	2.0	129	84	5	338	33	20	16	29	1.94
128601--128640	3	13.7	3	94	5	73	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130892--130980	45	2.0	45	97	2	171	22	6	20	50	1.71
132124--132185	17	3.6	17	97	0	115	41	0	0	58	0.98
138036--138420	192	2.0	191	97	1	736	33	15	20	31	1.93
139966--140103	36	3.8	36	91	2	215	41	21	19	17	1.90
139966--140160	108	1.8	108	87	2	293	38	23	18	19	1.93
140181--141159	214	4.5	214	91	1	1503	32	16	19	31	1.94
140811--140912	42	2.5	41	78	1	114	24	22	22	30	1.99
143707--143752	17	2.7	17	89	0	65	47	0	0	52	1.00
144708--144772	32	2.0	32	82	14	80	47	18	12	21	1.81
146126--146236	36	3.0	36	74	19	113	40	18	14	27	1.89
146096--146211	36	3.3	35	73	13	110	40	18	15	25	1.90
146096--146236	72	2.0	72	87	2	203	39	19	15	26	1.91
146498--146533	11	3.3	11	85	14	56	63	0	0	36	0.94
160989--161050	32	1.9	32	96	0	115	38	17	9	33	1.83
174880--174939	24	2.5	24	76	10	68	23	15	20	41	1.89
179620--179696	24	3.2	24	83	7	102	24	15	19	40	1.90
181870--181929	31	1.9	31	96	0	111	30	20	16	33	1.94
184181--184207	8	3.4	8	100	0	54	48	0	11	40	1.39
186005--186063	31	1.9	31	89	0	91	28	16	16	37	1.92
189340--189407	29	2.3	29	100	0	136	14	16	7	61	1.54
189359--189409	15	3.5	15	72	5	59	11	15	5	66	1.41
195455--195499	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207480--208250	105	7.4	106	90	3	1138	33	25	18	22	1.97
207815--208120	98	3.0	98	91	5	479	33	25	18	22	1.97
209844--209899	21	2.8	20	78	10	62	35	0	1	62	1.06
209849--209893	23	2.0	23	86	8	65	37	0	2	60	1.09
215676--215703	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
216139--216198	31	1.9	31	83	6	77	50	6	3	40	1.45
220332--220395	23	2.8	22	83	4	83	29	26	21	21	1.99
220411--220627	102	2.1	103	97	0	409	37	24	13	24	1.91
221168--221210	21	2.0	21	86	0	59	18	23	27	30	1.98
227250--227304	23	2.4	23	84	3	67	29	27	23	20	1.99
228061--228101	21	2.0	21	85	0	55	21	19	29	29	1.98
229370--229554	65	2.8	65	94	0	316	31	14	21	32	1.93
231576--231784	95	2.2	96	87	3	307	32	17	23	25	1.97
232131--232612	55	8.8	55	84	3	553	29	19	19	31	1.97
232131--232583	165	2.8	165	86	1	613	29	20	19	30	1.97
234464--234490	6	4.5	6	100	0	54	51	0	48	0	1.00
245828--246076	55	4.5	55	90	0	338	30	20	19	29	1.97
246917--246979	21	3.0	20	77	13	56	42	1	0	55	1.09
247030--247072	21	2.0	21	100	0	86	53	0	9	37	1.33
247088--247155	24	3.0	22	75	14	75	57	4	1	36	1.28
250053--250094	22	1.9	22	85	0	57	30	4	9	54	1.53
257431--257476	14	3.3	14	87	0	56	21	23	4	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257451--257479	14	2.1	14	100	0	58	20	24	0	55	1.44
260541--260624	15	5.3	15	67	13	51	78	2	11	7	1.04
261163--261318	78	2.0	78	89	0	240	44	13	18	23	1.85
262881--262958	41	1.9	40	84	2	102	41	17	5	35	1.72
266283--266339	28	2.1	28	86	3	80	28	47	0	24	1.52
272713--272911	99	2.0	99	100	0	398	25	29	19	26	1.98
273929--273978	21	2.4	21	96	0	91	26	30	16	28	1.96
280540--280908	33	11.1	33	84	2	452	39	18	18	23	1.92
280540--280908	100	3.7	100	84	1	481	39	18	18	23	1.92
280542--280908	133	2.8	133	86	0	500	39	18	19	23	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6