genome.fa.s9573.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009573.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116938_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1247605

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668523--668618	21	4.6	21	74	0	84	23	14	21	39	1.91
670444--670491	18	2.7	18	96	0	87	33	0	52	14	1.42
674706--674759	20	2.7	21	83	11	69	35	16	22	25	1.95
674791--674830	19	2.1	19	90	9	64	30	22	25	22	1.99
677935--678249	54	5.8	54	89	0	477	33	18	16	32	1.93
680627--680785	85	1.9	83	85	10	223	43	5	5	45	1.49
680698--680729	16	2.1	15	94	5	55	43	6	6	43	1.54
680646--680789	40	3.5	41	77	17	131	42	5	4	47	1.46
680691--680788	40	2.4	41	86	8	139	42	6	4	46	1.47
688442--688478	18	2.1	18	94	0	65	27	32	18	21	1.97
688670--688704	17	2.1	17	94	0	61	28	28	20	22	1.98
688379--688835	226	2.0	230	97	1	877	32	24	12	30	1.93
693146--693186	21	2.0	21	95	0	73	34	14	14	36	1.87
693148--693193	21	2.2	21	88	0	65	39	13	13	34	1.83
698991--699018	6	4.7	6	100	0	56	53	0	0	46	1.00
700264--700299	14	2.4	15	86	13	56	75	0	2	22	0.94
700457--700593	40	3.3	41	76	13	120	41	7	2	48	1.46
700536--700578	22	2.0	22	86	4	61	34	4	2	58	1.32
700560--700620	22	2.7	22	82	5	68	44	8	1	45	1.43
700538--700593	22	2.5	23	75	16	55	37	7	1	53	1.39
700582--700649	26	2.5	27	83	4	84	45	2	1	50	1.26
700631--700686	2	28.0	2	82	13	71	48	5	0	46	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703730--703774	22	2.1	21	83	4	54	55	11	13	20	1.68
708030--708082	14	3.6	14	75	10	52	30	1	0	67	1.01
708844--708889	21	2.2	21	92	0	74	39	13	17	30	1.87
710398--710431	17	1.9	18	88	5	52	14	2	14	67	1.34
714267--714306	21	1.9	21	89	0	62	12	12	15	60	1.60
714330--714374	21	2.1	21	87	0	63	44	2	15	37	1.59
715949--716200	75	3.4	74	82	3	290	40	12	13	34	1.81
718184--718243	24	2.5	24	94	0	111	25	23	20	31	1.98
718231--718370	63	2.2	60	78	13	140	25	22	19	32	1.97
719287--719472	100	1.9	98	90	2	300	36	13	11	38	1.81
725474--725511	14	2.9	14	84	11	53	65	0	2	31	1.06
727381--728072	196	3.5	197	81	7	737	30	14	14	40	1.86
730575--732623	199	10.2	200	87	4	2887	27	15	15	41	1.87
730575--732626	397	5.1	398	92	3	3360	27	15	15	42	1.87
732000--732045	21	2.2	21	100	0	92	32	19	13	34	1.90
735615--736896	196	6.5	199	92	2	2112	27	15	15	41	1.87
735615--736896	394	3.3	394	92	2	2104	27	15	15	41	1.87
737241--737289	19	2.6	19	90	3	73	57	10	2	30	1.43
738730--738765	18	2.0	18	94	0	63	5	41	0	52	1.24
740676--740724	19	2.6	20	81	12	68	40	16	0	42	1.48
741379--742743	182	7.6	182	81	7	1414	27	14	13	44	1.82
741716--742038	164	2.0	163	85	3	443	28	12	12	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741879--742736	183	4.7	183	85	3	1074	26	14	13	45	1.82
742672--742710	20	1.9	21	89	5	62	12	15	23	48	1.79
744657--744722	34	1.9	34	84	0	87	51	22	7	18	1.71
744746--744872	66	2.0	63	89	7	193	28	15	4	51	1.64
744814--745082	142	1.9	142	93	4	465	27	11	6	53	1.61
745221--745406	93	2.0	93	100	0	372	40	20	9	29	1.84
745365--745480	58	2.0	58	100	0	232	36	27	12	24	1.91
745498--745524	13	2.1	13	100	0	54	37	18	7	37	1.79
746788--746934	66	2.2	65	79	5	161	19	30	14	36	1.91
747964--748076	58	1.9	58	80	8	131	30	12	6	51	1.64
750021--750070	23	2.1	24	96	3	93	26	18	8	48	1.75
754089--754134	21	2.2	21	100	0	92	34	26	10	28	1.90
755633--755683	19	2.7	19	100	0	102	23	25	21	29	1.99
766610--766661	22	2.3	23	90	6	81	84	3	9	1	0.82
766618--766663	11	4.1	11	91	2	74	86	4	8	0	0.68
767692--767770	37	2.1	37	95	0	140	31	8	30	29	1.88
767989--768539	54	9.9	54	84	7	647	34	22	24	18	1.96
768334--768465	68	1.9	68	87	3	194	35	24	19	20	1.96
768398--768565	54	3.2	52	80	10	173	35	20	21	22	1.96
768550--768744	55	3.5	55	85	2	250	31	16	22	29	1.96
768932--768970	3	13.7	3	89	10	64	30	0	0	69	0.89
768932--768970	8	4.6	9	93	6	64	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772788--772953	89	1.9	90	98	1	325	23	12	15	49	1.77
773470--773512	6	7.2	6	89	10	70	16	16	18	48	1.81
775588--775614	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
775626--775658	16	2.1	16	88	5	50	81	0	15	3	0.80
776570--776885	115	2.7	116	80	7	348	37	14	23	24	1.93
777091--777459	125	3.0	125	88	0	542	31	17	27	23	1.97
778616--779768	34	33.8	34	91	2	1662	35	23	20	20	1.96
782719--782858	45	3.1	45	61	17	110	32	14	19	34	1.91
782688--782866	89	2.0	89	100	0	358	32	16	18	32	1.93
785625--786028	201	2.0	199	95	4	724	40	13	8	37	1.75
792264--792306	22	2.0	22	85	0	59	51	11	2	34	1.51
800658--800787	65	2.0	66	96	3	246	20	28	23	28	1.98
807626--807673	18	2.7	18	87	3	71	2	43	6	47	1.40
812889--812936	18	2.7	18	90	3	80	0	43	8	47	1.33
815520--815576	25	2.3	26	82	11	66	29	8	7	54	1.58
815735--815772	14	2.6	15	83	8	51	42	0	0	57	0.98
826690--826758	13	5.1	13	73	19	52	78	0	8	13	0.97
826705--826821	17	7.4	17	77	18	96	78	0	11	9	0.96
826724--826795	21	3.2	23	78	13	87	79	0	11	9	0.95
826703--826826	38	3.3	36	82	11	135	79	0	11	9	0.95
830935--831068	44	3.0	44	79	7	164	35	12	21	29	1.91
832313--834113	4	460.5	4	93	5	3152	49	25	0	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837102--837169	2	34.0	2	96	0	127	50	1	0	48	1.10
846084--846145	23	2.7	23	87	0	88	25	12	11	50	1.74
846530--846859	169	2.0	169	94	1	583	20	13	17	49	1.79
846974--847003	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
847425--847556	58	2.3	59	80	7	144	31	22	4	41	1.74
847721--847832	59	1.9	59	87	3	163	45	4	15	34	1.66
850887--850993	32	3.3	32	83	5	135	28	28	24	19	1.99
855631--855668	11	3.5	11	85	0	58	44	0	2	52	1.14
855631--855675	11	4.1	11	82	0	54	40	2	4	53	1.33
855634--855681	22	2.2	22	92	0	78	41	2	4	52	1.32
865344--865409	33	2.0	32	85	2	87	25	30	10	33	1.90
866092--866217	27	4.7	26	73	19	109	78	0	20	0	0.80
866093--866226	30	4.2	31	73	17	107	77	0	21	0	0.81
866099--866214	36	3.1	36	82	12	128	79	0	19	0	0.79
866092--866220	12	10.9	12	76	15	85	78	0	20	0	0.80
866094--866226	18	7.5	17	69	24	71	77	0	21	0	0.82
867377--867420	16	2.7	16	96	3	79	18	27	25	29	1.98
869679--869798	24	5.0	24	88	0	78	25	13	19	41	1.88
869695--869802	24	4.5	24	91	0	162	25	12	19	41	1.87
872514--872806	43	6.8	42	86	6	243	35	23	23	17	1.95
872553--872806	43	5.9	43	89	4	368	34	24	24	17	1.96
872557--872807	131	1.9	130	88	4	380	34	24	23	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875572--875889	159	2.0	158	98	1	591	26	24	24	23	2.00
877784--878069	43	6.6	42	88	3	347	34	24	23	17	1.96
877820--878069	44	5.8	43	93	3	414	34	24	23	16	1.95
883990--884100	24	4.7	24	86	4	145	26	13	20	39	1.90
888036--888094	30	2.0	29	83	12	75	38	18	6	35	1.78
888787--888849	31	2.0	31	96	0	117	36	38	1	23	1.65
900202--900287	44	1.9	46	92	4	149	31	10	22	36	1.88
900203--900303	44	2.3	43	86	10	132	31	8	20	38	1.84
910946--910972	12	2.2	12	100	0	54	25	7	22	44	1.79
911270--911661	81	4.9	81	89	2	603	35	10	21	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6