genome.fa.s9584.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009584.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116961_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2003061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3507--3552	22	2.1	22	95	0	83	47	4	15	32	1.65
4299--4347	25	2.0	25	100	0	98	48	8	16	26	1.73
6903--6942	20	2.0	20	100	0	80	25	15	20	40	1.90
8646--8796	75	2.0	75	98	0	293	25	27	10	36	1.89
22109--22141	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
22934--22981	18	2.7	18	93	3	80	37	8	25	29	1.85
24270--24343	38	1.9	38	94	0	130	43	6	37	12	1.69
25818--25860	13	3.2	13	83	6	59	60	2	0	37	1.10
25816--25859	7	6.4	7	78	5	54	59	2	0	38	1.10
27066--27120	5	11.0	5	75	14	51	38	1	3	56	1.28
27064--27266	2	104.5	2	64	21	67	39	4	4	50	1.44
27064--27289	9	24.1	9	67	21	74	39	4	4	50	1.44
27237--27291	20	2.8	20	83	8	60	41	5	0	52	1.24
28470--28559	32	2.8	32	100	0	180	15	10	5	68	1.35
28536--28602	25	2.7	25	100	0	134	16	14	4	64	1.45
28469--28603	12	11.8	12	64	15	61	17	11	5	65	1.42
34757--34800	13	3.5	13	81	6	54	20	50	13	15	1.78
34918--34961	12	3.8	11	88	8	61	34	47	6	11	1.66
34918--34963	24	2.0	24	91	4	76	32	47	8	10	1.69
41557--41691	55	2.4	56	80	10	132	40	5	5	48	1.50
41661--41700	2	20.5	2	85	14	57	45	2	0	52	1.14
43830--43881	16	3.2	17	72	22	58	42	0	23	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46907--46983	2	38.5	2	100	0	154	49	0	0	50	1.00
48578--48620	19	2.3	19	91	0	68	37	16	20	25	1.93
49255--49300	23	2.0	23	86	0	65	21	23	23	30	1.99
55407--55566	63	2.5	64	84	8	186	35	20	19	25	1.96
56210--56292	23	3.6	23	95	0	139	18	26	27	27	1.98
58770--58976	23	9.2	22	62	25	69	28	18	4	49	1.66
58741--59000	45	5.8	45	87	5	366	25	19	5	48	1.71
58741--59000	91	2.9	89	88	6	373	25	19	5	48	1.71
58741--59000	136	1.9	133	89	5	407	25	19	5	48	1.71
59030--59184	81	1.9	81	89	0	238	29	23	11	35	1.90
59116--59795	68	10.0	68	89	0	986	30	25	14	29	1.95
59976--60108	55	2.4	55	84	2	169	30	18	11	39	1.86
60461--60501	19	2.2	19	90	0	64	31	19	12	36	1.89
60525--60577	21	2.6	21	90	3	81	16	33	16	32	1.92
62770--62983	106	2.0	107	95	3	387	40	20	7	31	1.80
64536--64571	17	2.2	17	95	5	65	52	0	8	38	1.32
64910--65063	53	2.9	54	82	8	183	41	11	3	43	1.58
66580--66651	36	2.0	36	86	0	99	27	19	13	38	1.90
69067--69103	14	2.6	15	91	8	60	35	2	0	62	1.10
69460--69497	20	1.9	20	94	0	67	34	31	15	18	1.92
73409--73584	45	4.0	45	71	15	161	30	23	16	28	1.96
73384--73555	86	2.0	86	98	1	337	33	22	13	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74748--74947	107	1.9	107	100	0	400	44	15	17	23	1.86
77777--77863	45	1.9	45	86	4	122	29	22	19	27	1.98
79189--79243	25	2.2	25	90	6	85	50	12	7	29	1.67
79679--79735	30	1.9	30	88	0	87	43	1	14	40	1.55
79995--80031	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
80178--80247	37	1.9	37	85	2	97	48	4	0	47	1.21
80915--80959	18	2.4	19	77	3	56	48	2	2	46	1.26
81056--81106	11	4.6	11	74	16	52	49	0	0	50	1.00
81625--81767	60	2.4	60	79	10	150	42	6	21	29	1.77
83246--83293	21	2.4	20	79	6	53	31	18	12	37	1.88
89946--89985	14	2.6	16	81	18	50	50	10	2	37	1.50
98680--98782	30	3.4	30	76	10	93	61	25	10	2	1.43
99059--99104	22	2.1	22	91	0	74	32	15	6	45	1.71
105821--105860	14	2.6	16	81	18	50	37	2	10	50	1.50
108030--108099	36	1.9	36	82	0	86	40	1	35	22	1.63
110766--110831	33	2.1	31	86	8	89	36	24	15	24	1.93
117281--117329	21	2.5	19	77	9	53	36	12	20	30	1.89
119611--119667	30	1.9	30	88	0	87	40	14	1	43	1.55
120061--120096	18	1.9	19	88	5	56	30	5	2	61	1.33
120111--120168	26	2.2	27	96	3	109	29	6	12	51	1.65
121417--121460	19	2.3	19	100	0	88	27	20	31	20	1.97
121497--121584	46	1.9	45	86	2	122	28	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125724--125767	19	2.3	19	100	0	88	27	20	31	20	1.97
125804--125891	46	1.9	45	86	2	122	28	19	22	29	1.98
128075--128118	21	2.2	19	84	15	54	34	9	2	54	1.44
130054--130141	45	1.9	46	88	2	133	28	18	23	29	1.98
130161--130198	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
132223--132262	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
134300--134338	19	2.1	19	85	0	51	28	12	28	30	1.93
134250--134340	46	2.0	46	87	6	132	27	18	25	28	1.98
134360--134397	20	1.9	20	94	0	67	18	15	31	34	1.92
134754--134790	14	2.6	15	91	8	60	62	0	2	35	1.10
134756--134792	13	2.7	14	84	15	51	64	0	2	32	1.07
135104--135141	17	2.3	17	86	4	51	31	0	0	68	0.90
137215--137286	36	2.0	36	86	0	99	38	13	19	27	1.90
138819--138971	55	2.8	54	84	5	193	44	3	11	40	1.58
139320--139355	17	2.2	16	95	5	63	38	8	0	52	1.32
148927--148966	20	1.9	19	85	14	53	15	17	5	62	1.49
149438--149512	3	25.7	3	81	10	93	65	0	0	34	0.93
149438--149516	8	10.2	8	74	20	71	64	0	0	35	0.94
149709--149737	14	2.1	14	100	0	58	24	6	20	48	1.74
154895--154924	14	2.1	15	93	6	53	36	3	0	60	1.14
156389--156470	2	41.0	2	100	0	164	50	0	0	50	1.00
159307--159424	58	2.0	58	95	0	209	37	22	12	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167915--167965	16	3.2	16	80	0	66	7	9	27	54	1.60
167910--167992	32	2.6	32	76	0	76	18	8	21	51	1.72
167924--168092	63	2.6	65	77	8	168	17	9	22	50	1.74
172408--172437	14	2.2	13	94	5	51	50	0	0	50	1.00
172505--172635	54	2.4	53	76	13	122	45	0	3	50	1.25
172632--172704	23	3.1	22	70	16	58	47	1	2	47	1.24
172804--172883	32	2.6	30	75	13	81	50	1	1	47	1.17
172805--172887	29	2.6	31	77	9	89	48	1	1	49	1.16
173359--173415	30	1.9	30	92	0	96	45	14	1	38	1.55
173609--173644	16	2.2	16	90	0	54	27	2	0	69	1.02
178855--178888	8	4.2	8	92	0	59	32	0	11	55	1.36
183139--183165	14	1.9	14	100	0	54	37	7	25	29	1.83
185030--185202	88	2.0	89	93	3	296	45	6	9	38	1.63
191764--191796	13	2.6	13	90	4	50	48	6	12	33	1.65
201005--201046	3	14.0	3	80	9	50	38	0	2	59	1.10
201743--201812	34	2.1	34	83	0	86	14	31	38	15	1.88
202553--202788	119	2.0	115	81	5	276	37	7	8	46	1.64
204849--204890	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
204849--204890	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
204950--205009	27	2.3	27	85	2	86	21	13	6	58	1.58
204949--204976	12	2.3	12	100	0	56	25	14	7	53	1.66
206624--206654	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206945--207021	16	4.9	16	83	15	99	79	1	19	0	0.81
206945--206991	11	4.3	11	78	8	51	80	0	19	0	0.70
209287--209510	114	2.0	114	95	0	403	32	16	21	29	1.95
212126--212205	22	3.6	22	87	0	97	32	13	12	41	1.82
212922--213782	113	7.7	113	87	2	1187	37	14	20	27	1.92
212922--213782	338	2.6	339	89	1	1241	37	14	20	27	1.92
214121--214162	3	14.0	3	80	9	50	38	0	2	59	1.10
215733--215774	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
215628--215865	120	2.0	117	84	4	309	36	8	8	46	1.65
218772--218811	20	2.0	21	85	5	55	27	15	10	47	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8