genome.fa.s9584.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009584.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116961_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2003061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
557185--557232	19	2.5	19	93	3	78	43	8	10	37	1.69
560292--560335	21	2.0	24	82	13	58	36	9	9	45	1.68
561715--561765	23	2.2	23	96	0	93	31	11	33	23	1.91
561995--562226	46	5.1	46	90	2	369	37	6	21	34	1.79
570147--570256	36	3.1	36	94	0	184	56	5	14	23	1.59
572630--572739	50	2.2	50	88	0	157	38	10	13	38	1.78
576560--576605	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
586665--586778	20	5.8	20	82	6	108	15	21	22	39	1.92
594156--594202	19	2.6	18	90	10	69	27	29	17	25	1.97
594154--594316	65	2.5	65	83	4	215	30	25	15	28	1.96
602533--602676	65	2.2	64	80	11	152	31	25	16	27	1.97
617880--617986	24	4.5	24	73	0	97	48	16	12	22	1.79
617880--617988	48	2.3	48	77	0	119	48	16	12	22	1.80
619113--619150	18	2.1	18	90	0	58	31	18	0	50	1.47
620480--620517	13	2.9	13	100	0	76	21	15	47	15	1.82
622592--622698	24	4.5	24	74	4	99	48	16	13	21	1.80
622592--622700	48	2.3	48	77	3	121	48	16	13	21	1.80
623822--623857	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
625178--625202	13	1.9	13	100	0	50	20	16	48	16	1.82
627275--627381	24	4.5	24	74	0	97	47	16	14	21	1.82
627275--627383	48	2.3	48	77	0	119	47	16	14	21	1.82
628510--628550	18	2.3	18	86	0	55	26	17	2	53	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
629854--629889	15	2.4	15	95	0	63	22	22	36	19	1.95
629878--629951	13	5.3	13	78	15	85	14	21	45	17	1.84
629884--629925	18	2.3	18	95	0	75	9	23	47	19	1.78
629878--629937	31	1.9	31	96	0	111	13	21	46	18	1.83
638184--638222	20	2.0	20	89	0	60	43	23	7	25	1.80
638394--638448	27	2.0	26	86	10	74	60	3	3	32	1.32
651796--651824	15	1.9	15	100	0	58	17	13	6	62	1.52
652258--652302	22	2.0	22	82	0	54	17	15	35	31	1.92
652445--652494	3	16.7	3	91	0	82	62	0	4	34	1.14
660491--660533	16	2.8	16	82	6	54	58	0	18	23	1.40
669621--669673	26	2.0	26	92	0	88	24	20	3	50	1.64
674420--674472	28	1.9	27	84	3	70	3	13	1	81	0.92
678341--678380	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
678363--678423	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
684611--684887	134	2.1	134	81	1	313	25	15	28	29	1.96
684892--685269	65	5.8	65	78	7	363	39	14	19	26	1.89
684892--685266	132	2.8	131	79	8	345	39	13	19	26	1.89
684892--685251	196	1.8	196	85	4	512	40	13	19	26	1.89
691610--691635	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
709320--709353	17	1.9	18	88	5	52	55	5	0	38	1.24
710845--710879	18	1.9	18	94	0	61	17	22	42	17	1.88
717673--717715	19	2.3	19	100	0	86	39	11	34	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721631--721698	13	5.2	13	84	7	84	33	17	19	29	1.95
721496--721659	83	2.0	83	82	3	204	32	18	17	31	1.94
726510--726534	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
735655--735705	20	2.6	20	90	3	86	19	1	11	66	1.33
736372--736413	17	2.4	18	92	4	68	26	2	0	71	0.98
736437--736510	27	2.7	28	76	14	82	20	6	1	71	1.16
736461--736510	19	2.5	20	87	6	75	20	8	0	72	1.10
745977--746081	10	9.9	11	66	24	57	22	7	0	68	1.21
746034--746081	20	2.4	20	89	6	71	20	6	0	72	1.05
747959--748156	72	2.7	72	83	4	245	30	1	15	53	1.49
748045--748081	19	1.9	19	88	0	56	37	2	16	43	1.62
747959--748150	76	2.6	75	84	4	239	31	1	14	53	1.48
748829--748878	19	2.5	20	83	6	66	20	6	4	70	1.25
755142--755185	22	2.1	20	83	8	52	54	6	2	36	1.40
757113--757449	133	2.5	133	83	3	417	25	16	29	27	1.97
757473--757855	65	5.8	65	80	4	390	42	13	18	25	1.86
757473--757855	134	2.9	131	85	3	401	42	13	18	25	1.86
757473--757863	199	2.0	198	84	3	509	43	13	17	25	1.86
764743--764777	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
765369--765401	17	1.9	17	93	0	57	84	9	3	3	0.82
770816--770877	19	3.2	19	82	11	63	20	17	3	58	1.53
773137--773167	15	2.1	15	93	0	53	35	16	25	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773679--773782	45	2.3	46	84	1	138	32	9	19	38	1.84
773698--773805	45	2.4	45	80	0	126	34	8	19	37	1.82
780643--780678	16	2.2	17	90	5	56	83	2	5	8	0.89
782058--782451	134	3.0	133	79	9	412	35	18	18	27	1.94
782780--782823	6	7.3	6	84	0	61	65	2	2	29	1.16
783375--783419	19	2.3	19	92	3	72	86	6	0	6	0.70
783374--783419	10	4.5	10	81	13	58	86	6	0	6	0.69
788128--788189	11	5.7	10	75	16	52	29	8	1	61	1.34
792889--793066	37	5.1	37	62	24	109	30	21	16	31	1.95
792863--793066	68	3.0	68	94	0	354	31	22	16	30	1.95
793276--793585	157	2.0	159	85	3	421	37	18	16	27	1.92
793323--793671	157	2.2	157	80	1	385	36	17	17	28	1.92
797087--797213	24	5.3	24	86	3	166	27	13	18	40	1.87
797297--797363	35	1.9	35	93	0	116	11	31	26	29	1.92
799612--799697	43	2.1	42	81	12	99	24	2	6	66	1.28
801592--801820	45	5.1	45	88	3	327	32	20	6	39	1.80
806214--806281	28	2.4	27	83	9	84	47	26	0	26	1.53
806214--806300	28	3.1	27	80	11	79	45	22	0	31	1.53
806210--806307	28	3.5	28	79	10	76	43	24	0	31	1.54
807625--807701	14	5.4	14	79	4	82	54	6	10	28	1.59
807622--807701	29	2.8	28	84	5	90	56	6	10	27	1.56
810123--810172	23	2.1	24	85	3	66	28	8	20	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810148--810567	104	4.1	104	71	10	264	38	9	16	35	1.82
810491--810577	35	2.4	37	84	7	106	40	6	12	40	1.70
815156--815226	36	1.9	37	83	8	92	16	14	22	46	1.83
831383--831557	44	4.0	44	69	0	116	29	16	20	33	1.95
831461--831794	120	2.8	121	83	0	427	29	19	19	31	1.97
831796--831967	91	1.9	90	83	3	220	26	18	13	41	1.88
832239--832329	37	2.5	37	81	1	103	36	13	20	29	1.91
832223--832329	36	2.9	36	80	1	106	36	11	20	31	1.88
832366--832980	36	17.6	36	75	12	498	39	13	21	25	1.89
832304--832481	65	2.7	67	84	6	206	39	11	19	28	1.87
832260--832685	167	2.6	167	83	4	495	39	11	20	28	1.88
832474--832513	21	2.0	20	85	9	55	45	5	25	25	1.73
832466--832721	65	3.8	65	79	9	239	38	12	21	27	1.89
832654--832826	21	9.4	20	64	27	80	38	13	24	24	1.91
832834--832898	21	3.4	21	66	24	61	44	10	21	23	1.83
832924--833052	65	2.0	65	81	3	152	39	16	16	27	1.90
835586--835622	13	2.6	15	79	16	51	45	10	29	13	1.77
835803--836053	137	1.8	137	86	1	360	21	24	20	33	1.97
837691--837748	29	2.0	29	80	12	66	55	10	6	27	1.59
838980--839020	16	2.6	15	82	14	55	4	12	2	80	0.97
839118--839157	16	2.5	16	95	0	71	10	20	45	25	1.81
840396--840457	32	1.9	32	84	12	83	22	1	11	64	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840377--840565	76	2.6	70	81	9	195	30	0	12	57	1.39
840491--840518	12	2.3	12	100	0	56	39	0	7	53	1.28
841094--841133	4	9.8	4	83	5	53	32	0	0	67	0.91
841092--841131	12	3.3	12	100	0	80	35	0	0	65	0.93
841176--841228	19	2.8	19	74	2	54	22	7	0	69	1.13
846771--846874	5	20.2	5	69	16	61	21	4	1	72	1.13
846764--846875	11	10.1	11	68	22	65	21	4	1	72	1.12
846773--846817	16	2.8	16	82	0	54	15	2	4	77	1.02
846827--846875	20	2.5	20	90	6	73	18	4	0	77	0.92
847029--847094	28	2.4	28	89	0	105	42	10	21	25	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8