genome.fa.s9596.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009596.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116975_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1846166

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687547--688002	51	8.6	50	80	10	376	34	17	24	23	1.96
687582--687946	160	2.3	159	83	6	470	34	17	25	22	1.96
687582--688014	55	8.1	54	82	6	463	33	18	25	22	1.96
687582--688002	215	2.0	213	88	4	623	33	18	24	23	1.96
687582--688002	160	2.6	155	79	12	451	33	18	24	23	1.96
688875--688910	16	2.2	16	100	0	72	50	27	16	5	1.68
695128--695172	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
695201--695245	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
696546--696673	31	4.1	31	80	9	152	26	18	21	33	1.96
696659--696731	30	2.4	30	90	0	110	24	17	24	32	1.97
701654--701754	49	2.1	49	100	0	202	42	8	7	40	1.65
709638--709824	36	5.2	36	87	1	259	18	24	24	32	1.97
709638--709824	71	2.6	72	87	1	268	18	24	24	32	1.97
710870--710901	14	2.3	14	100	0	64	0	28	46	25	1.53
717229--717274	19	2.4	19	100	0	92	30	32	17	19	1.95
717376--717423	19	2.5	19	96	0	87	25	27	20	27	1.99
725385--725458	35	2.1	35	82	0	85	31	27	28	13	1.94
725538--725657	24	5.0	24	84	5	152	40	20	14	25	1.90
725518--725669	72	2.1	71	82	8	191	42	19	12	25	1.86
727996--728075	31	2.6	31	96	2	144	38	23	20	17	1.93
728726--728902	64	2.9	61	83	5	219	25	18	21	33	1.96
728726--728948	64	3.5	63	80	5	211	26	19	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729802--729881	27	3.2	27	61	31	68	25	20	8	46	1.79
729795--729886	48	1.9	48	100	0	184	21	21	8	47	1.77
732142--732328	31	6.0	31	95	1	331	38	23	19	18	1.93
732984--733204	64	3.4	65	82	3	225	27	18	20	33	1.96
737530--737585	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
753899--753927	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
759819--759877	21	2.8	21	86	0	91	20	38	30	10	1.86
764210--764243	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
766695--766732	18	2.1	18	90	9	60	52	23	2	21	1.59
766971--767036	29	2.3	29	91	0	105	24	15	28	31	1.95
767126--767174	20	2.5	20	100	0	98	22	28	8	40	1.82
768593--768689	21	4.7	21	80	5	117	22	17	35	24	1.95
768593--768685	42	2.2	41	88	5	134	21	18	35	24	1.95
768984--769105	63	1.9	63	81	6	149	31	33	13	21	1.91
769022--769143	63	1.9	63	81	6	149	29	36	13	20	1.92
771227--771283	22	2.6	22	85	0	78	21	19	40	19	1.92
771434--771478	20	2.2	20	92	0	72	22	11	22	44	1.84
771469--771538	20	3.5	20	88	0	86	25	18	20	35	1.95
777925--777967	2	21.5	2	95	0	77	46	0	2	51	1.13
783368--783402	18	1.9	18	94	0	61	22	14	8	54	1.67
783370--783413	18	2.3	18	84	7	52	29	11	9	50	1.69
786111--786175	14	4.2	14	73	21	58	24	35	30	9	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786157--786241	33	2.6	33	86	3	109	27	27	37	8	1.85
786245--786300	29	1.9	29	96	0	103	19	30	37	12	1.89
786359--786415	29	2.0	29	96	0	105	21	29	35	14	1.92
792277--792304	7	4.0	7	100	0	56	57	0	28	14	1.38
799561--799586	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
800594--800634	18	2.2	19	86	4	57	48	2	2	46	1.28
818450--818483	16	2.1	16	88	5	50	70	0	2	26	1.01
818461--818500	20	2.0	21	85	5	55	65	0	2	32	1.06
823082--823127	24	2.0	22	84	12	58	45	8	0	45	1.34
825411--825547	64	2.2	63	80	5	150	32	19	22	24	1.97
826820--826877	20	3.0	20	82	14	77	24	24	31	20	1.98
829596--829859	130	2.0	130	100	0	528	42	6	20	29	1.78
830341--830477	64	2.2	63	80	7	152	32	18	23	24	1.97
830465--830522	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
831771--831843	18	3.9	18	92	3	110	20	21	32	24	1.97
832209--832263	4	13.5	4	96	3	101	25	0	25	49	1.51
842077--842236	65	2.5	64	83	9	184	30	18	21	29	1.97
842981--843026	20	2.3	20	85	11	67	19	8	4	67	1.35
844187--844224	20	1.9	20	88	0	58	52	7	5	34	1.53
855156--855446	147	2.0	144	83	3	368	24	25	14	36	1.93
857239--857379	60	2.4	60	82	9	148	49	3	14	32	1.60
861915--862037	60	2.0	60	84	0	156	34	13	15	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862519--862552	14	2.4	14	100	0	68	29	0	8	61	1.26
871931--872073	62	2.3	62	95	0	250	33	21	21	23	1.97
872016--872114	41	2.4	41	94	0	180	36	20	21	22	1.95
871962--872159	103	1.9	103	96	0	369	34	20	21	23	1.96
871931--872159	62	3.7	62	87	8	224	33	21	20	24	1.97
872799--872840	6	7.5	6	91	2	54	0	16	52	30	1.44
872902--873055	42	3.7	42	92	3	242	37	23	18	20	1.94
872904--873055	21	7.4	19	72	15	115	36	23	18	21	1.95
881901--881940	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
881995--882073	40	2.0	40	83	9	101	29	3	2	64	1.24
882069--882123	29	1.9	28	85	3	74	21	3	0	74	0.97
882116--882198	36	2.3	35	78	10	87	21	6	3	68	1.27
885413--885459	13	3.5	13	83	13	60	80	4	14	0	0.85
885407--885476	27	2.4	27	81	18	79	78	2	15	2	0.99
885533--885675	69	2.1	69	92	5	236	36	23	16	23	1.94
887174--887363	36	5.4	36	74	14	164	28	20	12	39	1.88
887108--887531	65	6.3	65	75	11	284	30	20	10	37	1.87
887245--887363	36	3.3	36	86	2	175	28	21	12	37	1.90
887321--887505	68	2.7	68	84	5	216	33	22	7	36	1.82
888095--888468	106	3.5	106	88	0	498	35	24	18	21	1.95
889800--889867	21	3.2	21	72	15	68	26	2	0	70	1.01
889843--889882	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889809--889898	22	4.0	24	73	20	68	31	4	0	64	1.13
890024--890061	16	2.4	16	86	8	51	18	7	0	73	1.06
890177--890211	18	2.0	17	88	5	52	14	8	0	77	0.99
890260--890299	19	2.2	18	86	4	53	12	0	7	80	0.91
890929--890962	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
892263--892321	16	3.8	16	93	2	93	35	18	5	40	1.73
894274--894359	42	2.0	42	97	0	163	58	1	0	40	1.06
910347--910371	13	1.9	13	100	0	50	20	24	16	40	1.91
919625--919717	36	2.5	35	83	11	114	27	19	20	32	1.97
925295--925421	47	2.7	46	85	3	157	29	14	18	37	1.91
931806--931852	19	2.5	19	79	6	60	70	0	19	10	1.16
931751--931874	53	2.4	52	83	11	148	73	0	17	8	1.12
931799--931915	45	2.6	45	82	10	134	70	0	20	7	1.16
931783--931956	13	13.9	12	69	20	83	72	0	19	6	1.10
931877--931950	26	2.9	27	90	9	120	75	0	20	4	0.96
931769--931973	20	9.6	20	66	26	61	73	0	18	7	1.10
931770--931958	12	15.3	12	67	22	81	74	0	17	7	1.08
933299--933653	55	6.5	55	83	3	391	28	17	24	29	1.97
933299--933661	110	3.3	110	84	3	450	29	17	24	28	1.97
933299--933661	165	2.2	161	82	4	435	29	17	24	28	1.97
944221--944259	21	1.9	20	89	5	60	71	2	0	25	0.98
956244--956324	38	2.1	39	90	2	128	35	17	2	44	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
962534--962691	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
962659--962887	20	11.4	20	82	5	239	37	25	17	19	1.94
966124--966433	72	4.4	72	78	14	326	46	16	22	14	1.83
966110--966433	53	6.1	53	90	6	491	46	16	22	14	1.83
966410--966525	53	2.2	52	84	3	151	19	23	18	38	1.93
966448--966545	19	5.4	19	82	13	134	15	22	16	45	1.84
966652--966688	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
968529--968666	19	7.8	19	72	15	125	47	21	21	10	1.80
968531--968661	33	3.8	33	86	5	172	47	22	20	9	1.79
968530--968666	52	2.6	51	72	12	134	46	21	21	10	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8