genome.fa.s9614.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009614.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2129691

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1783--1827	21	2.1	21	87	0	63	20	24	17	37	1.93
1829--1918	20	4.4	20	94	2	153	41	18	20	20	1.91
1829--1918	41	2.2	41	94	2	137	41	18	20	20	1.91
1905--1971	20	3.3	20	93	0	116	29	28	19	22	1.98
1847--1972	40	3.1	41	80	13	120	34	23	19	21	1.96
4820--4913	20	4.7	21	86	5	133	36	25	20	18	1.95
4885--4980	33	2.8	33	90	3	138	43	20	22	12	1.86
5162--5198	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
6441--6600	64	2.5	64	84	8	184	34	19	19	26	1.96
7088--7123	17	2.0	19	89	10	58	44	5	11	38	1.63
7258--7350	30	3.1	30	79	11	100	26	18	21	33	1.96
7276--7361	30	2.8	30	85	1	100	26	18	24	30	1.98
7279--7384	30	3.5	30	81	3	97	24	18	24	32	1.97
10209--10368	64	2.5	64	84	8	184	34	19	19	26	1.96
10857--10892	17	2.0	19	89	10	58	44	5	11	38	1.63
11027--11119	30	3.1	30	79	11	100	26	18	21	33	1.96
11045--11130	30	2.8	30	85	1	100	26	19	23	30	1.98
11048--11150	30	3.4	30	81	4	91	25	18	23	33	1.97
13958--14122	64	2.6	62	81	12	176	33	19	18	27	1.95
14607--14640	16	2.0	18	88	11	54	41	5	11	41	1.66
14773--14865	30	3.1	30	79	11	100	26	18	21	33	1.96
14791--14876	30	2.8	30	85	1	100	26	19	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14794--14899	30	3.5	30	81	3	97	24	19	23	32	1.98
17196--17322	20	6.3	20	93	0	164	37	21	18	22	1.95
17196--17322	40	3.2	40	89	0	182	37	21	18	22	1.95
17231--17341	40	2.9	36	82	15	102	34	20	20	24	1.97
17367--17498	20	6.6	20	92	0	210	18	18	24	39	1.92
19372--19458	20	4.4	20	82	1	86	44	22	17	14	1.85
21245--21294	22	2.3	22	96	0	91	10	26	46	18	1.80
21238--21293	27	2.0	28	89	6	87	10	26	44	17	1.82
21292--21389	19	5.1	19	77	13	83	29	24	26	19	1.98
21292--21340	10	5.1	10	78	11	50	24	30	26	18	1.98
21322--21389	29	2.3	31	82	10	97	32	20	26	20	1.97
21296--21389	9	9.8	9	73	11	71	29	24	26	19	1.98
28597--28669	9	7.7	10	82	8	75	28	26	26	19	1.98
28597--28669	19	3.9	18	78	8	74	28	26	26	19	1.98
28597--28668	29	2.5	28	86	4	108	29	26	26	18	1.98
29718--29790	20	3.7	20	98	0	137	19	20	21	38	1.94
29787--29832	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
31032--31091	31	2.0	31	90	3	95	33	6	5	55	1.48
32720--32744	6	4.2	6	100	0	50	0	68	32	0	0.90
41194--41237	16	2.6	18	82	7	56	65	2	2	29	1.16
41839--42010	91	1.9	91	93	0	299	32	25	13	28	1.94
42141--42243	52	2.0	52	90	3	163	28	11	25	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43999--44059	31	2.0	31	90	0	95	24	6	14	54	1.64
44256--44327	25	2.6	28	75	18	80	55	0	2	41	1.14
44275--44336	23	2.6	25	80	10	76	53	0	4	41	1.22
44257--44343	30	3.3	25	73	18	70	55	0	3	41	1.17
46936--46988	23	2.3	23	80	0	70	16	22	11	49	1.78
49143--49189	16	2.9	17	76	17	55	25	17	6	51	1.69
50084--50331	129	1.9	130	84	2	329	27	14	23	34	1.94
50075--50357	86	3.3	86	85	2	354	27	15	24	32	1.96
50077--50414	43	7.8	43	78	8	285	25	16	24	33	1.95
50861--50891	12	2.6	12	100	0	62	0	35	29	35	1.58
52773--52807	3	11.7	3	93	0	61	37	0	0	62	0.95
55602--55961	180	2.0	180	100	0	720	29	9	32	28	1.88
56068--56204	42	3.3	42	87	6	215	35	21	17	24	1.95
56698--57015	42	7.7	41	76	13	208	28	19	17	34	1.95
56719--57015	82	3.6	83	80	10	272	26	19	18	35	1.95
56655--57015	41	8.7	41	75	14	219	29	18	17	34	1.94
67124--67167	19	2.3	19	88	0	61	45	13	15	25	1.83
77480--77522	22	2.0	22	100	0	86	44	13	27	13	1.83
83295--83320	12	2.2	12	100	0	52	50	0	50	0	1.00
83933--84634	351	2.0	351	99	0	1386	27	16	12	42	1.85
87105--87140	14	2.4	15	90	9	56	63	0	0	36	0.94
95382--95411	12	2.5	12	94	0	51	26	30	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95850--95964	59	1.9	60	89	1	178	32	17	14	35	1.90
96366--96417	25	2.1	25	88	0	77	50	3	5	40	1.45
103899--103932	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
104879--104947	18	3.8	18	75	5	68	21	21	28	27	1.99
104897--104964	18	3.7	18	79	14	84	20	19	30	29	1.97
104880--104965	38	2.4	35	84	7	118	23	19	29	27	1.98
108434--108493	31	1.9	31	90	6	95	41	5	10	43	1.60
108946--108994	18	2.6	19	78	18	57	63	0	0	36	0.95
108980--109031	20	2.6	20	84	6	61	57	0	1	40	1.10
109003--109156	64	2.5	63	90	5	233	57	1	0	40	1.12
109063--109281	87	2.5	91	89	8	330	56	1	0	42	1.10
108994--109311	151	2.1	154	93	2	545	55	1	0	41	1.13
109142--109371	64	3.6	64	94	4	389	57	1	0	40	1.09
109176--109350	23	7.0	24	68	21	69	54	1	0	44	1.07
109333--109383	12	4.3	12	76	18	54	66	1	0	31	1.03
108994--109375	151	2.5	149	88	8	485	56	1	0	41	1.13
109752--109812	32	1.9	32	86	6	88	34	18	19	27	1.95
123027--123071	22	2.0	23	82	4	56	37	13	6	42	1.70
124484--124521	18	2.1	18	100	0	76	36	18	5	39	1.73
124701--124755	23	2.5	22	80	14	60	38	1	0	60	1.08
126414--126458	19	2.4	19	92	0	72	31	17	8	42	1.80
126562--126627	27	2.5	27	92	2	107	40	19	19	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137611--137654	12	3.6	12	81	3	52	27	20	2	50	1.60
137716--137773	19	3.1	19	78	9	73	29	15	8	46	1.75
140368--140411	20	2.2	20	87	0	61	27	25	15	31	1.96
140395--140433	20	2.0	19	90	5	60	23	30	17	28	1.97
143311--143350	16	2.3	18	87	8	57	67	2	0	30	1.04
143837--143927	29	3.1	29	91	1	137	14	19	19	46	1.84
144422--144448	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
153652--153774	38	3.2	38	67	13	115	44	3	4	47	1.40
153617--153772	78	2.0	78	98	0	303	44	3	5	46	1.41
153618--153740	40	3.1	40	65	13	110	45	3	4	47	1.38
153741--153839	29	3.3	29	77	12	101	44	4	10	41	1.57
154902--154951	18	2.7	19	78	6	57	52	2	2	44	1.24
155022--155070	25	1.9	26	83	4	64	46	6	0	46	1.27
155022--155078	25	2.3	25	78	0	60	50	5	0	43	1.24
160246--160796	75	7.5	74	85	2	682	33	11	13	41	1.81
160245--160796	149	3.7	147	83	4	675	33	11	13	41	1.80
160246--160796	222	2.5	220	86	2	746	33	11	13	41	1.81
164149--164173	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
164583--164625	8	5.2	8	78	15	52	72	0	0	27	0.85
164583--164632	17	3.0	16	88	8	73	72	0	0	28	0.86
164589--164632	8	5.2	8	81	10	52	72	0	0	27	0.85
165136--165257	59	2.0	60	93	1	210	38	9	14	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169591--169919	44	7.7	42	76	10	235	45	8	18	27	1.78
170020--170090	28	2.5	30	79	11	85	64	9	4	21	1.40
169952--170057	43	2.5	42	79	8	126	61	4	3	30	1.34
173730--173892	77	2.1	77	89	0	245	35	15	8	40	1.78
175978--176033	18	3.1	18	87	7	69	32	3	0	64	1.11
175986--176051	18	3.6	18	82	10	62	37	3	3	56	1.30
176380--176422	19	2.3	19	80	8	52	20	2	2	74	1.04
179545--179615	29	2.4	28	77	13	72	76	2	18	2	1.04
179671--179808	69	2.0	69	85	2	188	37	21	14	26	1.92
180743--180855	32	3.5	32	81	7	104	30	12	20	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10