genome.fa.s9614.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009614.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2129691

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750773--750798	5	5.2	5	100	0	52	38	23	38	0	1.55
753643--753771	67	1.9	67	100	0	258	21	12	17	48	1.79
755176--755223	22	2.1	22	88	3	69	56	14	0	29	1.39
755163--755516	54	6.4	54	83	11	443	52	9	0	37	1.39
755195--755464	32	9.4	32	73	22	267	52	10	0	36	1.41
755283--755331	22	2.2	22	85	3	62	53	14	2	30	1.52
755249--755584	86	4.1	81	77	13	275	52	7	0	39	1.35
755394--755450	18	3.4	18	67	18	59	54	14	0	31	1.40
755444--755561	15	7.5	15	82	13	148	51	2	0	45	1.14
755412--755561	45	3.1	49	83	11	179	52	4	0	43	1.22
755325--755609	133	2.3	131	80	13	316	51	6	0	41	1.30
758365--758527	80	2.0	80	94	2	283	28	22	12	36	1.90
762740--762820	29	2.8	29	81	3	101	43	2	0	54	1.13
762746--762836	29	3.1	27	76	16	85	48	1	0	50	1.08
768338--768442	46	2.3	46	91	1	167	42	6	18	32	1.76
768840--768935	20	5.1	20	70	24	73	42	6	13	37	1.70
768851--768964	54	2.1	54	100	0	228	42	6	15	35	1.72
770723--770756	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
770754--770792	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
771253--771289	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
774505--774579	23	3.3	22	70	15	71	40	8	20	32	1.81
774487--774591	46	2.3	46	95	1	185	42	6	18	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774740--774835	38	2.5	38	86	0	129	29	20	27	22	1.99
774989--775084	20	5.1	20	70	24	73	42	6	13	37	1.70
775000--775113	54	2.1	54	100	0	228	42	6	15	35	1.72
786097--786122	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
788850--788983	66	2.0	66	100	0	268	36	14	14	33	1.88
790221--790273	25	2.1	25	100	0	106	26	28	3	41	1.73
790229--790296	25	3.0	22	83	12	68	27	22	1	48	1.59
790676--790716	21	2.0	21	95	0	73	24	29	19	26	1.98
794402--794438	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
794484--794523	21	2.0	20	85	5	53	25	20	15	40	1.90
794655--794712	22	2.6	21	86	5	80	24	44	13	17	1.85
795104--795209	20	5.4	19	86	3	113	14	16	22	46	1.83
795173--795216	20	2.2	20	87	0	61	11	11	20	56	1.64
796798--796853	21	2.7	21	80	5	60	21	16	33	28	1.95
797123--797191	20	3.5	20	89	0	102	37	24	18	18	1.94
797225--797262	20	1.9	20	94	0	67	47	18	21	13	1.82
797263--797301	19	2.0	20	85	5	53	12	12	20	53	1.71
797307--797354	20	2.4	20	82	0	60	25	16	22	35	1.95
797341--797384	20	2.2	20	91	0	70	15	13	20	50	1.78
797860--797967	21	5.1	21	75	4	101	20	36	18	25	1.95
797860--797982	42	2.9	42	77	7	142	22	34	17	25	1.96
799365--799401	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799521--799598	20	3.9	20	78	6	77	43	24	16	15	1.86
799637--799760	20	6.5	20	80	10	143	24	19	23	33	1.97
799738--800020	140	2.0	140	96	0	521	43	14	13	28	1.83
802361--802414	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
802361--802428	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
803233--803486	20	12.5	20	73	12	214	24	17	25	32	1.97
803250--803487	41	5.8	41	92	1	363	24	16	24	33	1.96
803270--803426	21	7.6	21	73	12	146	24	15	24	35	1.95
803562--803607	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
803573--803609	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
804706--804746	20	2.0	21	85	4	57	19	21	2	56	1.54
806888--806946	27	2.3	25	85	8	75	27	0	42	30	1.56
806900--806960	27	2.3	27	91	0	95	29	1	39	29	1.67
806894--806979	33	2.9	30	80	15	106	29	1	40	29	1.64
806897--806994	33	3.2	30	77	16	94	28	1	39	30	1.64
807856--807961	20	5.2	20	82	6	106	31	25	18	24	1.98
808481--808532	19	2.7	19	88	5	70	44	25	19	11	1.84
808478--808543	18	3.5	19	81	6	80	46	25	16	10	1.79
808539--808589	19	2.7	19	84	6	68	15	19	21	43	1.88
808572--808659	33	2.6	33	94	1	149	12	26	22	38	1.90
808627--808684	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
810471--810506	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810613--810659	19	2.5	19	96	0	85	44	21	21	12	1.85
810688--810814	33	3.9	32	79	8	139	15	18	18	46	1.84
810681--810813	66	2.0	66	88	0	194	17	18	18	45	1.86
810760--810834	19	4.2	19	73	18	70	17	21	18	42	1.89
813108--813144	12	3.1	12	92	0	56	2	21	0	75	0.92
813319--813372	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
814157--814208	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
814235--814284	20	2.5	20	80	0	73	38	22	18	22	1.94
814501--814565	20	3.2	20	70	8	60	40	21	21	16	1.92
814770--814804	14	2.5	14	85	0	52	48	20	0	31	1.50
816221--816312	42	2.2	42	88	1	141	20	15	42	21	1.89
816248--816308	21	2.9	21	73	9	70	21	13	42	22	1.87
816678--816727	20	2.5	20	83	0	64	40	24	22	14	1.90
816714--816804	14	5.4	19	69	25	87	47	19	18	14	1.83
816714--816825	33	3.4	33	95	1	190	48	21	17	12	1.80
816730--816820	14	5.9	14	72	20	65	49	21	16	12	1.78
816714--816836	65	1.9	66	88	5	187	47	22	17	12	1.80
816854--816911	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
816837--816927	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
816912--816966	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
817448--817487	18	2.2	18	90	0	62	15	12	45	27	1.82
818812--818885	20	3.8	20	81	1	69	43	22	17	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819119--819162	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
819350--819464	20	5.7	20	83	6	124	23	19	25	32	1.97
819340--819467	61	2.1	61	88	0	184	23	17	24	35	1.95
819350--819485	61	2.2	61	82	2	166	22	20	24	33	1.97
819535--819575	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
823328--823395	35	1.9	35	93	0	118	48	13	19	19	1.81
824475--824594	42	2.9	42	96	0	222	15	16	20	46	1.84
824785--824828	22	2.0	23	86	4	63	45	0	0	54	0.99
824774--824938	30	5.6	30	73	16	107	44	0	1	53	1.12
825065--825174	48	2.3	47	77	13	114	49	0	0	50	1.07
825120--825166	22	2.1	22	84	7	60	51	0	2	46	1.13
825293--825328	14	2.6	14	90	0	54	30	22	13	33	1.93
835904--836003	33	3.1	32	84	5	130	38	23	12	27	1.90
845519--845626	37	2.9	37	87	0	135	42	12	11	34	1.77
846128--846172	19	2.3	20	88	3	65	24	6	0	68	1.13
846166--846310	43	3.4	40	73	21	109	29	2	2	64	1.21
849388--849454	14	5.1	13	75	18	59	79	2	14	2	0.98
849827--849888	27	2.3	27	94	0	106	40	9	4	45	1.58
850877--851098	116	1.9	116	88	1	338	33	26	18	21	1.96
851191--851270	36	2.2	37	95	2	144	31	21	11	36	1.88
851359--851424	21	3.4	21	70	25	63	27	21	10	40	1.86
851285--851443	37	4.4	36	79	3	176	24	20	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851384--851547	67	2.4	68	82	10	190	32	19	12	35	1.89
851496--851614	35	3.4	35	90	3	186	42	15	10	31	1.81
852033--852144	37	3.0	37	92	0	170	41	11	14	32	1.81
852608--852668	17	3.4	18	75	6	52	22	6	3	67	1.29
852796--852849	22	2.5	21	79	8	54	14	7	1	75	1.09
854850--855027	21	8.6	21	76	7	143	29	21	23	25	1.99
854933--855046	20	5.6	20	74	19	110	33	19	22	24	1.97
854929--855053	41	3.0	41	97	0	232	32	19	23	24	1.97
854867--855089	21	10.7	22	73	16	118	29	20	23	26	1.99
855227--855262	10	3.3	11	92	7	56	27	55	16	0	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10