genome.fa.s9621.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009621.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117010_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  839111

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298--332	15	2.3	15	90	0	52	11	0	0	88	0.51
3848--3877	8	3.6	8	95	4	51	60	0	16	23	1.36
11619--11670	20	2.6	19	79	8	59	65	1	0	32	1.04
11528--11764	120	2.0	118	85	3	314	46	9	6	37	1.63
12813--12848	13	2.8	12	88	12	54	0	11	8	80	0.90
12815--12849	14	2.6	13	86	4	52	0	8	8	82	0.83
13298--13342	3	15.3	3	78	21	51	68	0	0	31	0.89
13297--13342	12	3.9	12	89	10	69	69	0	0	30	0.89
22263--22307	21	2.1	21	83	0	54	48	2	11	37	1.51
25969--26030	30	2.1	29	93	3	106	54	6	9	29	1.57
26810--26847	16	2.3	17	86	4	51	76	0	2	21	0.91
28919--29636	121	5.9	121	90	0	1123	23	15	25	35	1.94
29659--29927	64	4.4	59	77	13	240	32	12	19	35	1.90
29721--29927	64	3.2	64	86	1	299	32	13	19	34	1.91
29642--29930	127	2.3	120	82	5	346	32	13	19	34	1.91
34532--34580	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
35213--35252	21	1.9	21	94	0	71	45	10	20	25	1.81
37768--37816	22	2.1	22	85	7	71	48	4	8	38	1.52
38757--38798	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
40500--40526	6	4.5	6	100	0	54	33	51	0	14	1.43
49904--50474	198	2.9	195	82	7	624	33	9	17	40	1.82
49904--50474	98	5.8	98	80	6	566	33	9	17	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50513--50550	20	1.9	20	94	0	67	42	18	5	34	1.73
51198--51252	13	4.2	13	80	0	56	27	12	9	50	1.70
59415--59806	206	1.9	207	86	0	552	33	15	18	32	1.92
69147--69262	32	3.6	32	70	11	94	34	13	17	34	1.89
71476--71508	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
81683--81755	3	24.3	3	75	10	60	36	2	0	60	1.11
81702--81749	20	2.5	19	93	3	78	41	2	0	56	1.11
85702--85745	22	2.0	22	100	0	88	50	18	18	13	1.79
87991--88029	17	2.3	17	86	0	51	76	0	20	2	0.90
88485--88546	32	1.9	32	96	0	115	43	17	19	19	1.88
90911--91050	75	1.9	75	86	0	199	34	17	19	29	1.94
92421--92459	19	2.1	19	100	0	78	35	10	15	38	1.81
93099--93186	44	2.0	44	100	0	176	31	15	6	45	1.73
93184--93953	46	16.8	46	91	2	1138	26	20	18	34	1.95
94072--94118	24	2.0	24	82	0	58	36	4	0	59	1.17
94083--94147	3	22.3	3	81	12	55	38	1	0	60	1.07
95793--95828	19	1.9	19	94	5	65	30	0	0	69	0.89
95690--95885	110	1.8	106	87	4	293	37	8	8	46	1.63
96375--96400	11	2.4	11	100	0	52	23	53	0	23	1.46
100108--100151	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
104565--104658	3	32.0	3	95	4	174	67	0	0	32	0.91
104657--104685	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109802--109851	26	2.0	24	84	7	64	60	6	8	26	1.48
110170--110209	17	2.3	18	86	4	55	25	25	17	32	1.97
114161--114200	3	13.0	3	84	5	53	62	2	2	32	1.22
122012--122056	21	2.1	21	100	0	90	53	4	13	28	1.59
122845--122873	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
128884--128951	3	22.0	3	88	5	100	32	0	0	67	0.91
140417--140693	138	2.0	138	100	0	554	37	13	14	33	1.86
140720--141389	45	14.8	45	92	0	998	22	22	18	35	1.96
141504--141555	3	17.0	3	92	4	86	34	1	0	63	1.06
141951--142002	18	2.8	18	88	2	68	51	17	28	1	1.56
143003--143034	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
143407--143440	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
152274--152303	11	2.8	11	95	5	53	30	0	0	70	0.88
152392--152546	29	5.3	29	82	5	195	54	1	8	36	1.39
152391--152546	58	2.7	58	86	5	215	54	1	8	35	1.39
152536--152577	18	2.3	19	79	4	50	45	0	9	45	1.36
155469--155493	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
155769--155811	15	3.1	14	80	19	54	81	9	2	6	0.95
155773--155801	12	2.3	13	94	5	51	82	6	3	6	0.93
158767--158938	45	3.8	45	86	4	202	27	22	8	41	1.82
159043--159124	40	2.0	40	88	4	121	31	23	15	29	1.95
161313--161726	85	4.9	84	85	2	494	26	17	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161313--161728	168	2.5	170	88	2	597	26	17	19	36	1.94
167019--167053	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
167296--167352	6	8.7	6	78	19	53	80	1	15	1	0.87
167295--167347	7	7.6	7	83	12	65	81	1	15	1	0.87
167312--167352	6	6.7	6	86	13	57	82	0	17	0	0.66
167998--168044	3	15.0	3	82	8	58	31	4	0	63	1.13
168459--168501	19	2.3	19	83	0	59	39	32	6	20	1.80
169481--169547	30	2.2	30	97	0	125	20	17	16	44	1.86
169549--169622	30	2.5	30	79	0	85	14	13	12	59	1.61
175152--175273	4	31.0	4	91	3	203	50	23	0	25	1.49
175858--175961	36	2.9	36	91	4	156	36	23	10	29	1.88
176151--176254	28	3.6	28	76	10	102	32	12	9	45	1.75
176443--176505	33	1.9	33	83	0	81	28	19	12	39	1.88
176749--176855	31	3.4	30	81	11	99	28	16	14	41	1.87
176563--176796	65	3.6	65	74	8	188	32	15	12	39	1.85
176772--176855	31	2.7	32	86	3	116	23	17	14	44	1.86
176772--176885	31	3.7	30	80	9	97	24	20	14	41	1.89
176898--177219	133	2.4	132	78	6	360	27	31	16	24	1.96
178003--178069	30	2.2	31	83	2	82	34	26	19	19	1.96
178031--178152	63	2.0	62	85	8	167	32	18	18	30	1.95
178047--178153	31	3.4	32	77	11	105	34	16	17	30	1.93
178944--179101	64	2.5	65	77	9	171	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180153--180191	3	12.7	3	83	5	51	35	2	2	58	1.25
180549--180598	21	2.4	21	100	0	100	46	18	22	14	1.84
183441--183503	20	3.1	21	84	11	78	49	0	3	47	1.17
183441--183480	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
187288--187458	41	4.2	41	65	10	109	32	18	18	31	1.94
187287--187507	122	1.8	120	83	7	293	31	16	18	33	1.94
193755--193837	23	3.7	23	82	6	109	18	25	36	20	1.95
193800--193839	20	2.0	20	85	0	53	20	27	35	17	1.95
195294--195662	183	2.0	183	97	2	697	29	19	12	38	1.89
196006--196037	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
196843--196877	16	2.2	16	90	5	54	48	5	14	31	1.67
201763--201802	21	1.9	21	84	0	53	2	42	10	45	1.51
205233--205272	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
208321--208349	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
218242--218287	22	2.1	22	100	0	92	21	34	4	39	1.73
225398--225443	18	2.6	18	86	6	58	23	23	19	32	1.97
225333--225454	63	1.9	65	81	5	149	24	21	18	36	1.95
226306--226352	20	2.3	20	100	0	94	14	29	0	55	1.40
230232--230273	21	2.0	21	90	0	66	38	16	21	23	1.93
237561--237605	19	2.3	20	88	3	65	68	4	24	2	1.19
239683--239737	21	2.6	21	82	5	76	20	25	18	36	1.94
239724--239776	20	2.7	20	87	0	79	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239931--239964	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
240518--240571	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
240746--240770	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
243070--243113	20	2.2	20	88	4	63	36	20	22	20	1.95
243077--243220	19	8.3	19	71	22	111	45	17	22	15	1.85
243097--243220	33	3.8	33	90	2	187	46	16	21	15	1.83
243233--243312	33	2.4	33	93	0	133	10	21	22	46	1.81
243252--243312	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
243419--243455	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
244813--244879	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95

Tables:   1   2   3   4