genome.fa.s9628.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009628.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117021_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2284295

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  1  of  10  ( 1154 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8104--8140	16	2.3	16	100	0	74	43	0	5	51	1.24
12294--12321	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
14104--14138	18	1.9	18	88	11	54	54	25	0	20	1.45
14398--14467	30	2.2	33	87	10	101	61	0	0	38	0.96
14398--14469	32	2.2	34	90	5	112	61	0	0	38	0.96
17262--17301	21	1.9	21	89	0	62	27	10	2	60	1.42
22514--22575	30	2.1	30	90	0	97	17	20	25	35	1.95
23039--23198	85	1.9	85	94	0	284	38	20	19	21	1.94
26270--26401	30	4.4	30	93	0	212	21	19	25	32	1.97
29214--29265	26	2.0	26	100	0	104	23	19	11	46	1.82
37936--37978	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
37958--38107	65	2.3	67	92	3	250	30	28	25	16	1.96
38586--38889	149	2.0	149	99	0	599	27	16	20	35	1.94
38868--38912	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
44906--44948	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
44928--45078	67	2.2	68	94	2	261	29	28	25	15	1.96
45558--45861	149	2.0	149	98	0	590	27	16	20	36	1.93
46990--47102	60	1.9	60	88	0	172	34	15	15	35	1.88
53792--53872	2	42.0	2	92	7	141	50	0	0	49	1.00
54960--55034	2	39.5	2	81	10	95	45	2	1	50	1.24
60667--60783	37	3.2	37	84	9	125	31	20	11	36	1.88
60693--60810	37	3.2	37	91	1	184	33	19	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60825--61291	36	13.4	36	69	12	305	24	19	13	42	1.87
60824--61282	73	6.6	71	71	12	355	24	19	13	43	1.87
60896--61291	138	2.9	137	88	5	595	25	19	13	42	1.87
60969--61206	65	3.6	65	67	13	151	25	18	13	42	1.87
60693--61147	211	2.2	212	88	2	673	25	19	13	41	1.88
62029--62073	12	3.9	12	80	13	51	48	0	0	51	1.00
62027--62074	23	2.1	23	88	7	71	45	0	0	54	0.99
62016--62075	28	2.1	28	90	6	95	46	0	0	53	1.00
63160--63185	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
63673--63725	17	3.2	16	81	7	61	16	9	0	73	1.08
63654--63734	33	2.4	33	73	20	78	17	11	0	71	1.13
69726--69756	14	2.2	14	94	0	53	77	0	9	12	0.99
70498--70550	24	2.2	24	87	9	74	67	3	3	24	1.23
70786--70833	19	2.5	20	93	3	80	33	10	45	10	1.72
71582--71697	44	2.6	44	84	10	130	25	16	23	35	1.95
71455--72041	170	3.5	170	96	1	1090	24	17	25	33	1.96
72785--72818	11	3.0	11	91	4	50	0	8	2	88	0.62
79433--79510	38	2.1	38	85	4	104	21	20	26	30	1.98
81775--81805	14	2.2	14	94	0	53	77	0	9	12	0.99
82526--82580	24	2.2	25	81	18	71	60	7	3	29	1.41
82534--82586	24	2.2	24	87	9	74	67	3	3	24	1.23
82822--82870	20	2.5	20	96	0	89	32	12	44	10	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85611--85942	20	16.2	20	78	6	290	40	24	19	16	1.91
85611--85942	42	8.1	41	78	8	306	40	24	19	16	1.91
85611--85933	62	5.3	62	89	1	456	39	24	19	16	1.91
86044--86135	6	15.5	6	96	3	161	32	51	16	0	1.45
86613--86661	6	8.2	6	100	0	98	0	16	48	34	1.46
86753--87015	20	12.8	20	79	8	217	15	19	26	38	1.92
86753--86959	42	5.0	42	82	11	241	15	19	27	36	1.93
86753--87013	62	4.2	62	88	5	352	15	19	26	37	1.92
86751--87013	42	6.4	41	79	9	209	15	19	26	38	1.92
92356--92436	34	2.4	37	82	12	93	40	4	17	37	1.71
99463--99514	22	2.4	22	100	0	104	30	13	3	51	1.58
99507--99580	24	3.1	24	88	0	103	14	10	14	59	1.61
99768--99833	24	2.8	24	79	4	71	12	12	21	54	1.69
105019--105105	37	2.4	37	90	7	133	40	35	10	13	1.79
105273--105357	35	2.6	35	83	9	108	41	35	8	15	1.77
104978--105572	251	2.4	240	89	8	876	36	28	11	23	1.90
110279--110332	28	1.9	28	92	0	90	51	14	12	20	1.75
113068--113098	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
118360--118390	15	2.0	16	93	6	55	19	19	19	41	1.90
120595--120650	14	4.3	14	78	17	66	8	12	25	53	1.67
120596--120670	24	3.1	24	86	3	98	12	10	21	56	1.66
121397--121471	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121403--121467	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
121537--121569	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
122001--122038	7	5.4	7	100	0	76	39	0	44	15	1.47
133950--134528	291	2.0	291	95	0	1041	30	10	36	21	1.88
139764--139804	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
143097--143149	20	2.8	20	77	11	67	32	22	22	22	1.98
151141--151165	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
152587--152680	31	3.0	31	92	3	154	38	23	19	19	1.93
156261--156317	29	1.9	30	86	10	82	31	17	7	43	1.76
156626--156667	15	2.6	16	81	11	50	40	14	2	42	1.58
156927--157020	31	3.0	31	95	3	163	38	24	19	18	1.93
157641--157802	64	2.5	64	81	5	186	29	17	19	33	1.95
161119--161151	12	2.8	12	95	0	57	66	6	0	27	1.15
161633--161699	34	2.0	34	96	0	125	31	19	13	35	1.90
168089--168147	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
172774--172831	28	2.0	29	96	3	109	24	13	13	48	1.79
196378--196423	19	2.3	20	81	3	58	54	13	6	26	1.62
197714--197758	13	3.5	13	81	3	56	28	0	20	51	1.48
197714--197781	26	2.6	27	79	9	79	30	0	20	48	1.50
199563--199648	44	2.0	44	90	0	136	30	26	18	24	1.98
199569--199670	21	4.8	22	77	15	90	33	27	17	21	1.96
199729--199760	13	2.3	15	89	10	50	37	15	0	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200312--200447	41	3.3	41	89	0	218	30	31	11	26	1.91
200328--200442	21	5.6	21	71	12	94	30	30	12	26	1.92
200351--200421	20	3.5	20	70	14	65	33	28	9	28	1.89
202799--202824	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
206609--206644	15	2.3	16	90	4	56	38	5	2	52	1.39
206789--206825	17	2.2	17	90	0	56	27	13	13	45	1.81
218813--218905	28	3.3	28	95	0	168	19	31	26	22	1.98
228148--228398	133	1.9	136	88	4	384	30	15	5	48	1.67
229976--230021	23	2.0	23	86	0	65	58	2	2	36	1.22
229973--230041	29	2.4	28	85	7	93	56	1	4	37	1.28
236962--237058	42	2.3	42	90	0	149	28	37	17	16	1.92
237624--237681	21	2.8	21	86	0	80	24	31	17	27	1.97
238635--238675	18	2.3	18	91	0	64	17	2	26	53	1.56
240713--240746	3	11.3	3	100	0	68	0	35	0	64	0.94
247444--247589	20	6.9	21	69	16	63	76	0	15	8	1.02
247479--247531	15	3.3	16	89	5	72	67	0	20	11	1.21
247459--247611	58	2.6	57	79	8	146	77	0	15	7	0.99
247521--247619	30	3.3	30	78	12	105	81	0	11	7	0.86
248933--249431	55	9.3	55	86	5	515	28	17	25	29	1.97
248942--249418	165	2.9	164	84	4	596	28	16	24	29	1.97
252154--252190	16	2.4	16	86	8	51	64	0	5	29	1.15
252360--252573	20	10.6	20	76	7	112	31	13	24	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252344--252553	40	5.2	40	70	10	133	32	12	23	30	1.92
252454--252636	20	9.0	20	77	8	106	31	13	24	31	1.93
252455--252640	40	4.6	41	71	15	127	30	12	25	31	1.93
252356--252638	20	13.9	20	70	15	86	32	12	24	30	1.92
252364--252634	60	4.5	60	73	12	223	32	12	25	29	1.92
253342--253370	6	4.8	6	100	0	58	0	65	0	34	0.93
254751--254810	30	2.0	30	100	0	120	43	13	23	20	1.86
255150--255237	3	31.0	3	73	11	69	34	2	0	63	1.07
255141--255224	31	2.7	33	80	14	97	34	4	0	60	1.18
255198--255235	17	2.3	17	86	13	53	26	0	0	73	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10