genome.fa.s9628.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009628.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117021_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2284295

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  10  of  10  ( 1154 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176842--2176878	12	3.1	12	100	0	74	0	27	0	72	0.84
2177891--2177942	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
2177927--2178018	20	4.6	20	68	2	58	40	20	17	21	1.92
2178231--2178298	20	3.4	20	68	8	66	38	23	22	16	1.93
2178496--2178532	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2180399--2180466	20	3.5	19	78	6	73	38	22	23	16	1.93
2180455--2180545	14	5.9	14	73	20	74	48	21	17	12	1.80
2180439--2180550	33	3.4	33	96	1	199	47	21	18	12	1.81
2180439--2180561	65	1.9	66	89	5	196	47	22	17	12	1.81
2180557--2180656	18	5.7	18	81	12	127	14	22	19	45	1.85
2180641--2180684	20	2.2	20	88	4	63	18	27	18	36	1.94
2181177--2181222	18	2.6	18	89	0	74	13	15	43	28	1.83
2182847--2182890	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2183058--2183192	20	6.7	20	80	7	121	24	17	24	33	1.96
2183058--2183195	61	2.3	61	85	0	195	23	17	23	34	1.96
2183058--2183213	61	2.6	61	82	2	161	23	19	23	33	1.97
2183263--2183303	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
2187376--2187461	43	2.0	43	100	0	172	41	23	9	25	1.84
2189310--2189367	26	2.2	26	82	11	66	55	1	0	43	1.10
2189970--2190017	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2194436--2194510	34	2.3	33	84	10	102	18	26	6	48	1.73
2194445--2194513	34	2.1	34	91	2	113	17	24	5	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2200267--2200296	15	2.0	15	93	0	51	26	20	50	3	1.64
2203168--2203212	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
2205016--2205060	21	2.1	21	83	0	54	15	22	28	33	1.95
2208325--2208369	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
2208475--2208525	25	2.0	26	96	3	95	33	23	23	19	1.97
2210149--2210193	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2211571--2212129	278	2.0	277	90	7	893	28	17	19	34	1.94
2225076--2225252	20	8.5	22	75	12	158	41	1	9	47	1.43
2225076--2225228	42	3.7	42	78	12	156	43	0	9	47	1.35
2225096--2225215	62	1.9	62	86	6	172	45	0	10	44	1.37
2225963--2226019	20	2.8	20	81	7	62	43	26	17	12	1.84
2226006--2226215	20	10.6	20	84	5	228	36	24	17	21	1.95
2225968--2226215	60	4.2	60	82	3	241	37	25	17	19	1.94
2226901--2226947	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2229423--2229656	72	3.3	71	79	9	266	47	17	21	13	1.81
2229409--2229678	105	2.6	104	89	7	388	47	17	21	12	1.82
2229409--2229678	53	5.1	52	87	8	388	47	17	21	12	1.82
2229423--2229684	19	14.7	19	78	17	285	46	17	21	13	1.83
2229390--2229683	72	4.2	68	77	13	258	46	18	21	13	1.83
2229655--2229770	53	2.2	52	86	3	160	18	24	18	37	1.94
2229693--2229780	19	4.8	19	81	14	114	13	23	15	46	1.82
2229870--2229906	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231298--2231360	21	3.0	21	73	0	72	22	19	34	23	1.96
2231828--2231912	37	2.3	37	87	4	118	45	24	21	8	1.78
2231903--2231959	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
2231827--2231945	51	2.2	54	85	12	158	46	23	21	9	1.80
2231885--2231976	33	2.8	33	93	1	159	45	21	21	10	1.82
2231827--2231981	19	8.8	18	75	16	130	45	22	21	9	1.81
2231993--2232051	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
2231977--2232100	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
2231977--2232068	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
2232026--2232082	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
2232197--2232510	94	3.4	93	96	2	580	44	18	13	22	1.85
2234186--2234247	20	3.0	20	81	4	88	46	16	25	11	1.80
2234184--2234247	21	3.1	21	81	4	94	46	15	26	10	1.79
2234247--2234296	19	2.6	19	93	0	91	44	20	22	14	1.86
2234319--2234390	21	3.4	21	79	7	92	13	20	16	48	1.80
2234472--2234542	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
2234922--2235114	20	9.6	20	84	5	237	18	18	27	35	1.95
2247016--2247054	17	2.3	17	91	8	62	56	5	5	33	1.43
2249232--2249275	17	2.5	17	88	3	61	59	2	2	36	1.23
2249578--2249643	30	2.2	31	94	2	116	34	15	13	36	1.87
2252002--2252031	13	2.2	14	94	5	53	36	13	16	33	1.88
2254342--2254399	18	3.4	16	84	13	71	63	5	5	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2254660--2254701	18	2.3	19	83	8	59	61	0	2	35	1.09
2257907--2258011	24	4.4	24	88	0	138	40	20	12	25	1.88
2257925--2258031	48	2.2	48	85	6	128	42	19	14	23	1.87
2260407--2260454	22	2.3	19	80	16	51	27	29	22	20	1.99
2275541--2275579	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2281371--2281398	14	2.0	14	100	0	56	14	14	21	50	1.78
2283441--2283483	21	2.0	21	100	0	86	37	32	4	25	1.77
2283967--2284000	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10

The End!