genome.fa.s9628.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009628.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117021_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2284295

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1154 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2060867--2060900	18	1.9	18	88	5	52	26	32	26	14	1.95
2063396--2063433	20	1.9	20	100	0	76	44	5	26	23	1.74
2065285--2065323	17	2.4	16	86	4	51	41	0	7	51	1.31
2065620--2065664	17	2.6	18	86	10	67	46	0	0	53	1.00
2065554--2065667	49	2.4	50	76	11	121	49	2	0	48	1.15
2065738--2065838	29	3.5	27	77	20	82	51	0	2	44	1.23
2066094--2066186	29	3.2	29	81	1	87	35	7	13	43	1.73
2066117--2066169	14	3.7	14	75	5	52	37	3	11	47	1.58
2070686--2070718	16	2.0	17	88	5	50	66	0	6	27	1.15
2071696--2071722	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
2077404--2077502	10	10.3	9	76	12	90	15	27	28	29	1.96
2077404--2077502	19	5.2	19	80	13	89	15	27	28	29	1.96
2077403--2077502	29	3.4	30	85	9	127	16	27	28	29	1.97
2077499--2077556	5	10.8	5	75	14	53	20	51	20	6	1.70
2077499--2077563	22	3.0	22	95	0	121	20	49	21	9	1.76
2077553--2077590	7	5.4	7	100	0	76	15	28	28	26	1.96
2084758--2084856	10	10.3	9	76	12	90	15	27	28	29	1.96
2084758--2084856	19	5.2	19	80	13	89	15	27	28	29	1.96
2084757--2084856	29	3.4	30	85	9	127	16	27	28	29	1.97
2084853--2084905	5	9.8	5	76	15	52	18	50	22	7	1.72
2084870--2084912	22	2.0	22	100	0	86	18	48	23	9	1.76
2084852--2084900	17	2.9	17	100	0	98	18	48	22	10	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085795--2085918	63	2.0	63	82	6	153	16	28	29	25	1.97
2087928--2087978	24	2.1	24	85	7	68	45	0	0	54	0.99
2087941--2087983	20	2.1	21	87	8	63	46	0	0	53	1.00
2088183--2088212	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2093918--2093999	35	2.3	35	95	0	146	53	10	14	20	1.71
2095024--2095093	25	2.9	24	70	19	63	47	0	0	52	1.00
2095012--2095084	13	5.4	14	73	16	55	47	0	1	50	1.09
2098040--2098071	8	4.0	8	100	0	64	50	25	25	0	1.50
2104952--2105062	20	5.6	20	78	6	109	39	28	12	18	1.88
2104952--2105062	40	2.8	40	81	2	125	39	28	12	18	1.88
2105210--2105268	22	2.7	22	83	0	82	20	42	16	20	1.89
2105613--2105654	20	2.1	20	90	0	66	52	21	14	11	1.73
2105616--2105663	20	2.4	20	85	0	60	54	20	14	10	1.70
2105659--2105713	20	2.8	19	86	8	74	14	16	20	49	1.80
2107965--2108001	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2108387--2108436	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
2108515--2108575	29	2.1	29	87	0	86	29	14	24	31	1.95
2108950--2108990	18	2.3	18	86	0	55	21	2	24	51	1.60
2111061--2111085	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
2112249--2112360	20	5.7	20	81	8	122	30	10	24	34	1.89
2112249--2112360	60	1.9	58	85	3	152	30	10	24	34	1.89
2112248--2112439	40	4.8	41	73	12	132	27	10	25	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2116847--2116913	29	2.3	29	84	0	80	32	32	26	7	1.84
2117106--2117231	65	1.9	65	93	0	216	23	30	18	28	1.97
2117632--2117675	21	2.1	21	95	0	79	31	0	13	54	1.39
2121548--2121582	17	2.0	18	94	5	63	57	0	5	37	1.23
2121778--2122081	12	24.6	11	70	19	83	45	1	9	43	1.48
2121825--2122041	26	8.7	26	75	10	123	47	2	7	42	1.46
2121752--2122027	124	2.3	123	89	6	420	46	2	8	43	1.47
2121959--2122041	3	28.7	3	74	7	55	53	2	2	42	1.27
2122046--2122137	21	4.6	20	67	17	57	40	0	14	45	1.44
2121752--2122060	124	2.5	122	86	6	405	45	2	9	43	1.48
2121787--2122185	60	6.5	60	76	11	228	43	1	10	44	1.47
2122158--2122233	24	3.2	24	68	20	77	40	0	13	46	1.43
2122060--2122882	108	7.6	108	76	12	714	41	1	11	45	1.49
2122242--2122319	18	4.0	18	66	23	50	44	1	7	46	1.40
2122197--2122404	59	3.5	59	85	6	258	42	0	10	46	1.44
2122325--2122351	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
2122372--2122419	14	3.6	14	78	16	57	37	0	14	47	1.44
2122038--2122882	274	3.1	272	78	11	932	41	1	11	45	1.49
2122372--2122420	25	2.0	25	91	0	80	38	0	14	46	1.44
2122486--2122739	11	21.1	12	66	23	51	43	0	11	44	1.41
2122038--2123096	490	2.2	483	90	5	1643	41	2	11	45	1.51
2122539--2122626	10	8.7	10	72	21	51	40	0	14	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2122493--2122780	60	5.1	60	87	11	446	42	0	11	45	1.41
2122496--2122876	21	17.9	21	64	23	90	42	0	11	46	1.39
2122710--2122780	10	7.4	10	73	19	53	42	0	12	45	1.42
2122602--2123095	154	3.1	154	78	11	561	42	2	10	45	1.50
2122849--2122897	14	3.7	14	84	15	68	36	0	14	48	1.44
2122984--2123071	21	4.3	21	65	13	58	45	0	7	46	1.32
2122971--2123085	60	1.9	60	96	0	212	43	0	8	47	1.34
2123974--2124018	23	2.0	23	86	0	63	55	2	2	40	1.24
2125304--2125352	22	2.2	22	92	0	80	38	12	2	46	1.53
2125326--2125420	29	3.2	29	82	13	104	46	9	2	42	1.48
2125667--2125760	29	3.0	29	76	11	89	48	8	0	42	1.33
2125670--2125778	31	3.5	31	73	18	100	47	7	0	44	1.30
2126113--2126148	11	3.2	11	84	7	54	38	19	22	19	1.93
2128731--2128758	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2128959--2129029	37	1.9	37	88	0	106	33	11	28	26	1.91
2129745--2129784	20	2.0	20	85	9	55	2	35	0	62	1.09
2129755--2129800	21	2.1	22	84	8	58	4	34	0	60	1.16
2131040--2131399	183	2.0	182	94	1	641	44	8	13	33	1.74
2131879--2131912	15	2.3	15	89	0	50	5	20	0	73	1.04
2132188--2132255	29	2.3	29	77	5	75	22	23	5	48	1.72
2132261--2132352	46	2.0	46	91	0	148	23	19	10	45	1.82
2132391--2132446	28	2.0	28	92	0	94	37	10	5	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2135196--2135522	163	2.0	163	98	0	627	30	13	23	32	1.93
2140959--2141012	22	2.5	22	78	0	63	38	22	9	29	1.85
2141303--2141350	20	2.4	20	82	0	51	22	35	33	8	1.84
2141315--2141356	15	2.8	15	72	13	50	23	38	33	4	1.76
2146076--2146129	22	2.5	22	78	0	63	38	22	9	29	1.85
2147286--2147338	11	5.1	11	82	8	67	54	1	0	43	1.11
2147298--2147348	8	6.4	8	84	6	59	54	1	1	41	1.22
2147860--2148218	106	3.5	101	79	11	379	23	17	24	34	1.96
2148023--2148213	99	1.9	96	82	7	231	23	18	23	34	1.96
2149361--2149397	16	2.3	16	100	0	74	0	10	5	83	0.79
2159879--2159919	13	3.2	12	89	10	55	75	2	0	21	0.92
2159879--2159919	17	2.3	18	91	4	66	75	2	0	21	0.92
2159879--2159919	4	9.5	4	89	10	55	75	2	0	21	0.92
2161748--2161835	30	2.9	29	81	9	106	32	7	26	32	1.85
2164379--2164423	23	2.0	23	90	0	72	46	17	13	22	1.83
2164658--2164734	30	2.6	30	83	4	84	36	18	20	24	1.95
2166963--2166988	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2168035--2168068	14	2.5	13	90	4	50	41	14	2	41	1.61
2168068--2168107	21	1.9	21	89	0	62	45	27	0	27	1.54
2169761--2169813	20	2.7	20	93	0	88	24	28	20	26	1.99
2170387--2170518	19	7.1	19	79	11	139	13	22	19	43	1.86
2172640--2172812	42	4.1	42	78	5	172	23	36	18	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172746--2172812	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2172607--2172782	84	2.1	84	97	0	334	22	37	17	23	1.94
2172607--2172812	84	2.5	84	91	1	279	22	36	17	22	1.95
2174163--2174198	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2174325--2174414	14	5.7	14	69	23	63	44	23	23	8	1.81
2174307--2174429	33	3.7	33	93	0	201	44	21	21	12	1.84
2174316--2174400	19	5.0	19	71	23	82	45	22	22	9	1.80
2174425--2174575	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
2174429--2174555	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
2174422--2174554	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10