genome.fa.s11063.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011063.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126034, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  552818

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10687--10758	23	3.2	22	82	4	90	15	19	27	37	1.92
12087--12124	20	2.0	20	89	5	60	52	13	15	18	1.74
21074--21130	24	2.4	24	93	0	96	35	22	22	19	1.96
23209--23241	17	1.9	17	88	11	50	78	0	18	3	0.87
28059--28102	24	2.0	22	86	13	63	36	27	4	31	1.77
28764--28855	36	2.5	37	83	3	123	20	30	11	36	1.89
30268--30451	49	3.8	47	73	4	152	29	13	30	25	1.94
38575--38624	17	2.9	17	85	8	57	14	8	12	66	1.45
38585--38636	19	2.9	18	83	8	61	15	5	15	63	1.48
38950--38984	16	2.2	16	89	0	52	45	8	0	45	1.34
41539--41569	12	2.6	12	94	0	53	16	6	22	54	1.64
43305--43585	140	2.0	140	100	0	562	20	18	21	39	1.93
45168--45403	90	2.6	90	88	0	337	28	27	18	26	1.98
48223--48282	29	2.1	29	93	0	102	15	20	8	56	1.64
50347--50408	21	3.1	20	77	11	56	53	1	0	45	1.10
50377--50406	9	3.3	9	90	0	51	46	3	0	50	1.18
50762--50810	19	2.7	18	77	3	53	42	6	0	51	1.27
53440--53532	31	3.0	31	83	10	120	34	22	4	38	1.74
63432--63473	21	2.0	21	86	13	59	16	38	21	23	1.93
64363--64437	34	2.2	34	82	0	96	33	33	16	17	1.92
69269--69359	17	5.3	17	80	5	103	38	2	3	56	1.28
69269--69364	6	16.7	6	71	12	58	38	2	3	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69274--69352	35	2.3	34	86	2	113	36	2	3	56	1.31
69269--69364	11	8.4	11	68	12	52	38	2	3	56	1.27
69359--69406	23	2.0	24	84	4	62	54	12	4	29	1.56
71099--71360	29	8.9	30	75	10	213	34	25	4	35	1.77
71103--71302	60	3.4	60	76	8	162	36	24	3	35	1.73
71639--71818	98	1.8	97	91	1	297	27	17	17	38	1.92
75382--75408	12	2.2	12	100	0	54	77	0	22	0	0.76
77281--77556	99	2.8	95	75	10	250	36	15	28	19	1.92
77193--77809	50	12.5	50	72	6	265	35	15	30	18	1.92
77335--77734	147	2.7	147	80	2	444	35	15	30	19	1.92
77595--77775	98	1.8	99	84	5	251	32	17	30	18	1.95
78015--78111	41	2.4	41	82	0	113	29	17	17	35	1.93
78274--79016	209	3.6	208	85	2	988	37	18	22	21	1.94
79380--79481	17	6.1	17	73	10	84	37	2	3	55	1.33
79382--79423	16	2.5	17	88	3	59	38	2	2	57	1.25
79450--79490	6	7.0	6	81	13	50	46	2	0	51	1.14
81121--81265	30	4.9	29	81	9	152	35	27	3	33	1.74
81124--81323	59	3.4	60	78	9	171	36	26	4	34	1.75
81124--81323	89	2.3	90	81	7	232	36	26	4	34	1.75
81124--81323	30	6.8	29	75	14	144	36	26	4	34	1.75
84995--85037	20	2.2	20	91	8	70	32	13	23	30	1.93
88973--89006	14	2.2	16	90	10	54	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89295--89319	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
91974--92064	47	1.9	47	90	0	146	28	31	20	18	1.97
91881--92083	90	2.3	85	80	4	226	29	28	17	24	1.97
91881--92083	43	4.7	42	80	6	190	29	28	17	24	1.97
92380--92404	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
96407--96841	41	10.7	41	81	1	435	18	27	19	33	1.96
96407--96851	122	3.6	121	79	4	457	18	27	20	34	1.95
96406--96841	204	2.1	203	83	2	543	18	27	19	33	1.96
104864--104898	10	3.6	10	88	3	54	22	48	8	20	1.76
105960--106076	37	3.2	37	97	0	216	30	17	12	38	1.88
107217--107264	10	4.8	10	86	0	69	45	22	2	29	1.64
107256--107294	20	2.0	20	89	0	60	41	15	5	38	1.69
107200--107424	111	2.0	111	99	0	441	36	17	7	38	1.77
107328--107375	10	4.8	10	86	0	69	45	22	2	29	1.64
107367--107405	20	2.0	20	89	0	60	41	15	5	38	1.69
107914--107943	8	3.9	8	91	8	53	36	26	0	36	1.57
107914--107942	15	1.9	15	100	0	58	34	27	0	37	1.57
110801--110833	17	1.9	17	88	11	50	72	3	6	18	1.18
116279--116387	54	2.0	54	100	0	218	36	21	5	36	1.77
135439--135471	17	1.9	17	88	11	50	72	3	6	18	1.18
136064--136101	19	2.0	19	89	0	58	34	21	15	28	1.94
136671--136727	24	2.4	24	84	0	69	21	26	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149359--149443	43	2.0	43	90	0	134	36	12	24	25	1.92
149411--149643	84	2.8	83	87	3	308	36	9	26	27	1.87
149358--149643	42	6.8	42	78	8	278	36	9	25	27	1.88
150224--150270	21	2.2	21	100	0	94	31	10	19	38	1.86
156853--156899	23	2.0	23	91	0	76	34	14	19	31	1.92
163592--163749	57	2.8	57	86	0	217	32	25	18	24	1.97
166698--166827	37	3.5	37	75	4	118	29	19	10	41	1.83
171733--171976	52	4.8	52	83	7	313	36	22	14	26	1.93
171704--171976	104	2.7	102	85	4	358	36	23	13	26	1.92
178180--178309	29	4.5	29	86	0	179	38	16	16	29	1.90
178220--178302	17	5.5	17	69	26	78	37	15	16	30	1.90
178151--178318	58	2.9	58	81	1	167	39	16	16	27	1.90
179459--179609	42	3.6	42	88	0	212	34	9	25	29	1.89
179542--179607	18	3.3	18	67	28	53	34	7	24	33	1.84
180324--180377	21	2.6	21	78	0	63	29	11	25	33	1.91
181244--181552	53	5.8	53	77	3	192	29	33	14	22	1.94
181329--181553	55	4.1	55	77	5	181	30	35	14	20	1.92
183326--183508	29	6.3	29	85	0	231	42	17	14	25	1.88
183326--183544	58	3.8	58	82	4	248	42	15	15	26	1.87
183398--183508	17	7.4	17	67	27	72	42	18	14	25	1.87
183618--183719	40	2.5	40	85	3	134	24	17	19	38	1.93
183618--183737	40	3.1	38	77	9	89	26	16	18	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184162--184323	53	3.1	53	85	2	202	30	36	13	19	1.91
184194--184370	53	3.3	52	82	6	196	29	35	15	19	1.93
184330--184541	55	3.8	56	75	9	186	25	31	17	25	1.97
184402--184535	56	2.4	55	85	3	171	26	29	17	26	1.97
189285--189376	6	15.8	6	71	10	66	57	3	1	38	1.22
189286--189371	17	5.1	17	86	0	127	58	3	1	37	1.23
189286--189371	34	2.5	34	92	0	145	58	3	1	37	1.23
189914--190864	78	12.3	78	80	5	863	26	19	28	25	1.98
189913--190873	155	6.2	154	80	5	868	26	19	28	25	1.99
190331--190436	35	2.9	37	76	10	119	28	18	27	25	1.98
189914--190873	39	24.8	39	67	8	275	26	19	28	25	1.99
191175--191667	50	10.1	50	71	9	259	19	29	16	34	1.94
191194--191463	147	1.8	148	78	7	307	19	30	15	33	1.94
191203--191670	197	2.4	196	81	4	491	19	30	15	34	1.93
192612--192686	21	3.5	21	76	21	68	5	20	0	74	1.00
199173--199224	17	3.1	17	88	0	77	59	1	1	36	1.19
199877--199955	41	2.0	40	82	7	97	70	2	5	21	1.18
200049--200090	15	2.8	15	82	10	50	73	7	2	16	1.15
201041--201740	245	2.9	244	82	3	816	18	24	17	40	1.91
200987--201740	49	15.4	49	73	5	423	18	24	17	40	1.91
202799--202846	16	2.9	17	84	6	64	0	18	2	79	0.84
202783--202846	26	2.5	26	78	16	71	0	18	3	78	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202786--202852	16	3.9	17	75	9	57	0	16	2	80	0.83
202798--202851	16	3.4	16	82	9	58	0	16	1	81	0.78
211950--212002	27	2.0	27	92	3	90	47	5	30	16	1.70
212885--212967	29	2.9	29	77	8	82	59	4	4	31	1.40
213181--213221	14	2.9	14	80	20	50	78	4	0	17	0.93
213181--213223	19	2.3	19	80	8	52	76	4	0	18	0.95
213181--213222	13	3.1	13	83	10	57	78	4	0	16	0.91
213323--213360	20	1.9	20	88	0	58	63	5	2	28	1.30
217743--217795	21	2.5	21	78	9	54	41	28	11	18	1.85
217767--217833	21	3.2	21	72	16	57	32	29	13	23	1.93

Tables:   1   2   3