genome.fa.s15263.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015263.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130308, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1369056

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17882--17919	20	2.0	20	89	5	60	5	18	28	47	1.70
21325--21382	29	2.0	29	86	6	82	50	6	0	43	1.29
21372--21411	17	2.4	17	84	12	55	47	2	0	50	1.14
22682--22736	26	2.1	26	90	6	85	14	16	41	27	1.87
22819--22880	29	2.1	30	84	3	81	50	4	0	45	1.23
22844--22915	35	2.1	35	86	5	101	44	2	1	51	1.24
23701--23747	24	2.0	24	95	0	85	46	14	17	21	1.83
26089--26140	26	2.0	26	85	7	70	30	0	7	61	1.24
26159--26191	15	2.1	16	94	5	59	24	0	18	57	1.40
26200--26239	21	1.9	21	94	0	71	25	0	25	50	1.50
26312--26346	15	2.4	15	90	4	54	22	0	28	48	1.51
28785--28814	5	5.8	5	96	4	51	80	0	0	20	0.72
28877--28941	30	2.1	32	82	8	80	66	10	0	23	1.23
29166--29207	12	3.5	12	93	0	66	0	14	0	85	0.59
29170--29207	16	2.4	17	86	13	62	0	13	0	86	0.56
29364--29421	27	2.2	27	90	3	91	27	41	12	18	1.86
29818--30087	140	1.9	140	97	0	513	41	10	3	44	1.57
31343--31382	21	1.9	21	84	0	53	10	5	67	17	1.37
39217--39662	194	2.3	193	82	3	529	25	25	20	28	1.99
43388--43695	23	13.4	23	83	0	366	34	5	13	46	1.66
43765--43877	36	3.1	36	85	0	136	25	9	26	38	1.87
48505--48578	35	2.1	35	85	5	96	27	24	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52019--52071	20	2.6	21	76	8	56	32	5	13	49	1.65
57236--57461	94	2.4	93	87	2	312	29	19	23	28	1.98
60199--60230	6	5.3	6	100	0	64	50	15	0	34	1.45
63400--63424	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
68073--68097	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
82088--82453	200	1.8	200	88	1	554	31	20	19	27	1.97
86231--86277	25	2.0	24	83	8	60	21	2	19	57	1.51
95054--95183	62	2.1	63	81	4	147	31	23	13	31	1.93
95132--95369	52	4.6	52	91	0	377	37	23	13	26	1.91
95905--95940	18	2.1	16	90	10	54	30	16	0	52	1.44
96352--96384	16	2.1	16	94	0	57	24	18	3	54	1.57
98678--98717	21	1.9	21	85	10	55	55	0	45	0	0.99
107086--107119	14	2.4	14	100	0	68	32	5	5	55	1.48
109817--109893	36	2.1	36	85	0	100	38	25	5	29	1.78
110738--110793	28	2.0	28	89	0	85	41	10	17	30	1.84
115577--115616	19	2.1	19	100	0	80	35	30	17	17	1.93
117137--117169	16	2.1	16	100	0	66	33	30	6	30	1.82
122461--122554	37	2.5	37	100	0	188	25	10	26	37	1.89
132054--132099	24	2.0	24	82	4	58	52	4	15	28	1.61
157980--158036	20	2.8	21	79	15	57	40	14	0	45	1.44
160033--160076	18	2.5	18	88	3	63	15	11	13	59	1.62
160657--160682	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170574--170619	21	2.2	21	92	3	76	34	8	26	30	1.86
178308--178346	21	1.9	21	89	5	62	46	12	15	25	1.81
179645--179678	15	2.2	16	89	5	52	32	29	2	35	1.73
189611--189667	26	2.2	26	93	3	98	26	24	21	28	1.99
189653--189732	38	2.1	38	84	6	101	30	12	22	35	1.91
189769--189842	37	2.0	36	84	2	94	24	17	28	29	1.97
190984--191032	17	2.9	17	81	0	53	46	12	22	18	1.82
191711--191735	12	2.1	12	100	0	50	8	28	0	64	1.22
194314--194395	38	2.2	38	82	10	98	32	15	21	29	1.95
194453--194522	36	1.9	37	85	8	99	21	17	32	28	1.96
197953--198061	54	2.0	54	85	0	146	22	28	23	25	1.99
201331--201411	24	3.7	21	75	13	74	7	4	19	67	1.33
201385--201448	29	2.2	28	83	10	76	9	4	15	70	1.30
201434--201516	26	3.3	26	90	5	118	9	4	16	68	1.34
201451--201517	12	5.4	12	73	7	62	8	4	19	67	1.36
201477--201586	44	2.5	44	86	2	143	10	4	19	66	1.38
201486--201551	32	2.1	32	82	5	80	7	6	18	68	1.35
201523--201585	20	2.9	22	72	11	58	12	4	19	63	1.46
203394--203418	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
208928--208988	26	2.3	26	91	2	95	73	9	9	6	1.24
214069--214144	32	2.3	33	81	2	91	28	14	9	47	1.75
214017--214191	91	1.9	87	80	6	197	27	13	9	49	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214448--214498	13	3.9	13	79	7	59	64	5	1	27	1.27
214457--214510	25	2.1	26	89	3	83	70	3	3	22	1.19
216741--216771	13	2.4	13	94	0	53	35	12	3	48	1.58
225933--225964	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
225933--225969	12	3.1	12	92	0	56	43	0	5	51	1.24
227892--227933	22	2.0	21	90	4	66	45	0	40	14	1.45
236908--236952	22	2.0	22	95	0	81	57	35	0	6	1.25
238766--238814	21	2.3	21	82	10	64	24	2	0	73	0.94
238786--238995	15	12.9	16	72	18	116	24	4	1	69	1.17
238817--238995	6	29.8	6	69	16	68	24	3	2	69	1.17
238856--238995	3	46.7	3	72	18	87	26	4	1	67	1.17
241199--241241	9	4.8	9	83	8	52	79	2	13	4	1.00
241199--241264	9	6.8	9	78	13	51	80	1	13	4	0.94
241555--241675	40	3.2	40	61	25	98	27	12	22	38	1.90
241555--241706	74	2.1	74	100	0	304	28	11	21	38	1.89
243827--243880	26	2.1	26	85	0	72	27	16	24	31	1.96
243836--243958	26	4.7	26	81	6	133	28	13	21	35	1.92
243836--243958	52	2.4	52	83	8	153	28	13	21	35	1.92
249511--249585	35	2.1	37	85	7	102	46	5	0	48	1.25
249727--249796	15	5.2	15	71	23	66	50	4	5	40	1.46
249711--249797	38	2.3	38	90	4	131	51	5	4	37	1.46
249727--249805	38	2.1	38	97	0	149	53	3	5	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250375--250506	58	2.3	59	82	2	160	48	11	13	26	1.76
251082--251112	9	3.6	9	95	4	55	93	6	0	0	0.35
251080--251111	15	2.1	16	94	5	57	90	9	0	0	0.45
262860--262972	40	2.8	40	79	0	118	33	18	22	25	1.96
265525--265554	16	1.9	16	93	6	53	6	0	30	63	1.20
267315--267369	24	2.3	24	80	0	65	27	12	10	49	1.74
272979--273049	12	6.4	11	79	9	65	69	15	4	11	1.33
272978--273050	24	3.2	24	86	7	91	69	15	4	10	1.31
272995--273050	12	4.7	12	84	0	76	69	16	5	8	1.32
273076--273150	21	3.6	21	74	3	71	70	17	4	8	1.27
273091--273134	20	2.4	18	85	11	54	75	15	4	4	1.14
277932--277986	29	2.0	28	85	7	76	47	5	5	41	1.49
281729--282026	59	5.1	58	81	4	307	32	3	30	33	1.75
281741--282036	29	10.1	29	79	7	269	33	3	30	33	1.73
281708--282060	29	12.1	29	72	16	116	32	3	31	33	1.74
283202--283239	19	2.0	19	85	10	51	42	0	0	57	0.98
284420--284788	205	1.8	205	92	1	623	21	23	20	34	1.97
296552--296649	30	3.3	30	75	7	92	35	6	25	32	1.81
296589--296674	30	3.0	29	77	11	86	38	5	26	29	1.80
296534--296916	58	6.5	58	81	4	360	30	4	29	36	1.76
296534--296916	117	3.3	115	82	5	421	30	4	29	36	1.76
296573--296906	29	11.5	28	74	13	219	30	3	29	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298754--298818	6	11.5	6	80	18	77	53	1	1	43	1.19
298758--298814	11	5.2	11	78	16	64	50	1	1	45	1.22
298739--298818	17	4.7	17	86	9	101	50	2	2	45	1.28
298755--298818	33	1.9	33	90	6	103	53	1	1	43	1.19
300364--300673	84	3.8	83	76	10	280	45	12	11	30	1.78
302705--302741	18	2.1	18	89	0	56	48	10	10	29	1.72
309983--310043	17	3.4	17	69	20	52	70	4	0	24	1.07
313833--313877	23	2.0	23	82	4	56	33	0	6	60	1.23
313865--313902	15	2.4	17	83	16	55	63	0	0	36	0.95
313859--313901	16	2.9	15	82	10	52	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4