genome.fa.s15263.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015263.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130308, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1369056

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
616042--616087	24	1.9	24	86	8	67	10	2	17	69	1.27
616174--616233	25	2.4	25	78	13	61	35	1	3	60	1.23
628048--628087	21	2.0	21	85	5	55	5	10	20	65	1.42
632531--632708	89	2.0	89	91	0	284	25	14	24	35	1.93
633489--633539	21	2.4	21	87	6	68	33	13	23	29	1.93
640954--640987	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
663558--663811	126	2.0	126	88	1	375	33	17	24	24	1.97
673529--673554	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
691175--691203	7	4.1	7	100	0	58	31	13	13	41	1.84
691760--691816	29	1.9	30	83	16	75	45	8	12	33	1.72
693832--693875	22	2.1	20	87	8	61	36	0	2	61	1.09
699165--699206	2	22.0	2	85	9	61	47	0	0	52	1.00
705809--705914	53	2.0	53	100	0	212	45	11	11	32	1.76
712475--712536	31	2.1	30	87	6	90	40	6	8	45	1.59
712472--712544	29	2.5	29	80	8	78	41	8	9	41	1.68
712727--712803	29	2.6	29	85	6	82	50	14	3	31	1.60
720012--720059	25	1.9	25	100	0	96	31	22	8	37	1.84
720154--720178	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
720156--720186	16	1.9	16	93	0	53	80	6	0	12	0.89
723392--723431	5	8.4	5	79	20	50	77	0	0	22	0.77
723392--723431	13	2.9	14	92	7	64	77	0	0	22	0.77
723601--723687	35	2.4	35	88	7	122	34	5	8	51	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723675--723712	17	2.1	19	85	9	53	31	0	7	60	1.25
728577--728616	21	2.0	21	90	5	64	57	2	0	40	1.12
728855--728924	17	4.1	17	83	1	86	45	1	1	51	1.18
729599--729637	19	2.1	19	85	0	51	51	0	5	43	1.24
729609--729652	19	2.3	19	84	0	52	54	0	0	45	0.99
730740--731235	29	16.9	29	73	12	268	33	25	1	38	1.67
730748--731235	58	8.4	57	78	10	370	34	25	1	38	1.67
730806--731238	119	3.7	118	79	9	304	33	26	2	37	1.69
735110--735159	24	2.0	27	84	11	70	44	22	20	14	1.86
742935--743778	206	4.2	192	80	8	735	37	18	22	22	1.94
744116--744193	17	4.7	17	80	3	88	44	1	2	51	1.23
744116--744193	34	2.4	32	86	4	111	44	1	2	51	1.23
744869--744896	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
746022--746135	29	3.9	30	81	11	130	31	18	7	42	1.77
746050--746496	29	15.1	29	71	15	249	34	23	2	39	1.67
746171--746515	30	11.7	29	69	16	187	35	24	1	38	1.65
746050--746571	59	8.8	58	79	8	416	33	24	2	39	1.68
746259--746538	29	9.4	31	68	14	135	34	25	0	39	1.61
761808--761834	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
762304--762345	12	3.4	12	81	15	50	19	16	40	23	1.91
762501--762537	18	2.1	17	90	5	56	21	0	0	78	0.75
764504--764542	21	1.9	21	94	5	71	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764746--764798	20	2.7	20	90	0	79	28	5	15	50	1.66
765460--765489	14	2.1	14	93	0	51	53	3	6	36	1.44
770702--770747	24	2.0	24	82	4	58	21	0	10	67	1.21
775150--775175	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
775317--775387	30	2.5	28	73	13	74	70	8	0	21	1.13
775390--775423	15	2.1	17	89	10	54	38	11	0	50	1.39
798338--798386	19	2.7	17	84	6	53	85	2	8	4	0.79
798338--798422	30	3.0	26	79	17	89	81	1	15	2	0.86
798376--798419	6	6.8	6	85	10	52	81	0	18	0	0.68
798355--798420	19	3.3	20	73	19	57	81	0	16	1	0.76
798348--798420	21	3.6	20	78	12	78	82	0	15	2	0.79
799311--799514	49	4.2	50	69	8	134	34	14	27	23	1.94
799344--799535	98	2.0	98	80	4	217	33	16	27	22	1.95
799813--800106	40	7.4	40	84	6	357	33	22	15	28	1.95
799813--800398	80	7.1	80	75	14	458	33	23	16	26	1.96
800086--800126	20	2.0	20	90	9	66	29	19	12	39	1.88
800106--800398	39	7.3	40	81	4	247	33	25	16	24	1.96
799967--800236	139	1.9	139	84	1	353	33	22	15	27	1.95
800132--800398	79	3.3	79	80	4	268	33	26	17	22	1.96
801716--801845	30	4.3	30	80	1	127	36	21	4	37	1.74
801848--801941	33	2.9	32	85	6	118	27	2	5	64	1.26
801848--801918	16	4.1	17	76	10	65	28	2	4	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801851--801903	16	3.2	16	78	5	70	28	1	3	66	1.20
801851--801936	31	2.7	31	87	3	100	26	1	5	66	1.22
803338--803362	6	4.2	6	100	0	50	0	0	16	84	0.63
807617--807652	12	3.3	11	88	11	56	80	0	19	0	0.71
816222--816258	17	2.2	17	90	0	56	51	13	16	18	1.76
831388--831446	27	2.2	27	90	0	91	35	3	11	49	1.56
833609--833703	46	2.0	47	97	2	183	23	22	10	44	1.83
854496--854530	3	11.7	3	93	0	61	34	2	34	28	1.72
854492--854541	9	5.6	9	90	0	64	36	2	36	26	1.68
854969--855009	21	2.0	21	85	0	55	26	24	17	31	1.97
855949--856007	21	2.8	21	81	0	64	30	22	15	32	1.94
856702--856741	18	2.2	18	86	4	53	40	30	15	15	1.87
856710--856748	18	2.2	18	90	0	60	30	28	20	20	1.98
862208--862269	3	21.7	3	72	21	53	0	30	1	67	1.00
862208--862268	15	3.8	16	78	19	65	0	31	1	67	1.01
862209--862269	18	3.6	18	75	18	67	0	31	1	67	1.01
867227--867466	120	2.0	120	99	0	471	29	19	19	32	1.96
867930--868009	29	2.8	29	88	7	110	30	22	31	16	1.96
867939--868009	15	4.9	15	80	11	85	28	21	35	15	1.94
867967--868009	14	3.0	14	93	6	77	27	20	37	13	1.91
872107--872183	21	3.7	21	78	0	82	29	27	14	28	1.95
872862--872913	18	2.8	18	73	2	50	38	23	15	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877043--877072	15	2.0	15	93	0	51	33	23	0	43	1.54
877274--877309	19	2.0	17	89	10	54	27	8	8	55	1.58
883580--883635	13	4.2	13	79	4	58	37	21	0	41	1.53
884197--884415	43	5.1	43	82	2	251	26	24	19	29	1.99
887804--887891	41	2.1	41	80	0	95	28	28	12	30	1.93
887979--888024	17	2.9	17	78	15	55	39	10	2	47	1.51
889883--890104	41	5.4	41	81	7	227	21	30	16	31	1.95
889881--890093	82	2.6	81	85	4	268	22	30	15	31	1.95
890812--890873	23	2.7	22	75	5	61	35	16	8	40	1.78
890816--890871	22	2.5	22	77	11	60	37	17	7	37	1.78
891651--891723	29	2.5	28	77	12	85	58	5	5	30	1.43
891854--891893	19	2.0	22	85	14	59	60	5	7	27	1.45
893088--893198	50	2.2	51	87	4	156	21	18	17	42	1.89
893475--893877	98	4.1	98	83	2	445	20	23	15	39	1.91
893357--893880	49	10.7	50	76	6	344	19	23	16	40	1.91
893231--893900	98	6.8	98	77	5	347	18	22	17	40	1.91
893267--893882	49	12.6	48	74	6	312	19	23	16	40	1.91
893202--893914	147	4.8	146	74	7	478	19	23	17	40	1.91
894960--895003	23	1.9	23	81	9	54	2	22	2	72	1.07
895002--895091	47	1.9	47	86	4	128	13	20	18	47	1.82
895006--895105	47	2.1	48	81	1	112	16	21	17	46	1.85
901602--901653	26	2.0	26	96	0	95	61	13	7	17	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901610--901673	26	2.5	26	84	0	74	60	9	7	21	1.52
902963--902993	15	2.1	15	93	0	53	77	9	0	12	0.99
904316--904347	3	10.7	3	100	0	64	31	68	0	0	0.90
905910--905949	20	2.0	20	100	0	80	20	40	5	35	1.74
918282--918314	12	2.6	13	85	4	50	15	3	12	69	1.30
919275--919341	32	2.1	32	97	0	125	22	10	8	58	1.59
933907--934060	79	1.9	79	93	0	263	32	20	18	29	1.96
936927--937424	81	6.2	81	76	8	393	24	17	27	30	1.97
936927--937441	42	12.9	40	74	13	343	24	17	28	30	1.97
936927--937441	39	12.9	40	75	13	370	24	17	28	30	1.97

Tables:   1   2   3   4