genome.fa.s15299.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015299.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130344, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1333876

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 394 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210--426	104	2.1	105	94	2	384	40	6	9	42	1.64
19626--19679	24	2.3	23	76	20	58	12	7	9	70	1.33
21463--21496	18	1.9	17	88	5	50	67	0	32	0	0.91
21903--21950	17	2.8	17	77	0	51	22	16	8	52	1.71
28883--28924	9	4.7	9	80	11	50	21	0	4	73	1.01
38266--38331	22	3.0	22	80	4	62	39	0	1	59	1.07
42009--42065	29	1.9	30	85	3	80	35	15	10	38	1.82
42097--42150	22	2.4	22	78	3	63	42	5	3	48	1.44
42342--42471	66	2.0	66	95	0	233	43	13	12	31	1.80
42686--42724	19	2.0	20	85	5	53	30	2	0	66	1.05
47507--47586	23	3.4	23	74	19	67	38	5	1	55	1.30
48688--48734	23	2.0	23	95	0	85	46	8	23	21	1.78
54666--54715	16	3.2	16	77	2	57	30	2	2	66	1.14
56603--56651	18	2.7	18	87	3	71	46	20	6	26	1.73
76283--76452	89	1.9	89	96	0	313	31	15	28	23	1.96
94322--94470	69	2.2	69	91	0	235	16	18	24	40	1.90
97313--97346	17	1.9	18	88	5	52	55	0	8	35	1.31
101643--101741	44	2.3	44	86	5	123	27	17	6	49	1.70
101657--101745	44	2.0	44	93	0	151	28	16	5	49	1.68
101911--101965	21	2.6	21	80	13	69	30	29	10	29	1.91
103191--103244	27	2.0	27	96	0	99	48	18	9	24	1.77
108622--108716	46	2.1	46	84	7	122	57	1	3	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108668--108738	20	3.6	19	79	12	63	63	0	5	30	1.17
108695--108738	21	2.2	20	84	12	54	63	0	6	29	1.20
109789--109820	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
110346--110393	24	2.0	23	88	11	71	43	2	2	52	1.24
110640--110746	55	1.9	57	86	5	155	25	7	10	57	1.58
112180--112214	10	3.5	10	96	0	61	48	8	0	42	1.33
121914--121991	12	6.8	12	74	14	67	70	19	2	7	1.23
121908--122009	23	4.5	23	77	6	73	67	20	4	6	1.33
121894--121996	44	2.3	43	80	4	109	67	18	4	8	1.35
121920--122009	32	2.7	32	75	17	85	67	22	4	5	1.29
121920--122011	44	2.1	44	81	4	105	67	22	4	5	1.30
129473--129512	21	2.0	21	85	5	55	17	15	10	57	1.64
140305--140344	20	2.0	20	95	0	71	35	10	7	47	1.65
140621--140647	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
140646--140683	7	5.7	7	93	6	62	39	0	0	60	0.97
144289--144339	25	2.0	25	100	0	102	52	19	3	23	1.62
147505--147536	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
149268--149306	20	1.9	19	85	10	51	43	5	15	35	1.69
150262--150318	19	3.0	19	65	0	51	19	22	28	29	1.98
152316--152413	6	16.5	6	69	14	69	40	4	1	54	1.26
152316--152424	17	6.2	17	79	13	105	41	3	1	53	1.29
152316--152398	37	2.3	35	89	8	123	38	3	1	56	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152383--152428	23	2.0	23	82	0	56	52	2	2	43	1.25
154238--154316	29	2.7	29	74	18	83	34	24	3	37	1.73
154267--154490	58	3.8	58	80	8	233	33	25	6	35	1.81
154277--154430	59	2.6	58	84	6	211	31	26	6	35	1.82
154228--154455	30	7.8	29	67	19	100	33	24	6	35	1.80
154355--154453	28	3.5	27	73	20	87	31	24	7	37	1.82
154287--154513	116	1.9	117	80	10	259	33	25	7	33	1.83
166184--166295	50	2.3	49	84	6	145	40	20	25	14	1.90
166201--166326	50	2.5	51	82	7	143	39	19	26	15	1.90
166539--166944	207	2.0	201	82	4	492	35	19	23	21	1.96
167373--167470	6	16.5	6	69	14	69	40	4	1	54	1.26
167373--167481	17	6.2	17	79	13	105	41	3	1	53	1.29
167373--167455	37	2.3	35	89	8	123	38	3	1	56	1.24
167440--167485	23	2.0	23	82	0	56	52	2	2	43	1.25
168214--168253	15	2.7	15	88	7	55	52	2	0	45	1.14
168214--168255	18	2.3	18	88	8	59	52	2	0	45	1.13
168402--168524	62	2.0	61	96	0	219	38	17	21	21	1.93
169394--169464	30	2.4	29	75	15	72	40	21	2	35	1.68
169408--169480	31	2.4	29	80	13	76	35	26	4	34	1.75
169512--169598	29	3.0	28	72	16	88	37	28	2	31	1.70
169448--169703	58	4.4	59	80	5	238	34	23	5	36	1.77
172289--172465	86	2.1	86	100	0	354	49	20	6	23	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187973--188100	62	2.1	62	100	0	256	32	10	29	28	1.90
190624--190751	63	2.0	63	98	0	247	53	9	14	21	1.69
196285--196318	6	5.7	6	100	0	68	35	50	0	14	1.44
196363--196393	3	10.3	3	92	0	53	0	3	32	64	1.09
201226--201297	30	2.4	30	81	6	83	41	12	4	41	1.62
201222--201296	31	2.5	31	82	6	91	44	12	4	40	1.60
206109--206185	23	3.3	23	82	7	86	12	25	20	40	1.89
210156--210272	62	1.9	59	86	5	162	49	4	4	41	1.42
210248--210299	20	2.8	18	73	21	54	50	3	3	42	1.39
213656--213691	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
217213--217244	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
217660--217696	11	3.2	12	81	11	51	70	5	0	24	1.08
218575--218615	22	1.9	21	90	5	64	29	0	0	70	0.87
222229--222266	20	1.9	20	84	10	51	50	5	2	42	1.39
226224--226378	74	2.1	74	87	0	220	37	18	17	26	1.93
232999--233027	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
234517--234586	36	1.9	37	82	8	90	41	1	5	51	1.34
235685--235719	14	2.5	14	90	0	52	45	8	17	28	1.77
237951--237983	7	4.7	7	100	0	66	87	0	12	0	0.53
241610--241689	30	2.7	29	74	3	79	27	16	20	36	1.93
242011--242071	30	2.0	30	96	0	113	32	9	16	40	1.81
245442--245548	28	3.8	28	70	15	85	34	19	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246979--247073	31	3.1	29	83	6	91	45	11	10	32	1.75
256847--256896	21	2.4	21	100	0	100	26	24	22	28	1.99
257090--257136	9	5.0	9	94	5	76	65	0	0	34	0.93
257096--257136	9	4.6	9	100	0	82	68	0	0	31	0.90
258984--259049	29	2.2	30	78	2	71	39	6	12	42	1.67
263158--263199	11	3.6	11	80	20	50	59	0	0	40	0.97
263152--263199	24	1.9	26	87	8	73	56	0	0	43	0.99
263867--263891	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
264226--264261	18	2.0	18	94	0	63	16	41	0	41	1.48
265276--265300	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
265358--265392	4	8.5	4	87	6	52	28	2	20	48	1.63
272703--272818	40	2.9	39	75	11	101	39	18	19	21	1.92
278958--279001	21	2.2	20	84	12	54	31	13	29	25	1.94
281034--281334	30	10.2	30	68	15	103	38	21	1	37	1.65
281072--281464	59	6.7	58	76	8	289	34	25	3	37	1.71
281084--281464	29	13.0	29	66	18	146	34	24	3	37	1.72
281054--281463	117	3.5	120	78	7	290	35	24	2	37	1.71
281180--281463	120	2.4	120	81	4	274	33	25	3	37	1.73
292640--293102	49	9.4	49	72	4	297	39	19	24	16	1.92
292640--293168	98	5.4	98	90	0	727	38	19	24	17	1.92
292787--293138	49	7.2	47	65	15	133	39	20	25	14	1.91
293812--293890	6	14.0	6	74	10	69	39	0	2	58	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293812--293910	17	5.8	17	83	3	128	39	1	2	57	1.17
293816--293876	11	5.5	11	78	7	61	39	0	3	57	1.15
294630--294684	15	3.5	15	75	25	51	47	0	5	47	1.25
295849--296370	58	9.0	58	77	11	376	33	23	3	39	1.71
295867--296279	29	14.2	27	70	17	170	33	23	3	40	1.70
295827--296372	116	4.7	118	78	9	493	33	23	3	39	1.71
296228--296308	28	2.8	29	70	10	85	37	24	0	38	1.56
297753--297781	15	1.9	15	100	0	58	68	0	6	24	1.13
304511--304547	2	18.5	2	88	0	56	56	0	0	43	0.99
304670--304700	15	2.1	15	100	0	62	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4