genome.fa.s100.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold100
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  904619

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148980--149009	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
150123--150165	21	2.1	21	95	4	79	65	0	0	34	0.93
150423--150494	36	2.0	37	89	8	112	47	0	0	52	1.00
151337--151371	14	2.6	13	86	8	52	57	0	0	42	0.99
152240--152272	16	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
152293--152318	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
152777--152801	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
153351--153576	110	2.1	110	99	0	443	39	8	12	38	1.75
153767--153811	11	3.9	11	88	5	54	77	0	22	0	0.76
156429--156492	16	3.9	16	75	16	51	48	1	3	46	1.27
159429--159455	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
159439--159495	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
159527--159577	20	2.5	20	87	6	68	35	13	17	33	1.89
161015--161069	21	2.6	21	97	0	101	32	10	20	36	1.87
161106--161173	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
161108--161170	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
161127--161151	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
161213--161238	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
161193--161259	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
163593--163726	51	2.6	51	82	8	171	32	26	9	31	1.88
163713--163785	27	2.6	28	86	2	94	23	32	21	21	1.98
163768--163887	51	2.3	52	88	4	181	27	27	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163819--163993	79	2.2	79	83	0	215	25	29	14	29	1.95
167096--167127	16	2.0	16	93	0	55	43	15	28	12	1.83
175649--175707	13	4.7	12	78	15	57	84	8	6	0	0.77
175651--175692	22	1.9	22	90	9	68	85	7	7	0	0.73
175651--175707	21	2.7	21	81	10	62	84	8	7	0	0.79
176691--177404	59	12.3	59	88	5	919	24	28	21	25	1.99
176691--177404	178	4.1	178	88	6	995	24	28	21	25	1.99
180364--180497	51	2.6	51	82	8	171	32	26	9	31	1.88
180484--180556	27	2.6	28	86	2	94	23	32	21	21	1.98
180508--180793	79	3.6	79	86	0	358	25	29	16	29	1.96
182084--182117	9	3.8	9	88	11	52	44	0	26	29	1.55
185892--186039	79	1.9	79	80	8	176	32	12	25	29	1.92
185971--186068	51	1.9	51	93	0	169	33	11	25	29	1.91
185978--186089	51	2.2	50	85	4	152	33	16	22	27	1.95
186080--186145	28	2.3	30	80	15	86	25	22	27	24	2.00
186132--186230	51	1.9	51	87	4	146	30	11	25	33	1.90
185950--186271	158	2.0	158	82	3	380	31	13	25	28	1.94
186139--186247	51	2.1	51	81	6	123	32	13	22	32	1.93
186183--186357	79	2.2	79	79	6	194	30	12	26	29	1.93
188834--188887	21	2.7	20	77	8	65	35	14	14	35	1.88
188833--188894	19	3.2	19	76	13	63	30	12	16	40	1.86
190759--190788	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191568--191642	20	3.8	20	80	7	80	36	12	14	37	1.83
197548--197725	95	1.9	95	89	0	275	37	17	25	19	1.94
197545--197725	48	3.8	47	89	1	263	37	18	25	18	1.94
197854--199047	28	42.1	28	82	7	774	24	17	30	27	1.97
198132--198399	32	8.6	32	88	3	363	19	19	31	30	1.96
198076--198476	96	4.5	94	83	9	416	21	18	29	30	1.97
198561--199057	110	4.5	109	84	6	596	28	14	31	24	1.95
198561--199057	27	18.1	28	85	5	563	28	14	31	24	1.95
200400--200446	15	3.1	15	77	17	53	4	12	10	72	1.25
200715--201937	611	2.0	611	99	0	2437	33	15	22	28	1.95
207389--207429	20	2.1	20	86	4	57	9	51	31	7	1.62
208964--209012	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
209680--209726	23	2.0	25	87	8	71	48	0	0	51	1.00
214904--214967	24	2.8	22	77	11	67	37	0	0	62	0.95
215050--215123	35	2.1	35	82	9	89	37	0	2	59	1.12
215126--215177	12	4.3	12	75	15	54	51	0	0	48	1.00
215118--215177	18	3.3	18	81	6	77	50	0	0	50	1.00
215422--215464	14	3.3	13	84	9	52	55	0	0	44	0.99
215732--215827	31	3.1	31	69	20	85	64	7	2	26	1.30
216505--216615	50	2.2	50	88	3	161	33	20	14	31	1.93
216721--216752	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
217608--217649	21	2.0	21	100	0	84	38	19	4	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218112--218144	16	2.2	15	89	10	50	30	0	6	63	1.18
223028--223067	11	3.5	11	80	12	53	75	0	0	25	0.81
223036--223073	18	2.1	19	95	5	69	68	0	0	31	0.90
223141--223183	20	2.2	19	83	4	50	76	4	0	18	0.95
223582--223628	22	2.1	22	84	0	58	27	4	2	65	1.22
223795--223866	24	3.0	24	70	9	67	27	1	12	58	1.43
224074--224115	17	2.5	17	77	11	50	30	2	2	64	1.19
225064--225114	19	2.8	18	79	5	59	58	0	0	41	0.98
225064--225107	19	2.3	19	88	4	61	63	0	0	36	0.95
225066--225115	18	2.8	17	77	16	57	60	0	0	40	0.97
225349--225383	15	2.3	15	100	0	70	37	0	0	62	0.95
225349--225383	7	4.6	8	86	13	56	37	0	0	62	0.95
225489--225640	79	1.9	78	84	5	200	56	1	1	40	1.16
226109--226635	73	7.2	72	75	9	381	32	2	12	52	1.53
226324--226594	145	1.9	146	83	3	359	32	2	12	52	1.53
227124--227149	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
227536--227576	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
230194--230930	74	10.0	73	79	7	709	30	1	13	54	1.49
230194--230930	225	3.3	221	83	6	893	30	1	13	54	1.49
231466--231497	10	3.1	10	95	4	55	56	0	0	43	0.99
231542--231589	15	3.1	16	76	11	55	70	0	0	29	0.87
232002--232136	40	3.1	44	76	16	120	35	1	8	54	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232082--233541	73	20.0	73	78	7	1265	31	2	13	53	1.51
232144--232262	40	3.2	39	65	30	105	31	0	13	55	1.38
232082--233541	145	10.0	142	76	8	1192	31	2	13	53	1.51
232085--233541	216	6.6	219	81	7	1478	31	2	13	53	1.51
233608--233632	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
233751--233926	65	2.7	66	78	9	200	28	19	25	25	1.99
234142--234198	18	3.1	19	75	20	59	61	0	0	38	0.96
234149--234209	19	3.3	19	71	17	56	62	0	0	37	0.96
234697--236196	73	20.5	73	79	7	1357	31	2	12	53	1.50
234697--236192	219	6.8	219	82	5	1589	31	2	12	53	1.50
235856--235903	23	2.2	22	85	7	62	27	0	8	64	1.22
236301--236365	25	2.6	24	73	7	67	44	1	0	53	1.09
243247--243286	21	2.0	20	90	5	62	62	0	0	37	0.95
243297--243332	14	2.6	14	90	0	63	61	5	0	33	1.19
243560--243603	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
243779--243822	19	2.4	18	88	7	70	59	0	0	40	0.98
243784--243822	19	2.1	19	95	4	71	61	0	0	38	0.96
243819--243857	20	2.0	20	89	0	60	64	0	2	33	1.08
244275--244341	28	2.4	28	78	16	68	28	5	5	59	1.45
256226--256272	23	2.0	23	95	0	85	40	10	25	23	1.87
256589--256679	34	2.7	34	91	0	146	40	31	0	27	1.57
256649--256704	25	2.2	25	96	0	103	41	33	0	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256658--256702	12	3.6	13	75	19	51	42	35	0	22	1.54
256671--256748	34	2.3	34	93	0	138	41	38	0	20	1.53
256615--256738	59	2.1	59	89	0	185	41	33	0	25	1.56
261027--261079	22	2.4	22	100	0	106	35	32	13	18	1.90
261492--261606	34	3.4	34	86	1	140	40	33	0	24	1.61
264458--264490	10	3.4	10	91	4	50	75	0	0	24	0.80
269979--270040	33	1.9	33	90	3	99	38	16	22	22	1.92
272378--272405	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
273794--273869	39	1.9	39	94	5	136	36	10	10	42	1.74
274772--274805	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8