genome.fa.s100.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold100
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  904619

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  6  of  8  ( 870 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687311--687530	79	2.8	78	89	4	329	27	25	15	31	1.95
687485--687581	51	1.9	51	82	4	124	31	28	9	29	1.88
687565--687734	76	2.2	76	92	0	277	26	28	15	29	1.96
687307--687943	206	3.1	202	82	7	732	28	26	13	31	1.94
687720--688016	79	3.8	79	81	4	271	28	25	14	31	1.94
687617--687873	127	2.0	122	80	6	282	27	26	12	33	1.93
689484--689525	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
689707--689796	27	3.3	27	80	0	99	25	20	26	27	1.99
689761--689803	14	3.1	14	80	6	61	25	25	23	25	2.00
689761--689801	13	3.1	13	82	3	55	26	26	21	24	2.00
690882--690921	20	2.0	20	90	0	62	65	0	2	32	1.06
691422--691460	18	2.1	19	85	4	53	64	0	0	35	0.94
693269--693318	5	9.6	5	82	8	55	34	0	0	66	0.92
693189--693318	22	6.2	20	68	16	59	39	0	0	60	1.03
693189--693317	27	4.6	28	77	15	101	38	0	0	60	1.02
693235--693340	37	2.9	37	76	13	98	39	0	0	59	1.04
694891--694933	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
695381--695419	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
696070--696120	24	2.1	25	81	3	59	60	7	3	27	1.42
697019--697074	12	4.7	12	75	6	51	69	0	0	30	0.89
697027--697085	30	2.0	30	86	6	84	64	0	0	35	0.94
699187--699224	16	2.5	16	91	8	62	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699331--699378	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
699571--699602	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
699827--699883	19	2.9	19	80	17	64	57	0	0	42	0.98
700074--700105	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
703113--703138	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
703177--703252	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
703198--703270	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
703177--703270	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
705713--705751	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
705737--705815	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
707830--707860	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
711922--711947	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
711986--712061	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
712007--712079	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
711986--712079	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
712849--712901	4	13.5	4	81	18	51	1	22	0	75	0.90
714166--714234	31	2.2	31	84	0	93	27	17	24	30	1.97
714220--714826	28	21.5	28	84	1	683	24	16	29	29	1.96
722619--722652	11	2.9	11	91	8	50	0	14	0	85	0.60
722623--722676	4	13.5	4	80	18	51	1	22	0	75	0.89
723149--723182	10	3.5	10	84	8	52	23	5	8	61	1.47
722738--723373	332	1.9	332	92	1	1069	23	26	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724708--724748	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
726616--726652	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
728446--728520	21	3.5	21	78	10	64	38	5	1	54	1.31
730020--730045	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
730876--730914	16	2.4	17	86	4	53	64	0	0	35	0.94
731399--731478	41	1.9	42	82	12	103	61	2	0	36	1.10
732097--732122	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
733325--733382	30	1.9	30	86	6	82	51	0	6	41	1.28
736368--736465	52	1.9	50	83	4	124	38	6	9	45	1.61
737272--737387	4	29.0	4	72	0	61	43	8	7	40	1.64
737272--737389	16	7.4	16	76	0	74	43	9	7	39	1.65
738218--738329	30	3.7	30	77	8	102	50	1	12	35	1.51
738981--739019	19	2.0	20	85	9	55	66	10	0	23	1.22
738981--739034	19	2.9	18	78	8	54	62	9	1	25	1.35
739600--739667	34	2.0	34	83	11	86	52	1	0	45	1.09
739617--739709	28	3.4	27	78	14	102	59	0	0	40	0.98
739617--739723	27	3.9	28	72	13	96	57	0	0	41	1.05
740254--740341	27	3.1	27	78	15	95	40	0	1	57	1.06
740259--740322	19	3.7	18	71	26	57	43	0	1	54	1.09
740254--740371	32	3.5	32	76	14	112	38	0	0	59	1.09
740307--740357	16	3.1	16	73	26	52	33	0	0	66	0.92
740316--740368	18	2.9	18	78	21	65	32	1	0	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740291--740350	27	2.4	25	84	13	79	35	0	1	63	1.05
740262--740384	32	4.2	28	78	17	92	37	1	0	60	1.12
740312--740382	14	5.6	14	75	12	57	33	2	0	63	1.09
740941--741006	29	2.3	29	78	5	71	34	3	10	51	1.52
742139--742251	29	3.8	30	81	10	133	39	13	1	45	1.54
742201--742565	194	1.9	193	84	1	489	46	8	7	36	1.63
742976--743044	22	3.2	20	75	20	68	69	5	1	23	1.18
743401--743425	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
745576--745620	17	2.6	17	92	3	72	31	0	0	68	0.89
745960--746007	24	2.0	24	100	0	96	29	25	8	37	1.85
746373--746444	20	3.6	19	81	3	72	34	12	11	41	1.78
749974--750021	7	7.6	7	73	21	52	60	0	2	37	1.09
749974--750020	12	3.8	12	88	11	69	61	0	2	36	1.08
750943--750987	12	3.8	12	91	8	74	64	0	0	35	0.94
750965--751013	17	3.1	17	80	16	61	65	0	0	34	0.93
751437--751505	2	34.5	2	85	0	84	47	8	0	43	1.34
754482--754534	24	2.3	23	81	12	63	69	1	0	28	0.99
754557--754607	14	3.4	14	78	19	57	50	0	1	47	1.12
755142--755175	17	2.1	16	89	10	52	50	0	0	50	1.00
755437--755475	19	2.1	19	95	4	71	41	0	0	58	0.98
756294--756330	19	1.9	19	100	0	74	62	0	0	37	0.96
756544--756602	30	2.0	30	83	6	75	52	1	5	40	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756866--756917	3	17.3	3	93	0	86	65	1	1	30	1.14
757071--757144	16	4.6	16	73	14	55	56	2	0	40	1.13
757553--757584	16	2.0	16	100	0	64	37	18	18	25	1.94
760764--760799	13	2.8	13	86	0	54	44	0	2	52	1.15
761740--761795	21	2.6	22	77	8	62	60	0	3	35	1.14
762198--762267	25	3.1	22	77	20	65	42	0	4	52	1.20
762210--762259	25	2.0	26	92	4	84	46	0	6	48	1.27
762301--762350	9	5.4	9	79	13	57	34	4	0	62	1.14
762307--762358	19	3.1	17	76	15	54	36	3	0	59	1.16
762301--762350	17	2.7	18	78	12	57	34	4	0	62	1.14
762453--762501	25	2.0	24	84	15	64	53	2	2	42	1.24
762544--762582	20	1.9	21	84	5	53	43	5	2	48	1.38
762541--762629	46	1.9	46	82	8	110	46	2	3	48	1.31
763900--763930	9	3.4	9	95	0	53	25	0	0	74	0.82
764510--764534	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
764851--764884	15	2.3	15	89	0	50	52	0	8	38	1.33
765521--765583	23	2.7	23	80	0	63	31	0	6	61	1.21
766653--766694	21	2.2	20	84	16	54	47	0	2	50	1.14
768026--768089	32	2.0	31	82	8	76	57	3	1	37	1.24
768136--768193	19	3.1	19	73	9	57	67	0	0	32	0.91
768763--768810	22	2.2	22	85	7	62	56	6	2	35	1.36
768773--768816	22	2.0	22	90	0	70	47	11	2	38	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769689--769748	15	4.1	15	77	14	54	46	0	3	50	1.18
770742--770791	24	2.1	24	84	0	64	10	18	26	46	1.80
771715--771753	12	3.3	11	80	19	51	30	0	2	66	1.05
772869--772907	20	1.9	21	89	5	62	51	0	5	43	1.24
775392--775421	14	2.1	14	93	0	51	36	43	13	6	1.70
780311--780347	17	2.2	17	90	0	56	83	0	2	13	0.74
780618--780670	20	2.6	21	82	17	67	33	0	0	66	0.92
780652--780692	20	2.0	21	85	4	57	46	0	2	51	1.14
783563--783867	158	1.9	158	82	5	375	37	14	6	41	1.73
784727--784764	19	2.1	18	90	5	58	23	13	7	55	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8