genome.fa.s108.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold108
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1249174

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
555--631	20	3.8	20	84	6	111	38	11	16	32	1.85
3937--3979	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
4411--4447	12	2.9	13	96	4	67	32	16	18	32	1.93
6516--6553	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
10017--10042	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
9998--10061	33	1.9	34	87	3	94	28	14	15	42	1.86
15186--15334	29	5.1	29	71	14	94	55	2	1	41	1.20
15148--15328	30	5.9	30	70	15	104	54	2	2	40	1.27
15186--15333	60	2.5	58	76	9	149	54	2	1	41	1.20
15234--15302	24	2.8	23	80	12	75	52	2	0	44	1.16
15349--15402	29	1.9	27	88	7	81	61	1	3	33	1.25
17902--17949	24	2.0	24	100	0	96	41	0	12	45	1.42
19814--19859	23	2.0	23	82	0	56	47	0	0	52	1.00
20420--20474	7	7.9	7	87	0	83	45	0	14	40	1.45
21666--21701	2	18.0	2	88	0	54	47	2	2	47	1.31
23362--23394	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
28498--28543	20	2.2	20	85	11	58	71	0	21	6	1.08
29336--29375	20	2.0	21	85	5	55	42	2	0	55	1.13
30330--30389	19	3.1	19	85	4	93	41	11	15	31	1.82
30330--30389	20	3.0	20	87	2	95	41	11	15	31	1.82
30436--30460	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
30416--30480	33	2.0	33	84	6	87	40	13	15	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39202--39248	19	2.4	19	85	3	58	31	12	19	36	1.89
39735--39778	23	1.9	23	86	9	63	29	6	22	40	1.80
40580--40618	21	2.0	20	85	10	53	43	15	12	28	1.83
40677--40788	51	2.2	51	95	1	199	27	16	10	44	1.81
49468--49492	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49448--49513	32	2.0	33	88	2	98	36	10	16	36	1.84
49554--49578	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49587--49715	52	2.5	52	97	0	240	35	18	17	27	1.94
50185--50212	10	2.8	10	100	0	56	53	39	0	7	1.28
52873--53181	27	10.9	28	78	9	274	23	31	12	32	1.92
52873--53181	86	3.6	81	80	10	314	23	31	12	32	1.92
53172--54075	28	29.9	30	73	10	413	27	31	18	22	1.97
53183--53709	149	3.5	152	84	4	661	27	32	18	21	1.97
53446--53930	212	2.3	209	89	1	727	27	31	19	21	1.97
53446--54052	210	2.9	208	85	3	754	27	30	19	22	1.98
53966--54088	64	1.9	63	90	1	192	30	33	18	17	1.95
53966--54129	32	5.1	32	79	7	163	29	34	16	19	1.94
53933--54118	98	2.0	91	82	11	223	30	31	17	21	1.96
55207--55282	31	2.5	31	95	2	136	26	15	10	47	1.78
55815--56222	204	2.0	205	95	0	737	37	8	13	39	1.76
58647--58696	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
62594--62632	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65182--65207	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
65164--65227	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
66133--66157	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
66251--66300	19	2.6	19	96	0	91	40	18	16	26	1.90
72285--72323	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
73605--73888	137	2.1	137	95	0	514	34	14	16	33	1.90
73864--73888	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
73847--73911	33	2.0	32	85	8	87	40	16	12	30	1.86
73605--73921	137	2.3	136	88	4	408	35	15	16	33	1.90
78242--78298	13	3.9	13	72	24	51	36	14	15	33	1.88
78222--78319	32	3.0	32	93	1	169	35	12	16	35	1.86
78220--78317	19	5.8	18	69	28	81	34	12	16	36	1.86
78361--78412	20	2.6	20	100	0	104	26	19	15	38	1.91
78401--78521	52	2.3	52	92	0	197	35	15	18	30	1.92
78695--78730	9	4.0	9	92	0	54	22	36	25	16	1.94
79659--79684	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
81901--81945	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
85850--85875	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
85996--86041	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
88206--88258	20	2.7	20	100	0	106	30	15	20	33	1.93
91572--91707	52	2.6	50	78	7	148	33	15	10	41	1.81
95702--95743	21	2.1	21	91	8	70	71	4	21	2	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107301--107352	19	2.7	19	84	3	59	34	21	9	34	1.86
115791--115844	20	2.8	20	91	2	83	37	18	12	31	1.89
117133--117159	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
117113--117177	33	2.0	32	88	8	96	27	15	15	41	1.87
117144--117199	20	2.9	19	81	5	76	30	17	14	37	1.90
117229--117253	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
118149--118208	31	2.0	30	87	9	86	31	26	13	28	1.94
118724--118748	10	2.5	10	100	0	50	40	0	32	28	1.57
124760--124814	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
125757--125936	49	3.8	50	82	7	207	33	16	23	27	1.95
125860--126291	39	10.0	40	68	18	217	29	19	24	27	1.98
125899--126290	87	4.5	87	88	1	570	29	19	23	27	1.98
126129--126293	48	3.6	48	73	14	177	30	20	23	24	1.98
126357--126916	59	8.9	59	77	14	457	35	12	31	20	1.90
126290--126954	33	20.8	32	79	9	582	35	12	31	20	1.90
126283--126916	124	5.0	126	82	8	634	35	12	31	20	1.90
126362--126954	154	3.8	159	79	12	527	35	12	30	20	1.91
126935--127337	30	13.0	30	82	5	428	32	15	29	22	1.95
126929--127337	61	6.6	61	82	5	446	33	15	29	22	1.94
126899--127330	156	2.8	156	88	2	602	32	15	29	22	1.95
133069--133094	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133049--133112	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138588--138716	52	2.5	52	96	0	240	29	17	17	35	1.93
138811--138835	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
138790--138855	33	2.0	33	91	2	107	36	13	12	37	1.82
139727--140183	43	9.8	44	77	13	427	32	18	25	24	1.97
139682--140183	92	5.5	92	90	2	737	32	17	25	24	1.97
140188--140252	32	2.1	32	94	2	114	15	20	33	30	1.93
140257--140502	61	4.0	61	86	7	300	30	15	36	17	1.91
140288--140476	34	5.8	34	74	13	191	31	15	35	17	1.91
140394--140493	27	3.4	27	68	17	83	26	20	37	17	1.93
141993--142029	13	3.0	12	88	7	56	2	2	5	89	0.66
141996--142029	14	2.5	13	90	4	50	2	2	2	91	0.57
147080--147113	17	2.0	17	88	0	50	50	17	26	5	1.69
153730--155185	59	25.2	59	86	7	1840	26	27	20	25	1.99
153730--155185	173	8.4	174	87	5	1886	26	27	20	25	1.99
154841--154990	47	3.0	46	80	17	183	31	29	19	20	1.97
155930--155987	21	2.8	21	91	0	98	32	12	17	37	1.86
155923--156006	21	4.0	21	74	10	64	36	14	13	35	1.85
156107--156132	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
156087--156153	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
158600--158676	28	2.8	28	83	0	91	22	35	20	22	1.96
158493--158879	51	7.4	50	72	10	242	28	26	12	32	1.93
158493--158986	262	1.9	261	91	0	817	28	26	12	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160365--160440	20	3.8	20	98	0	143	39	9	14	36	1.78
160478--160531	21	2.7	20	83	8	74	29	16	12	40	1.86
160916--161115	52	3.8	52	85	0	247	21	23	20	35	1.96
161426--161482	30	1.9	30	88	0	87	31	26	10	31	1.90
161757--162039	59	4.8	59	81	2	284	25	27	13	33	1.93
161757--162029	118	2.3	118	82	1	316	26	27	12	33	1.93
162588--162628	21	2.0	20	85	4	55	31	21	17	29	1.96
165239--165432	103	1.9	103	81	4	239	26	21	16	36	1.94
169183--169359	20	8.8	19	72	21	98	42	16	15	25	1.88
169272--169301	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5