genome.fa.s108.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold108
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1249174

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169283--169359	40	1.9	40	94	0	136	45	18	14	22	1.85
170074--170201	43	3.0	43	85	7	145	42	12	25	19	1.86
170070--170211	45	3.2	44	78	14	134	43	11	27	17	1.83
170206--170417	61	3.6	61	83	8	269	29	21	26	22	1.99
170439--170623	55	3.3	54	84	9	253	24	20	27	28	1.99
170285--170569	154	1.8	151	84	8	387	25	20	28	25	1.99
170221--170752	208	2.5	212	88	6	790	26	20	28	25	1.99
170643--170764	62	2.0	62	93	3	210	27	18	29	25	1.98
170753--170974	43	5.0	46	85	6	273	40	13	27	18	1.88
170753--170980	88	2.6	89	82	10	299	40	13	28	18	1.88
170955--171627	61	11.0	60	85	4	871	28	19	26	24	1.99
170955--171628	184	3.7	182	85	3	897	29	19	26	24	1.99
177805--178187	79	4.8	78	84	4	387	31	12	26	29	1.92
178121--178234	47	2.3	48	81	12	135	32	12	25	29	1.92
178313--178385	28	2.6	28	86	0	101	26	19	31	23	1.98
178367--178541	51	3.4	50	77	4	154	33	13	24	29	1.93
180841--180869	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
180820--180951	33	4.1	33	75	11	114	39	14	17	28	1.89
180913--180969	20	2.8	20	89	0	87	43	12	15	28	1.83
182683--182738	20	2.8	20	91	0	94	44	12	12	30	1.79
182633--182767	71	1.9	70	86	4	191	44	12	13	29	1.80
185758--185817	22	2.9	20	80	12	68	38	13	11	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187643--187671	13	2.3	13	94	5	51	27	10	0	62	1.28
193101--193128	14	2.0	14	100	0	56	21	28	14	35	1.92
195618--195670	19	2.7	19	79	2	61	33	16	15	33	1.90
197364--197394	15	2.1	15	93	0	53	45	0	25	29	1.54
204715--204769	19	2.8	19	78	8	65	32	16	10	40	1.83
205468--206891	49	29.8	49	75	10	1067	31	17	25	25	1.97
205618--206891	236	5.4	238	88	2	1678	31	17	25	25	1.97
206133--206493	187	1.9	187	86	1	508	31	18	24	25	1.97
206478--206740	87	2.9	88	80	8	267	29	19	26	24	1.98
206378--206740	188	1.9	187	89	3	568	30	19	26	24	1.98
206566--206891	100	3.3	99	82	6	407	31	17	25	24	1.97
206752--206897	43	3.3	43	80	11	184	32	18	24	24	1.97
206888--207244	33	10.9	33	76	9	329	36	13	30	19	1.90
207059--207111	27	2.0	27	88	0	79	28	15	33	22	1.94
206974--207131	60	2.5	62	83	10	171	36	13	30	19	1.90
206882--207244	193	1.9	191	82	7	450	36	13	30	19	1.91
206974--207211	127	1.9	124	82	5	298	36	13	30	20	1.90
207112--207969	33	27.3	31	78	8	530	34	14	28	22	1.94
207113--207265	60	2.5	59	81	10	155	34	13	30	21	1.92
207146--207968	30	26.3	30	78	9	648	34	15	28	22	1.94
207154--207971	95	8.7	94	82	6	686	33	15	28	22	1.94
209214--209254	11	3.6	11	83	6	55	0	0	14	85	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219449--219502	19	2.8	20	85	2	74	29	14	16	38	1.89
219552--219576	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
219532--219596	33	2.0	33	90	6	105	36	16	15	30	1.90
223432--223456	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
223508--223548	13	3.2	13	96	0	73	29	14	14	41	1.86
224459--224484	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
224441--224504	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
226858--226913	20	2.8	20	80	0	67	30	19	12	37	1.89
226940--226994	19	2.8	19	91	2	83	40	12	16	30	1.86
231937--231969	12	2.8	12	95	0	57	45	12	9	33	1.73
232144--232211	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
232165--232189	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
232146--232208	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
232231--232297	33	2.0	33	82	5	82	25	14	14	44	1.84
234744--234817	27	2.7	28	89	2	105	24	33	20	21	1.97
234802--235025	52	4.3	51	84	4	268	30	25	11	32	1.91
234631--235131	264	1.9	264	91	2	826	29	25	12	31	1.92
235037--235239	77	2.6	78	79	3	221	25	29	16	29	1.96
247637--247692	9	6.3	9	81	8	62	87	7	5	0	0.67
247636--247686	17	2.9	17	82	11	68	86	9	3	0	0.70
247636--247685	25	2.0	25	84	7	66	86	10	4	0	0.71
247637--247692	21	2.7	19	82	15	67	87	7	5	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247636--247685	8	6.0	8	86	6	64	86	10	4	0	0.71
248655--249174	60	9.0	61	80	12	544	26	30	19	23	1.98
248685--249389	115	6.3	112	84	8	802	27	30	19	22	1.98
249075--249159	26	3.2	26	68	15	73	34	35	14	16	1.89
248653--249387	55	13.0	55	79	12	658	27	30	19	22	1.98
248657--249387	157	4.3	158	79	12	648	27	30	19	22	1.98
248718--249386	212	3.0	216	82	9	755	27	30	19	21	1.98
250137--250222	19	4.8	19	82	16	121	36	11	15	37	1.83
250157--250181	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
250138--250200	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
250262--250287	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
252761--252836	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
252820--253042	52	4.3	50	80	6	212	30	26	11	31	1.91
253028--253099	27	2.6	27	82	2	81	22	33	20	23	1.97
252648--253151	264	1.9	264	91	2	832	29	26	12	31	1.93
253052--253256	77	2.6	78	81	3	234	25	28	16	30	1.96
258215--258239	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
259552--259600	26	1.9	26	83	4	64	32	22	12	32	1.91
269178--269215	18	2.1	18	95	0	67	42	0	28	28	1.56
269182--269215	9	3.8	9	88	0	50	44	0	26	29	1.55
273878--273948	31	2.3	30	80	7	79	38	19	0	42	1.52
277752--277781	16	1.9	15	93	6	51	0	30	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277910--277962	26	2.1	24	86	13	72	1	35	0	62	1.06
277762--278156	182	2.2	177	81	10	430	17	23	12	46	1.82
278249--278286	20	1.9	20	84	10	51	0	7	23	68	1.16
278973--279009	7	5.6	7	81	12	51	83	2	0	13	0.74
278972--279008	19	1.9	19	94	0	65	83	2	0	13	0.74
278964--279010	12	4.0	12	81	10	53	80	2	2	14	0.89
280156--280869	43	16.7	43	74	5	386	37	16	26	19	1.92
280132--280869	129	5.7	129	74	6	460	37	16	26	19	1.93
280889--281203	42	7.5	41	77	9	287	42	17	22	17	1.89
280886--281203	84	3.8	82	79	8	338	42	17	22	17	1.89
280887--281191	167	1.8	168	83	6	413	42	17	22	17	1.89
281203--281307	44	2.4	43	80	6	113	39	14	24	21	1.91
281325--281567	47	5.0	47	79	5	207	39	17	21	20	1.92
282107--282133	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
282088--282152	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
282116--282174	19	3.0	20	85	7	84	30	15	16	37	1.90
282119--282174	21	2.8	20	89	5	78	30	14	17	37	1.90
282219--282249	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
282203--282269	33	2.0	33	86	11	93	37	13	16	32	1.88
286975--287037	34	1.9	33	93	6	110	44	12	12	30	1.80
287074--287112	20	1.9	21	94	5	71	43	15	10	30	1.80
293346--293385	22	2.0	20	85	14	55	25	20	5	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293661--293703	20	2.1	21	91	4	70	16	41	32	9	1.80
295727--295789	34	1.9	33	93	6	110	44	12	12	30	1.80
295826--295864	20	1.9	21	94	5	71	43	15	10	30	1.80
300524--300549	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
300506--300569	32	2.0	33	87	3	94	42	14	14	29	1.84
301418--301506	44	2.0	44	100	0	178	56	8	13	21	1.65
303698--303747	19	2.6	19	93	0	82	38	16	12	34	1.85
303736--303760	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
306484--306520	13	2.8	13	91	0	56	32	16	13	37	1.87
308415--308471	29	2.0	29	92	0	96	38	5	28	28	1.78

Tables:   1   2   3   4   5