genome.fa.s1085.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1085
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1639209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1311--1523	95	2.2	94	91	1	345	25	28	18	26	1.98
1446--2519	173	6.1	172	87	6	1432	26	25	20	27	1.99
1446--2519	55	18.4	55	78	12	947	26	25	20	27	1.99
1446--2519	117	9.2	115	83	9	1131	26	25	20	27	1.99
3126--3152	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
3223--3276	4	13.5	4	92	7	92	75	0	0	24	0.80
3305--3405	26	3.9	26	97	1	186	52	6	28	11	1.64
3704--3833	55	2.4	55	82	0	161	33	39	20	7	1.81
3781--3876	43	2.2	43	96	0	174	33	39	20	6	1.78
3674--3857	55	3.4	55	76	3	149	33	38	20	7	1.81
3831--3902	18	4.0	17	72	13	63	30	37	25	6	1.82
4826--5521	51	13.5	51	71	12	438	28	27	12	31	1.93
4988--5521	50	10.4	51	74	10	390	28	27	12	31	1.93
5234--5315	28	2.9	28	82	8	87	23	34	18	24	1.96
5234--5290	28	2.0	29	89	3	89	24	29	15	29	1.96
5038--5548	260	2.0	261	87	6	759	28	27	12	30	1.93
4826--5494	310	2.1	310	96	1	1232	28	26	12	32	1.93
7695--7732	13	3.0	12	88	11	58	31	15	18	34	1.92
11274--11428	75	2.1	75	98	0	301	20	18	12	49	1.79
13972--13996	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
13949--14016	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
14087--14111	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15067--15106	3	13.3	3	89	0	62	30	30	0	40	1.57
19016--19063	13	4.2	13	70	29	54	37	18	12	31	1.88
19016--19084	33	2.1	32	86	10	95	34	18	14	31	1.91
19134--19185	19	2.7	20	88	8	72	44	13	13	28	1.82
19712--19754	22	2.0	22	86	8	63	32	25	2	39	1.69
19750--19782	15	2.2	15	94	0	57	6	33	0	60	1.21
20480--20995	28	18.5	28	81	8	540	24	17	28	29	1.97
20480--20998	84	6.2	84	82	6	599	24	17	28	29	1.97
24947--25020	20	3.7	20	81	0	103	41	12	12	33	1.79
49889--50245	88	4.1	87	72	9	235	29	23	11	35	1.90
49875--50257	175	2.2	174	80	5	409	29	22	10	37	1.88
49957--50279	88	3.7	87	74	4	218	29	22	11	36	1.89
56366--56431	20	3.7	19	69	26	54	33	15	16	34	1.90
56386--56410	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56364--56430	33	2.0	33	91	0	107	35	14	16	32	1.90
56954--57005	20	2.6	19	87	6	68	36	15	15	32	1.89
63211--63290	20	3.8	20	70	15	70	28	13	16	41	1.86
63277--63314	13	2.9	13	88	11	60	31	18	18	31	1.95
63435--63480	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
67177--67226	20	2.5	20	90	6	75	38	20	12	30	1.88
67255--67300	20	2.3	20	85	3	58	36	8	13	41	1.75
67295--67383	13	7.8	13	65	27	58	37	14	19	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67307--67406	20	5.7	20	70	29	102	41	15	17	27	1.88
67295--67403	33	3.3	33	100	0	218	38	14	18	28	1.90
69738--69777	21	2.0	21	90	5	64	47	0	20	32	1.50
76098--76148	20	2.5	20	90	6	77	37	19	11	31	1.88
78356--78506	28	5.2	28	82	9	194	35	25	11	27	1.91
78370--78521	31	5.1	31	82	9	217	36	26	11	25	1.91
78356--78521	59	2.8	59	99	0	323	34	26	11	27	1.91
79913--79978	33	2.0	33	87	0	96	34	18	22	24	1.96
87534--87560	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
87544--87600	19	2.9	19	84	2	78	31	17	17	33	1.93
93814--93842	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
96516--96568	19	2.7	20	91	2	90	32	11	16	39	1.85
96624--96772	52	2.9	50	88	6	208	34	18	16	30	1.93
101159--101187	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
101139--101203	33	2.0	33	96	0	121	27	18	16	36	1.93
101137--101174	20	1.9	20	100	0	76	26	18	18	36	1.94
101276--101302	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
102514--102539	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
102527--102579	20	2.7	20	81	0	61	30	13	13	43	1.82
102543--102581	20	2.0	20	94	0	69	20	12	15	51	1.76
104500--104524	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
104588--104612	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104621--104745	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
111167--111258	36	2.8	33	81	17	102	32	22	11	32	1.91
120646--120699	19	2.9	19	89	8	76	87	5	1	5	0.74
120617--120690	30	2.4	29	82	8	76	82	4	6	6	0.94
120607--120702	9	10.2	9	73	11	50	81	8	5	5	0.99
120607--120710	38	2.7	38	76	13	95	80	9	4	4	0.99
120645--120696	1	52.0	1	76	0	50	88	3	1	5	0.68
122163--122304	29	5.0	29	82	2	171	31	32	16	19	1.94
122168--122310	57	2.5	57	91	0	232	31	31	16	20	1.95
122294--122427	35	4.0	35	83	6	152	18	31	11	38	1.87
122294--122445	35	4.5	34	81	4	150	17	30	13	38	1.88
122504--122590	43	2.0	43	88	0	129	28	25	17	28	1.97
122544--122886	52	6.8	49	70	13	232	23	25	17	33	1.96
122712--122886	48	3.5	51	80	11	202	23	25	18	32	1.97
122700--122886	97	1.9	99	85	5	263	24	24	18	32	1.97
123671--123764	13	5.6	18	67	28	64	36	13	14	35	1.86
123671--123769	32	3.1	32	94	1	162	36	13	15	35	1.86
123787--123849	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
123700--123884	85	2.2	85	97	0	352	37	14	15	31	1.88
123806--123830	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123785--123854	32	2.2	32	97	0	131	35	11	17	35	1.85
123889--124081	52	3.7	52	93	1	307	36	18	16	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123913--124081	52	3.2	52	97	0	311	36	18	17	27	1.93
128761--128818	21	2.7	21	84	7	73	29	13	13	43	1.83
128865--128889	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
128873--128929	20	2.9	19	78	19	64	33	15	14	36	1.88
129177--129214	18	2.2	16	90	9	58	86	0	0	13	0.56
129178--129229	15	3.6	14	87	10	70	82	0	0	17	0.66
129175--129230	14	3.8	15	79	11	62	82	0	0	17	0.68
129249--129379	26	5.0	26	96	0	226	52	7	27	12	1.65
129677--129814	55	2.5	55	84	5	163	31	36	23	8	1.85
129655--129794	18	7.7	18	69	12	99	30	38	22	8	1.84
129783--129821	18	2.3	18	86	8	55	33	28	28	10	1.90
130744--131174	51	8.3	51	73	10	331	28	27	12	31	1.93
130836--130917	28	2.9	28	83	1	83	23	32	18	25	1.97
130944--131173	104	2.2	102	84	4	284	29	26	12	31	1.92
131106--131640	79	6.8	79	91	0	867	27	25	14	32	1.94
131577--131727	53	2.9	50	79	10	169	27	22	12	37	1.90
145075--145287	95	2.2	94	90	3	329	26	28	18	27	1.98
145210--146221	173	5.8	172	88	6	1373	26	26	20	26	1.99
145210--146221	55	17.4	55	81	10	1040	26	26	20	26	1.99
145209--146221	117	8.7	112	84	8	1082	26	26	20	26	1.99
146936--146989	5	11.8	5	86	9	64	81	0	0	18	0.69
146936--146981	14	3.3	14	88	8	67	78	0	0	21	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146936--146989	28	2.0	27	89	10	83	81	0	0	18	0.69
147007--147108	26	4.0	26	97	1	188	51	7	28	11	1.66
147475--147540	31	2.1	31	83	5	80	30	34	22	12	1.91
148218--148654	51	8.5	51	74	10	361	29	26	11	32	1.92
148316--148397	28	2.9	28	78	8	78	23	32	18	25	1.97
148216--148654	104	4.2	101	70	13	309	29	26	11	32	1.92
148586--149128	79	6.9	78	90	2	852	27	25	14	31	1.95
149060--149207	53	2.8	51	76	10	140	25	21	14	37	1.92
150179--150236	22	2.7	22	86	2	73	34	12	5	48	1.63
156228--156252	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7