genome.fa.s1085.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1085
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1639209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725488--725603	49	2.3	52	85	8	150	34	14	12	37	1.85
725622--725676	20	2.8	20	88	5	76	23	16	16	43	1.87
725639--725708	33	2.1	33	89	0	104	28	18	12	40	1.88
728063--728136	28	2.6	28	86	0	103	22	32	20	24	1.98
728088--728301	79	2.7	79	80	1	232	28	25	14	31	1.95
728320--728484	79	2.1	79	96	0	303	28	21	14	35	1.93
728320--728538	79	2.8	79	88	2	271	27	22	14	35	1.93
730530--730570	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
730610--730680	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
730757--730787	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
730766--730844	23	3.5	22	73	18	56	29	26	6	37	1.81
730891--730916	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
731395--731461	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
734562--734586	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
736298--736368	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
736445--736475	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
736579--736604	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
737083--737149	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
739837--739901	32	2.0	32	85	8	87	29	15	16	38	1.90
739871--739923	20	2.7	20	85	2	72	28	16	16	37	1.91
739970--739997	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
741537--741632	36	2.9	32	82	17	117	31	25	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742152--742176	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
743354--743481	35	3.8	33	79	9	134	33	10	21	35	1.87
743354--743478	66	1.9	66	88	0	187	33	10	20	35	1.87
750202--750240	19	2.1	19	85	9	53	25	17	20	35	1.95
750931--750959	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
751046--751102	12	4.7	11	75	16	51	75	0	22	1	0.90
754804--754924	64	1.9	64	96	0	224	41	5	8	44	1.58
755319--755391	22	3.3	22	90	0	110	53	2	6	36	1.42
755443--755488	22	2.1	22	83	0	56	58	2	6	32	1.36
755631--755713	22	3.8	22	73	6	87	39	3	8	48	1.51
755906--756026	45	2.6	44	82	10	136	40	0	5	52	1.31
755909--756004	46	2.1	46	84	7	126	40	0	6	53	1.26
755906--756061	45	3.4	45	80	10	131	38	2	5	53	1.39
755908--756062	47	3.3	46	75	14	131	38	2	5	52	1.39
756048--756177	54	2.5	51	82	8	147	33	3	6	56	1.42
756083--756183	51	2.0	52	82	9	127	37	2	5	53	1.41
757934--757960	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
762046--762102	19	2.9	20	78	5	71	31	14	14	40	1.85
762089--762113	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
764115--764156	20	2.1	20	90	0	66	14	26	35	23	1.93
764607--764633	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
777285--777347	33	1.9	33	83	6	83	31	11	17	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777417--777473	20	2.8	20	89	2	78	33	8	14	43	1.76
778275--778360	29	2.9	30	68	25	74	46	18	10	24	1.80
778348--778439	29	3.2	28	72	17	80	52	14	6	27	1.66
778249--778611	58	6.3	58	76	7	265	46	14	12	25	1.80
778424--778515	29	3.2	29	72	15	91	45	13	14	27	1.81
778430--778525	29	3.4	28	72	18	90	43	14	14	27	1.84
778654--778683	15	2.0	15	100	0	60	53	6	20	20	1.67
779195--779248	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
786943--786997	25	2.2	26	96	3	103	20	36	18	25	1.94
787879--787905	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
787955--788028	20	3.7	20	94	3	123	31	13	18	36	1.90
789337--789378	17	2.3	19	84	8	52	7	4	4	83	0.91
791587--791632	17	2.6	17	86	6	65	54	0	0	45	0.99
792190--792223	14	2.3	15	90	5	52	11	5	2	79	1.02
795384--795415	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
795415--795442	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
796860--796899	20	2.0	20	100	0	80	50	20	5	25	1.68
804424--804488	34	1.9	34	83	0	85	46	12	10	30	1.76
804443--804726	103	2.7	102	78	12	285	41	9	13	35	1.77
804615--804703	35	2.5	35	87	5	117	41	5	14	38	1.70
804648--804727	35	2.3	35	80	0	97	43	8	11	36	1.71
804684--804774	35	2.6	34	75	5	83	48	9	6	35	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805331--805403	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
805349--805424	21	3.7	21	78	3	100	43	11	15	28	1.83
805331--805424	41	2.3	41	100	0	188	40	12	17	29	1.86
805463--805488	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
809551--809589	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
811596--811673	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
811660--811698	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
814136--814208	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
814154--814229	21	3.7	21	78	3	100	43	11	15	28	1.83
814136--814229	41	2.3	41	100	0	188	40	12	17	29	1.86
814268--814293	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
818940--818965	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
819006--819072	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
819028--819052	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
820066--820365	43	6.6	43	80	11	330	30	18	26	25	1.98
820010--820387	92	4.1	92	93	1	594	30	16	26	25	1.97
820382--820543	33	5.0	33	91	6	278	18	19	35	27	1.95
820375--820548	62	2.8	63	91	6	282	17	18	36	27	1.94
820550--821070	36	15.6	35	78	13	505	32	13	34	19	1.90
820722--820849	62	2.0	64	89	3	197	28	12	37	21	1.90
820586--821074	198	2.5	195	87	6	648	31	13	35	19	1.90
821092--821163	30	2.4	29	80	11	83	26	15	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821080--821263	94	1.9	95	81	7	223	28	16	30	23	1.96
821124--821258	64	2.2	61	91	4	216	28	17	29	24	1.97
821124--821263	31	4.5	31	77	7	140	30	16	30	23	1.96
822202--822267	28	2.5	26	82	9	80	0	10	10	78	0.96
822514--822562	15	3.3	15	76	23	59	0	2	20	77	0.87
822516--822564	14	3.5	13	81	13	62	0	2	18	79	0.83
822524--822570	14	3.3	14	80	14	60	2	4	12	80	0.94
863192--863245	20	2.6	21	88	2	74	31	12	18	37	1.89
864146--864184	21	1.9	21	89	5	62	23	20	12	43	1.86
873710--873756	24	2.0	24	91	8	78	25	12	17	44	1.84
879634--879725	33	2.8	33	85	5	123	23	4	17	54	1.61
879687--879728	19	2.2	19	87	8	59	23	4	16	54	1.61
889779--889986	36	6.0	36	74	11	152	32	24	19	23	1.98
889860--890158	31	9.5	31	76	10	163	31	25	19	23	1.98
889894--890225	62	5.4	62	81	8	308	30	26	19	23	1.98
889852--890156	93	3.2	93	90	4	434	31	25	18	23	1.97
889906--890270	31	12.0	29	80	6	254	29	26	18	24	1.98
890108--890270	29	5.6	28	83	6	148	28	27	17	26	1.97
890345--890424	29	2.8	29	83	9	101	31	25	13	30	1.94
890406--890442	18	2.1	18	94	0	65	37	18	10	32	1.86
890430--890556	29	4.4	29	81	4	150	28	23	18	29	1.97
890434--890564	57	2.3	58	93	1	219	28	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890434--890626	29	6.8	28	75	7	131	27	25	16	29	1.97
890429--890620	86	2.2	86	76	2	190	29	24	17	28	1.97
892821--893004	95	1.9	95	86	4	264	44	11	11	32	1.77
893213--893269	19	2.9	19	81	2	69	31	12	19	36	1.89
893298--893351	20	2.7	20	85	5	74	31	11	18	38	1.86
905232--905307	28	2.7	28	87	0	107	34	19	22	23	1.97
905265--905971	79	8.9	79	80	4	706	33	12	25	27	1.93
905271--905971	317	2.2	317	86	2	987	34	12	25	27	1.93
905265--905971	159	4.5	159	81	4	775	33	12	25	27	1.93
908314--908419	49	2.1	51	89	5	164	38	16	16	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7